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气虚体质之鼻咽癌高癌家系成员基因组稳定与修复基因表达 被引量:8
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作者 周小军 田道法 +4 位作者 王士贞 阮岩 邱宝珊 张丽娟 卢标清 《中医药信息》 2009年第5期59-62,共4页
目的:研究气虚质鼻咽癌高癌家系成员基因组稳定与修复基因的表达情况。方法:在鼻咽癌高发区广东中山市,选择气虚质鼻咽癌高癌家系成员为研究对象,以正常质鼻咽癌高癌家系成员、鼻咽癌患者为对照,以基因组稳定和修复之功能分类基因芯片... 目的:研究气虚质鼻咽癌高癌家系成员基因组稳定与修复基因的表达情况。方法:在鼻咽癌高发区广东中山市,选择气虚质鼻咽癌高癌家系成员为研究对象,以正常质鼻咽癌高癌家系成员、鼻咽癌患者为对照,以基因组稳定和修复之功能分类基因芯片及实时荧光定量PCR技术进行研究。结果:鼻咽癌高癌家系成员DNA损伤修复基因主要以上调表达为主,且上调幅度高,下调的基因少且幅度低,气虚质较正常质鼻咽癌高癌家系成员的基因亦以上调表达为主,荧光定量PCR检测结果与芯片检测结果基本一致。结论:鼻咽癌高癌家系成员存在着特定的DNA损伤修复基因变化规律,气虚状态亦可影响DNA损伤修复基因变化。 展开更多
关键词 鼻咽癌 高癌家系 基因组稳定与修复基因 基因芯片 荧光定量PCR 气虚
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鼻咽癌变过程基因组稳定与修复基因表达 被引量:2
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作者 周小军 王士贞 +4 位作者 田道法 阮岩 邱宝珊 刘蓬 卢标清 《中国肿瘤》 CAS 2008年第2期133-136,共4页
[目的]研究鼻咽癌变过程中基因组稳定与修复基因的表达情况。[方法]在鼻咽癌高发区,选择鼻咽炎、鼻咽癌前病变及鼻咽癌患者的鼻咽组织作为研究对象,TRIZOL试剂抽提RNA,cRNA标记与合成、基因组稳定和DNA修复基因芯片(Oligo Genome Stabil... [目的]研究鼻咽癌变过程中基因组稳定与修复基因的表达情况。[方法]在鼻咽癌高发区,选择鼻咽炎、鼻咽癌前病变及鼻咽癌患者的鼻咽组织作为研究对象,TRIZOL试剂抽提RNA,cRNA标记与合成、基因组稳定和DNA修复基因芯片(Oligo Genome Stability & DNARepair Microarray,美国SuperArray公司,CatalogNo.OHS-042)杂交,化学发光检查及图像采集和数据分析。[结果]在基因组稳定和DNA修复基因芯片128个基因中,对比于鼻咽炎患者,上调3倍以上的基因鼻咽癌前病变者有14个基因,鼻咽癌有8个基因,无下调1倍以上的基因;对比于鼻咽癌前病变者,上调3倍以上的基因鼻咽癌有14个,无下调1倍以上的基因。乳腺癌易感基因2、Ku70结合蛋白3基因在鼻咽癌变过程中呈现高表达。[结论]在鼻咽癌变过程中,基因组稳定与修复基因多表现为上调表达,下调表达很少。 展开更多
关键词 癌前病变 鼻咽肿瘤 基因组稳定与修复基因 乳腺癌易感基因2 Ku70结合蛋白3基因
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鼻咽癌及癌前病变基因组稳定与修复基因表达 被引量:3
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作者 周小军 王士贞 +5 位作者 田道法 阮岩 邱宝珊 刘蓬 卢标清 孔祥廉 《中国中西医结合耳鼻咽喉科杂志》 2010年第1期8-13,共6页
目的研究鼻咽癌及鼻咽癌前病变患者鼻咽组织标本基因组稳定与修复基因的表达活性特征。方法在鼻咽癌高发区中山市,筛选鼻咽炎、鼻咽癌前病变及鼻咽癌患者作为研究对象,获取鼻咽黏膜组织,应用基因组稳定和修复功能分类基因芯片(128个基因... 目的研究鼻咽癌及鼻咽癌前病变患者鼻咽组织标本基因组稳定与修复基因的表达活性特征。方法在鼻咽癌高发区中山市,筛选鼻咽炎、鼻咽癌前病变及鼻咽癌患者作为研究对象,获取鼻咽黏膜组织,应用基因组稳定和修复功能分类基因芯片(128个基因)检测相关基因表达活性,以2倍活性表达差异为比较评判标准,并以实时荧光定量PCR技术对相关基因表达活性水平进行验证。结果相比于鼻咽炎组,鼻咽癌前病变组织表达活性上调基因有22个,活性下调基因20个;鼻咽癌组织表达活性上调基因20个,活性下调基因18个。相比于鼻咽癌前病变者,鼻咽癌组织表达活性上调基因有24个,下调基因24个。乳腺癌易感基因2、Ku70结合蛋白3基因在鼻咽癌前病变及鼻咽癌组织依序呈现高表达;鼻咽癌组织表达明显下调的基因有碱基切除基因OGG1及错配修复基因MSH4、MLH3,表达明显上调的基因有RAD18;鼻咽癌前病变组织表达明显下调的基因为RAD18和泛素类基因UBE2B。结论鼻咽癌及鼻咽癌前病变患者靶器官鼻咽黏膜的基因组稳定与修复基因表达活性存在特征性表现模式。 展开更多
