突变等位基因肿瘤特异性对甲状腺乳头状癌的诊断价值和预后相关性分析

目的探讨突变等位基因肿瘤特异性对甲状腺乳头状癌的诊断价值和预后相关性。方法选取132例甲状腺乳头状癌患者作为研究对象,应用突变等位基因肿瘤特异性(MATH)将患者分为高MATH组和低MATH组,甲状腺乳头状癌患者的MATH在2.57到93.72之间,平均为29.46±16.21;因此将MATH≥29.46的患者分为高MATH组,共65例,将MATH<29.46的患者纳入低MATH组,共67例,对比两组基因突变不同类型患者的的临床病理特征,最后分析突变等位基因肿瘤特异性对甲状腺乳头状癌的预后相关性。结果对比两组患者临床病理特征发现,患者的性别、年龄、临床分期、BRAF基因型对比无明显差异(P>0.05);对比两组基因突变不同类型患者临床病理特征发现,两组性别、年龄、肿瘤大小、钙化情况对比无明显差异(P>0.05),淋巴结节转移例数对比差异显著(P<0.05);对单因素分析具有统计学差异指标进行赋值:MATH值不是甲状腺乳头状癌患者生存情况的显著预测因素(P=0.459),BRAF基因型对于甲状腺乳头状癌患者的生存情况无显著影响(P=0.464),在BRAF突变型之中,高MATH者的生存率显著低于低MATH患者(P=0.030),在BRAF野生型甲状腺乳头状癌患者中,高MATH者的生存率显著低于低MATH患者(P=0.016)。结论突变等位基因肿瘤特异性可以在BRAF野生型和突变型之中预测甲状腺乳头状癌患者的预后情况,具有临床诊断价值,可以用于临床治疗指导。

基于F-score和二进制灰狼优化的肿瘤基因选择方法

针对肿瘤基因数据维度高、噪声多、冗余性高的现状,结合Spearman相关系数改进F-score算法,在此基础上优化二进制灰狼算法,提出了一种基于改进F-score和二进制灰狼算法的肿瘤基因选择算法.首先,考虑特征之间的相关性,计算每个特征的F-score值和特征之间的Spearman相关系数的绝对值;然后,计算权重系数得出各个特征的权重值,依据重要性进行排序,选出初选特征子集;最后,通过收敛因子的衰减曲线和初始化方法优化二进制灰狼算法,调整全局搜索和局部搜索所占比例,增强全局搜索能力并提高局部搜索速度,有效节省时间开销,提升特征选择的分类性能和效率,得到最优特征子集.在9个肿瘤基因数据集上测试所提算法,在分类准确率和筛选特征数目两个指标上进行仿真实验,并与4种其他算法进行对比,实验结果证明所提算法表现良好,可有效降低基因数据维度,并具有较好的分类精度.

肿瘤转移相关基因1、血管内皮生长因子C在肺癌术前评估中的价值分析

目的探讨肿瘤转移相关基因1(MTA1)、血管内皮生长因子C(VEGF-C)检测在肺癌患者术前分期及淋巴结转移中的评估价值。方法我院收治的203例接受手术治疗的肺癌患者,比较肿瘤组织及癌周正常组织MTA1、VEGF-C表达阳性率,采用Spearman相关性分析MTA1与VEGF-C表达的关系,不同临床资料患者MTA1、VEGF-C阳性表达率,采用Logistics回归分析肺癌患者淋巴结转移影响因素,比较不同淋巴结转移情况肺癌患者肿瘤组织MTA1、VEGF-C表达量,采用ROC曲线获取MTA1、VEGF-C诊断肺癌淋巴结转移表达量截断值并判断诊断价值。结果肿瘤组织MTA1、VEGF-C表达阳性率高于癌周正常组织(P<0.05),MTA1与VEGF-C表达阳性正相关(P<0.05),肿瘤中低分化的MTA1、VEGF-C阳性表达占比均高于肿瘤高分化,术前ⅢA期MTA1、VEGF-C阳性表达占比均高于术前Ⅰ期,淋巴结转移的MTA1、VEGF-C阳性表达占比均淋巴结未转移(P<0.05)。MTA1、VEGF-C表达阳性为肺癌患者淋巴结转移的独立危险因素(P<0.05),淋巴结转移患者肿瘤组织MTA1、VEGF-C表达量高于淋巴结未转移患者(P<0.05)。MTA1、VEGF-C对肺癌淋巴结转移AUC为0.837、0.819,均具有良好诊断效能(P<0.05)。结论MTA1与VEGF-C互相影响,在肺癌组织发生发展过程中发挥重要作用,MTA1、VEGF-C表达阳性提示患者存在较高淋巴结转移风险,通过检测MTA1、VEGF-C表达量有助于判断肺癌患者淋巴结转移。

