基于高密度基因芯片的福恢2165重要农艺性状分子基础解析

【目的】福恢2165作为一种表现优良的恢复系,具有株叶形态好、配合力高、抗稻瘟病和米质优等特点。因此,明确福恢2165重要农艺性状的分子基础,可以为材料改良和杂交稻育种提供参考,促进福恢2165在水稻生产中的安全应用。【方法】评价福恢2165对稻瘟病的抗性表现,并通过水稻全基因组芯片技术分析材料的纯合度及基因组片段来源。检测与产量、抗非生物和生物逆境、品质、生育期、育性和株型等重要农艺性状相关的功能基因。对福恢2165及其亲本进行抗病相关基因的单倍型分析。【结果】福恢2165显示出稳定的稻瘟病抗性,其基因型纯合度高,遗传背景单一。基因组片段来源分析表明,福恢2165的基因组片段更多来自于华航丝苗和蜀恢527。功能基因检测结果表明,福恢2165聚合了多个与重要农艺性状相关的调控基因。此外,单倍型分析进一步揭示了福恢2165含有丰富的抗稻瘟病相关基因资源。【结论】通过深入分析福恢2165的基因型特征和重要农艺性状相关基因,揭示了其遗传特性和抗病性的分子基础。这些结果为福恢2165的遗传改良和育种利用提供了新的理论支持和实践指导。

基于Goldengate高通量耳聋基因芯片分析听力筛查未通过新生儿的耳聋基因突变类型

目的利用Goldengate高通量耳聋基因芯片技术,对听力筛查未通过新生儿的耳聋基因突变类型进行研究。方法选择2020年2月至2022年2月邢台医学高等专科学校第二附属医院284例听力筛查未通过新生儿,其中男性154例,女性130例;年龄3~10 d,平均年龄6.46 d(标准差1.57 d);体质量2.5~4.1 kg,平均体质量3.26 kg(标准差0.34 kg);家族史10例,用药史15例。采用Goldengate高通量耳聋基因芯片筛查耳聋基因。分析耳聋基因突变位点和类型,研究基因突变患儿与听力损失程度的关系。结果284例听力筛查未通过新生儿中耳聋基因突变32例(11.27%),其中SLC26A4突变18例(6.34%),GJB2突变9例(3.17%),GJB3突变3例(1.06%),TMC1突变1例(0.35%),MYO6突变1例(0.35%)。SLC26A4基因突变频率最高的2个位点分别为IVS7-2A>G(5例)、697G>C(4例),GJB2基因突变频率最高的2个位点分别为299_300delAT(4例)、235deIC(3例),GJB3、TMC1各突变位点仅有1例。18例SLC26A4突变新生儿的Goldengate高通量芯片与Sanger测序法检测结果基本一致。SLC26A4突变新生儿听力损失程度以轻中度为主,而GJB2突变新生儿听力损失程度以中重度为主,SLC26A4、GJB2突变新生儿的听力损失程度分布差异有统计学意义(χ^(2)=7.481,P=0.024)。结论Goldengate高通量耳聋基因芯片分析可准确检测听力筛查未通过新生儿的耳聋基因突变类型,其中聋病易感型基因主要为SLC26A4、GJB2。

快速定性检测人呼吸道样本中冠状病毒基因芯片的制备方法及其效果评价

目的探讨冠状病毒基因芯片的研制方法,建立一种快速定性检测人咽拭子、痰液、肺泡灌洗液等呼吸道感染样本中的7种冠状病毒和2种流感病毒核酸的方法。方法根据互联网公布的10种呼吸道感染病毒的基因序列,设计了相应的引物和探针序列,经琼脂糖凝胶电泳筛选验证后,将探针点样于醛基修饰基片,完成了检测芯片制作。结果将聚合酶链式反应扩增产物用10倍梯度稀释法稀释后进行基因芯片检测,结果表明可形成杂交斑点的最低检测浓度为103copies/mL。结论研制的冠状病毒基因芯片具有良好的特异度和灵敏度,可同时对SARS-CoV-2及其他呼吸道病毒同时进行高通量快速检测。

