结核分枝杆菌异质性所致的基因耐药与表型耐药不一致的研究进展

结核病治疗和防治是全球性公共卫生问题,治疗中抗结核药物的不规范使用,加上患者的依从性差,造成了结核菌耐药率不断增高,成为目前治疗上的难题之一。结核菌耐药有多种原因,其中异质性是结核菌耐药的一个微小变化过程。临床检验中由于常规方法的局限性无法检测频率过低的菌株而造成耐药结果的偏差,出现了同一标本不同方法药敏试验结果不一致的现象,提示结核分枝杆菌的异质性对药敏结果有影响。

乙型肝炎病毒基因耐药变异研究进展

随着核苷(酸)类似物广泛、长期应用,HBV在抗病毒药物选择压力下导致耐药基因突变的问题亦日益凸显。本文重点介绍了核苷(酸)类似物在抗HBV治疗过程中病毒耐药的产生机制、耐药率及耐药检测的方法。

对利福平与异烟肼多个基因耐药初治结核病1例报告

结核耐药机制十分复杂,包括结核菌细胞壁结构与组成变化、结核菌自身的药物外排泵系统、结构药物靶编码基因发生突变[1]。随着分子生物学检测技术的快速发展,对药物基因检测试验不断进步,药敏检测的时间大大缩短,而且还可精确到某个基因。我院首次发现1例初治结核患者对利福平（RFP）与异烟肼（INH）的3个耐药相关基因rpoB基因、katG基因及inhA基因都有耐药性。现报告如下。

施用猪粪水对青脆李果实品质和产量、土壤中微生物群落与抗生素耐药基因的影响

【目的】为了解猪粪浇灌对青脆李果实品质和产量、土壤性质、土壤中微生物群落与抗生素耐药基因的影响。【方法】以5年生青脆李作试材,设置猪粪水按不同比例(100%、75%、50%、25%、0%)替代化肥田间试验,通过单果重、单果横径等外观指标,李子每667 m^(2)产量,维生素C、可溶性固形物等果实品质指标测定,分析不同施肥处理对青脆李果实品质和产量的影响;基于土壤中pH、有机质含量等理化指标测定,分析不同施肥处理对李树土壤理化性质的影响;基于Illumina Hiseq 4000测序平台对李树土壤宏基因组测序,分析猪粪水浇灌对土壤中微生物群落变化、抗生素耐药基因分布的影响。【结果】不同施肥处理青脆李果实品质和产量研究结果表明,“75%猪粪+25%化肥”“50%猪粪+50%化肥”处理青脆李果实外观品质均较优,“50%猪粪+50%化肥”处理青脆李每667 m^(2)产量最高。不同施肥处理对李树土壤理化性质的研究结果显示,各处理间有机质、碱解氮等理化指标均不存在显著性差异(P>0.05)。宏基因组测序分析结果显示,“100%猪粪”组中的优势菌群为放线菌,而其余4组的优势菌群均为假单胞菌门;共鉴定39个抗生素本体(ARO),随着猪粪水用量的减少,土壤样品中检出ARO种类、ARO相对丰度和均呈依次递减趋势。【结论】本研究条件下,猪粪水部分替代化肥为青脆李树施肥是可行的,且以“50%猪粪+50%化肥”进行施肥最佳。