半胱氨酸双加氧酶1基因启动子甲基化在肿瘤研究中的应用

半胱氨酸双加氧酶1(cysteine dioxygenase 1,CDO1)是一种肿瘤抑制基因(tumor suppressor gene,TSG),参与细胞增殖、分化、凋亡及铁死亡等一系列生理过程。DNA甲基化是人类肿瘤中表观遗传学修饰的主要方式之一,CDO1是一种与恶性肿瘤高度相关的甲基化基因(highly relevant methylation gene,HRMG),在多种人类癌症中被其甲基化启动子所沉默,甲基化的CDO1基因启动子是人类肿瘤中最常见的早期特异性诊断标志物之一。本文就CDO1生物学功能及其启动子DNA的甲基化在肿瘤中的作用及调控作一综述。

miR-362-3p调控垂体肿瘤转化基因1抑制口腔鳞状细胞癌侵袭及增殖的研究

目的探讨垂体肿瘤转化基因1(PTTG1)在miR-362-3p作用下对口腔鳞状细胞癌(OSCC)细胞Cal-27、HN-30侵袭以及增殖能力的影响。方法生物信息学在线数据库查询PTTG1在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中的表达。蛋白质印迹法(Western blot)实验检测PTTG1在Cal-27、HN-30以及HOK细胞系中的表达。划痕愈合实验、Transwell侵袭实验及5-乙炔基-2’脱氧尿嘧啶核苷(EdU)细胞增殖实验检测PTTG1对Cal-27、HN-30细胞迁移、侵袭、增殖的影响。生物信息学在线数据库预测PTTG1的上游miRNA,双荧光素酶实验检测结合情况,实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测该miRNA在组织中的表达。结果ENCORI数据库结果显示PTTG1在OSCC组织中表达上调;Western blot实验显示Cal-27、HN-30细胞中PTTG1表达量较HOK细胞中高。转染Si-PTTG1质粒的Cal-27、HN-30细胞的迁移能力、侵袭能力和细胞增殖能力均较对照组降低(P<0.05)。通过网站预测出PTTG1的上游miRNA为miR-362-3p,双荧光素酶实验检测出PTTG1与miR-362-3p存在结合位点;qRT-PCR检测结果显示miR-362-3p在OSCC肿瘤组织中相对于正常组织表达下调(P<0.05);并且敲低miR-362-3p的表达后能够促进敲低PTTG1后的Cal-27、HN-30侵袭和增殖。结论miR-362-3p可通过靶向PTTG1抑制Cal-27、HN-30细胞侵袭、增殖。

