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系统性硬化症合并肺间质病变患者外周血单个核细胞全基因组DNA甲基化和转录组表达谱
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作者 谢艳莉 赵洪军 +3 位作者 罗卉 左晓霞 李全贞 刘思佳 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期829-836,共8页
目的:分析系统性硬化症(systemic sclerosis,SSc)合并肺间质病变(interstitial lung disease,ILD)患者外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMCs)全基因组DNA甲基化和转录组表达谱,并进一步探讨DNA甲基化对Wnt/β-cat... 目的:分析系统性硬化症(systemic sclerosis,SSc)合并肺间质病变(interstitial lung disease,ILD)患者外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMCs)全基因组DNA甲基化和转录组表达谱,并进一步探讨DNA甲基化对Wnt/β-catenin信号通路和趋化因子信号通路的影响。方法:收集19例SSc患者(SSc组)及18例健康人(对照组)外周血PBMCs。SSc患者中有10例合并ILD(SSc合并ILD亚组)、9例未合并ILD(SSc未合并ILD亚组)。采用Illumina 450K甲基化芯片和Illumina HT-12 v4.0基因表达谱芯片分析全基因组DNA甲基化和基因表达水平,研究DNA甲基化对Wnt/β-catenin和趋化因子信号通路的影响。结果:全基因组DNA甲基化分析发现:与SSc未合并ILD亚组比较,SSc合并ILD亚组存在71个高甲基化位点,98个低甲基化位点。转录组分析发现:与SSc未合并ILD亚组相比,SSc合并ILD亚组有164个基因表达上调,191个基因表达下调。SSc组患者PBMCs中Wnt/β-catenin信号通路中有35个低甲基化基因,其中卷曲同源物1(frizzled-1,FZD1)、丝裂原活化蛋白激酶9(mitogen-activated protein kinase 9,MAPK9)、母亲DPP同源物2(mothers against DPP homolog 2,SMAD2)、转录因子7类似物2(transcription factor 7-like 2,TCF7L2)和无翅型MMTV整合位点家族成员5B(wingless-type MMTV integration site family,member 5B,WNT5B)mRNA在SSc组中的表达显著高于对照组,差异均有统计学意义(均P<0.05)。与SSc未合并ILD亚组比较,SSc合并ILD亚组中Dickkopf相关蛋白2(dickkopf homolog 2,DKK2)、FZD1、MAPK9等多个基因的mRNA表达虽上调,但差异均无统计学意义(均P>0.05)。趋化因子信号通路中有38个低甲基化基因,其中β-抑制蛋白1(β-arrestin 1,ARRB1)、C-X-C基序趋化因子配体10(C-X-C motif chemokine ligand 10,CXCL10)、C-X-C基序趋化因子配体16(C-XC motif chemokine ligand 16,CXCL16)、FGR、中性粒细胞胞浆因子1C(neutrophil cytosolic factor 1C,NCF1C)mRNA在SSc组中的表达显著高于对照组,差异均有统计学意义(均P<0.05)。与SSc未合并ILD亚组比较,SSc合并ILD亚组中ARRB1、CXCL10、CXCL16等多个基因的mRNA表达上调,但差异均无统计学意义(均P>0.05)。结论:SSc合并ILD与SSc无ILD患者存在DNA甲基化和转录组表达谱的差异,且SSc患者PBMCs中存在Wnt/β-catenin和趋化因子信号通路多个基因表达上调,这可能与SSc的发病机制有关。 展开更多
关键词 系统性硬 肺间质病变 外周血单个核细胞 基因组dna甲基化 转录组表达谱 Wnt/βcatenin信号通路 因子信号通路
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不同氧化态叶酸对人成淋巴细胞系基因组DNA甲基化水平的影响 被引量:4
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作者 倪娟 陈海燕 +3 位作者 曹能 周滔 薛京伦 汪旭 《肿瘤防治研究》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期256-259,共4页
