利用条件随机场实现DNA剪接位点的预测

为解决传统的基因识别算法主要关注编码区的整体特性,而并不着重考虑个别位点的信息,因此难以准确地识别出剪接位点的缺点,提出了基于条件随机场的剪接位点预测方法,条件随机场能够更好的处理标记数据之间的依赖关系,并且能够避免数据标记偏置的问题。实验结果表明基于条件随机场的剪接位点预测方法是一种合适的方法,能够取得更好的效果。

瑞芬太尼通过上调lncRNA DGCR5表达影响卵巢癌细胞增殖和转移的机制研究

目的探讨瑞芬太尼对长链非编码RNA(lncRNA)DiGeorge综合征关键区域基因5(DGCR5)表达的调控及卵巢癌细胞生长和转移的影响。方法采用细胞计数试剂盒8(CCK-8)法检测0、0.5、5.0、50.0、500.0 ng/mL瑞芬太尼组、si-NC组、si-lncRNA DGCR5组、si-NC+500 ng/mL瑞芬太尼组、si-lncRNA DGCR5+500 ng/mL瑞芬太尼组卵巢癌细胞SKOV3、OVCAR3的增殖;采用流式细胞仪、Transwell法、免疫印迹试验(Western blot)和定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)依次检测SKOV3、OVCAR3细胞的凋亡、迁移、侵袭以及细胞周期蛋白D1(CyclinD1)、活化的天冬氨酸特异性半胱氨酸蛋白酶-3(Cleaved-caspase-3)、基质金属蛋白酶2(MMP2)、基质金属蛋白酶9(MMP9)的表达和lncRNA DGCR5表达。结果与0 ng/mL瑞芬太尼比较,0.5、5.0、50.0、500.0 ng/mL瑞芬太尼可降低SKOV3、OVCAR3细胞的增殖活性、迁移及侵袭细胞数量以及CyclinD1、MMP2、MMP9蛋白表达水平,增加凋亡率、Cleaved-caspase-3蛋白和lncRNA DGCR5表达水平,差异有统计学意义(P<0.01)。与si-NC组比较,lncRNA DGCR5低表达可使卵巢癌细胞SKOV3和OVCAR3的lncRNA DGCR5表达水平、凋亡率、Cleaved-caspase-3蛋白表达水平降低,细胞增殖活性、迁移及侵袭数量、CyclinD1、MMP2、MMP9蛋白表达水平升高,差异有统计学意义(P<0.01)。lncRNA DGCR5低表达可以逆转瑞芬太尼对卵巢癌细胞SKOV3和OVCAR3增殖、迁移、侵袭、凋亡的影响。结论瑞芬太尼通过上调lncRNA DGCR5,抑制卵巢癌细胞SKOV3、OVCAR3的增殖和转移,促进其凋亡。