肿瘤抑制基因7L通过Wnt/β-catenin信号通路抑制胰腺癌细胞生长的作用机制

目的 探讨肿瘤抑制基因(ST)7L对胰腺癌细胞增殖和凋亡能力的影响及其作用机制。方法 收集胰腺癌患者及健康体检者血浆标本各22例,同时收集胰腺癌组织和癌旁组织标本13对。将ST7L过表达质粒及空白质粒分别转染胰腺癌细胞作为ST7L组和对照组,将ST7L敲降质粒及空白质粒分别转染胰腺癌细胞作为si-ST7L组和si-NC组。采用实时荧光定量(qRT)-PCR检测临床样本中ST7L的表达水平;采用Western blot检测胰腺癌细胞系中ST7L的表达水平;采用细胞计数试剂盒8(CCK-8)法检测细胞增殖情况,流式细胞仪检测细胞凋亡情况,Western blot检测相关蛋白表达水平并分组进行比较。结果 胰腺癌患者血浆ST7L表达水平明显低于健康对照者,胰腺癌组织中ST7L的表达水平显著低于对应癌旁组织;ST7L在胰腺癌细胞系PANC-1、AsPC-1、PaCa-2中的表达水平均明显低于胰腺导管正常细胞H6C7(P<0.05)。ST7L组及对照组细胞24 h、48 h、72 h及96 h的增殖能力均依次升高,ST7L组细胞24 h、48 h、72 h及96 h的增殖能力均明显低于同期对照组(P<0.05)。ST7L组PANC-1及PaCa-2细胞凋亡率均高于对照组;ST7L组PANC-1及PaCa-2细胞凋亡相关蛋白Caspase-3表达水平均高于对照组,而Bcl-2表达水平均低于对照组(P<0.05)。ST7L组细胞β-catenin、c-Myc和Cyclin D1的表达均低于对照组;si-ST7L组细胞β-catenin、c-Myc和Cyclin D1的表达均高于si-NC组(P<0.05)。结论 ST7L可能通过降低Wnt/β-catenin信号通路相关蛋白的表达来抑制胰腺癌细胞生长。

幽门螺杆菌、恶性脑肿瘤缺失基因1与胃癌发病机制的研究进展

全球每年有100多万人被确诊胃癌,未来全球的胃癌负担仍将加重,胃癌的诊治和防控任重而道远。幽门螺杆菌(HP)是胃癌的病因之一,治疗HP感染及研究其致癌机制对胃癌诊治具有重要作用。恶性脑肿瘤缺失基因1(DMBT1)在人类各组织内广泛表达,但在多种恶性肿瘤中表达异常,其与HP、胃癌的发生发展均联系密切。本文对HP、DMBT1和胃癌发病机制的研究进展进行综述,以期为胃癌的诊治和防控提供新思路。

遗传了肿瘤基因,就一定会得肿瘤吗

肿瘤是威胁人类健康的重大疾病,其发生机制复杂而深奥,其中遗传因素扮演着不可忽视的角色。从视网膜母细胞瘤的明确遗传模式,到乳腺癌、胃癌等家族聚集现象的广泛存在,无不昭示着遗传在肿瘤发生中的重要作用。家族史,作为遗传信息的直接体现,对个体罹患肿瘤的风险具有显著影响。本文旨在探讨遗传与肿瘤之间的微妙联系,揭示家族史在肿瘤发生中的影响力度,以期提高公众对肿瘤预防的认识,促进早期筛查与干预策略的实施,共同守护生命的健康与安宁。

信号转导和转录激活因子3和长链非编码RNA肿瘤易感候选基因11在子痫前期胎盘中的表达及与胎盘螺旋动脉重铸的关系

目的 探究子痫前期(PE)病人胎盘组织中信号转导及转录活化因子3(STAT3)、长链非编码RNA肿瘤易感候选基因11(lncRNA CASC11)表达水平与胎盘螺旋动脉重铸的关系。方法 选取2019年1月至2022年4月于沧州市人民医院行剖宫产分娩的68例PE病人为PE组,并选取同期该院行剖宫产分娩的68例健康孕妇为健康组。比较PE组、健康组一般资料及胎盘组织中STAT3 mRNA、lncRNA CASC11表达水平;分析PE病人胎盘组织中STAT3 mRNA表达水平与lncRNA CASC11的相关性;比较健康组与PE组胎盘螺旋动脉管壁厚度、管腔面积;分析PE病人胎盘组织中STAT3 mRNA、lncRNA CASC11表达水平与胎盘螺旋动脉管壁厚度、管腔面积的相关性。结果 PE组病人舒张压、收缩压高于健康组(P<0.05),胎盘组织中STAT3mRNA、lncRNA CASC11表达水平分别为0.40±0.14、0.46±0.15,低于健康组的1.04±0.35、1.01±0.34(P<0.05),胎盘螺旋动脉管壁厚度高于健康组(P<0.05),管腔面积小于健康组(P<0.05);PE病人胎盘组织中STAT3 mRNA表达水平与lncRNA CASC11,及STAT3 mRNA、lncRNA CASC11表达水平与胎盘螺旋动脉管腔面积均呈正相关(P<0.05),STAT3 mRNA、lncRNA CASC11表达水平与胎盘螺旋动脉管壁厚度呈负相关(P<0.05)。结论 PE病人胎盘组织中STAT3 mRNA、lncRNA CASC11表达水平均较低,二者均与胎盘螺旋动脉重铸关系密切,可能为临床诊治PE提供新方向。