基于基因芯片数据的肾乳头状细胞癌生物信息学分析

肾癌(renal cell carcinoma, RCC)是全球第13种常见的恶性肿瘤,而且发病率正在逐年上升,约占所有成人恶性肿瘤的2%~3%[1-2],其中,肾乳头状细胞癌(papillary renal cell carcinoma, PRCC)是仅次于肾透明细胞癌的第二大常见类型,占肾细胞癌的10~15%,且预后比较差[3-4]。

基于基因芯片的嘉禾系列长粒优质食味粳稻综合评价与比较

【目的】嘉禾系列长粒粳稻粒型(细)长,外观品质突出,食味优良,丰产性与主栽品种相近,抗病性较好。本研究旨在明确嘉禾系列长粒粳稻品种的特点与存在问题,解析嘉禾系列长粒粳稻品种优质性状形成的遗传基础,为长粒粳稻品种创新利用提供依据。【方法】以5份嘉禾系列长粒粳稻品种(系)为材料,利用GSR40K水稻高密度芯片分析品种籼粳属性、相似度,鉴定育种相关功能基因,同时比较嘉禾系列长粒粳稻品种(系)与东北长粒粳稻稻花香2号遗传基础差异。【结果】嘉禾系列长粒粳稻品种(系)和稻花香2号基因组中,粳稻区段数占比84.20%~88.38%,均为典型粳稻类型;嘉禾系列长粒粳稻品种(系)间遗传相似度超过92%,基因组相似度为77.59%~91.73%,与稻花香2号遗传相似度为84.55%,基因组相似度为49.52%~53.68%;嘉禾系列长粒粳稻含有长粒优势功能基因gs3和GW7,嘉禾香1号还含有大粒型基因qSW5/GW5和多穗粒数基因LAX1;嘉禾系列品种的品质性状形成主要是ALK^(c)/Wx^(b)/OsAAP6等优势功能基因组合所致,嘉禾香1号香味是由Badh2第2外显子突变所致;嘉禾系列长粒粳稻品种(系)含有较多的抗稻瘟病基因,如抗病基因组合Pizt+Pii/HIT7/pi5-1、Pizt+Pi-ta、Pizt+Pii/HIT7/pi5-1+Pi-d2/Pid2+Pid3+Pi-ta,抗白叶枯基因只有Xa26/Xa3。【结论】嘉禾系列长粒粳稻食味优、丰产稳产、抗病抗逆的突出优点,是品种含有较多的产量、品质、抗性、株型、生育期等优势等位基因变异综合影响的结果,但也存在品种相似度较高、白叶枯抗性基因单一的不足。本研究结果也为后续嘉禾系列长粒粳稻品种遗传改良提供了依据。

基于GEO基因芯片联合网络药理学及分子对接技术探讨参苓脾喜汤治疗慢性胃炎、胃黏膜上皮内瘤变、胃早期癌作用机制

目的 基于GEO基因芯片、网络药理学及分子对接技术探讨参苓脾喜汤防治慢性胃炎(CG)、胃黏膜上皮内瘤变(GIN)、胃早期癌(EGC)的作用机制。方法 从GEO数据库下载含CG、GIN、EGC基因芯片GSE130823,使用R4.1.1筛选共同差异表达基因。利用TCMSP数据库筛选参苓脾喜汤活性成分及对应靶点,使用R4.1.1对共同表达基因与药物靶点取交集,通过Cytoscape3.9.1软件构建中药-活性成分-靶点网络,并通过STRING数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络并进行拓扑分析,以筛选核心靶点,使用R4.1.1对交集基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。最后将排名靠前的药物活性成分与核心靶点蛋白进行分子对接验证。结果 共筛选出1 115个差异表达基因,参苓脾喜汤活性成分119种,靶点247个,主要活性成分包括槲皮素、豆甾醇、木犀草素等。预测得到参苓脾喜汤治疗CG、GIN、EGC潜在作用靶点22个,包括CHRM3、AR、ADRB2、DPP4等。GO功能和KEGG富集分析结果显示,参苓脾喜汤治疗CG、GIN、EGC主要涉及对cAMP、IL-17、TNF、离子跨膜转运蛋白活性的调节、钙信号通路等方面。分子对接结果显示,木犀草素与ALB、AR、DPP4有较强结合能力,槲皮素与ALB、DPP4有较强结合能力,豆甾醇与AR有较强结合能力。结论 参苓脾喜汤中多种活性成分可能通过cAMP、IL-17、TNF等信号通路,调控ALB、AR、DPP4、CYP3A4等靶点治疗CG、GIN、EGC。