目的比较最高氧化态叶酸(folic acid,FA)与还原态5-甲基四氢叶酸(5-methyltetrahydrofolate,5-MeTHF)对人成淋巴细胞LINE-1和Alu的甲基化效应,从而评价受试物对全基因组DNA甲基化的影响。方法以含30、60和120 nmol/L FA或5-MeTHF的改良R... 目的比较最高氧化态叶酸(folic acid,FA)与还原态5-甲基四氢叶酸(5-methyltetrahydrofolate,5-MeTHF)对人成淋巴细胞LINE-1和Alu的甲基化效应,从而评价受试物对全基因组DNA甲基化的影响。方法以含30、60和120 nmol/L FA或5-MeTHF的改良RPMI1640培养液干预培养人成淋巴细胞系GM12593,20 d后提取基因组DNA,用亚硫酸盐修饰测序法(BSP)比较不同浓度和氧化态叶酸对受试细胞Alu和LINE-1甲基化水平的影响。结果基因组Alu和LINE-1甲基化水平均随FA或5-MeTHF浓度的升高而增加,两目标序列的甲基化水平在120 nmol/L FA或5-MeTHF浓度下显著高于30和60 nmol/L组(P【0.01~0.05),60和120 nmol/L的5-MeTHF提高LINE-1甲基化水平的能力显著高于同等浓度的FA(P【0.01~0.05)。结论 FA和5-MeTHF浓度与人成淋巴细胞基因组DNA甲基化水平显著正相关,5-MeTHF的基因组甲基化维护效应强于FA。 展开更多
关键词 叶酸 基因组dna甲基化 ALU LINE-1
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亲水作用色谱法测定组织中全基因组DNA甲基化水平 被引量:2
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作者 张良滔 张立坚 +2 位作者 张俊杰 刘春安 蔡春 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期342-345,共4页
建立了亲水作用色谱(HILIC)测定组织中全基因组DNA甲基化水平的方法。采用苯酚-氯仿提取组织中的DNA,提取的DNA用88%甲酸在140℃下裂解,经N2吹干后,加乙腈-水(9∶1,v/v)溶解,用Waters BEH HILIC柱进行分离,在277nm波长下检测胞嘧啶... 建立了亲水作用色谱(HILIC)测定组织中全基因组DNA甲基化水平的方法。采用苯酚-氯仿提取组织中的DNA,提取的DNA用88%甲酸在140℃下裂解,经N2吹干后,加乙腈-水(9∶1,v/v)溶解,用Waters BEH HILIC柱进行分离,在277nm波长下检测胞嘧啶(Cyt)及5-甲基胞嘧啶(5-mCyt)含量。结果表明,以乙腈-10mmol/L甲酸铵溶液(94∶6,v/v)为流动相,流速为0.5mL/min,Cyt与5-mCyt分离较好,保留时间分别为2.6与3.1min。胞嘧啶的线性范围为1~900μmol/L,相关系数为0.999 9;5-甲基胞嘧啶的线性范围为1~64μmol/L,相关系数为0.999 8。胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶的检出限为54nmol/L(柱中为0.54pmol),定量限为250nmol/L(柱中为2.5pmol);在5~900μmol/L的添加水平下,胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶的平均加标回收率为94.7%~100.5%,相对标准偏差小于1.48%。用该方法检测了结肠癌组织中DNA甲基化水平,结果显示该癌组织中全基因组的DNA甲基化均值为4.0%。该方法快速、简单,稳定性好,灵敏度较高,能满足全基因组DNA甲基化的检测要求。 展开更多
关键词 亲水作用色谱 基因组dna甲基化 组织 结肠癌
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基因组DNA甲基化在同型半胱氨酸致平滑肌细胞增殖的作用机制研究 被引量:3
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作者 姜怡邓 马琳娜 +3 位作者 韩学波 王菊 徐支芳 于海娇 《宁夏医科大学学报》 2010年第7期751-754,F0002,共5页
目的探讨基因组DNA甲基化变化在Hcy致VSMCs增殖的作用机制。方法原代培养VSMCs并鉴定,用0、50、100、200、500μM浓度Hcy干预,MTT法检测VSMCs活性;SssI甲基转移酶法分析基因组DNA甲基接受能力,甲基化敏感性限制性内切酶法分析基因组DNA... 目的探讨基因组DNA甲基化变化在Hcy致VSMCs增殖的作用机制。方法原代培养VSMCs并鉴定,用0、50、100、200、500μM浓度Hcy干预,MTT法检测VSMCs活性;SssI甲基转移酶法分析基因组DNA甲基接受能力,甲基化敏感性限制性内切酶法分析基因组DNA甲基接受能力及DNA甲基转移酶活性。结果 MTT法表明在50μM Hcy时,VSMCs活性明显增加,其余活性下降,与各浓度组并不呈量效依赖关系;Hcy可增加DNA甲基接受能力,以50μM Hcy组效应最显著(P<0.05);HpalI限制核酸内切酶消化,与对照组比较,基因组DNA甲基化接受能力减少了50.1%、41.7%、46.1%和25.5%(50、100、200、500μM Hcy组),BssHII限制核酸内切酶消化后,基因组DNA甲基化接受能力减少了约25.5%、18.1%、17.4%和18.0%(50、100、200、500μM Hcy组)。结论 Hcy引起VSMCs基因组DNA去甲基化是平滑肌细胞增殖的重要机制之一,其效应偏重发生于CpG二核苷酸序列,CpG岛所受影响相对较小,其最大效应在50μMHcy组,且无明显的量-效依赖关系。 展开更多
关键词 同型半胱氨酸 平滑肌细胞增殖 基因组dna甲基化
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人体结肠癌组织样品中基因组DNA甲基化水平的HPLC-ESI MS/MS检测