2019—2021年皖南地区地方品种鸡源沙门菌的血清型鉴定、毒力基因和耐药性检测

为了分析皖南地区地方品种鸡(淮南麻黄鸡、淮北麻鸡、霍邱鸡和五华鸡)来源沙门菌的分布、毒力基因和耐药性情况,本试验于2019—2021年采集该地区地方品种鸡养殖场疑似沙门菌感染病死鸡的肝脏组织、肛拭子和死胚等病料组织456份,采用细菌分离培养、形态学观察、生化试验和特异性invA基因的PCR检测进行沙门菌鉴定,采用Kauffmann-White法、PCR法和K-B纸片法分别检测分离菌株的血清型、毒力基因、耐药基因和耐药性。结果显示,共分离得到127株沙门菌,分属于13种血清型,其中以鸡白痢沙门菌、禽伤寒沙门菌和肠炎沙门菌为流行的优势血清型,分别占分离菌株的26.0%、20.5%和17.3%;127株沙门菌中携带的4种毒力基因(spvA、spvB、spvC和spvR)检出率介于7.1%~74.8%,携带的4种毒力岛基因(SPI-1 SPI-2、SPI-3和SPI-5)检出率介于38.6%~81.1%;127株沙门菌对阿莫西林、氨苄西林和磺胺二甲氧嘧啶等8种药物的耐药率介于56.7%~99.2%,以耐10(12.6%)、9(15.0%)和8(20.5%)种药物为主,耐药基因sul 1、sul 2、sul 3、tet(A)、tet(M)和tet(R)检出率介于32.3%~89.8%;经分析,地方品种鸡流行优势血清型与毒力基因和耐药基因均有一定的相关性。结果表明,从安徽省皖南地区4种地方品种鸡中分离的沙门菌具有多种血清型、携带多种毒力基因、耐药性严重,且携带多种耐药基因。

多重耐药弗劳地枸橼酸杆菌的基因组及耐药机制分析

目的对多重耐药弗劳地枸橼酸杆菌进行全基因组分析,为研究其耐药机制提供依据。方法采用含美罗培南的MH培养基对粪便标本进行初筛,经BD Phoenix100全自动微生物鉴定仪进行菌种鉴定及药敏试验,提取耐药菌总DNA进行二代测序和细菌多位点序列分型(MLST),经质粒全基因组序列分析检测质粒的组分和功能,并与参考质粒进行比较,通过质粒接合转移实验分析耐药质粒传递情况。结果413份粪便标本中分离出1株多重耐药弗劳地枸橼酸杆菌,该菌株对头孢菌素类、碳青霉烯类抗菌药物、复方磺胺甲噁唑的耐药率均为100%,对氨曲南、环丙沙星、左氧氟沙星、庆大霉素等抗菌药物呈现不同程度耐药;MLST分型的耐药弗劳地枸橼酸杆菌为ST22型,该菌株共含有5412个基因,含耐药基因367个,包括碳青霉烯酶类耐药基因、AmpC酶基因、大环内酯类耐药基因、氨基糖苷类耐药基、喹诺酮类耐药基因等。质粒的全基因组分析结果显示,该质粒含碳青霉烯类耐药基因blaNDM-1、blaSHV12,该质粒与泄殖腔肠杆菌菌株ECN49质粒和肺炎克雷伯菌菌株质粒pA575-NDM有极高的同源性;质粒接合实验显示,blaNDM-1和blaSHV-12可以通过质粒转移。结论弗劳地枸橼酸杆菌耐药的主要原因之一是含有blaNDM-1、blaSHV-12等耐药基因,并且该耐药性能通过质粒进行水平转移。

广州地区利奈唑胺耐药结核分枝杆菌耐药基因特征分析

目的分析广州地区利奈唑胺(linezolid,LZD)耐药结核分枝杆菌临床分离株耐药基因的突变特征,为控制广州地区耐利奈唑胺结核病提供一定的研究基础和依据。方法选取2012年1月~2022年1月广州市胸科医院住院患者的60株利奈唑胺耐药结核分枝杆菌的临床分离株,分为耐多药组和广泛耐药组。采用微孔板稀释法对60株菌株进行利奈唑胺最低抑菌浓度(MIC)检测,并对60株菌株的利奈唑胺耐药基因23S rRNA、rplC、rplD进行测序,分析其突变特征。结果60株LZD耐药株对LZD的MIC值分布于2~32μg/ml之间。耐多药组的MIC50和MIC90分别为2μg/ml、32μg/ml,广泛耐药组的MIC50和MIC90分别为8μg/ml、32μg/ml。60株菌株中发现有12株23S rRNA基因发生突变,其中有1株发生两个基因位点突变;有11株rplC基因发生突变,其中有1株发生双位点突变;发现2株rplD基因发生突变。23S rRNA、rplC基因突变发生率在不同性别和年龄患者中差异无统计学意义(P>0.05)。结论广州地区利奈唑胺耐药结核分枝杆菌耐药基因23S rRNA、rplC突变发生率明显高于rplD,在不同性别和不同年龄患者中的发生率无显著差异。

