基因组DNA甲基化水平与不明原因早期自然流产的相关性

目的探讨基因组DNA甲基化水平与人不明原因早期自然流产的关系并从mRNA表达量上研究DNMT1、DNMT3A和DNMT3B在自然流产绒毛DNA甲基化中的作用。方法收集45例核型正常自然流产绒毛组织及其中33例母亲外周血和44例核型正常人工流产绒毛组织及其中34例母亲外周血,采用高效液相色谱法(HPLC)测定基因组DNA甲基化水平并用荧光定量PCR法检测其中33例人工流产绒毛和30例自然流产绒毛DNMT mRNA的表达。结果 (1)自然流产绒毛组DNA甲基化水平低于人工流产绒毛组(P<0.01);(2)自然流产母亲组和人工流产母亲组间DNA甲基化水平差异无统计学意义(P>0.05);(3)自然流产绒毛组DNMT1和DNMT3AmRNA的表达低于人工流产绒毛组(P<0.05);(4)自然流产绒毛组DNMT3B mRNA的表达与人工流产绒毛组差异无统计学意义(P>0.05)。结论(1)人类早期自然流产中确实存在着绒毛组织基因组DNA甲基化的不足;(2)自然流产绒毛中DNA甲基化的不足可能与DNMT1和DNMT3A表达降低有关。

不同氧化态叶酸对人成淋巴细胞系基因组DNA甲基化水平的影响

目的比较最高氧化态叶酸(folic acid,FA)与还原态5-甲基四氢叶酸(5-methyltetrahydrofolate,5-MeTHF)对人成淋巴细胞LINE-1和Alu的甲基化效应,从而评价受试物对全基因组DNA甲基化的影响。方法以含30、60和120 nmol/L FA或5-MeTHF的改良RPMI1640培养液干预培养人成淋巴细胞系GM12593,20 d后提取基因组DNA,用亚硫酸盐修饰测序法(BSP)比较不同浓度和氧化态叶酸对受试细胞Alu和LINE-1甲基化水平的影响。结果基因组Alu和LINE-1甲基化水平均随FA或5-MeTHF浓度的升高而增加,两目标序列的甲基化水平在120 nmol/L FA或5-MeTHF浓度下显著高于30和60 nmol/L组(P【0.01~0.05),60和120 nmol/L的5-MeTHF提高LINE-1甲基化水平的能力显著高于同等浓度的FA(P【0.01~0.05)。结论 FA和5-MeTHF浓度与人成淋巴细胞基因组DNA甲基化水平显著正相关,5-MeTHF的基因组甲基化维护效应强于FA。

亲水作用色谱法测定组织中全基因组DNA甲基化水平

建立了亲水作用色谱（HILIC）测定组织中全基因组DNA甲基化水平的方法。采用苯酚-氯仿提取组织中的DNA,提取的DNA用88%甲酸在140℃下裂解,经N2吹干后,加乙腈-水（9∶1,v/v）溶解,用Waters BEH HILIC柱进行分离,在277nm波长下检测胞嘧啶（Cyt）及5-甲基胞嘧啶（5-mCyt）含量。结果表明,以乙腈-10mmol/L甲酸铵溶液（94∶6,v/v）为流动相,流速为0.5mL/min,Cyt与5-mCyt分离较好,保留时间分别为2.6与3.1min。胞嘧啶的线性范围为1~900μmol/L,相关系数为0.999 9;5-甲基胞嘧啶的线性范围为1~64μmol/L,相关系数为0.999 8。胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶的检出限为54nmol/L（柱中为0.54pmol）,定量限为250nmol/L（柱中为2.5pmol）;在5~900μmol/L的添加水平下,胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶的平均加标回收率为94.7%~100.5%,相对标准偏差小于1.48%。用该方法检测了结肠癌组织中DNA甲基化水平,结果显示该癌组织中全基因组的DNA甲基化均值为4.0%。该方法快速、简单,稳定性好,灵敏度较高,能满足全基因组DNA甲基化的检测要求。

