一种新香菇病毒基因组部分cDNA序列及病毒RT-PCR检测

本文报道从香菇菌丝体和子实体中分离到一种大小约20nm×(100-200)nm的杆形病毒颗粒,病毒基因组是大小约8.0kb的dsRNA。对病毒基因组部分cDNA序列进行克隆,完成1457bp的核酸序列测定(Accession No:GQ372842),该序列含1个不完整ORF,编码314个氨基酸残基,推测为病毒RNA聚合酶部分序列。病毒基因组部分cDNA序列与GenBank中的已知核酸序列无明显同源性,表明它可能是新发现食用真菌病毒。为了对实验室和野外的香菇病毒进行快速检测,我们根据得到的病毒基因组部分cDNA序列设计特异性引物,建立了一种方便、有效检测香菇病毒的RT-PCR方法,对感染病毒异常菌丝体中的病毒成功地进行了检测。

牛催乳素基因组及其cDNA全长序列的分子克隆和分析

通过LongPCR等技术首次克隆得到全长 9388bp的牛催乳素 (bPRL)基因组序列 (GenBank登录号AF4 2 6 315 ) ,其中包括bPRL基因全部 5个外显子和 4个内含子 ,5′端 85 4bp的上游调控区以及 3′端 6 9bp的UTR。AF4 2 6 315基因编码的蛋白质在GenBank中的序号为AAL2 80 75 ,由 2 2 9个氨基酸残基组成 ,1～ 30位氨基酸残基为信号肽序列 ,成熟的多肽含有 199个氨基酸残基。将bPRL基因组DNA真核表达载体转染COS 7细胞后通过RT PCR得到长度为80 4bp的bPRLcDNA序列 ,该序列涵盖了bPRL基因的全部ORF区 ,证明本研究所获得的bPRL基因组DNA具有转录的生物学功能。Blast搜索结果显示 ,GenBank数据库中收集有多条bPRL基因的mRNA和EST序列 ,各序列间存在多个SNP位点 ,主要分布于下游编码区和 3′端的UTR ,这些位点均未改变相应的氨基酸残基的性质 ,此外 。

猪瘟病毒兔化弱毒(HCLV)疫苗株基因组全长cDNA的克隆与序列分析

根据猪瘟病毒基因组的序列设计合成了覆盖HCLV基因组全部序列的5对引物,通过RT-PCR从感染家兔脾脏中扩增获得了包含HCLV(bog cholera lapinized virus,HCLV)基因组全序列的5个cDNA片段,并将它们分别克隆至pGEM-T vector中。然后将这5个cDNA片段按它们在HCLV基因组上的位置从5’端至3’端的顺序依次通过酶切连接,一并克隆到pPoly2载体中得到HCLV基因组全长cDNA的质粒pPOHCLV。序列分析表明,HCLV基因组长度共12310bp,有一个大的ORF,编码一3898个氨基酸的多聚蛋白。其5'-NCR和3’-NCR长度分别是374nt和239nt。与非兔化毒株相比较,HCLV基因组在12133nt处有12个碱基的插入CTTTTTTCTTTT,该序列可能是病毒在适应兔体增殖过程中形成的。基于基因组全序列及其所推导的氨基酸序列的同源性分析表明,毒株的亲缘关系的远近与它们的毒力之间并没有相关性。

水稻矮缩病毒第十二号基因组份的cDNA合成与分子克隆及全序列分析

应用聚合酶链式反应技术（ＰＣＲ）扩增了水稻矮缩病毒（ＲＤＶ）中国福建分离物基因组第１２号片段（Ｓ１２）的全基因序列，并对该基因进行了亚克隆和序列分析。结果表明克隆片段全长为１０６６ｂｐ，含有４个开放阅读框架（ＯＲＦ），分别编码３４ｋＤ、８ｋＤ、７ｋＤ和４ｋＤ的多肽。与日本ＲＤＶＳ１２在核苷酸水平上的同源率为９４．５％，与相应ＯＲＦ（ＯＲＦ１－４）编码多肽的同源率分别为９１．３％、９７．８％、９７．６％和８４．４％。此外，将这几个ＯＲＦ编码的多肽与同组伤瘤病毒（ＷＴＶ）、水稻瘿矮病毒（ＲＧＤＶ）相应ＯＲＦ编码的多肽进行同源性比较发现，３４ｋＤ多肽与ＷＴＶ和ＲＧＤＶ相应多肽无显著的序列同源性，但ＯＲＦ２和ＯＲＦ３编码的多肽在同组中却有明显的保守性。由此说明这几种小的多肽在病毒侵染和复制中有着十分重要的作用。