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作者 马慧敏 张文兵 +5 位作者 施小六 于志强 胡俊杰 宋任芳 盛国英 傅家谟 《分析测试学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期292-296,共5页
利用多重监测反应模式(MRM),通过对液相色谱及质谱条件的优化,建立了人体结肠癌组织样品中基因组DNA甲基化的高效液相色谱-电喷雾质谱(HPLC-ESIMS/MS)检测方法,对结肠癌组织及癌旁组织中基因组DNA甲基化进行了检测。结果表明,5-甲基脱... 利用多重监测反应模式(MRM),通过对液相色谱及质谱条件的优化,建立了人体结肠癌组织样品中基因组DNA甲基化的高效液相色谱-电喷雾质谱(HPLC-ESIMS/MS)检测方法,对结肠癌组织及癌旁组织中基因组DNA甲基化进行了检测。结果表明,5-甲基脱氧胞苷(5mdC)的检出限是1pg,线性范围为0.0375~0.5mg/L,工作曲线相关系数大于0.9990,该方法的相对标准偏差为2.32%~9.21%。结肠癌病人样品检测结果表明,结肠癌组织基因组DNA甲基化水平低于相应的癌旁组织(P<0.05)。 展开更多
关键词 基因组dna甲基化 结肠癌 液相色谱-电喷雾质谱
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相同空间条件下饲喂不同时间蜂王浆蜜蜂幼虫总基因组DNA甲基化水平变化
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作者 刘志勇 谢国秀 +3 位作者 周明 罗勇兵 柯旭江 刘莉 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2015年第4期205-207,252,共4页
为了观察蜜蜂幼虫相同空间条件下,饲喂蜂王浆3,5,10天幼虫总基因组DNA甲基化水平,试验采用孵化同一只蜂王产的卵,孵化后获同日龄24只幼虫。第1组12只蜜蜂幼虫向工蜂方向发育,共饲喂蜂王浆3 d,然后第3天、第5天、第10天随机取3只幼虫;第2... 为了观察蜜蜂幼虫相同空间条件下,饲喂蜂王浆3,5,10天幼虫总基因组DNA甲基化水平,试验采用孵化同一只蜂王产的卵,孵化后获同日龄24只幼虫。第1组12只蜜蜂幼虫向工蜂方向发育,共饲喂蜂王浆3 d,然后第3天、第5天、第10天随机取3只幼虫;第2组12只蜜蜂幼虫向蜂王方向发育,整个试验过程均饲喂新鲜蜂王浆,然后第3,5,10天随机取3只幼虫,此次共18只进入试验组。按上述时间点取材,提取各组幼虫头部DNA,高效液相色谱分析DNA甲基化水平。结果表明:向工蜂方向发育的蜜蜂幼虫第5天5-甲基脱氧胞苷(5-me C)的含量明显上升,但第10天明显下降;而向蜂王方向发育的蜜蜂幼虫第5天5-me C的含量虽有明显上升,但显著低于工蜂,而且甲基化程度继续增加至第10天,5-me C的含量略高于工蜂,但差异不显著。可见向工蜂方向发育的幼虫先出现高甲基化然后在第5天出现去甲基化的现象,向蜂王方向发育的幼虫则一直处于高甲基化过程。说明相同空间条件下,饲喂不同时间蜂王浆蜜蜂幼虫间总基因组DNA甲基化水平呈现有规律的变化。 展开更多
关键词 空间条件 饲喂时间 蜜蜂幼虫 基因组dna甲基化 蜂王浆
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基因组DNA甲基化水平与不明原因早期自然流产的相关性 被引量:10
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作者 晁远 翁立冬 曾嵘 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期1498-1502,共5页
目的探讨基因组DNA甲基化水平与人不明原因早期自然流产的关系并从mRNA表达量上研究DNMT1、DNMT3A和DNMT3B在自然流产绒毛DNA甲基化中的作用。方法收集45例核型正常自然流产绒毛组织及其中33例母亲外周血和44例核型正常人工流产绒毛组... 目的探讨基因组DNA甲基化水平与人不明原因早期自然流产的关系并从mRNA表达量上研究DNMT1、DNMT3A和DNMT3B在自然流产绒毛DNA甲基化中的作用。方法收集45例核型正常自然流产绒毛组织及其中33例母亲外周血和44例核型正常人工流产绒毛组织及其中34例母亲外周血,采用高效液相色谱法(HPLC)测定基因组DNA甲基化水平并用荧光定量PCR法检测其中33例人工流产绒毛和30例自然流产绒毛DNMT mRNA的表达。结果 (1)自然流产绒毛组DNA甲基化水平低于人工流产绒毛组(P<0.01);(2)自然流产母亲组和人工流产母亲组间DNA甲基化水平差异无统计学意义(P>0.05);(3)自然流产绒毛组DNMT1和DNMT3AmRNA的表达低于人工流产绒毛组(P<0.05);(4)自然流产绒毛组DNMT3B mRNA的表达与人工流产绒毛组差异无统计学意义(P>0.05)。结论(1)人类早期自然流产中确实存在着绒毛组织基因组DNA甲基化的不足;(2)自然流产绒毛中DNA甲基化的不足可能与DNMT1和DNMT3A表达降低有关。 展开更多
关键词 基因组dna甲基化水平 自然流产 绒毛组织 外周血 dna甲基转移酶
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长爪沙鼠肝脏基因组DNA甲基化水平检测 被引量:2