荧光定量PCR探针熔解曲线法在结核分枝杆菌耐药基因检测中的应用研究

探讨在结核分枝杆菌耐药基因检测中,对其予以荧光定量PCR探针熔解曲线法,观察分析应用价值。方法 本研究的时长段在2022年6月到2023年6月,统共1000例结核患者接受治疗,所有病患都拓展了抗结核药物的测验,且每一位患者的标本均予以荧光定量PCR探针熔解曲线法检测,药物敏感性测定结果为黄金基准,考察判辨荧光定量PCR探针熔解曲线法对利福平医药品、异烟肼医药品、乙胺丁醇医药品、链霉素医药品的诊断效能。结果 针对1000例的标本中,经过液体药敏试验检测显示对利福平药物耐药例数250例,役使溶解曲线观察耐药性包含了240例患者;对异烟肼医药有耐药性的液体药敏试验500例,应用溶解曲线检测耐药性包含了470例;经过液体药敏试验检测显示对乙胺丁醇药物耐药例数170例,予以熔解曲线法显示耐药140例。经过液体药敏试验检测显示对乙胺丁醇药物耐药例数300例,役使溶解曲线观察耐药性包含了240例患者。熔解曲线法对利福平医药品、异烟肼医药品、乙胺丁醇医药品、链霉素医药品的灵敏度分别为84.00%、84.00%、47.06%、66.67%;特异度分别为96.00%、90.00%、84.34%、94.29%;准确度分别为93.00%、97.00%、91.00%、86.00%。结论 在结核分枝杆菌耐药基因检测中,对其予以荧光定量PCR探针熔解曲线法,可得到较高的应用价值,灵敏度、特异度、准确度较高,可筛查结核病患者对利福平、异烟肼、乙胺丁醇等药物的耐药性,为临床治疗疾病提供可靠的依据。

鸡源大肠杆菌对β-内酰胺类药物的耐药性分析和耐药基因检测

为研究江苏部分地区鸡源大肠杆菌对β-内酰胺类抗菌药物的耐药情况和耐药基因,分析其耐药表型与耐药基因的相关性,以K-B纸片扩散法对分离的20株鸡源大肠杆菌进行11种β-内酰胺类药物的敏感性分析,PCR法检测bla_(CTX-M-1)、bla_(CTX-M-2)、bla_(CTX-M-8)、bla_(CTX-M-9)、bla_(TEM)与bla_(SHV)等6种耐药基因携带情况。结果显示:20株鸡源大肠杆菌对β-内酰胺类药物的耐药率较高,其中苯唑西林为100%,氨苄西林为75%,头孢呋辛为70%,对头孢哌酮、头孢曲松的耐药率最低,均为30%,且分离菌株表现为多重耐药;共检出3种耐药基因,bla_(CTX-M-1)、bla_(TEM)、bla_(SHV),检出率分别为85%、30%、30%,7株分离菌同时携带2种及以上耐药基因,占比35%(7/20);11种β-内酰胺类药物与blaCTX-M-1基因的符合率较高,均达85%以上,与bla_(SHV)基因的符合率相对低些,均在40%以下,且耐药表型与耐药基因型并不完全吻合。提示:江苏部分地区鸡源大肠杆菌对β-内酰胺类药物的耐药问题比较严重,应加强当地鸡源大肠杆菌的耐药性监测,从而选择合适的药物防治鸡大肠杆菌病。