传染性法氏囊病病毒浙江分离株(ZJ2000)基因组A节段全长cDNA的克隆和序列分析

以传染性法氏囊病病毒 (IBDV )浙江分离株 (ZJ2 0 0 0 )基因组 RNA为模板 ,采用 L ong- accurate RT- PCR(L A-PCR)一步法扩增并克隆了 IBDV ZJ2 0 0 0株基因组 A节段全长 c DNA。序列测定结果表明 ,克隆的 A节段全长共32 5 9个核苷酸 ,包括 5′、3′端的非编码区 (NCRs)和 2个部分重叠的开放阅读框 (ORF1和 ORF2 ) ,与参比的血清 型毒株核苷酸序列的同源性高达 95 .2 %～ 99.2 %。二级结构预测表明 ,在 5′- NCRs和 3′- NCRs存在 1个大型的茎环发夹结构。 ORF2编码 14 5个氨基酸的 VP5 ,与参比毒株的同源性高达 98.6 %～ 10 0 %。 ORF1编码 10 12个氨基酸的VP2 / VP4 / VP3,在氨基酸水平上 VP2、VP3、VP4与参比毒株的同源性分别达 94 .9%～ 98.8%、96 .1%～ 98.5 %、97.1%～ 99.2 %。ZJ2 0 0 0共有 14～ 38个氨基酸的替代 ,其中特有氨基酸 6个 ,变异大多数集中在 VP2高变区 ,突变率达 2 .9%～ 11%。第 2个小亲水区内 2 80位氨基酸由 S替代了 N、2 90位 M替代了 L。这 2个突变可能与 IBDV的抗原性有关。VP2 - VP4剪切位点附近 5 11和 5 4 0位氨基酸的变异可能使 ZJ2 0 0 0株的毒力增强。分子系统进化树分析表明 ,ZJ2 0 0 0与欧洲 Cu- 1株、P2株、CEF94株和中国 Harbin株的关系最近 ,而与欧洲、香港、?

马尾松毛虫CPV基因组第7片段的cDNA克隆及序列分析

利用琼脂糖凝胶电泳分离马尾松毛虫质型多角体病毒(DpCPV)基因组dsRNA,并回收纯化第7片段(S7).经逆转录和PCR扩增,获得2个亚克隆片段并测序.再根据已测序列设计引物,利用RNA连接酶介导的RACE法得到S7两端克隆并测序.通过拼接可得到DpCPVS7全序列.经过序列分析发现,S7全长1502bp,5′端具有CPV 1型末端保守序列AGTAA,3′端具有保守序列GTTAGCC.起始密码子ATG位于25～27残基,终止密码子TAG位于1373～1375残基,推测S7片段编码448个氨基酸多肽,分子量约为5.0×107.与舞毒蛾质型多角体病毒(LdCPV 1)和家蚕质型多角体病毒(BmCPV)第7片段相比较,核苷酸同源性分别为99%和86%.

水稻黑条矮缩病毒基因组片段S7的cDNA克隆及全序列分析

应用RT PCR技术克隆了 2个水稻黑条矮缩病毒 (riceblack streakeddwarfvirus,RBS DV)中国分离物 ,即浙江分离物和河北分离物的基因组片段S7,并测定了他们的全序列。结果表明 :RBSDV浙江分离物 (RBSDV Zj)基因组片段S7全长 2 1 93nts(EMBL登录号为AJ2 9742 7) ,RBSDV河北分离物基因组片段S7全长 2 1 90nts(EMBL登录号为AJ2 9742 8) ,二者均含有两个开放阅读框 (openreadingframe,ORF) ,分别编码约 41kD和 3 6kD多肽 ,2个中国分离物核苷酸同源性高达 99% ,相应的ORF编码的多肽同源性分别为 1 0 0 %和 94 4% ,与日本RBSDV基因组片段S7核苷酸同源性为 93 4%和 93 8% ,相应ORF编码的多肽同源性分别为98 1 % (ORF1 )、96 5 %和 97 8% (ORF2 ) ,与意大利MRDVS6核苷酸同源性为 85 1 %和85 3 % ,相应多肽同源性分别为 92 3 % (ORF1 )、85 5 %和 86 8% (ORF2 )。