关键词 鼻咽癌 鼻咽癌前病变 基因组稳定 DNA修复基因 表达活性
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鼻咽癌高癌家系成员基因组稳定与修复基因表达的研究(英文) 被引量:1
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作者 Xiaojun Zhou Daofa Tian +4 位作者 Shizhen Wang Yan Ruana Baoshan Qju Lijuan Zhang Biaoqing Lu 《The Chinese-German Journal of Clinical Oncology》 CAS 2009年第12期713-718,共6页
Objective:The aim of the study was to observe the expressions of genes related to genome stability and DNA repair in the members of nasopharyngeal carcinoma(NPC) clustering families.Methods:In the Zhongshan City where... Objective:The aim of the study was to observe the expressions of genes related to genome stability and DNA repair in the members of nasopharyngeal carcinoma(NPC) clustering families.Methods:In the Zhongshan City where there is highly incidence rate of NPC,we chose the members of the NPC clustering families as objects,and the patients of nasopharyngitis and NPC as the control group.We isolated the RNA from the nasopharyngeal tissue,and synthesized its cRNA,the genome stability and DNA repair genes chip technique,chemiluminescent detection and real-time fluorescence quantitative technique were used to examine the genome stability and DNA repair genes in the nasopharyngeal tissue.Results:More genome stability and DNA repair genes were up-regulated in the members of the NPC clustering families than the NPC patients,and the range of up-regulated was high,with the over up-regulated 100 times genes including TEP1,MSH4,PMS2L1.Fewer genome stability and DNA repair genes were down-regulated in the members of the NPC clustering families than the NPC patients,the ubiquitin genes almost were down-regulated,the results also could be confirmed by real-time fluorescence quantitative PCR.Conclusion:There are specially expression character of genome stability and DNA repair genes in the members of NPC clustering families. 展开更多
关键词 DNA修复基因 家庭成员 相关基因 鼻咽癌 稳定 实时荧光定量PCR 全国人民代表大会 基因芯片技术
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非小细胞肺癌A549细胞基因组不稳定性和MYC基因突变在吉西他滨耐药中的作用