反相高效液相色谱法测定人乳腺癌MCF7细胞中基因组DNA甲基化水平

目的利用反相高效液相色谱法检测MCF7细胞系中基因组DNA的甲基化水平。方法采用Nano LC(75μm×15 cm,5μm)和Micro LC(1.0 mm×15 cm,5μm)的C18反相色谱柱,以甲醇-醋酸铵缓冲液(pH 5.0)为流动相,使用线性梯度程序,将MCF7细胞中基因组DNA水解产物进行分离,两种体系流速分别是300 nl/min和40μl/min,在273 nm波长处检测,利用外标法分别检测DNA中脱氧胞嘧啶(dC)和甲基化脱氧胞嘧啶(5mdC)含量。结果 MCF7基因组DNA的水解产物,经反相色谱分离得到的峰图有较好的准确性与重复性;DNA水解后的产物为弱保留化合物,且Micro LC分离效果优于Nano LC;乳腺癌细胞MCF7甲基化水平为19.3%,高于正常细胞中基因组DNA甲基化水平。结论成功的将MCF7细胞中基因组DNA水解产物经反相色谱分离;使用Micro LC分离DNA水解后的弱保留产物较佳;MCF7细胞系基因组DNA甲基化水平高于正常细胞。

长爪沙鼠肝脏基因组DNA甲基化水平检测

目的用间接ELISA法检测长爪沙鼠肝脏基因组DNA整体甲基化的水平。方法选取新生仔鼠6只(仔鼠组),3月龄鼠12只[其中青年对照组6只,高脂饮食诱发非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)青年模型组6只],8月龄中老龄鼠6只(中老龄),各组均为雄性,按组采集血清(新生鼠除外)用于总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、高密度脂蛋白(HDL)、低密度脂蛋白(LDL)检测,同时采集肝脏标本二份,一份作常规HE染色的形态学观察,一份提基因组DNA,用ELISA法试剂盒检测肝脏基因组DNA整体甲基化的水平[即5-甲基胞嘧啶(5-mc)含量]。结果青年模型组鼠及中老龄鼠均出现高脂血症,血清TC及TG均不同程度显著上升,青年对照组鼠血脂正常。病理学检查显示,青年模型组与中老龄组鼠肝脏出现较为明显的脂肪变性,而青年对照组肝脏无异常,新生仔鼠肝血窦中可见大量成堆分布有单核细胞和红细胞。肝脏基因组DNA整体甲基化水平,青年模型组沙鼠>新生仔鼠>老龄鼠>5对照组鼠。结论长爪沙鼠NAFLD及年龄增加引起的脂肪性变程度与其基因组DNA甲基化水平相关,间接ELISA法检测肝脏基因组DNA整体甲基化水平简便、迅速,成本低,或可以作为评价其表观遗传学的一种方法。

人体结肠癌组织样品中基因组DNA甲基化水平的HPLC-ESI MS／MS检测

利用多重监测反应模式(MRM),通过对液相色谱及质谱条件的优化,建立了人体结肠癌组织样品中基因组DNA甲基化的高效液相色谱-电喷雾质谱(HPLC-ESIMS/MS)检测方法,对结肠癌组织及癌旁组织中基因组DNA甲基化进行了检测。结果表明,5-甲基脱氧胞苷(5mdC)的检出限是1pg,线性范围为0.0375～0.5mg/L,工作曲线相关系数大于0.9990,该方法的相对标准偏差为2.32%～9.21%。结肠癌病人样品检测结果表明,结肠癌组织基因组DNA甲基化水平低于相应的癌旁组织(P<0.05)。