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作者 王志远 刘月环 《实验动物与比较医学》 CAS 2018年第1期44-47,共4页
目的用间接ELISA法检测长爪沙鼠肝脏基因组DNA整体甲基化的水平。方法选取新生仔鼠6只(仔鼠组),3月龄鼠12只[其中青年对照组6只,高脂饮食诱发非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)青年模型组6只],8月龄中老龄鼠6只(中老龄),各组均为雄性,按组采集... 目的用间接ELISA法检测长爪沙鼠肝脏基因组DNA整体甲基化的水平。方法选取新生仔鼠6只(仔鼠组),3月龄鼠12只[其中青年对照组6只,高脂饮食诱发非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)青年模型组6只],8月龄中老龄鼠6只(中老龄),各组均为雄性,按组采集血清(新生鼠除外)用于总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、高密度脂蛋白(HDL)、低密度脂蛋白(LDL)检测,同时采集肝脏标本二份,一份作常规HE染色的形态学观察,一份提基因组DNA,用ELISA法试剂盒检测肝脏基因组DNA整体甲基化的水平[即5-甲基胞嘧啶(5-mc)含量]。结果青年模型组鼠及中老龄鼠均出现高脂血症,血清TC及TG均不同程度显著上升,青年对照组鼠血脂正常。病理学检查显示,青年模型组与中老龄组鼠肝脏出现较为明显的脂肪变性,而青年对照组肝脏无异常,新生仔鼠肝血窦中可见大量成堆分布有单核细胞和红细胞。肝脏基因组DNA整体甲基化水平,青年模型组沙鼠>新生仔鼠>老龄鼠>5对照组鼠。结论长爪沙鼠NAFLD及年龄增加引起的脂肪性变程度与其基因组DNA甲基化水平相关,间接ELISA法检测肝脏基因组DNA整体甲基化水平简便、迅速,成本低,或可以作为评价其表观遗传学的一种方法。 展开更多
关键词 长爪沙鼠 基因组dna整体甲基水平 5-甲基胞嘧啶(5-mc) 间接ELISA法 非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)
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红麻不育系与保持系基因组DNA甲基化比较分析 被引量:5
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作者 李增强 史奇奇 +7 位作者 孔祥军 汤丹峰 廖小芳 韦范 何冰 莫良玉 周瑞阳 陈鹏 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期17-27,共11页
为分析红麻不育系中甲基化模式,以红麻不育系UG93A和保持系UG93B为试验材料,分别提取2个材料的苗期叶片、四分体时期和双核期花药的基因组DNA(gDNA),采用甲基化敏感扩增多态性(MSAP)技术和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法分析比较其不同... 为分析红麻不育系中甲基化模式,以红麻不育系UG93A和保持系UG93B为试验材料,分别提取2个材料的苗期叶片、四分体时期和双核期花药的基因组DNA(gDNA),采用甲基化敏感扩增多态性(MSAP)技术和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法分析比较其不同生长发育时期基因组DNA甲基化的变化规律,并研究甲基化变化基因的表达模式。结果表明:1)红麻生长发育过程中基因组DNA甲基化呈现一定的时空动态变化规律,不育系UG93A和保持系UG93B苗期叶片的甲基化率分别为56.79%(全甲基化率为44.25%,下同)和58.89%(43.24%);花药发育的四分体时期的甲基化率分别为48.08%(36.24%)和44.25%(33.22%);花药发育的双核期的甲基化率分别为45.30%(34.15%)和48.78%(37.98%);2)不育系UG93A基因组DNA的甲基化率在苗期最高、花药败育发生前的四分体期次之、败育后的双核期最低,在整个生长发育过程中呈现先高后低的趋势;保持系UG93B基因组DNA的甲基化率在苗期最高、花药发育的四分体期最低、双核期次之,在整个生长发育过程中呈现先高后低、再缓慢上升的趋势。保持系UG93B基因组DNA的甲基化水平总体上高于不育系UG93A,但在花药败育发生前的四分体时期,不育系的甲基化水平明显高于保持系;3)ATP8、SCL13、SRF6和植物磺肽素受体2等基因在不育系UG93A与保持系UG93B中存在甲基化差异。qRT-PCR分析结果表明,甲基化发生变化的基因在不育系和保持系之间的表达差异显著,推测这些基因的甲基化变化在红麻细胞质雄性不育(CMS)中发挥重要的作用。 展开更多
关键词 红麻 基因组dna甲基化 CMS MSAP QRT-PCR
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宫内镉暴露对新生儿全基因组DNA甲基化水平的影响 被引量:3
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作者 黄丽华 张云 +1 位作者 王君 金银龙 《环境与职业医学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第7期617-620,626,共5页