34株鸭疫里默氏杆菌的分离鉴定及部分耐药基因调查分析

为更好的指导养殖场鸭疫里默氏杆菌病临床用药以及探究该菌多重耐药机制,本研究对安徽地区患病鸭采样、细菌分离鉴定后,进行生化鉴定、药敏试验,再根据药敏结果进行氨基糖苷类耐药基因以及Ⅰ类整合子鉴定。药敏试验结果表明该地区34株鸭疫里默氏杆菌分离株对头孢拉定、头孢曲松、氟苯尼考、大观霉素、磺胺异恶唑等抗生素较敏感,对卡那霉素、庆大霉素、丁胺卡那、链霉素、阿奇霉素等抗生素均有较强的耐药性;其中有97%的菌株存在多重耐药现象,最高可耐19种抗生素。15种氨基糖苷类耐药基因鉴定结果表明aac(6')Ⅰb基因、aac(6')Ⅱ基因、rmtC基因、aph(3')Ⅱa基因检出率分别为94.1%(32/34)、82.4%(28/34)、73.5%(25/34)、70.6%(24/34),其余基因均未检测到;同时34株分离株均携带Ⅰ类整合子,大小为1 kb,其基因盒种类为aadA1(链霉素耐药基因);其氨基糖苷类耐药表型和耐药基因符合率大于69%。因此,安徽地区鸭疫里默氏杆菌分离株多重耐药性严重,需加强对抗生素的用药规范性,特别要注意氨基糖苷类药物使用。

江苏省2016—2021年临床分离铜绿假单胞菌耐药及基因组特征分析

目的了解江苏地区临床分离的铜绿假单胞菌耐药情况及基因特征。方法收集2016—2021年江苏地区各哨点医院临床分离的铜绿假单胞菌,采用肉汤稀释法对分离株进行10类19种抗菌药物的敏感性测定,对分离株行全基因组测序并多位点序列分型,综合抗菌药物耐药性数据库(CARD)扫描分析耐药基因。结果2016—2021年通过致病菌识别网12个市的哨点医院收集患者分离的铜绿假单胞菌101株。药敏试验结果显示,全部菌株对共计6类8种抗菌药物全部耐药,包括酰胺醇类抗生素氯霉素、磺胺类的复方磺胺甲口恶唑、头孢菌素类的头孢噻肟和头孢唑林、四环素类的四环素、青霉素类的氨苄西林及氨苄西林/舒巴坦以及β-内酰胺类的阿莫西林/克拉维酸;45.54%的分离株为碳青霉烯类耐药菌株,对亚胺培南、美罗培南两种碳青霉烯类抗生素的耐药率已分别达45.54%、39.60%;耐10种以上抗生素的菌株达63.36%;共发现35种耐药表型,其中1株菌对19种抗菌药物广泛耐药,耐药谱为AMC-AM-SAM-CZ-CTX-C-TE-SXT的菌株最多(31.69%,32株)。多位点序列分析发现75个ST型,聚类发现ST 262处于中心点,并遗传进化出11个亚型或分支。全基因组扫描发现6类18种抗菌药物耐药基因,crp P基因的携带情况与表型完全一致。结论2016—2021年江苏地区临床分离的铜绿假单胞菌耐药情况严重,两种碳青霉烯类抗生素的耐药率、耐10种以上抗生素的菌株比例高于国内其他省份,应引起高度重视。