肿瘤免疫基因治疗进展

目的 了解肿瘤免疫基因治疗在提高肿瘤治疗效果方面的作用。方法 采用文献回顾方法对有关肿瘤免疫基因治疗进展进行综述。结果 肿瘤免疫基因治疗的方法主要有 :①细胞因子基因导入效应细胞 ;②转基因肿瘤疫苗 ;③联合基因治疗。结论 免疫基因治疗可提高肿瘤治疗疗效。

癌基因c-erbB-2、抗癌基因p53表达与卵巢肿瘤生物学行为的关系

应用免疫组织化学ＡＢＣ、Ｓ－Ｐ法对１０２例卵巢肿瘤进行ｃ－ｅｒｂＢ－２、ｐ５３表达的研究。结果显示：１）１０２例卵巢肿瘤ｃ－ｅｒｂＢ－２表达阳性率为７０．５％，恶性及交界性肿瘤阳性表达率明显高于良性肿瘤，有统计学差异，其中浆液性囊腺癌阳性率为８１．５％，高于浆液性囊腺瘤的３７．５％（Ｐ＜０．０５）。２）１０２例卵巢肿瘤ｐ５３阳性率为６７．６４％，其中粘液性囊腺癌及交界瘤阳性率分别为７２．７％、７０％，高于粘液性囊腺瘤的４０％，但无统计学差异（Ｐ＞０．０５）。３）ｃ－ｅｒｂＢ－２、ｐ５３在卵巢肿瘤中的表达有协同作用，同时表达占５１．９６％，其中４８例卵巢癌随访其表达率与预后有关。提示ｃ－ｅｒｂＢ－２、ｐ５３联合检测有利于卵巢肿瘤的早期诊断和评估预后。

K-split Lasso:有效的肿瘤特征基因选择方法

随着DNA微阵列技术的出现,大量关于不同肿瘤的基因表达谱数据集被发布到网络上,从而使得对肿瘤特征基因选择和亚型分类的研究成为生物信息学领域的热点。基于Lasso(least absolute shrinkage and selection operator)方法提出了K-split Lasso特征选择方法,其基本思想是将数据集平均划分为K份,分别使用Lasso方法对每份进行特征选择,而后将选择出来的每份特征子集合并,重新进行特征选择,得到最终的特征基因。实验采用支持向量机作为分类器,结果表明K-split Lasso方法减少了冗余特征,提高了分类精度,具有良好的稳定性。由于每次计算的维数降低,K-split Lasso方法解决了计算开销过大的问题,并在一定程度上解决了"过拟合"问题。因此K-split Lasso方法是一种有效的肿瘤特征基因选择方法。

肿瘤基因选择方法LLE Score

针对处理肿瘤基因表达数据特征选择问题,提出了一种特征选择方法 LLE Score.该方法是典型的过滤器类型特征选择方法,在样本类别信息的基础上,LLE Score针对特征向量的局部邻域保存能力进行评价,并且根据评价结果进行特征的选取,以此达到良好的特征选择效果.在实验部分对肿瘤数据集进行特征选择,并采用支持向量机分类器计算分类准确率.通过分类准确率说明了该方法的有效性.