5
作者 陈宗军 陈亚红 +1 位作者 黄丽云 梁紫盈 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期355-363,共9页
目的:探讨非小细胞肺癌(NSCLC)A549细胞基因不稳定性和MYC基因突变在吉西他滨耐药中的作用,并阐明其作用机制。方法:采用2mg·L^(-1)吉西他滨持续作用A549细胞(A549组),构建耐药细胞株A549R(A549R组),并将si-NC和si-MYC转染至A549R... 目的:探讨非小细胞肺癌(NSCLC)A549细胞基因不稳定性和MYC基因突变在吉西他滨耐药中的作用,并阐明其作用机制。方法:采用2mg·L^(-1)吉西他滨持续作用A549细胞(A549组),构建耐药细胞株A549R(A549R组),并将si-NC和si-MYC转染至A549R细胞,作为si-NC A549R组和si-MYC A549R组。采用CCK-8法检测不同浓度(0、1、2、4、8、16和32 mg·L^(-1))吉西他滨对各组细胞的抑制率,流式细胞术检测各组细胞凋亡率。转录组测序技术(RNA-seq)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析A549组及A549R组细胞中的差异表达基因,实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测A549组和A549R组细胞中基因组不稳定性相关基因错配修复基因2(MSH2)、错配修复基因6(MSH6)和DNA修复蛋白RAD50(RAD50)的表达水平,Western blotting法检测基因组不稳定性相关蛋白MYC原癌基因(MYC)和磷酸化组蛋白(γH2AX)的表达水平,染色质免疫共沉淀(ChIP)法检测RNA polⅡ和γH2AX在MYC基因上的富集程度,PCR法扩增并检测A549R细胞MYC基因突变情况。结果:与A549组比较,2、4、8、16和32 mg·L^(-1)吉西他滨作用后A549R组细胞抑制率降低(P<0.05),8mg·L^(-1)吉西他滨作用后细胞凋亡率降低(P<0.05)。与A549组比较,A549R组细胞中有234个mRNAs表达水平升高,205个mRNAs表达水平降低,其中错配修复相关基因(MSH2和MSH6)、RAD50和MYC表达水平明显升高(P<0.05)。KEGG信号通路富集分析,表达水平升高基因主要参与非同源末端连接、mRNA监测途径和DNA复制等信号通路。与A549组比较,A549R组细胞中MYC和γH2AX蛋白表达水平升高(P<0.05)。ChIP法检测,RNA polⅡ和γH2AX在MYC转录起始位点及exon 2上富集程度增加,MYC exon 2上存在G254A基因突变。与si-NC A549R组比较,si-MYC A549R组细胞中MYC mRNA和蛋白表达水平降低(P<0.05),2、4、8、16和32 mg·L^(-1)吉西他滨作用后si-MYC A549R组细胞抑制率升高(P<0.05),细胞凋亡率增加(P<0.05)。结论:对吉西他滨耐药的NSCLC细胞中A549R基因组不稳定性增加,MYC基因发生突变和扩增,而敲减MYC可以恢复A549R细胞对吉西他滨的敏感性。 展开更多
关键词 吉西他滨 非小细胞肺 基因组稳定 MYC扩增 MYC突变
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鼻咽癌高癌家系成员基因组稳定与修复基因表达的研究 被引量:2
6
作者 周小军 田道法 +4 位作者 王士贞 阮岩 邱宝珊 张丽娟 卢标清 《中华肿瘤防治杂志》 CAS 2010年第2期93-97,共5页
目的:探讨鼻咽癌高癌家系成员基因组稳定与修复基因的表达情况。方法:在鼻咽癌高发区广东省中山市,选择鼻咽癌高癌家系成员为研究对象,以鼻咽炎及鼻咽癌患者为对照,抽提鼻咽组织RNA,合成cRNA,以基因组稳定和修复功能分类基因芯片杂交及... 目的:探讨鼻咽癌高癌家系成员基因组稳定与修复基因的表达情况。方法:在鼻咽癌高发区广东省中山市,选择鼻咽癌高癌家系成员为研究对象,以鼻咽炎及鼻咽癌患者为对照,抽提鼻咽组织RNA,合成cRNA,以基因组稳定和修复功能分类基因芯片杂交及化学发光法检查其基因的表达情况,并实时荧光定量PCR技术进行验证。结果:鼻咽癌高癌家系成员DNA损伤修复基因主要以上调表达为主,且上调幅度高,上调100倍以上的基因包括TEP1、MSH4和PMS2L1;下调的基因少且幅度低,泛素类基因多表现为下调,实时荧光定量PCR检验结果基本一致。结论:鼻咽癌高癌家系成员存在着特定的DNA损伤修复基因变化规律。 展开更多
关键词 鼻咽肿瘤 高癌家系 基因组稳定与修复基因 基因芯片 荧光定量聚合酶链式反应 泛素