基于高通量测序技术检测全基因组DNA甲基化水平的方法

DNA甲基化的研究最近几年一直是表观遗传学研究的重点。有关DNA甲基化水平检测的方法大体上有十几种,随着第二代测序技术的发展,实现了在全基因组水平上对甲基化状态进行检测。目前,基于第二代高通量测序进行全基因组DNA甲基化水平检测的方法主要有BSP-seq(亚硫酸氢盐修饰结合直接测序法)、Me DIP-seq(甲基化DNA免疫共沉淀测序法)、MBD-seq(甲基化DNA富集结合高通量测序法)。就这3种方法在原理、流程、优缺点、优化使用及后期需要用到的部分生物信息学资源等方面的研究进展作一综述,旨在为研究者在采用高通量测序方法研究DNA甲基化模式时提供一些思路。

刺参基因组DNA甲基化水平及模式对温度变化的响应

本研究为了探讨刺参(Apostichopus japonicus)在不同温度胁迫下的DNA甲基化水平与甲基化模式变化,利用全基因组重亚硫酸盐测序技术(WGBS)和酶联免疫吸附法(ELISA)对刺参在3个温度下(20℃、26℃和32℃)的纵肌、呼吸树、消化道和体壁4个组织进行分析。WGBS测序结果显示,在消化道组织中,20℃、26℃和32℃温度组全基因组总甲基化水平分别为(1.70±0.01)%、(1.79±0.11)%和(1.59±0.04)%,26℃组处于休眠状态,刺参消化道基因组甲基化水平升高,而32℃组高温胁迫下,甲基化水平下降;在总甲基化位点中,CG类型是主要的甲基化修饰(96%以上),CHH和CHG位点占比较低;30%甲基化水平的甲基化位点中,CHG和CHH为本类型甲基化的最高点,且显著高于CG类型。ELISA检测结果显示,3种不同温度下,刺参呼吸树和消化道组织的甲基化水平范围为2.68%~3.29%,均高于纵肌和体壁组织;温度变化后,刺参呼吸树和消化道组织的总甲基化水平均有显著变化,而纵肌和体壁的总甲基化水平基本不变,表明DNA甲基化可能参与刺参的高温胁迫调控机制。刺参应对温度变化过程中DNA甲基化水平的研究,从表观遗传学视角解析温度升高对刺参不同组织的影响,可为丰富刺参甲基化研究内容和无脊椎动物的甲基化发生规律提供参考。

基因组和DNA甲基化组联合分析筛选猪肉质性状关键基因

【背景】猪的肉质性状是重要的经济性状。研究影响各类肉质性状的分子机制,发掘关键基因,从而指导猪的遗传改良,对改善猪肉品质具有重要意义。当前肉质相关的机制研究主要是基于DNA的基因组研究,而对肉质性状的DNA甲基化研究以及结合基因组和甲基化组的综合分析却鲜有报道。【目的】通过基因组和DNA甲基化组联合分析,筛选、鉴定了影响猪肉质的潜在关键基因。为猪肉品质的遗传改良研究提供借鉴。【方法】检测了140头大白猪背最长肌的28个肉质性状,通过表观基因组关联分析(EWAS)与全基因组关联分析(GWAS)筛选了各性状显著关联的CpG和SNP位点。随后以SNP为协变量对GWAS和EWAS重叠的显著关联位点进行条件关联分析,进一步筛选具有独立效应的CpG位点。然后以CpG位点的甲基化水平为因变量,以SNP为自变量进行关联分析从而鉴定甲基化数量性状位点(meQTL)。最后使用顺式甲基化数量性状位点(cis-meQTL)作为工具变量进行孟德尔随机化分析,从而推断cis-meQTL与表型之间的因果关系,同时对位点进行注释,鉴定潜在的关键基因。【结果】(1)在屠宰45 min黄度值(b_(45min))、滴水损失(DL)、二十二碳六烯酸(C22:6n-3)3个肉质性状上,EWAS和GWAS在相同基因组区域鉴定到显著关联位点。(2)b_(45min)的7个CpG位点在条件关联分析后仍保持显著,DL有1个CpG位点在条件关联分析后仍保持显著,而C22:6n-3的3个位点在使用SNP作为协变量分析后不再显著,表明EWAS鉴定的b_(45min)的7个CpG位点和DL的1个CpG位点的显著关联不受附近的显著SNP影响。(3)b_(45min)的7个CpG位点和DL的1个CpG位点共鉴定了10个meQTL,但绝大多数是trans-meQTL,只有一个CpG位点(SSC12:44254675 bp)鉴定到一个cis-meQTL,表明该位点可能受到近距离SNP调控。(4)孟德尔随机化分析显示该CpG位点(SSC12:44254675 bp)与b_(45min)表型存在一定的因果关联。(5)对该位点注释发现,距离CpG位点(SSC12:44254675 bp)和其cis-meQTL最近的基因是NOS2,且CpG位点位于NOS2基因内。【结论】综合DNA甲基化组合基因组数据联合分析结果,可以推测NOS2基因是肉色性状关键候选基因,其DNA甲基化、SNP共同作用调控基因表达,进而影响肉色性状相关基因表达。