[目的]探讨宫内镉暴露对新生儿全基因组DNA甲基化水平的影响。[方法]选取2011—2012年在某妇幼保健院分娩的300名产妇作为研究对象,分娩时收集新生儿脐动脉血,采用ICP/MS法检测脐动脉血中镉的质量浓度,LC-MS/MS法检测脐动脉血中全基因组... [目的]探讨宫内镉暴露对新生儿全基因组DNA甲基化水平的影响。[方法]选取2011—2012年在某妇幼保健院分娩的300名产妇作为研究对象,分娩时收集新生儿脐动脉血,采用ICP/MS法检测脐动脉血中镉的质量浓度,LC-MS/MS法检测脐动脉血中全基因组DNA甲基化水平。采用Spearman相关分析法和多元线性逐步回归法分析两者之间的关系。[结果]新生儿脐动脉血中镉的质量浓度最小值为0.02μg/L,最大值为2.61μg/L,四分位数为0.08、0.16、0.30μg/L。Spearman相关分析显示,脐动脉血镉的质量浓度与DNA甲基化水平无相关性(r=-0.106,P=0.068)。多元线性逐步回归分析结果显示,排除混杂因素后,脐动脉血镉质量浓度与全基因组DNA甲基化水平呈负相关(P<0.05)。[结论]宫内镉暴露可能会使新生儿全基因组DNA甲基化水平降低。 展开更多
关键词 环境暴露 宫内暴露 新生儿 基因组dna甲基化
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甲醛接触、全基因组DNA甲基化与儿童急性淋巴细胞白血病关系 被引量:4
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作者 夏俊杰 袁冬妹 +1 位作者 蒋伟超 吴思英 《中国职业医学》 CAS 北大核心 2018年第3期335-337,341,共4页
目的探讨甲醛接触、全基因组DNA甲基化与儿童急性淋巴细胞白血病(cALL)发病关系。方法采用病例-对照研究的方法,以59例cALL患儿为病例组,以54例骨折患儿为对照组。分别采用酶联免疫法、免疫荧光法测定研究对象血样中人甲醛血清白蛋白结... 目的探讨甲醛接触、全基因组DNA甲基化与儿童急性淋巴细胞白血病(cALL)发病关系。方法采用病例-对照研究的方法,以59例cALL患儿为病例组,以54例骨折患儿为对照组。分别采用酶联免疫法、免疫荧光法测定研究对象血样中人甲醛血清白蛋白结合物(FA-HAS)水平和血液全基因组DNA甲基化水平。结果病例组患儿血液中FA-HAS水平高于对照组(中位数:59.61 vs 35.06 fg/L,P<0.01)。病例组患儿全基因组DNA甲基化水平低于对照组[(2.86±0.31)vs(3.00±0.28),P<0.05]。甲醛接触水平与全基因组DNA甲基化不相关(Spearman相关系数=-0.18,P>0.05)。FA-HAS水平高、全基因组DNA低甲基化均是cALL发病的危险因素(P<0.05)。结论甲醛接触水平较高、全基因组DNA低甲基化者,cALL发病风险较高。 展开更多
关键词 白血病 急性淋巴细胞白血病 基因组dna甲基化 甲醛 儿童
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外周血全基因组DNA甲基化水平与高脂血症发病风险的相关性分析 被引量:3
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作者 孙立平 苗柳 +2 位作者 王勇 卓柳安 陶林 《卒中与神经疾病》 2022年第1期38-42,46,共6页
目的探讨外周血全基因组DNA甲基化水平与高脂血症发病风险的相关性。方法选取2019年1月-2021年1月医院门诊患者282例为研究对象,其中高脂血症患者162例(研究组),非高脂血症患者120例(对照组);采集所有患者晨起空腹外周静脉血,采用高效... 目的探讨外周血全基因组DNA甲基化水平与高脂血症发病风险的相关性。方法选取2019年1月-2021年1月医院门诊患者282例为研究对象,其中高脂血症患者162例(研究组),非高脂血症患者120例(对照组);采集所有患者晨起空腹外周静脉血,采用高效液相色谱-串联质谱(Liquid chromatography-tandem mass spectrometry,LC-MS/MS)测定2组外周血全基因组DNA甲基化水平;收集所有患者的相关资料,采用单因素分析影响高脂血症发病的可能相关因素;采用Logistic多元回归分析影响高脂血症发病的相关因素;采用Spearman相关性方法分析高脂血症患者外周血全基因组DNA甲基化水平与影响高脂血症发病因素之间的关系,并绘制受试者工作特征曲线(Receiver operating characteristic curve,ROC)分析外周血全基因组DNA甲基化水平对高脂血症的诊断价值。结果研究组外周血全基因组DNA甲基化水平高于对照组(P<0.05)。研究组BMI≥23 kg/m^(2)、高热量饮食占比高于对照组;血清总胆固醇(Total cholesterol,TC)、甘油三酯(Triglyceride,TG)、低密度脂蛋白(Low density lipoprotein,LDL)水平均高于对照组;高密度脂蛋白(High density lipoprotein,HDL)、总胆红素(Total bilirubin,TBIL)水平均低于对照组(P<0.05)。外周血全基因组DNA甲基化水平、TC,TG,HDL,TBIL均是影响高脂血症发病的相关因素(P<0.05)。Spearman相关性分析显示,外周血全基因组DNA甲基化水平与TC,TG水平呈正相关(r=0.321,0.334,P<0.05);外周血全基因组DNA甲基化水平与HDL,TBIL水平呈负相关(r=-0.352,-0.341,P<0.05)。外周血全基因组DNA甲基化水平诊断高脂血症的最佳截断点为9.51%,ROC曲线下面积(AUC)为0.695,灵敏度为87.04%,特异度为81.67%。结论高脂血症患者外周血全基因组DNA甲基化水平较高,是影响高脂血症发病的相关因素,与高脂血症发病风险有关,对于高脂血症具有良好诊断价值。 展开更多