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基于GSS算法的HRD评分与高危前列腺癌和转移性激素敏感性前列腺癌患者临床病理特征、基因组突变和预后的关系
7
作者 陈志强 高宇 +5 位作者 杜松良 牛少曦 李卓然 贾玉琪 董宇杰 王保军 《现代泌尿外科杂志》 CAS 2024年第3期200-204,共5页
目的分析同源重组修复缺陷(HRD)评分与高危和转移性激素敏感性前列腺癌(mHSPC)患者临床病理特征、基因组突变的关系及对mHSPC患者预后的预测价值。方法纳入2021年12月—2023年11月在解放军总医院第一医学中心泌尿外科诊治的高危前列腺癌... 目的分析同源重组修复缺陷(HRD)评分与高危和转移性激素敏感性前列腺癌(mHSPC)患者临床病理特征、基因组突变的关系及对mHSPC患者预后的预测价值。方法纳入2021年12月—2023年11月在解放军总医院第一医学中心泌尿外科诊治的高危前列腺癌和mHSPC患者127例,进行同源重组修复(HRR)基因测序,并基于基因组疤痕评分(GSS)算法得出HRD评分。分析HRD评分与临床病理特征、基因突变和患者预后之间的关系。结果127例高危前列腺癌和mHSPC患者的中位HRD评分为1.6(0.8,5.2),30例(23.6%)患者HRD评分≥10,11例(8.7%)患者HRD评分≥20。临床病理特征包括国际泌尿病理协会(ISUP)分级≥4(P=0.044)和转移状态(P=0.008)与高HRD评分相关。存在BRCA、TP53和MYC体系基因突变型患者的HRD评分显著高于野生型基因患者(P<0.05)。在mHSPC患者中,HRD评分≥20患者出现生化复发的风险是HRD评分<20患者的12.836倍[OR:12.836(1.332~124.623),P=0.028]。结论HRD评分在高危前列腺癌和mHSPC患者中的基线水平较低;HRD评分高的患者可能倾向于拥有更高的组织学分级(ISUP≥4)和更晚的临床分期。HRD评分作为生化标志物提示不良预后的阈值还需进一步的研究。 展开更多
关键词 同源重组修复 同源重组修复缺陷 基因组疤痕评分 高危前列腺癌 转移性激素敏感性前列腺癌
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精准序列替换基因组编辑技术研究进展
8
作者 许永汉 齐泽宇 +2 位作者 李文静 赵啊慧 武德传 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期162-175,共14页
利用基因组编辑技术可以对微生物、动植物和人类细胞系基因组进行精准的序列替换,加速生物育种进程和遗传性疾病治疗,从而在农业生产和医疗上取得突破。基因组序列替换策略主要分为2种:第1种依赖DNA双链断裂,包括将CRISPR-Cas分别与同... 利用基因组编辑技术可以对微生物、动植物和人类细胞系基因组进行精准的序列替换,加速生物育种进程和遗传性疾病治疗,从而在农业生产和医疗上取得突破。基因组序列替换策略主要分为2种:第1种依赖DNA双链断裂,包括将CRISPR-Cas分别与同源重组、单链退火、微同源末端连接等DNA修复途径相结合,或由位点特异性重组系统介导,实现精准的序列替换;第2种依赖DNA单链断裂,主要包括引导编辑、碱基编辑器等技术。本研究综述了不同精准序列替换策略和技术及相关研究进展,理清各策略和技术的优缺点,有助于根据基因组编辑的目的,选择适合的技术和方法实现精准高效的序列替换。 展开更多
关键词 基因组编辑 序列替换 DNA双链断裂 DNA单链断裂 DNA修复
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DNA损伤检验点与损伤修复及基因组稳定性(英文) 被引量:5
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作者 刘巍峰 于珊珊 +1 位作者 陈冠军 李越中 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第5期381-390,共10页
生物有机体基因组DNA经常会受到内源或外源因素的影响而导致结构发生变化,产生损伤;在长期进化过程中,有机体也相应形成了一系列应对与修复损伤DNA,并维持染色体基因组正常结构功能的机制。其中DNA损伤检验点(DNA damage checkpoint)就... 生物有机体基因组DNA经常会受到内源或外源因素的影响而导致结构发生变化,产生损伤;在长期进化过程中,有机体也相应形成了一系列应对与修复损伤DNA,并维持染色体基因组正常结构功能的机制。其中DNA损伤检验点(DNA damage checkpoint)就是在感应DNA损伤的基础上,对损伤感应信号进行转导,或引起细胞周期的暂停, 从而使细胞有足够的时间对损伤DNA进行修复,或最终导致细胞发生凋亡。