中国人源蓝氏贾第虫病毒基因组全长cDNA克隆及序列测定

从中国人源蓝氏贾第虫北京株 ( BEIJ88/ BTMR1/ 1)体外纯培养的电镜负染和超薄切片观察到蓝氏贾第虫病毒粒子。该病毒位于感染早期贾第虫的细胞质中 ,感染晚期的细胞核中。根据国外发表的蓝氏贾第虫病毒序列设计了 6对互相重叠的引物。用这 6对引物对从中国人源蓝氏贾第虫北京株发现的蓝氏贾第虫病毒基因组进行 RT- PCR,将产物连接到 p MD18- T载体中并转化入 DH5 α感受态菌 ,送上海生工测序 ,通过 BL AST对 Gen- Bank进行同源性搜索。结果测得我国人源蓝氏贾第虫病毒基因组全长为 6 2 73bp,与国外报道的蓝氏贾第虫病毒序列同源性为 95 % ,编码的氨基酸同源性为 90 %。

登革热病毒基因组末端cDNA的克隆及序列分析

采用磁性分离技术从登革热病毒 (D2 0 4株 )感染的C6/36细胞中分离了D2 0 4病毒RNA .以该RNA为模板进行RT PCR ,分别扩增了D2 0 4RNA 5′和 3′端cDNA片段 ,该cDNA片段分别克隆到 pGEM 3Z质粒多聚接头的HincⅡ位点得到含有 5′端 2 84bp及 3′端 52 5bpcDNA的重组质粒 .通过荧光标记引物及双脱氧核苷酸PCR方法测定了上述cDNA插入片段的序列 .同源性比较结果证明D2 0 4株与其他不同株间的同源性较高 ,可达 93%～ 98% ;不同型间的同源性较差 ,仅 80 %左右 ;

绿鳍马面鲀ERα基因部分cDNA序列克隆及其表达研究

雌二醇是与生殖相关的重要的性类固醇激素之一,它与雌激素受体相结合作用于靶器官从而发挥生物活性。为进一步阐明绿鳍马面鲀雌激素受体α(Estrogen receptorα,ERα)的生理功能提供了科学依据,同时也为其人工繁育提供一定的理论基础,作者利用简并引物扩增得到绿鳍马面鲀(Navodon septentrionalis)ERα部分cDNA序列,共1410bp,编码470个氨基酸。通过半定量RT-PCR技术分别检测了其在雌鱼、雄鱼中各组织的表达情况,结果表明ERα在雌鱼体内的表达较雄鱼更广泛,在雌鱼垂体、心脏和卵巢的表达量最高,在雄鱼的垂体、肝脏、肾脏、精巢也有较高的表达。采用实时定量RT-PCR技术,分析了ERα在性腺中的周年表达情况,卵巢中ERαmRNA在5月表达量最高,7月最低:精巢中在5月最低,9月最高。该项研究表明ERα与绿鳍马面鲀生殖周期存在密切关联,提示在性腺发育过程中发挥一定作用。

烟草花叶病毒及其弱毒株基因组的cDNA克隆和序列分析

利用RT PCR技术获得了覆盖整个烟草花叶病毒 (Tobaccomosaicvirus,TMV)强毒株TMV W、2个弱毒株TMV 0 17和TMV 15 2基因组 (RNA)的cDNA克隆。序列测定结果表明 ,强、弱毒株全长均为 6 395个核苷酸 ,具有 4个开放阅读框 (openreadingframe,ORF) ,分别编码 12 6、183、30、17.6kDa蛋白。TMV W和普通株系TMV U1的基因组同源率达到 98% ,TMV W为普通株系。TMV 0 17、TMV 15 2基因组发生变异的部位主要在 12 6 /183kDaORF中。和TMV W相比 ,TMV 0 17仅在 12 6kDa蛋白ORF中有 18个碱基发生变异 ,其中 10个碱基引起氨基酸的改变 ;而TMV 15 2在 183kDaORF中有 16个碱基发生变异 ,其中有 11个引起氨基酸的改变。TMV 0 17和TMV 15 2有 11个共同变异的碱基 ,其中有 8个引起氨基酸的变异。TMV 15 2在 30kDaORF中有 1个碱基发生变异而引起氨基酸的改变。其它区域 ,三者完全相同。