PROSER2基因在牛中的印记表达和DNA甲基化分析

为了研究牛PROSER2基因的印记状态和表观遗传修饰机制,本研究首先应用荧光定量RT-PCR方法分析PROSER2基因在牛组织和胎盘中的表达,进而应用基于单核苷酸多态性(SNP)的RT-PCR产物直接测序法分析等位基因表达状态,最后采用亚硫酸盐直接测序法对位于PROSER2基因启动子及第1个外显子区域和位于外显子4区域的2个CpG岛的甲基化状态进行了分析。结果显示,PROSER2基因在所有检测的6个组织(心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、大脑)及胎盘中均广泛表达。PROSER2基因在牛的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、大脑以及胎盘中均为单等位基因表达。根据杂合胎盘父母的基因型,发现PROSER2基因在牛中是父源印记基因,这与其在人中的印记状态一致。对PROSER2基因启动子和第一个外显子处CpG岛区域的甲基化状态进行分析,在牛的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、大脑和胎盘中均发现1个差异甲基化区,说明DNA的甲基化修饰可能参与PROSER2基因在荷斯坦奶牛中的印记表达。本研究结果可为进一步研究PROSER2基因的功能和印记调控机制提供参考依据。

系统性硬化症合并肺间质病变患者外周血单个核细胞全基因组DNA甲基化和转录组表达谱

目的:分析系统性硬化症(systemic sclerosis,SSc)合并肺间质病变(interstitial lung disease,ILD)患者外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMCs)全基因组DNA甲基化和转录组表达谱,并进一步探讨DNA甲基化对Wnt/β-catenin信号通路和趋化因子信号通路的影响。方法:收集19例SSc患者(SSc组)及18例健康人(对照组)外周血PBMCs。SSc患者中有10例合并ILD(SSc合并ILD亚组)、9例未合并ILD(SSc未合并ILD亚组)。采用Illumina 450K甲基化芯片和Illumina HT-12 v4.0基因表达谱芯片分析全基因组DNA甲基化和基因表达水平,研究DNA甲基化对Wnt/β-catenin和趋化因子信号通路的影响。结果:全基因组DNA甲基化分析发现:与SSc未合并ILD亚组比较,SSc合并ILD亚组存在71个高甲基化位点,98个低甲基化位点。转录组分析发现:与SSc未合并ILD亚组相比,SSc合并ILD亚组有164个基因表达上调,191个基因表达下调。SSc组患者PBMCs中Wnt/β-catenin信号通路中有35个低甲基化基因,其中卷曲同源物1(frizzled-1,FZD1)、丝裂原活化蛋白激酶9(mitogen-activated protein kinase 9,MAPK9)、母亲DPP同源物2(mothers against DPP homolog 2,SMAD2)、转录因子7类似物2(transcription factor 7-like 2,TCF7L2)和无翅型MMTV整合位点家族成员5B(wingless-type MMTV integration site family,member 5B,WNT5B)mRNA在SSc组中的表达显著高于对照组,差异均有统计学意义(均P<0.05)。与SSc未合并ILD亚组比较,SSc合并ILD亚组中Dickkopf相关蛋白2(dickkopf homolog 2,DKK2)、FZD1、MAPK9等多个基因的mRNA表达虽上调,但差异均无统计学意义(均P>0.05)。趋化因子信号通路中有38个低甲基化基因,其中β-抑制蛋白1(β-arrestin 1,ARRB1)、C-X-C基序趋化因子配体10(C-X-C motif chemokine ligand 10,CXCL10)、C-X-C基序趋化因子配体16(C-XC motif chemokine ligand 16,CXCL16)、FGR、中性粒细胞胞浆因子1C(neutrophil cytosolic factor 1C,NCF1C)mRNA在SSc组中的表达显著高于对照组,差异均有统计学意义(均P<0.05)。与SSc未合并ILD亚组比较,SSc合并ILD亚组中ARRB1、CXCL10、CXCL16等多个基因的mRNA表达上调,但差异均无统计学意义(均P>0.05)。结论:SSc合并ILD与SSc无ILD患者存在DNA甲基化和转录组表达谱的差异,且SSc患者PBMCs中存在Wnt/β-catenin和趋化因子信号通路多个基因表达上调,这可能与SSc的发病机制有关。