DNA损伤检验点信号转导途径是一个高度保守的信号感应过程,整个途径大致可以分为损伤感应、信号传递及信号效应3个组成部分。其中3-磷脂酰肌醇激酶家族类成员ATM (ataxia-telangiectasia mutated) 和ATR (ataxia-telangiectasia and Rad3-related) 活性的增加构成整个途径活化的第一步。它们通过激活下游的效应激酶,Chk2/Chk1,通过协同作用许多其他调控细胞周期、DNA复制、DNA损伤修复及细胞凋亡等过程的蛋白质因子来实现细胞对DNA损伤的高度协调反应。近十几年,随着此领域研究的不断深入,人们逐步揭示了DNA损伤检验点途径发生过程中,各种核心组分通过与不同调节因子、效应因子及DNA损伤修复蛋白间的复杂相互作用,以实现监测感应异常DNA结构并实施相应反应的机制;其中,检验点衔接因子(mediators)以及染色质结构,尤其是核小体组蛋白的共价修饰在调控ATM/ATR活性,促进ATM/ATR与底物间的相互作用以及介导DNA损伤位点周围染色质区域上多蛋白复合物在时间与空间上的动态形成发挥着重要的作用。同时,人们也开始发现DNA损伤检验点途径与DNA损伤修复、基因组稳定性以及肿瘤发生等过程之间某些内在的联系。该反应途径在通过协调细胞针对DNA损伤做出各种反应的基础上,直接或间接地参与或调控DNA损伤修复过程,并与DNA损伤修复途径协同作用最终保证染色体基因组结构的完整性,而检验点途径的改变,则会引起基因组不稳定的发生,包括从突变频率的提高到大范围的染色体重排,以及染色体数量的畸变。如:突变发生在肿瘤形成早期,会大大增加肿瘤发生的几率。文章将对DNA损伤检验点途径机制及其对DNA损伤修复、基因组稳定性影响的最新进展进行综述。 展开更多
关键词 DNA损伤检验点 DNA损伤修复 基因组稳定 肿瘤
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同源重组修复基因RAD51可提高PTEN缺失细胞基因组稳定性 被引量:4
10
作者 陈忠民 徐勤枝 +3 位作者 胡迎春 霍艳英 周平坤 吴德昌 《癌变.畸变.突变》 CAS CSCD 2011年第6期406-409,共4页
目的:研究同源重组修复基因RAD51对PTEN缺失小鼠胚胎成纤维细胞基因组稳定性的影响。方法:应用免疫荧光和中性单细胞电泳技术观察PTEN缺失后自发性和辐射诱导DNA双链断裂情况;并构建PTEN缺失细胞稳定转染RAD51的细胞系,γ射线照射后检... 目的:研究同源重组修复基因RAD51对PTEN缺失小鼠胚胎成纤维细胞基因组稳定性的影响。方法:应用免疫荧光和中性单细胞电泳技术观察PTEN缺失后自发性和辐射诱导DNA双链断裂情况;并构建PTEN缺失细胞稳定转染RAD51的细胞系,γ射线照射后检测细胞存活率。结果:PTEN缺失导致细胞自发性和辐射诱导DNA双链断裂增多;转染RAD51后细胞存活率增高,辐射诱导的DNA双链断裂减少。结论:同源重组修复基因RAD51可以提高PTEN缺失细胞基因组稳定性。 展开更多
关键词 PTEN RAD51 基因组稳定
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DNA修复障碍、基因组不稳定性与癌症 被引量:8
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作者 陶厚权 王瑞年 《中国肿瘤》 CAS 2003年第2期101-106,共6页
全文介绍DNA修复机制,并指出未修复的DNA损伤在细胞中的生物学终点和由DNA修复障碍所引起的基因组不稳定性增加,以及遗传性疾病,其中大部分有发生不同类型癌症的倾向。随着DNA修复系统及其与癌症关系研究的深入,其发病机理将得到阐明,... 全文介绍DNA修复机制,并指出未修复的DNA损伤在细胞中的生物学终点和由DNA修复障碍所引起的基因组不稳定性增加,以及遗传性疾病,其中大部分有发生不同类型癌症的倾向。随着DNA修复系统及其与癌症关系研究的深入,其发病机理将得到阐明,并为防治这类疾病提供线索。 展开更多
关键词 DNA损伤 基因组稳定 DNA修复 肿瘤
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魔芋葡甘聚糖对人结肠细胞株基因组稳定性的影响
12
作者 李翔 曹宇 +2 位作者 唐湘华 汪旭 倪娟 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期11-18,共8页