RT-fqPCR检测腐乳耐药基因方法的建立及应用

该研究根据腐乳中微生物全基因组测序结果中耐药基因的丰度筛选出3种耐药基因(Baca、Emra、Imrp)设计引物,建立一种非培养方式—实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-fqPCR)方法检测不同腐乳样品中微生物可能存在的耐药基因,并对该方法的灵敏度、抗干扰能力及重复性进行检测,最后应用于市售腐乳样品中耐药基因的检测。结果表明,建立的RT-fqPCR方法对3种耐药基因检测的灵敏度较高,均达到5.4 pg;添加黄豆基因对检测结果影响不显著,抗干扰能力较好;重复性试验结果的相对标准偏差(RSD)均<1.8%,重复性较好。采用该方法对市售的47批次腐乳样品进行检测发现,3种耐药基因Baca、Emra、Imrp在腐乳中的检出率较高,分别为96.5%、92.2%和97.2%;青方腐乳、白方腐乳、红方腐乳3类腐乳含有的耐药基因分别为84.4%、83.3%和89.6%。综上,建立的RT-fqPCR方法可快速检测不同腐乳中的3种耐药基因。

鸡源大肠杆菌生物被膜形成与耐药性、毒力基因的关联性分析

旨在了解鸡源大肠杆菌临床分离株生物被膜形成能力与耐药性、毒力基因之间的关系。通过刚果红试验、结晶紫染色法测定生物被膜形成能力;采用微量肉汤稀释法检测分离株对阿莫西林、氟苯尼考、庆大霉素等8种抗菌药的耐药性;PCR检测常见耐药、毒力基因携带情况;采用实时荧光定量PCR检测毒力基因在生物被膜阳性菌中的表达量。结果表明,在51株分离株中,生物被膜阳性菌株比例为19.61%,阳性菌株中,OD_(600)最大值为2.233±0.702,最小值为0.374±0.099,其他介于1.455~1.604之间;耐药性检测显示,生物被膜阳性菌株对头孢喹肟、氟苯尼考、庆大霉素、阿米卡星、黏菌素的耐药率均高于阴性菌株,其中对阿米卡星和黏菌素差异显著(P<0.05),但对多西环素耐药率低于阴性菌株,差异显著(P<0.05),二者对阿莫西林+克拉维酸、恩诺沙星耐药率无差异;OD_(600)值最大的E13对8种测定药物全部耐药,6株OD_(600)值介于1.455~1.604的菌株对5种及以上抗菌药产生耐药性,OD_(600)值为0.374的菌株E39为敏感菌株。PCR结果显示耐药基因bla_(CTX-M-9)、bla_(CTX-M-U)、bla_(OXA-1)、mcr-1、rmtB、floR在生物被膜阳性菌株中的检出率高于阴性菌株,菌株E13同时携带9种耐药基因;共检出16种毒力基因,其中fimH、astA、aggR、irp1、iucD、fyuA、ybtA、ompA在生物被膜阳性菌株中的检出率高于阴性菌株,且阳性菌株毒力基因型复杂;以OD_(600)值为0.374的E39菌株为对照,OD_(600)值较大的生物被膜阳性菌株中,fimH、ompA、ompA、iucD、hlyF毒力基因表达呈现上调趋势。综上,与生物被膜阴性菌株相比,大肠杆菌生物被膜阳性菌株耐药更为严重,携带毒力基因型更加复杂多样,且毒力基因表达呈现上调趋势。

鲍曼不动杆菌耐药基因及检测手段

鲍曼不动杆菌是一种普遍存在的革兰阴性需氧球杆菌。由于基因组可塑性强,在遗传学水平上鲍曼不动杆菌的不同分离株之间存在高度异质性(1,2)。作为“逃逸”菌株之一,鲍曼不动杆菌拥有多重耐药性和很强的抗逆性,从而避免抗菌剂的作用。由于其对大肠杆菌素,替加环素和碳青霉烯类等最后抗生素方案的耐药性,因而被世界卫生组织和美国疾病控制和预防中心列为“高度优先”,成为最具有威胁性的ESKAPE病原体之一(3)。其可以透过皮肤或呼吸道缺陷的病人进行传播,也会经由重症监护室中呼吸机呼吸的患者进行进一步的院内传播,老年人因多重耐药鲍曼不动杆菌引起的菌血症使得其死亡风险增加近5倍,鲍曼菌血症是引起30 d住院死亡率最高的独立危险因素,因此鲍曼不动杆菌感染成为重症监护患者或易受感染患者的主要风险因素。鲍曼不动杆菌感染一般会引起皮肤,软组织或伤口感染、菌血症、心内膜炎、尿路感染、脑膜炎和肺炎。鲍曼不动杆菌的血液感染导致的死亡率为28%~43%(4,5)。本文总结了目前药物抗菌活性的常用测定方法,并对鲍曼不动杆菌耐药基因及检测方法的研究进展进行综述,以期为研究鲍曼不动杆菌感染的临床与科研工作者做参考。