关键词 高脂血症 基因组dna甲基化 发病风险
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叶酸对卵巢癌细胞基因组DNA整体甲基化及细胞行为学的影响 被引量:2
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作者 张银玲 张毅 +1 位作者 薛赓 孙树汉 《发育医学电子杂志》 2015年第2期74-78,共5页
目的探讨叶酸对卵巢癌细胞OV90基因组DNA整体甲基化及细胞行为学的影响,为卵巢癌的防治提供理论基础。方法体外培养人卵巢癌细胞株OV90,检测不同叶酸浓度作用于癌细胞3个月后对细胞基因组DNA整体甲基化及细胞增殖、细胞周期和细胞凋亡... 目的探讨叶酸对卵巢癌细胞OV90基因组DNA整体甲基化及细胞行为学的影响,为卵巢癌的防治提供理论基础。方法体外培养人卵巢癌细胞株OV90,检测不同叶酸浓度作用于癌细胞3个月后对细胞基因组DNA整体甲基化及细胞增殖、细胞周期和细胞凋亡的影响。细胞分组如下:高叶酸组,叶酸浓度为40 mg/L;正常组(常规培养的细胞),叶酸浓度为4 mg/L;低叶酸组,叶酸浓度为0 mg/L。分别采用基因组DNA甲基化检测试剂盒检测基因组DNA的整体甲基化水平;CCK-8检测细胞增殖率;流式细胞术检测细胞周期、细胞凋亡的变化。结果随着叶酸浓度的增加,卵巢癌细胞基因组DNA整体甲基化水平增高;高叶酸组对癌细胞的抑制率显著高于正常组;与正常组相比较,高叶酸组卵巢癌细胞G2/M细胞百分数降低(P<0.05),S期细胞比分数升高(P<0.05),G0/G1期无明显变化(P>0.05);细胞凋亡率呈上升趋势,差异有显著性。结论一定浓度的叶酸可提高卵巢癌细胞OV90基因组DNA的整体甲基化水平,并对其生长存在一定的抑制作用。 展开更多
关键词 叶酸 卵巢癌细胞 基因组dna整体甲基
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质谱法定量生态物种基因组DNA低甲基化 被引量:1
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作者 胡俊杰 吴毅聪 +5 位作者 陈桂连 高圆圆 赵桐 余广 兰善红 吕小梅 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第7期3385-3391,共7页
为了定量生态相关物种基因组中低丰度的5-甲基-2-脱氧胞苷(5-mdC),建立了一种采用高效液相色谱串联质谱(HPLC-MS/MS)的无标记方法.全基因组DNA甲基化计算公式5-mdC(mole)/(5-mdC(mole)+dC(mole)可以转化为1/(1+dC(mole)/5-mdC(mole)),... 为了定量生态相关物种基因组中低丰度的5-甲基-2-脱氧胞苷(5-mdC),建立了一种采用高效液相色谱串联质谱(HPLC-MS/MS)的无标记方法.全基因组DNA甲基化计算公式5-mdC(mole)/(5-mdC(mole)+dC(mole)可以转化为1/(1+dC(mole)/5-mdC(mole)),然后通过HPLC-MS/MS得到DNA样品中5-mdC和dC的物质的量比(dC(mole)/5-mdC(mole))即可得到基因组DNA甲基化值.此外,还对HPLC条件进行了优化使正常核苷和修饰核苷基线分离,消除分析物的交叉干扰.本方法避免了使用昂贵的稳定同位素标记内标,在等度高效液相色谱条件下实现了正常和修饰核苷基线分离,5-mdC和dC的保留时间分别为5.50和3.06min.5-mdC和dC的定量限分别为14.2和19.1pg/mL.日内和日间偏差和准确性(相对误差)都≤10%.该方法测定的小牛胸腺DNA和大型蚤及秀丽线虫的全基因组DNA甲基化值分别为(6.44±0.25)%,(0.097±0.010)%和(0.025±0.002)%.采用HPLC-MS/MS技术建立并验证了一种快速、高精密度和灵敏度的DNA样品全基因组DNA甲基化测定方法,适用于评估环境污染物对生态学相关物种的潜在表观遗传风险. 展开更多
关键词 基因组dna甲基化 无标记 电喷雾质谱 表观遗传效应 生态物种
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肺形侧耳退化与基因组DNA 甲基化关系的探讨
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作者 马水丽 叶丽云 +5 位作者 练水秀 杨欣 何小芳 吴龙月 何子杰 吴小平 《食用菌学报》 CSCD 北大核心 2022年第4期28-34,共7页