为探究魔芋葡甘聚糖(konjac gluconnan,KGM)对结肠上皮细胞基因组稳定性的影响,以正常结肠细胞株NCM460和结肠癌细胞株SW620、HCT116为研究材料,用质量浓度为0、0.625、1.25、2.5、5、10、20、40 mg/mL的KGM处理受试细胞24、48、72 h,... 为探究魔芋葡甘聚糖(konjac gluconnan,KGM)对结肠上皮细胞基因组稳定性的影响,以正常结肠细胞株NCM460和结肠癌细胞株SW620、HCT116为研究材料,用质量浓度为0、0.625、1.25、2.5、5、10、20、40 mg/mL的KGM处理受试细胞24、48、72 h,以四氮唑蓝(MTT)法检测细胞活力;并以CBMN-Cyt实验检测质量浓度分别为5、20、30 mg/mL的KGM处理72 h后受试细胞的基因组不稳定性(genome instability,GIN)、核分裂指数(nuclear division index,NDI)及凋亡水平。结果显示,不同质量浓度KGM作用72 h后,在5~40 mg/mL时NCM460细胞活力显著上升(P<0.05),其GIN在KGM质量浓度为5 mg/mL时极显著降低(P<0.001),而30 mg/mL时则极显著升高(P<0.01);5~40 mg/mL的KGM显著抑制HCT116细胞的活力(P<0.05),在40 mg/mL时SW620细胞活力极显著被抑制(P<0.01),且在KGM质量浓度为5~30 mg/mL时,SW620和HCT116这2株细胞的GIN和细胞凋亡率均显著增加(P<0.001),NDI显著降低(P<0.05)。结果表明,低质量浓度(5 mg/mL)的KGM有利于维护正常结肠上皮细胞NCM460的基因组稳定性,各质量浓度(5~30 mg/mL)的KGM都会增加结肠癌细胞SW620和HCT116 GIN和凋亡发生率,这可能是其维护肠道健康的分子基础。 展开更多
关键词 魔芋葡甘聚糖 基因组稳定 肠道健康
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R环对基因组稳定性的影响
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作者 徐图南 郭燕君 潘巍巍 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1238-1246,共9页
R环是一种由RNA:DNA杂交体和一条DNA单链组成的三链核酸结构。R环可分为生理性和病理性两种类型。生理性R环参与DNA复制、转录和基因表达调控等多个生理学过程,而病理性R环则诱导产生DNA损伤和基因组重排。影响R环形成的因素有许多,不... R环是一种由RNA:DNA杂交体和一条DNA单链组成的三链核酸结构。R环可分为生理性和病理性两种类型。生理性R环参与DNA复制、转录和基因表达调控等多个生理学过程,而病理性R环则诱导产生DNA损伤和基因组重排。影响R环形成的因素有许多,不受调控的R环通过干扰DNA复制和双链DNA断裂修复等过程破坏基因组的稳定性,严重时可引发癌症。因此,对R环的调控至关重要。RNA/DNA解旋酶Senataxin(SETX),DEAD-box解旋酶5(DDX5),核糖核酸酶H(RNase H)和DNA拓扑异构酶Ⅰ(topoⅠ)等在调节体内R环平衡过程中发挥了重要作用。其中,SETX是最具特性的R环分解酶之一,能分解在转录终止位点、复制-转录冲突期间和DNA损伤修复过程中产生的R环。SETX突变将导致共济失调伴眼动失用症2型(AOA2)和肌萎缩性侧索硬化症4型(ALS4)。然而,随着对R环研究的深入,仍然存在许多尚未解决的问题。例如,对生理性和病理性R环的结构功能研究仍需深入探索。本文主要针对R环定义和分类、影响R环形成的因素、R环对基因组稳定性的影响和R环相关疾病进行阐述,探索未来将R环作为治疗靶点的可能性。 展开更多
关键词 R环 基因组稳定 Senataxin RNA:DNA杂交体
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基因组不稳定相关LncRNA模型预测结肠癌患者预后和顺铂药物敏感性
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作者 童曈 杨阳 +1 位作者 余昌俊 方昌义 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2023年第9期1480-1488,共9页
目的探索结肠癌基因组不稳定性相关的长链非编码RNA(LncRNA)和其预测临床预后及治疗的潜力。方法差异分析采用R包“limma”,使用单因素Cox分析和多变量Cox比例风险回归分析构建预后风险模型。预后差异采用Kaplan-Meier法评价,log-rank... 目的探索结肠癌基因组不稳定性相关的长链非编码RNA(LncRNA)和其预测临床预后及治疗的潜力。方法差异分析采用R包“limma”,使用单因素Cox分析和多变量Cox比例风险回归分析构建预后风险模型。预后差异采用Kaplan-Meier法评价,log-rank检验差异显著性。预后模型能效通过时间依赖的受试者工作特征曲线下面积(AUC)进行评价。使用R包“pRRophetic”对患者进行抗癌药物敏感性预测。