感染大片形吸虫水牛脊髓全基因组DNA的甲基化及其功能的分析

为探究感染大片形吸虫后不同时间水牛脊髓全基因组DNA甲基化的类型、占比及其感染后差异甲基化区域(DMR)涉及的功能及信号通路,本研究将大片形吸虫囊蚴经口灌胃感染8~10月龄水牛,分别于感染后3 d(J01)、10 d(J02)、28 d(J03)、42 d(J04)、70 d(J05)和98 d(J06)采集水牛脊髓,利用全基因组重亚硫酸盐测序技术(WGBS)对基因组DNA的甲基化测序,测序数据经过滤筛选后,采用Bismark软件分析各组水牛脊髓基因组DNA甲基化的类型及其占比(某种类型甲基化序列在该组全部可用测序序列中的占比以及该组某种C类型甲基化的数量在全部C类型甲基化中的占比),并采用weight methylation level对各组水牛脊髓基因组DNA 7个功能区域的甲基化进行聚类分析。WGBS测序结果经过滤后显示,平均每组测序长度为100.29 Gp,Q20%(质量值≥20的碱基占总碱基数的百分比)和Q30%分别达到95%和85%以上,6组样品亚硫酸盐(BS)转化率均大于99%,表明WGBS测序结果准确可靠;各组样品DNA甲基化类型和占比的分析及统计结果显示,J01~J06组基因组分别包含CG、CHG、CHH 3种类型的甲基化(mCG、m CH及m CHH),且以m CG类型占比最多(63.1%~71.7%,80.11%~85.73%),m CHH类型(0.9%~1.2%,11.27%~15.18%)及m CHG类型均较少(1.0%~1.2%,3.00%~4.84%);聚类分析结果显示,上述3种类型的甲基化主要分布在水牛脊髓基因组第1内含子和内部内含子。上述结果表明,感染大片形吸虫后水牛脊髓基因组DNA甲基化类型以m CG为主,且第1内含子和内部内含子的甲基化可能影响该两个区域相关基因的正常表达。利用R软件包分析各组水牛脊髓基因组之间是否存在DMR,并采用基于模型的亚硫酸氢盐测序数据分析(MOABS)筛选并统计各组之间的DMR及DMR的数量;采用DAVID软件分析各组DMR在其相应基因组中的分布;采用R语言对各组的DMR进行GO功能注释和KEEG富集分析。DMR的筛选及统计结果显示,各基因组间均存在DMR,且各组间均以CG类型DMR数量的差异最大。其中,J06与J01(7134个)、J06与J02(7174个)、J06与J03(6743个)、J04与J03组(11611个)之间DMR数量的差异最大,且96.42%~99.04%的DMR分布在基因组基因间区,0.96%~3.59%的DMR分布在基因组启动子区。DMR的GO功能分析显示,各组间CG类型DMR的GO功能注释结果基本相似,主要富集在细胞进程、生物调节、代谢过程、结合及催化活性等生物学过程;KEGG分析结果显示,各组间尤其是在感染后期(J06组和J04组)DMR主要富集在癌症及PI3K-Akt等信号通路中。上述结果表明,在大片吸虫慢性感染的过程中,尤其在感染中后期对水牛脊髓基因组基因间区相关基因的表达有影响,且甲基化的DNA可能主要通过以上两个信号通路影响相关基因的表达,进而影响水牛脊髓的各种生物学功能,最终引起水牛中枢神经系统疾病。这在一定程度阐释了寄生在肝脏的片形吸虫影响宿主中枢神经系统的机制。本研究为深入探究大片形吸虫感染对水牛神经系统的影响机制奠定了实验基础。