雨生红球藻β-胡萝卜素酮化酶基因的cDNA和基因组DNA克隆及序列分析

根据已知的β-胡萝卜素酮化酶(β-carotene ketolase,BKT)的cDNA序列设计引物,利用长距离PCR扩增获得了bkt基因的cDNA完整编码片段及基因组DNA片段,并对这些片断进行了序列测定。cDNA和基因组DNA比对结果表明该基因至少包括5个内含子,它们的剪切位点皆符合GU-AG规律。在比对结果中同时还发现一个19bp的短序列重复,该重复序列在bkt的cDNA和基因组DNA上都发生了多次重复,推测在BKT的表达调控中可能具有一定功能。另外,在序列比对过程中还发现本实验所获得的cDNA和基因组DNA序列与前人报道的cDNA序列之间都存在多处单碱基差异和19bp的短序列差异。

马尾松毛虫CPV基因组第5片段的cDNA克隆及其序列分析

通过差速离心从感染的马尾松毛虫幼虫虫体中提取质型多角体病毒。碱解法提纯病毒粒子,1％琼脂糖凝胶分离基因组dsRNA,回收纯化第五片段(S5)。根据同源性设计五对引物,经RT-PCR,最终获得五个亚克隆片断,测序拼接后,得到S5全长。片断全长2851个核苷酸,包括一个2643个核苷酸的开放阅读框。推测DpCPV S5基因编码了881个氨基酸长的多肽,分子量为100.3kDa,与舞毒蛾质型多角体病毒(LdCPV-1)和家蚕质型多角体病毒(BmCPV)比较,核苷酸和氨基酸的同源性都很高。进一步分析,利用几种CPV序列绘制了系统进化树,对病毒的分类和进化做了探讨研究。

中华按蚊防御素基因cDNA序列和基因组序列的克隆及鉴定

目的克隆中华按蚊防御素基因全长cDNA序列及基因组序列,并对其进行鉴定和生物信息学分析。方法根据已发表的埃及伊蚊和冈比亚按蚊等的防御素基因序列设计引物,提取中华按蚊总RNA并构建其基因组文库,分别进行多轮RT-PCR和巢式PCR扩增,将所得片段进行克隆、测序,并应用相关生物信息学软件对序列进行鉴定和分析。结果从中华按蚊基因组文库中扩增出完整的防御素基因组序列(由两个外显子和一个内含子组成)以及5′端和3′端的非编码序列(UTR)片段,总长度为2256bp;从中华按蚊总RNA中扩增出大小为324bp的cDNA片段,经测序证实为中华按蚊防御素基因全长cDNA序列,其开放阅读框共编码107个氨基酸,成熟肽部分具有40个氨基酸残基。结论首次克隆出中华按蚊防御素基因全长cDNA序列及基因组序列,为进一步的功能研究奠定了基础。

中国株丙型肝炎病毒(HCV)感染猕猴后5'NTR—C区基因组的cDNA序列分析

从用于接种猕猴的受ＨＣＶ感染的２份献血员的血清，第一代猕猴感染ＨＣＶ１１个月的１＃食蟹猴血清和第二代猕猴受第一代猕猴ＨＣＶ血清感染ＨＣＶ３个月后的１４＃恒河猴血清，提取ＫＮＡ，用自行设计的ＨＣＶ５＇非编码区和核心区（５＇ＮＴＲ—Ｃ区）引物进行逆转录ＰＣＲ，将扩增的７７９ｂｐｃＤＮＡ片段克隆到ｐＵＣ１９质粒上；每一株挑３个克隆用双脱氧链终止法测定其序列并矫正偏差。４株ＨＣＶ的５＇ＮＴＲ—Ｃ区序列，原代人Ａ株（ＣＸ１）ｃＤＮＡ全长７７９ｂｐ，原代人Ｂ株（ＣＸ２）ｃＤＮＡ全长７７８ｂｐ，第一代猕猴株（ＣＸ３）ｃＤＮＡ全长７７６ｂｐ，第二代猕猴株（ＣＸ４）ｃＤＮＡ全长均为７７７ｂｐ，ＣＸ１株和ＣＸ４株均在５＇ＮＴＲｎｔ—２１６有—Ｃ的插入，ＣＸ３和ＣＸ４Ｃ区ｎｔ３８５—３８７处的３个硷基缺失；ＣＸ１株与ＣＸ２、ＣＸ３、ＣＸ４比较，同源性分别为９８．０７％。９６．１５％、９５．２５％：ＣＸ２与ＣＸ３、ＣＸ４的同源性分别为９６．２８％、９５．７６％；ＣＸ３与ＣＸ４的同源性为９７．５６％。由克隆的ＨＣＶＣ区ｃＤＮＡ推导的氨基酸序列，从ＨＣＶ的启始密码起，ＣＸ１株、ＣＸ２株序列全长１６８个氨基酸。