北京地区食源性沙门菌消毒剂抗性基因和耐药基因分布及相关性分析

为了解北京地区消毒剂抗性基因分布、携带情况及其与耐药基因之间的关系,本试验采集北京市6个行政区共计39家超市及农贸市场的猪肉和鸡肉样品,分离培养沙门菌并进行鉴定,随后结合Seqsero2、Staramr和Diamond等生物信息学软件对沙门菌的消毒剂抗性基因和耐药基因进行筛选与分析。结果显示,从28家超市和11家农贸市场的148份猪源和147份鸡源样品中共分离得到79株(26.78%)沙门菌。所有分离菌株共预测得到17种血清型,其中71株鉴定得到16种序列型(ST),大部分分离菌株的血清型与ST型一一对应,其中优势菌株为肠炎沙门菌ST11(n=24)。共检出32个消毒剂抗性基因,其中非共同携带的抗性基因有5个,包括外膜孔道蛋白基因opmD/npmC(携带率72.15%)、有机汞调控蛋白基因merR2(携带率37.97%)、季铵盐类消毒剂抗性基因qacEΔ1(携带率21.52%)和qacF(携带率12.66%)、外排泵基因oqxAB(携带率1.27%)。共检测出50个耐药基因,覆盖氨基糖苷类、大环内酯类和四环素类等共10类抗菌药物,其中氨基糖苷类占比最高(36.00%)。相关性分析结果显示,消毒剂抗性基因个数与耐药基因种类数量之间存在显著的正相关(R=0.43,P=6.3×10^(-5)),提示沙门菌在携带消毒剂抗性基因的同时,可能也携带更多种类的耐药基因。本试验为指导食品消毒剂的合理使用、保障北京地区食品安全和疾病预防提供理论支持,具有公共卫生学意义。

部分市售鲜切水果和现制果汁饮料微生物群落结构及耐药基因特征研究

目的 分析北京市部分市售鲜切水果和现制果汁饮料微生群落结构和耐药基因分布特征。方法 采用宏基因组测序技术对食品中细菌群落进行注释,使用综合抗生素耐药性数据库(CARD)对注释到的耐药基因进行比对。结果 使用宏基因组测序注释到13 239个菌种,其中相对丰度高于0.10%的共有51个菌种,食源性致病菌有金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,3.49%),屎肠球菌(Enterococcus faecium,0.35%),宋内志贺菌(Shigella sonnei,0.33%),单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes,0.27%),粪肠球菌(Enterococcus faecalis,0.26%),艰难梭菌(Clostridioides difficile,0.12%),麦氏弧菌(Vibrio metschnikovii,0.12%)和肠道沙门菌(Salmonella enterica,0.11%)。33个样品中检测到属于38个抗生素类型的855个耐药基因。结论 本研究初步了解到市售鲜切水果和现制果汁饮料中微生物群落结构和耐药基因分布,为进一步开展食品污染物监测提供了依据。