使用R软件包rms建立了列线图,并计算列线图总体的一致性指数。应用实时荧光定量PCR法检测预后保护因素表达水平差异。结果共获得22个与患者预后基因组不稳定相关LncRNAs,2个为结肠癌患者预后的保护因素,20个为预后危险因素。构建了一个基因组不稳定相关LncRNAs构成的预后模型,高风险评分的患者的AUC更低,中位生存期更短。该模型预测五年生存的AUC在训练集中为0.823,在验证集中为0.722,在总体TCGA结肠癌患者中为0.759。低风险评分的患者顺铂的半数抑制浓度(IC 50)更低,敏感性更高(P<0.0001)。结肠癌组织中预后保护因素的表达显著低于结肠癌旁组织。结论构建一个由8个基因组不稳定相关LncRNAs组成的预后预测风险模型,并加以验证。此外,该模型还可以预测顺铂药物的敏感性。结合肿瘤分期(stage)和该预后模型构建一个列线图。该列线图对于结肠癌患者五年生存的预后预测能力要优于传统的组织病理学特征和前人所构建的预后模型。 展开更多
关键词 结肠癌 生物信息学 肿瘤预后 基因组稳定 长链非编码RNA
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DNA修复——基因组稳定性护卫机制的原创与发现之旅 被引量:5
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作者 周平坤 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期1-9,共9页
基因组DNA是遗传的物质基础,编码的信息指导生物种系的复制延续、生命体的生长发育和代谢活动。无论是在外环境因素的应激压力下还是处于正常状态,DNA损伤时刻在发生,由此,DNA损伤修复作为重要的细胞内在机制,在维护基因组稳定性、降低... 基因组DNA是遗传的物质基础,编码的信息指导生物种系的复制延续、生命体的生长发育和代谢活动。无论是在外环境因素的应激压力下还是处于正常状态,DNA损伤时刻在发生,由此,DNA损伤修复作为重要的细胞内在机制,在维护基因组稳定性、降低癌症等人类系列重大疾病风险中发挥了不可替代作用。三位科学家汤姆·林达尔(Tomas Lindahl)、阿齐兹·桑贾尔(Aziz Sancar)、保罗·莫德里奇(Paul Modrich)因发现和揭示DNA修复及其机制的杰出贡献,获得2015年诺贝尔化学奖。本文综述了三位获奖者分别在DNA损伤的碱基切除修复、核苷酸切除修复和错配修复研究中的原创发现,以及相应的修复通路机制的描绘。此3种修复通路,主要是针对紫外线和化学物所致DNA的碱基损伤、嘧啶二聚体及加合物或者DNA复制过程中发生的碱基错误配对的修复。恰巧,2015年拉斯克基础医学研究奖授予的两位科学家,也因他们揭示了DNA损伤应答现象和机制研究的重大贡献而获奖,本文也呈现了获奖者的关键性科学发现。最后,简要展望了中国DNA损伤修复领域的发展。 展开更多
关键词 DNA修复 DNA损伤应答 基因组稳定 诺贝尔奖
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基因组稳定性影响水稻生长发育的机制综述
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作者 王梦娜 刘康伟 +4 位作者 王冷静 代强 冯海洋 张超 于恒秀 《江苏农业科学》 北大核心 2023年第23期1-9,共9页
基因组包含生物体的全部遗传信息(部分病毒是RNA),维持染色体的结构、数目及遗传信息的相对稳定,是物种得以生存和延续的前提与保障。水稻作为重要的粮食作物之一,其基因组稳定是保障粮食生产和发展现代农业的重要前提。DNA损伤是一种... 基因组包含生物体的全部遗传信息(部分病毒是RNA),维持染色体的结构、数目及遗传信息的相对稳定,是物种得以生存和延续的前提与保障。水稻作为重要的粮食作物之一,其基因组稳定是保障粮食生产和发展现代农业的重要前提。DNA损伤是一种危害性很高的损伤形式,及时、正确的修复是维持基因组稳定的基础。DNA损伤首先会激活DNA损伤反应(DDR),DDR一方面阻止受损细胞携带错误信息继续分裂,另一方面积极促进各种修复途径,如非同源末端连接(NHEJ)、同源重组(HR)和核苷酸切除修复(NER)等,这些修复途径相互协调,相互竞争。本文简述影响基因组稳定性的多种因素,重点是DNA损伤和修复的分子机制,以及在水稻生长发育过程中各关键基因对于维持基因组稳定的重要性,并探讨水稻基因组稳定性研究的未来方向。 展开更多
关键词 水稻 基因组稳定 DNA损伤 DSB修复
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稳定同位素探针技术结合宏基因组学在探究环境污染物微生物转化/降解过程中的应用进展