基因芯片在奶牛遗传育种中的应用

基因芯片是微阵列技术应用中的一种,可以用于检测待测基因的位置、含量、类型等,并具有高通量、高灵敏度和高特异性的特点。该文综述了基因芯片在奶牛遗传育种中的应用及其重要性,阐述了基因芯片在奶牛群体遗传学研究、全基因组关联分析及基因组选择等方面的研究进展,为奶牛群体遗传改良以及遗传资源的挖掘利用提供参考。

乳酸对小鼠未成熟树突状细胞影响的基因芯片分析

研究乳酸对小鼠未成熟树突状细胞(imDCs)基因组表达水平的影响,为深入研究病理酸性微环境对imDCs免疫功能影响的分子机制提供前期数据。从C57BL/6J小鼠骨髓中分离单核细胞,并诱导其分化为imDCs。20 mmol/L浓度乳酸处理imDCs 24 h,利用BGISEQ平台进行基因芯片分析,筛选出差异表达基因。结果显示,20 mmol/L浓度乳酸处理使imDCs中表达发生变化的基因有915个。通过基因本体论(GO)分析发现差异表达基因参与细胞骨架、凋亡过程及免疫反应等;京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析发现差异表达基因涉及的信号通路包括MAPK信号通路、PI3K-AKT信号通路及TOLL样受体信号通路等。利用Cytoscape软件构建差异表达蛋白之间的互作网络图,并根据节点数筛选关键差异表达蛋白。筛选出分化抗原簇38(CD38)、3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGCR)等上调关键差异表达蛋白和信号转导和趋化因子受体7(CCR7)、转录激活因子1(STAT1)等下调关键差异表达蛋白。

痰涂片镜检、基因芯片技术及GeneXpert MTB/RIF对疑似肺结核患者的检测效能分析

目的分析痰涂片镜检、基因芯片及多色巢式荧光定量聚合酶链反应(GeneXpert MTB/RIF)对疑似肺结核患者的检测效能。方法选取2017年1月至2022年12月该院收治的疑似肺结核患者97例作为研究对象,均实施痰涂片镜检、基因芯片、GeneXpert MTB/RIF及痰液罗氏培养检查。以痰液罗氏培养结果为金标准,探究不同检测方式及联合检测对疑似肺结核的诊断效能,采用Kappa值检验与金标准诊断结果的一致性。结果痰液罗氏培养检测结果显示,97例疑似肺结核患者阳性55例,阴性42例,阳性检出率为56.70%(55/97)。痰液罗氏培养检出非结核分枝杆菌18株,包括鸟分枝杆菌4株,胞内分枝杆菌9株,偶发分枝杆菌1株,堪萨斯分枝杆菌3株,海分枝杆菌1株。痰涂片镜检检出阳性34例,真阳性29例,阳性检出率为35.05%(34/97),基因芯片检出阳性41例,真阳性37例,阳性检出率为42.27%(41/97);GeneXpert MTB/RIF检出阳性44例,真阳性37例,阳性检出率为45.36%(44/97)。基因芯片、GeneXpert MTB/RIF灵敏度、准确率高于痰涂片镜检,基因芯片与GeneXpert MTB/RIF敏感度一致,但基因芯片特异度高于GeneXpert MTB/RIF。非结核分枝杆菌中,痰涂片镜检检出鸟分枝杆菌1株、胞内分枝杆菌2株,基因芯片检出胞内分枝杆菌1株,GeneXpert MTB/RIF检出鸟分枝杆菌1株。痰涂片镜检、基因芯片、GeneXpert MTB/RIF三项联合检出阳性55例,真阳性53例,三项联合检测灵敏度为96.36%(53/55)、特异度为95.24%(40/42)、准确率为95.88%(93/97),均高于单一方法检测的灵敏度与准确率,差异均有统计学意义(P<0.05)。痰涂片镜检与痰液罗氏培养一致性为68.04%(Kappa=0.59);基因芯片与痰液罗氏培养一致性为77.32%(Kappa=0.70);GeneXpert MTB/RIF与痰液罗氏培养一致性为74.23%(Kappa=0.66);三项联合与痰液罗氏培养一致性为95.88%(Kappa=0.89)。结论较GeneXpert MTB/RIF、痰涂片镜检技术,基因芯片诊断效能及一致性更高,且3种技术联合诊断效能更高,临床可根据需求选择适宜诊断技术。