广东鹅源多杀性巴氏杆菌的分离鉴定、耐药表型和耐药基因的检测及相关性分析

为了解广东地区鹅源多杀性巴氏杆菌(Pm)的流行情况、药物敏感性、耐药基因的携带情况以及耐药表型与耐药基因的相关性,本实验对2019年~2022年从广东地区采集的193份疑似感染Pm病鹅的心脏血液和肝脏组织划线接种于不同的培养基分离细菌,对分离菌纯化后采用PCR扩增分离菌的KMT1基因并测序,采用多重PCR扩增分离菌的5个荚膜基因及8个脂多糖基因,分析分离菌的荚膜分型与脂多糖(LPS)分型。结果显示分离到83株鹅源Pm,其中82株为荚膜A型,1株无法通过荚膜定型;LPS分型为L1型。采用K-B纸片扩散法检测分离菌的药物敏感性;通过PCR检测分离菌7类药物的15种耐药基因,包括β-内酰胺类(bla_(CTX-M)、bla_(TEM)、bla_(OXA))、氨基糖苷类(aadA1、aph(3’)Ila)、喹诺酮类(qnrA、qnrB、qnrS)、酰胺醇类(floR)、四环素类(tetM、tetX)、大环内酯类(ermF、ereD)、磺胺类(sul1、sul3)耐药基因。采用统计学软件SPSS22中的完全随机设计两样本率的卡方检验分析分离菌的耐药表型和相应耐药基因的相关性。药敏试验结果显示,83株鹅源Pm对多种药物敏感性较高,其中对喹诺酮类的环丙沙星和氧氟沙星、氨基糖苷类的丁胺卡那和大观霉素、β-内酰胺类的头孢曲松、磺胺类的复方新诺明、大环内酯类的阿奇霉素敏感的菌株占比均在63%以上;对氨基糖苷类的链霉素和卡那霉素耐药的菌株占比高于50%,对氨基糖苷类的新霉素和四环素类的四环素耐药的菌株分别占49.40%(41/83)和46.99%(39/83)。耐药基因的检测结果显示,分离菌检出耐药基因qnrB、sul3、blaTEM、aadA1、aph(3’)Ila、ereD、ermF、tetM、floR,检出率分别为9.63%(8/94)、27.71%(23/83)、28.92%(24/83)、48.19%(40/83)、14.46%(12/83)、49.40%(41/83)、3.61%(3/83)、1.20%(1/83)、32.53%(27/83),未检出耐药基因qnrA、qnrS、sul1、tetX、bla_(CTX-M)、bla_(OXA)。相关性分析结果显示,aadA1基因与Pm对新霉素、链霉素、卡那霉素、大观霉素的耐药性具有极显著的相关性(P<0.001);bla_(CTX-M)基因、floR基因分别与Pm对头孢拉定、氟苯尼考的耐药性具有显著相关性(P<0.05)。上述结果表明,广东地区鹅源Pm主要为A∶L1基因型,对多种药物敏感,耐药基因携带率不高,部分药物的耐药表型与耐药基因具有相关性。本研究为广东地区鹅源Pm病的监测和防治提供参考依据,为Pm耐药机制的研究奠定基础。

兔源肠致病性大肠埃希菌全基因组测序及毒力和耐药基因分析

目的揭示一株从腹泻实验兔中分离到的肠致病性大肠埃希菌ILAREc-01的基因组特征、毒力基因和耐药基因分布情况。方法采用高通量测序法对基因组序列进行测定,采用VFDB、ARDB、CAZy、SWISS-PROT、COG、CARD、KEGG、T3SS等8个数据库对基因组中的基因功能进行预测,并且对ILAREc-01菌株进行了遗传进化分析。结果ILAREc-01基因组中编码5249个基因;CARD数据库分析表明ILAREc-01菌株具有7类耐药机制的59个耐药基因;通过VFDB数据库分析,在ILAREc-01中注释了553个毒力基因,并发现了肠细胞脱落位点毒力岛(LEE);ILAREc-01与FORC028、E2865和110512株具有较高的同源性。结论本研究进行了兔源肠致病性大肠埃希菌ILAREc-01的全基因组测序,完成了毒力基因和耐药基因的注释,并开展了遗传进化分析,为揭示该病原的致病机制和科学防控实验兔大肠埃希菌病提供了数据支撑。