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作者 张焕军 周晶雅 李轶 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第6期3173-3182,共10页
稳定同位素探针技术(SIP)结合宏基因组学在环境污染物微生物转化/降解研究中的应用已逐渐成为趋势.该组合技术不依赖纯培养方法,能够从复杂自然环境中鉴定出具有特定代谢功能的微生物类群,揭示污染物的微生物代谢途径,在研究污染物的原... 稳定同位素探针技术(SIP)结合宏基因组学在环境污染物微生物转化/降解研究中的应用已逐渐成为趋势.该组合技术不依赖纯培养方法,能够从复杂自然环境中鉴定出具有特定代谢功能的微生物类群,揭示污染物的微生物代谢途径,在研究污染物的原位微生物转化/降解过程方面具有显著优势.本文综述了该组合技术在探究不同环境介质中烃类化合物及其衍生物、有机农药、重金属和新型污染物微生物转化/降解过程中的应用进展,包括功能微生物的识别和污染物微生物转化/降解机制的解析等.最后,基于该组合技术的应用现状进行了展望,提出未来该组合技术与多种原位表征技术的联用将为微生物驱动污染物的转化/降解机制研究提供更准确全面的信息. 展开更多
关键词 稳定同位素探针技术 基因组 微生物 转化/降解机制 环境污染物
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陆华松研究员团队合作成果揭示SOSS-INTAC复合物在转录和基因组稳定性维持中的“双重质控”机制
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《浙江大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期405-405,共1页
2023年8月9日,浙江大学生命科学研究院陆华松研究员与复旦大学陈飞研究员合作在《自然》(Nature)发表了题为“R-loop dependent promoter-proximal termination ensures genome stability”(DOI:10.1038/s41586-023-06515-5)的最新研究... 2023年8月9日,浙江大学生命科学研究院陆华松研究员与复旦大学陈飞研究员合作在《自然》(Nature)发表了题为“R-loop dependent promoter-proximal termination ensures genome stability”(DOI:10.1038/s41586-023-06515-5)的最新研究论文。这项工作首次鉴定了由整合蛋白和蛋白磷酸酶2A复合物(INTAC)与单链DNA识别复合物(SOSS)构成的新型复合物SOSS-INTAC,并揭示其通过相分离机制在转录和基因组稳定性维持中的“双重质控”重要功能。 展开更多
关键词 基因组稳定 蛋白磷酸酶2A SOS 分离机制 团队合作 生命科学 整合蛋白 质控
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蜜蜂残翅病毒基因组全长克隆及其克隆不稳定性
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作者 李润琳 金朗 黄伟峰 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2023年第4期519-526,共8页
利用长片段PCR技术,以单一病蜂的cDNA为模板,扩增出完整蜜蜂残翅病毒基因组并构建感染性克隆。结果表明,该基因组在某些大肠杆菌内难以稳定克隆,说明蜜蜂残翅病毒分离株具有克隆不稳定性,克隆不稳定性可能仅存在于部分蜜蜂残翅病毒分离... 利用长片段PCR技术,以单一病蜂的cDNA为模板,扩增出完整蜜蜂残翅病毒基因组并构建感染性克隆。结果表明,该基因组在某些大肠杆菌内难以稳定克隆,说明蜜蜂残翅病毒分离株具有克隆不稳定性,克隆不稳定性可能仅存在于部分蜜蜂残翅病毒分离株和亚型。国内的蜜蜂残翅病毒分离株在亲缘关系上非常接近,国外的蜜蜂残翅病毒分离株也可能存在克隆不稳定性。 展开更多
关键词 残翅病毒 克隆不稳定 病毒基因组全长克隆
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肝癌基因组不稳定性的研究现状与展望 被引量:14
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作者 丛文铭 吴孟超 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第1期5-8,共4页
关键词 肝肿瘤 基因抑制 基因组稳定 杂合性缺失 错配修复 微卫星不稳定
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