基于Web的基因组浏览器研究现状

测序技术的发展促使人类基因组测序成本急剧降低,测序速度迅速增加,对这些数据的分析和可视化已成为生命科学领域最重要的课题之一.基因组浏览器技术在基因序列分析,遗传密码解读,复杂疾病研究等方面具有重要意义.本文综述了9种主要的基因组浏览器技术,并从可视化内容、可视化形式、软件系统架构等角度分析了它们的特点.最后,探讨了基因组浏览器发展所面临的挑战.

基于GBrowse的多源长非编码RNA数据可视化系统

针对长非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)数据类型多样带来的有用信息提取困难的问题,提出基于基因组浏览器GBrowse(Generic Genome Browser)的多源lnc RNA数据可视化系统.该系统主要包括网页服务器和lnc RNA数据存储.其中,网页服务器主要由HTTP服务和GBrowse网页组件构成,支持纯文本、My SQL、SQLite等多种数据存储方式.系统实现流程包括GBrowse安装与配置、多源lnc RNA数据的收集、数据预处理、数据存储、数据访问及可视化配置.原型系统收集了六种人类lnc RNA数据,包括人类基因注释、基因组序列、组蛋白修饰H3K4me3信号及其位点、转录因子CTCF绑定位点信号及其位点的数据,并对数据进行了预处理.通过My SQL、SQLite等建立了lnc RNA数据库,对数据的访问方式和可视化参数进行配置.实验结果表明,多源lnc RNA数据在GBrowse框架下能够得到整合与可视化,并在基因组空间同时呈现,这使得研究者能够以更加直观的方式观测数据,进而建立新的科学假说.