基因芯片技术快速检测结核分枝杆菌耐药基因的应用价值研究

目的:探讨基因芯片技术在结核分枝杆菌快速鉴定及耐药分析中的应用价值。方法:收集我院2022年10月—2023年10月收治疑似结核病患者的临床样本,包括痰液、肺泡灌洗液、脓液或分泌物、穿刺液(含胸腹水和脑脊液)等,同时进行MGIT960接种培养、药敏试验和基因芯片直接检测法,对两种方法的检测效能进行比对分析。结果:(1)以MGIT960培养鉴定为参考标准,基因芯片法直接检测临床样本中结核分枝杆菌的灵敏度为83.33%,特异度为92.86%,一致性为88.46%,Kappa值为0.766。(2)以MGIT960药敏试验为参考标准,基因芯片法检测直接检测临床样本中结核分枝杆菌利福平耐药的灵敏度为81.82%,特异度为94.87%,一致性为92.00%,Kappa值为0.767;检测异烟肼耐药的灵敏度为75.00%,特异度为92.86%,一致性为90.00%,Kappa值为0.755。结论:以MGIT960培养法及药敏试验为参考标准,基因芯片技术直接检测临床原始标本的灵敏度、特异度高,有较好的一致性。应用基因芯片直接检测临床样本有助于结核病的早期诊断及治疗。

肺泡灌洗液改良抗酸染色和基因芯片法在肺结核中的诊断价值

目的探讨肺泡灌洗液(BALF)改良抗酸染色和基因芯片法诊断肺结核的价值。方法选取2017年1月至2020年12月江西省胸科医院收治的150例疑似肺结核患者作为研究对象,患者均行肺泡灌洗液改良抗酸染色和基因芯片法进行诊断,观察两者对肺结核的诊断价值。结果150例疑似肺结核患者中,最终诊断肺结核105例,非肺结核45例,以临床最终诊断为金标准,肺泡灌洗液改良抗酸染色灵敏度、特异度、准确度、阳性预测值、阴性预测值分别为63.81%、95.56%、73.33%、97.10%、53.09%;肺泡灌洗液基因芯片法灵敏度、特异度、准确度、阳性预测值、阴性预测值分别为80.00%、97.78%、85.33%、98.82%、67.69%;肺泡灌洗液基因芯片法检测结核分枝杆菌的灵敏度和准确度高于改良抗酸染色,差异有统计学意义(P<0.05)。结论肺泡灌洗液基因芯片和改良抗酸染色法诊断肺结核具有良好价值,相比改良抗酸染色法基因芯片法可以更灵敏、准确地诊断肺结核,值得临床借鉴。