宫内镉暴露对新生儿全基因组DNA甲基化水平的影响

[目的]探讨宫内镉暴露对新生儿全基因组DNA甲基化水平的影响。[方法]选取2011—2012年在某妇幼保健院分娩的300名产妇作为研究对象,分娩时收集新生儿脐动脉血,采用ICP/MS法检测脐动脉血中镉的质量浓度,LC-MS/MS法检测脐动脉血中全基因组DNA甲基化水平。采用Spearman相关分析法和多元线性逐步回归法分析两者之间的关系。[结果]新生儿脐动脉血中镉的质量浓度最小值为0.02μg/L,最大值为2.61μg/L,四分位数为0.08、0.16、0.30μg/L。Spearman相关分析显示,脐动脉血镉的质量浓度与DNA甲基化水平无相关性(r=-0.106,P=0.068)。多元线性逐步回归分析结果显示,排除混杂因素后,脐动脉血镉质量浓度与全基因组DNA甲基化水平呈负相关(P<0.05)。[结论]宫内镉暴露可能会使新生儿全基因组DNA甲基化水平降低。

毛细管胶束电动色谱测定基因组DNA甲基化水平

DNA甲基化作为表遗传学的重要研究内容,是哺乳动物表达调控的主要表遗传学形式.研究表明,DNA甲基化与肿瘤关系密切[1-2],全基因组DNA低甲基化是肿瘤细胞基本特征之一[3-4],在肿瘤的发生和发展中存在DNA甲基化水平和模式的混乱.DNA甲基化改变能否作为生物标志用于临床早期诊断已成为当前研究的热点.目前,用于DNA整体甲基化水平检测方法有多种,但能真正从定量的角度进行快速、精确分析的方法却很少.笔者采用毛细管胶束电动色谱（miceller electrokinetic capillary chromatography,MECC）法同时分离DNA酶解后5类单核苷酸（包括mdC）,建立了一种快速检测基因组DNA整体甲基化水平的方法.

