基于流式细胞术和基因组Survey的花榈木基因组大小及特征分析

花榈木是重要的材用、药用及园林绿化树种,国家二级重点保护野生植物。由于基因组数据缺乏,导致花榈木基因资源开发和分子机制研究相对滞后。本研究通过流式细胞术和基因组Survey分析方法对花榈木基因组大小进行估测,获得花榈木基因组重复系列比例、基因组杂合度以及GC含量等信息。经流式细胞术测定,得知花榈木基因组大小约为3 Gb。对花榈木基因组测序数据采用K-mer 17进行分析,得到花榈木基因组大小为3.01 Gb,与前者所得结果基本一致;杂合率为1.04%,重复序列比例为82.23%。采用K-mer 41进行组装,得到的contig N50为656 bp,总长为1 343 713 339 bp,scaffold N50为762 bp,总长为1 364 689 951 bp。根据各信息分析,得知花榈木基因组为高复杂基因组,本研究结果可以为后续基因组组装相应策略提供参考。