中国猪瘟兔化弱毒全基因组cDNA文库的构建和序列分析

根据已发表的猪瘟病毒 (CSFV)序列设计并合成了 2 6条覆盖全长基因组的套式和半套式PCR引物。应用RT PCR、NestedPCR和Half nestedPCR技术从试验感染的兔脾中成功地扩增出了各相应的cDNA重叠片段 ,分别克隆和测序 ,构建了C株全基因组cDNA文库。采用DNAstar软件对全基因组的核苷酸和氨基酸序列进行了同源性比较分析。CS

犬贾第虫病毒(长春株)全基因组序列分析

根据已报道的人源蓝氏贾第虫病毒序列设计了互相重叠的6对特异性引物,以犬贾第虫(长春株)纯培养滋养体总核酸为模板进行RT-PCR。PCR产物连接到pMD18-T载体进行测序,通过BLAST在GenBank进行同源性搜索,并用DNAMAN分子生物学软件进行分析。结果测得我国犬贾第虫病毒(长春株)基因组全长为6 276bp(DQ238861),编码1个有887个氨基酸残基的衣壳蛋白和1 056个氨基酸残基的融合蛋白,这2个阅读框被-1核糖体移码框分开,重叠处有220 nt。基因组中G+C占49.62%。其序列与国外报道的人源蓝氏贾第虫病毒(L13218)序列同源性为94.62%,编码的氨基酸同源性为93.50%;与国内人源蓝氏贾第虫病毒(AF525216)序列同源性为98.88%,编码的氨基酸同源性为98.30%。

欧洲型PRRSV弱毒株全长基因组cDNA克隆的构建与分析

为了获得欧洲型PRRSV弱毒疫苗株AMERVAC-PRRS/A3全基因组序列和病毒基因组全长cDNA克隆,通过RT-PCR技术扩增了AMERVAC-PRRS/A3弱毒株的全基因组,并对基因组cDNA序列进行了测定。根据测序结果,选择合适的酶切位点将各个亚克隆产物逐段克隆入改造过的pBluescriptⅡKS(+)载体中,从而获得了病毒的全长基因组cDNA克隆。测序结果表明,该弱毒株基因组序列全长为15 098 bp(不包括poly(A)尾)。同源性比较结果显示,Ningbo42株ORF7基因(EF473137)、FJ0603株Nsp2基因(EF592535)与该弱毒株的相应基因之间的同源性分别为100%和98%。这些数据暗示,国内欧洲型PRRSV Ningbo42株和FJ0603株的存在与欧洲型PRRSV弱毒疫苗株AMERVAC-PRRS/A3密切相关。测序及酶切鉴定结果表明,欧洲型PRRSV全长基因组cDNA克隆已构建成功。

莴苣花叶病毒北京分离物基因组3'末端序列分析

笔者通过RT-PCR方法对LMV北京分离物(LMV-BJ)基因组3'端1620nt的核苷酸片段进行了克隆和序列分析(GenBank登录号为EF423619)。所获片段含有NIb基因3'端的574nt,编码NIb C-端190个氨基酸;完整的CP基因,全长为834nt,编码一个由277个氨基酸组成的分子量约为30kDa的结构蛋白;3'非编码区含有209nt。通过序列分析软件将LMV-BJ与已经报道的法国分离物O(X97704)、法国分离物E(X97705),美国分离物(X65652),巴西分离物(AJ278854)和余杭分离物(AJ306288)基因组3'末端和CP基因的核苷酸序列与氨基酸序列分别进行了比较。

猪FGL2基因cDNA末端序列检测及结构分析

检测猪FGL2基因cDNA末端序列并对该基因结构初步分析。α 32PdCTP放射性同位素标记cDNA探针筛选猪基因组DNA文库;cDNA末端快速扩增(rapidamplificationofcDNAend,RACE)。以猪正常小肠及心脏组织提取新鲜总RNA,反转录后作为模板,设计基因特异性引物,采用Advantage2聚合酶混合物进行PCR扩增;依据猪与人FGL2基因3′端已知同源序列设计PCR上游引物,以人FGL2基因3′末端序列设计下游引物,以猪基因组DNA为模板采用Advantage2聚合酶混合物进行PCR反应;PCR载体重组质粒DNA亚克隆扩增。同位素探针未能筛选到特异阳性克隆,RACE反应检测到特异性转录起始位置及第一个转录终止位置,但仍未检测到第二个转录终止位置。猪基因组DNA行PCR扩增成功检测到猪FGL2基因3′末端未知序列及第二个转录终止位置。