外周血全基因组DNA甲基化水平与高脂血症发病风险的相关性分析

目的探讨外周血全基因组DNA甲基化水平与高脂血症发病风险的相关性。方法选取2019年1月-2021年1月医院门诊患者282例为研究对象,其中高脂血症患者162例(研究组),非高脂血症患者120例(对照组);采集所有患者晨起空腹外周静脉血,采用高效液相色谱-串联质谱(Liquid chromatography-tandem mass spectrometry,LC-MS/MS)测定2组外周血全基因组DNA甲基化水平;收集所有患者的相关资料,采用单因素分析影响高脂血症发病的可能相关因素;采用Logistic多元回归分析影响高脂血症发病的相关因素;采用Spearman相关性方法分析高脂血症患者外周血全基因组DNA甲基化水平与影响高脂血症发病因素之间的关系,并绘制受试者工作特征曲线(Receiver operating characteristic curve,ROC)分析外周血全基因组DNA甲基化水平对高脂血症的诊断价值。结果研究组外周血全基因组DNA甲基化水平高于对照组(P<0.05)。研究组BMI≥23 kg/m^(2)、高热量饮食占比高于对照组;血清总胆固醇(Total cholesterol,TC)、甘油三酯(Triglyceride,TG)、低密度脂蛋白(Low density lipoprotein,LDL)水平均高于对照组;高密度脂蛋白(High density lipoprotein,HDL)、总胆红素(Total bilirubin,TBIL)水平均低于对照组(P<0.05)。外周血全基因组DNA甲基化水平、TC,TG,HDL,TBIL均是影响高脂血症发病的相关因素(P<0.05)。Spearman相关性分析显示,外周血全基因组DNA甲基化水平与TC,TG水平呈正相关(r=0.321,0.334,P<0.05);外周血全基因组DNA甲基化水平与HDL,TBIL水平呈负相关(r=-0.352,-0.341,P<0.05)。外周血全基因组DNA甲基化水平诊断高脂血症的最佳截断点为9.51%,ROC曲线下面积(AUC)为0.695,灵敏度为87.04%,特异度为81.67%。结论高脂血症患者外周血全基因组DNA甲基化水平较高,是影响高脂血症发病的相关因素,与高脂血症发病风险有关,对于高脂血症具有良好诊断价值。

相同空间条件下饲喂不同时间蜂王浆蜜蜂幼虫总基因组DNA甲基化水平变化

为了观察蜜蜂幼虫相同空间条件下,饲喂蜂王浆3,5,10天幼虫总基因组DNA甲基化水平,试验采用孵化同一只蜂王产的卵,孵化后获同日龄24只幼虫。第1组12只蜜蜂幼虫向工蜂方向发育,共饲喂蜂王浆3 d,然后第3天、第5天、第10天随机取3只幼虫;第2组12只蜜蜂幼虫向蜂王方向发育,整个试验过程均饲喂新鲜蜂王浆,然后第3,5,10天随机取3只幼虫,此次共18只进入试验组。按上述时间点取材,提取各组幼虫头部DNA,高效液相色谱分析DNA甲基化水平。结果表明:向工蜂方向发育的蜜蜂幼虫第5天5-甲基脱氧胞苷(5-me C)的含量明显上升,但第10天明显下降;而向蜂王方向发育的蜜蜂幼虫第5天5-me C的含量虽有明显上升,但显著低于工蜂,而且甲基化程度继续增加至第10天,5-me C的含量略高于工蜂,但差异不显著。可见向工蜂方向发育的幼虫先出现高甲基化然后在第5天出现去甲基化的现象,向蜂王方向发育的幼虫则一直处于高甲基化过程。说明相同空间条件下,饲喂不同时间蜂王浆蜜蜂幼虫间总基因组DNA甲基化水平呈现有规律的变化。

无机砷As(Ⅲ、Ⅴ)对牟氏角毛藻生长、叶绿素荧光特性及基因组DNA甲基化水平的影响

以AsO_(2)^(-)和HAsO_(4)^(2-)分别暴露处理牟氏角毛藻(Chaetoceros mulleri)研究As(Ⅲ、Ⅴ)毒性作用,As(Ⅲ)浓度梯度为0、10、50、100、300和500μmol/L,As(Ⅴ)浓度梯度为0、30、60、120、300和600μmol/L,分别在第1、3、7d取样,研究不同浓度的As(Ⅲ、Ⅴ)对藻细胞的生长、叶绿素荧光特性以及基因组DNA甲基化水平的影响。结果显示,在3d时100μmol/L As(Ⅲ)组牟氏角毛藻生长率降为0,两个高浓度组1-7d的生长率均小于0,且均明显低于对照(P<0.05);而一定浓度As(Ⅴ)暴露初期会提高藻细胞生长率。低浓度As(Ⅲ)暴露组牟氏角毛藻的荧光参数Fv/Fm和Yield与对照组差异不显著(P>0.05),两个高浓度组荧光参数的值则均显著低于对照;而As(Ⅴ)对牟氏角毛藻的PSII系统影响不显著。一定浓度范围内的As(Ⅲ、Ⅴ)可以引起牟氏角毛藻DNA甲基化水平明显升高,而长期暴露高浓度As(Ⅲ)后藻类DNA甲基化水平与对照差异不大。综上可知,As(Ⅲ)对牟氏角毛藻的生长、叶绿素荧光特性的毒害作用大于As(Ⅴ),而对DNA甲基化的影响与As(Ⅴ)相似。