以肺形侧耳(Pleurotus pulmonarius)菌株秀2、秀t 2、秀tz 2为供试菌株,通过拮抗实验、ISSR和RAPD多态性分析研究3个供试菌株间的亲缘关系;比较3个菌株在菌丝生长速度、产量以及基因组DNA甲基化率三个方面的差异,以揭示菌株退化与基因组... 以肺形侧耳(Pleurotus pulmonarius)菌株秀2、秀t 2、秀tz 2为供试菌株,通过拮抗实验、ISSR和RAPD多态性分析研究3个供试菌株间的亲缘关系;比较3个菌株在菌丝生长速度、产量以及基因组DNA甲基化率三个方面的差异,以揭示菌株退化与基因组DNA甲基化的关系;通过5-氮杂胞苷(5-azacytidine,5-azaC)去甲基化处理菌株后,检测其基因组甲基化率,并将去甲基化处理菌株继代4次后测定甲基化率和菌丝生长速度。结果表明:秀t 2与秀tz 2、秀2与秀tz 2、秀t 2与秀2均无拮抗反应,ISSR和RAPD扩增产物经过分析后得出3个菌株亲缘关系接近;与秀t2相比,秀2、秀tz2的菌丝生长速度和第一潮产量均显著提高,基因组DNA甲基化率均显著降低。经过20 mmol·L^(-1 )5-azaC去甲基化后,与对照组(CKF1)相比,处理组(20 F1)基因组DNA甲基化率显著降低、菌丝生长速度显著提高,推测肺形侧耳菌株退化与其基因组DNA甲基化存在联系。5-azaC处理肺形侧耳,其基因组甲基化率会降低,经过4次继代后,DNA甲基化率会逐步提高,表明继代培养可能引起菌株退化。 展开更多
关键词 肺形侧耳 退 基因组dna甲基化 基因组dna甲基
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慢性肾功能衰竭大鼠肾皮质基因组DNA表观遗传学变化的MSAP分析 被引量:3
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作者 苗绪红 苏冠男 +3 位作者 胡宝全 王春国 陈成彬 宋文芹 《南开大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期8-14,30,共8页
以灌胃腺嘌呤诱导的慢性肾功能衰竭Wistar大鼠为实验材料,用高效液相色谱法(HPLC)检测了大鼠血清Hcy浓度的变化;应用甲基化敏感扩增多态性(methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术,检测了慢性肾衰大鼠肾皮质基因组... 以灌胃腺嘌呤诱导的慢性肾功能衰竭Wistar大鼠为实验材料,用高效液相色谱法(HPLC)检测了大鼠血清Hcy浓度的变化;应用甲基化敏感扩增多态性(methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术,检测了慢性肾衰大鼠肾皮质基因组DNA甲基化程度的变化,并对MSAP差异片段进行了分析.结果发现:(1)慢性肾衰大鼠血清Hcy浓度由正常的(10.56±1.20)μmol/L上升为(16.64±1.57)μmol/L,P<0.05,差异具有显著性.(2)慢性肾衰大鼠肾皮质基因组总甲基化率由正常的(41.95±1.94)%降低为(38.43±3.27)%,P<0.05,差异具有显著性.(3)甲基化差异片段涉及多个基因,其中包括多个甲基化转移酶相关基因.结果表明慢性肾功能衰竭大鼠会出现高同型半胱氨酸血症和肾皮质基因组总甲基化水平的降低,多个基因内部或上下游DNA序列出现甲基化状态变化. 展开更多
关键词 慢性肾功能衰竭大鼠 基因组dna甲基化 甲基敏感扩增多态性 同型半胱氨酸
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柯乐猪血液基因组甲基化修饰与细胞因子水平的相关性 被引量:1
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作者 胡磐 冉雪琴 王嘉福 《贵州农业科学》 CAS 2015年第4期142-145,149,共5页
为探明柯乐猪血液免疫细胞的基因表达是否受甲基化调控,应用甲基化敏感扩增多态性技术(MSAP)和酶联免疫吸附测试技术(ELISA)对柯乐猪与大白猪血液基因组DNA的甲基化水平、血清中的细胞因子浓度进行检测,分析柯乐猪与大白猪在甲基化水平... 为探明柯乐猪血液免疫细胞的基因表达是否受甲基化调控,应用甲基化敏感扩增多态性技术(MSAP)和酶联免疫吸附测试技术(ELISA)对柯乐猪与大白猪血液基因组DNA的甲基化水平、血清中的细胞因子浓度进行检测,分析柯乐猪与大白猪在甲基化水平、细胞因子浓度方面的差异及其相关关系。结果表明:柯乐猪基因组总甲基化水平为32.38%,与大白猪接近(P>0.05);IL-2、IL-4、IL-6和IL-10浓度分别为(302.37±125.72)pg/mL、(88.71±32.05)pg/mL、(219.01±30.42)pg/mL和(116.95±30.24)pg/mL,其中IL-6和IL-10分别极显著、显著低于大白猪;IFN-α、IFN-γ分别为(211.09±76.08)pg/mL和(57.18±14.21)pg/mL,分别极显著、显著高于大白猪。柯乐猪基因组的全甲基化水平与IFN-γ浓度间呈弱负相关关系(ρ=-0.256)。说明,血液免疫细胞的基因表达可能受甲基化的调控,且与柯乐猪的抗病力强有关。 展开更多
关键词 柯乐猪 基因组dna甲基化 甲基敏感扩增多态性 细胞因子
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质谱技术在DNA甲基化研究中的应用 被引量:1
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作者 黄新凤 叶金波 刘建军 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期112-120,共9页