空气中抗生素耐药菌和耐药基因的赋存特征及研究现状

抗生素被广泛用于医疗和养殖行业,由此引起的微生物耐药性已成为全球公共卫生难题。当前对土壤和水体环境中抗生素耐药菌(Antibiotic-resistant bacteria,ARB)及耐药基因(Antibiotic resistance genes,ARGs)的报道较多,而针对空气中的研究较为缺乏。本文全面揭示了国内外不同类型环境空气中ARB和ARGs的赋存特征、影响因素及传播机制,以期为微生物耐药性的跨介迁移规律解析及科学应对提供理论支撑。结果表明,空气中ARB和ARGs的丰度受环境条件影响,养殖场、污水处理厂及医院等典型污染区丰度较高,四环素类、磺胺类和β-内酰胺类ARGs为主要类型。其中,养殖场空气中ARGs的丰度高于其他环境2~3个数量级,猪舍在所有畜禽舍类型中丰度最高。目前,对空气中ARB和ARGs的采样要求缺乏统一的规范标准,采样季节、时长、粒径及共存污染物均对测定结果产生影响。同时,大气污染程度、土壤含水率、降水情况及气团运动等一定程度上影响着空气中ARB和ARGs的环境行为,有关其在土壤−大气界面的迁移规律及驱动机制仍有待进一步深入研究。

mcr-1基因阳性禽源性大肠埃希菌耐药基因研究

目的调查鲁中地区禽源性大肠埃希菌mcr-1基因的携带情况,了解mcr-1基因阳性禽源性大肠埃希菌对常用β-内酰胺类药物、氨基糖苷类药物、喹诺酮类药物耐药基因的携带情况,掌握其耐药性。方法收集2020年4月至2021年10月鲁中地区3家大规模养殖场302份健康活鸡、鸭肛拭子新鲜粪便,对分离的大肠埃希菌用聚合酶链反应(PCR)检测mcr-1基因的携带率。对mcr-1阳性大肠埃希菌,采用BD凤凰hoenix TM 100 NMIC/ID-4复合板鉴定菌种及进行药敏试验,采用PCR检测各种β-内酰胺类药物耐药基因、氨基糖苷类修饰酶耐药基因、16S rRNA甲基化酶耐药基因和质粒介导的喹诺酮类药物耐药基因。结果302份样品中共分离出291株禽源性大肠埃希菌,其中27株携带mcr-1基因,mcr-1基因携带率为9.3%。27株mcr-1基因阳性禽源性大肠埃希菌中:超广谱β-内酰胺酶(ESBL)基因CTX-M-14、CTX-M-15、TEM-1携带率分别为100.00%(27/27)、70.37%(19/27)、74.07%(20/27);质粒介导AmpC酶耐药基因CMY-2携带率为14.81%(4/27);未检出bla SHV、bla DHA、OXA等β-内酰胺类药物相关耐药基因;未检出碳青霉烯酶基因;16S rRNA甲基化酶耐药基因rmtB及氨基糖苷类修饰酶耐药基因aac(6′)-Ⅰb-cr、ant(3″)-Ⅰ的携带率分别为25.93%(7/27)及25.93%(7/27)、92.59%(25/27);喹诺酮类药物耐药基因qnrS的携带率为81.48%(22/27),未检出qnrA、qnrB基因。对多黏菌素B、头孢噻肟、头孢西丁、左氧氟沙星、复方磺胺甲噁唑表现出了100.00%耐药,对头孢吡肟、头孢他啶、氨曲南、哌拉西林/他唑巴坦、阿米卡星和庆大霉素的耐药率分别为85.19%、33.33%、62.96%、14.81%、25.93%和77.78%,未出现对碳青霉烯类药物耐药的菌株。结论禽源性大肠埃希菌mcr-1基因的携带率为9.3%,是引起多黏菌素耐药的主要耐药机制。mcr-1基因阳性禽源性大肠埃希菌同时携带多种耐药基因,表现出多重耐药的特征。