临床肿瘤基因组学与肿瘤个体化治疗

肿瘤治疗在循证医学的基础上逐渐向循因医学过渡,肿瘤个体化治疗已成为肿瘤治疗的发展方向。肿瘤患者对各种化疗药物存在明显的个体差异,其主要原因是患者个体肿瘤相关基因表达的差异和多态性。因此,逐步实现以肿瘤基因组学为指导的个体化治疗显得越来越重要。

肿瘤转移相关基因cDNA芯片的制备与应用

目的建立制备肿瘤转移相关基因cDNA基因芯片的方法,并探讨其在肿瘤转移表达谱应用方面的意义。方法选择了399个已知转移相关基因克隆,经PCR扩增纯化后,以Cartesian Pixsys 5500芯片点样仪点布于多聚赖氨酸包被的玻片上;采用Cy3-dUTP和Cy5-dUTP双重荧光标记人大肠癌和肺癌细胞、正常组织、大肠癌和肺癌组织总RNA并与阵列进行杂交。结果经ScanArrayTM 4000共聚焦荧光扫描仪检测,图像背景均匀,信号清晰,效果满意。对大肠癌细胞系和组织标本及肺癌标本表达基因扫描结果行联合聚类分析发现:两种癌的基因表达大多数相同,仅少数有差别,有30种在两种转移癌中呈持续上调或下调的基因,包括运动因子基因、粘附分子、蛋白水解酶、癌基因、抑癌基因、抑制或促进凋亡基因以及诱导血管增生和信号转导的基因等。结论优化的cDNA基因芯片制备技术用于基因表达分析有较高的效率和可靠的实用性能。检测的肿瘤转移相关基因的表达在两种癌无明显差别,表明不同癌其浸润和转移的分子机制大致相同。

肿瘤抗原基因OVA66对肿瘤细胞生物学特征的影响

目的:探讨肿瘤抗原基因OVA66对肿瘤细胞生物学特征的影响。方法:采用脂质体法,以重组真核表达载体pcDNA3.1-OVA66转染肝癌细胞系SMMC-7721,经G418稳定筛选、克隆及扩增,采用RT-PCR、Westernblot和免疫细胞化学(ICC)染色法,检测目的基因及其蛋白的表达。用FACS检测细胞周期的变化;电镜技术观察细胞的超微结构;体外运动、侵袭实验检测细胞运动及侵袭能力;并应用基因芯片技术检测相关基因的差异表达。结果:RT-PCR检测显示,转染pcDNA3.1-OVA66的细胞中OVA66基因呈高表达。Westernblot显示,在OVA66蛋白处出现明显的条带。电镜和FACS检测表明,该基因可增强肿瘤细胞的增殖能力。体外运动、侵袭实验证实,该基因可促进肿瘤细胞的迁移、侵袭。基因芯片显示,该基因的高表达可促进Ⅰ型纤溶酶原激活物抑制剂(PAI-1)等基因的表达,影响肿瘤的侵袭和转移。结论:OVA66基因及其蛋白可促进肿瘤细胞的增殖、侵袭、转移等一系列生物学功能。

CRISPR/Cas9基因编辑系统在肿瘤研究中的应用进展

CRISPR/Cas9(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat/CRISPR-associated nuclease 9)基因编辑系统是基于古细菌抵御外源核酸入侵的免疫机制为基础开发出来的一种新型的基因编辑技术。相对于传统的基因编辑系统,该系统具有更加高效、操作简单、细胞毒性小等特点。目前,CRISPR/Cas9基因编辑技术已经在肿瘤研究的诸多方面中得到应用,包括肿瘤相关基因的功能研究、构建动物肿瘤模型、筛选肿瘤细胞表型及耐药相关基因以及肿瘤的基因治疗等诸多方面。本文就其在肿瘤研究中的应用进展进行综述。

肿瘤抑制基因DNA甲基化与宫颈癌研究进展

子宫颈癌居女性恶性肿瘤发病率第二位,严重威胁着女性的生命和健康。实验发现,表观遗传学改变与人类多种肿瘤有着密切的关系,而肿瘤抑制基因DNA甲基化则是宫颈癌中常见的表观遗传学现象,与宫颈癌发生发展有着密不可分的联系。肿瘤抑制基因DNA甲基化研究将为宫颈癌发生机制研究,宫颈癌筛查及治疗提供新思路。