DNA甲基化与肠道微生物研究进展

肠道内的微生物群在维持肠道健康方面起着至关重要的作用。微生物表观遗传修饰包括DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑等。本文综述了环境因素对肠道微生物群、表观遗传修饰及其在肠道微生物和相关癌症发病过程中DNA甲基化领域的研究成果,对利用肠道微生物治疗相关癌症有一定的参考价值。

玉米杂交种及其亲本基因组胞嘧啶甲基化水平研究

摘要：基因组DNA甲基化对基因表达起着重要的调控作用。本研究采用MSAP方法，对2个玉米杂交种及其相应亲本DNA 5'-CCG G位点胞嘧啶的甲基化水平进行分析，比较了2个玉米杂交种与其相应亲本的甲基化类型与差异。研究发现，2个玉米杂交种Mo17×Suwan 5和Suwan 1×太3221的F1代的甲基化敏感扩增多态性(MASP)比率分别为39．1％和40．1％，均略低于其相应的双亲(39．8％和39．7％、44．6％和43．2％)。2个杂交种的全甲基化(双链CmCGG)率分别为24．4％和23．3％，而其相应亲本Mo17、Suwan 5、Suwan 1和太3221分别为17．1％，24．4％、24．6％和21．6％。4个玉米亲本的MASP比率变化范围为39．7％-44．6％，平均为41．8％。全甲基化比率为17．1％-24．6％，平均为21．9％。杂交种与其相应亲本比较有4种类型的变化：A型，F1与其亲本甲基化横式相同；B型，去甲基化1C型，超甲基化；D型，次甲基化。杂交种F1代DNA的甲基化模式与其双亲比较，发生了较大的改变与调整。F1代基因组的杂合性与基因组DNA甲基化模式的重新调整有关。

硫化镍诱导转化人支气管上皮细胞基因组DNA甲基化的研究

目的 对结晶型硫化镍诱导转化及成瘤的人支气管上皮细胞 ( 16HBE)基因组DNA甲基化状况进行研究 ,以寻找DNA甲基化异常的基因片段 ,并探讨镍的外遗传致癌机制。方法 抽提基因组DNA后 ,采用限制性内切酶MseI单独酶切或限制性内切酶MseI与BstuI双重酶切后 ,其酶切产物采用甲基化敏感的限制性指纹识别技术 (MSRF)进行分析 ,显示的异常甲基化基因片断 ,采用TA克隆技术构建测序载体 ,对测序结果进行同源性分析比较。结果 发现结晶型NiS诱导转化及成瘤的 16HBE细胞基因组DNA存在高甲基化的DNA片段。其中一基因片段与位于 16q2 4.3编码鼻咽癌易感性蛋白基因ANKRD11同源 ( 99% ) ,另一基因片段与HOXA3基因序列同源 ( 99% )。HOXA3在脊椎动物中编码转录因子 ,编码调控基因表达 ,形态发生和变异的DNA结合转录因子。结论 结晶型NiS诱导转化及成瘤的 16HBE细胞基因组DNA的高度甲基化可能导致基因表达抑制 ,这可能是结晶型NiS诱导 16HBE细胞转化和成瘤的一种外遗传机制。