DNA甲基化是最重要的表观遗传修饰之一,主要发生在哺乳动物基因组Cp G核苷酸序列中的胞嘧啶C-5位点,并与机体生长发育、转座子沉默、X染色体失活及许多疾病的发生相关。但对DNA甲基化的形成、维持和重构的分子机制的认识是有限的,需要... DNA甲基化是最重要的表观遗传修饰之一,主要发生在哺乳动物基因组Cp G核苷酸序列中的胞嘧啶C-5位点,并与机体生长发育、转座子沉默、X染色体失活及许多疾病的发生相关。但对DNA甲基化的形成、维持和重构的分子机制的认识是有限的,需要从基因组水平寻找最优的DNA甲基化定性和定量分析方法,而质谱技术以高敏感性、高通量、高准确率、高分辨率、快速且重复性好等优势在该研究领域具有较大的应用价值。介绍质谱技术在全基因组DNA甲基化和启动子区甲基化分析中的应用。 展开更多
关键词 基因组dna甲基化 启动子区甲基 质谱 液相色谱
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大鼠总基因甲基化状态改变相关危险因素的研究
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作者 王义勇 贾绍斌 +1 位作者 罗彩琴 丛广志 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期610-613,共4页
目的:探讨高胆固醇血症(Hypercholesterolemia,HTC)对wistar大鼠主动脉基因组DNA总甲基化水平及总甲基转移酶活力的影响并比较高同型半胱氨酸血症(Hyperhomocysteinemia,HHCY)和HTC在影响主动脉基因组DNA总甲基化水平、总甲基转移酶活... 目的:探讨高胆固醇血症(Hypercholesterolemia,HTC)对wistar大鼠主动脉基因组DNA总甲基化水平及总甲基转移酶活力的影响并比较高同型半胱氨酸血症(Hyperhomocysteinemia,HHCY)和HTC在影响主动脉基因组DNA总甲基化水平、总甲基转移酶活力之间的差异。方法:将wistar大鼠33只,随机分3组:对照组、蛋氨酸组、高胆固醇组,每组11只。对照组给予普通大鼠饲料,其余各组给予相应的配方饲料。持续喂养3个月后心脏取血检测血清同型半胱氨酸(Homocysteine,Hcy)、总胆固醇(Total cholesterol,TC)等相关指标。提取主动脉基因组DNA检测基因组DNA总甲基化水平、提取主动脉核蛋白检测基因组DNA总甲基转移酶活力。结果:经多个样本均数间的多重比较(Dunnett-t检验):高胆固醇组大鼠的血清TC水平明显高于对照组和蛋氨酸组,且差异有统计学意义(P<0.05),血清中甘油三酯(Triglyceride,TG)、低密度脂蛋白胆固醇(Low density lipoprotein-cholesterol,LDL-C)和高密度脂蛋白胆固醇(High density lipoprotein-cholesterol,HDL-C),差异无统计学意义(P>0.05)。蛋氨酸组大鼠血清Hcy水平明显高于对照组及高胆固醇组,且差异有统计学意义(P<0.05)。HHCY和HTC均增加基因组DNA总甲基转移酶活力,可促使基因组DNA去甲基化,与对照组相比,各组均具有统计学意义(P<0.05),但两组之间差异无显著性。结论:HTC降低大鼠主动脉基因组DNA总甲基化水平可能是HTC导致动脉粥样硬化发病重要机制之一,且HHCY和HTC在影响基因组DNA低甲基化之间的差异无显著。 展开更多
关键词 动脉粥样硬 高胆固醇血症 高同型半胱氨酸血症 基因组dna甲基转移酶 基因组dna甲基
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杜仲内生菌DZSY21定殖影响玉米DNA甲基化水平的研究
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作者 周权 顾双月 +1 位作者 徐莉 檀根甲 《合肥师范学院学报》 2019年第3期32-37,共6页
DNA甲基化作为表观遗传的一种表现形式,在植物的生长发育、抗逆和抗病过程中发挥重要作用。前期研究中从杜仲体内分离筛选到一株拮抗内生芽孢杆菌DZSY21,其可在玉米中定殖,定殖后明显增强玉米抗病性。为明确内生菌DZSY21在玉米中定殖与... DNA甲基化作为表观遗传的一种表现形式,在植物的生长发育、抗逆和抗病过程中发挥重要作用。前期研究中从杜仲体内分离筛选到一株拮抗内生芽孢杆菌DZSY21,其可在玉米中定殖,定殖后明显增强玉米抗病性。为明确内生菌DZSY21在玉米中定殖与其DNA甲基化水平的关系,该试验利用甲基敏感扩增多态性分析技术(MSAP)和全基因组DNA甲基化(WGBS)分别对内生菌DZSY21处理的玉米基因组进行DNA甲基化水平的定性和定量研究。定性和定量结果均表明拮抗菌DZSY21引入玉米植株,可引起玉米基因组DNA总甲基化水平降低;全基因组DNA甲基化(WGBS)定量测序结果显示玉米基因组DNA总甲基化水平降低了0.89%,DNA甲基化差异性区域数据库中共有5820个差异性甲基化区域(DMRs),且GO聚类分析和Pathway功能显著性富集分析结果显示DMR相关的基因主要涉及糖代谢、氨基酸合成以及蛋白激酶活性等与抗病相关的主要功能。该结果为深入研究DNA甲基化在内生菌DZSY21定殖增强玉米抗病性中的调控机制提供理论基础。 展开更多
关键词 内生菌 dna甲基 甲基敏感扩增多态性分析 基因组dna甲基化测序
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