家禽育种领域基因芯片技术申请相关专利分析

每种生物都是一个丰富的基因库,生物种类的多样性实质是指基因的多样性。动植物的遗传育种主要是利用基因的多样性。在动物育种上,早期的学者们常运用一些传统方法进行育种,对于新兴技术涉及比较少,基因芯片技术是20世纪90年代中期以来影响最深远的重大科技进展之一,它是融微电子学、生物学、物理学、化学、计算机科学为一体的高度交叉的新技术,既具有重要的基础研究价值,又具有明显的产业化前景[13-15]。前人利用基因芯片技术在家禽育种上也进行了多项研究[16],例如:开展动物源性分析[17-20].

基因芯片在畜禽遗传育种中的应用及展望

基因芯片是一种通过DNA双链或DNA-RNA互补杂交检测特定DNA序列的高通量技术,其中SNP基因分型芯片已经广泛用于畜禽的遗传育种工作,在牛(Bos taurus)、猪(Sus scrofa)、羊(Caprinae)、鸡(Gallus gallus)等畜禽中取得了重大成就。但是在实际生产中使用的基因组选择仅利用了基因组信息,无法完全解释复杂性状的分子遗传基础,限制了基因组选择的准确性。随着表观遗传学研究的不断深入、商用甲基化芯片的推出、表观基因组关联分析(epigenome-wide association study,EWAS)的提出,DNA甲基化已被广泛用于解释遗传与表型的因果关系。未来,有望开发专门针对畜禽的甲基化芯片,通过EWAS探索与畜禽经济性状显著相关的甲基化位点,深化对复杂性状因果变异的理解。结合甲基化芯片与SNP芯片捕获畜禽表观基因组和基因组信息,更准确地解读遗传变异,提高基因组选择的准确性,推动畜禽分子遗传育种工作的精细化发展。本文综述了SNP芯片在畜禽上的应用,并对甲基化芯片在畜禽上的应用进行了展望,以期为基因芯片在动物育种中的进一步应用提供借鉴和参考。

基于基因芯片技术对耐利福平或异烟肼结核分枝杆菌基因突变位点的检测分析

目的:分析基因芯片技术对耐利福平或异烟肼结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)基因突变位点的检测情况,为耐多药结核的临床诊断提供依据。方法:收集2020年—2023年在苏州市第五人民医院就诊的395例结核患者的痰液标本,采用基因芯片技术对利福平耐药基因ropB(511、513、516、526、531、533)和异烟肼耐药基因KatG(315)、inhA(-15)突变位点进行检测,以罗氏固体培养绝对浓度法作为金标准,分析基因芯片技术对MTB耐利福平或异烟肼的准确性。结果:基因芯片技术对利福平耐药诊断的Kappa值为0.80,符合率为92.15%,灵敏度为87.74%,特异度为93.77%,阳性预测值为83.78%,阴性预测值为95.42%,而对异烟肼耐药诊断的Kappa值为0.87,符合率为93.42%,灵敏度为98.82%,特异度为89.38%,阳性预测值为87.43%,阴性预测值为99.02%。结论:基因芯片技术可以快速、高效地检测MTB耐利福平和耐异烟肼基因突变,与罗氏固体培养绝对浓度法高度一致,可为临床诊疗提供依据。

基因芯片和RNA-seq联合组织芯片分析CLDN8在乳头状肾细胞癌的表达及意义

目的联合基因芯片或RNA测序技术及免疫组织化学染色探究CLDN8在乳头状肾细胞癌(PRCC)中的表达及其临床意义。方法通过Gene Expression Omnibus数据库、Sequence Read Archive数据库、ArrayExpress数据库、癌症基因组图谱(TCGA)数据库收集PRCC的组织mRNA表达数据集和开展免疫组织化学染色实验检测CLDN8的表达水平,非配对独立样本t检验用于分析CLDN8在癌组织与非癌组织的表达差异。数据偏倚通过Deeks’和Egger’s检验评价。标准化均数差(SMD)、灵敏度、特异度、似然比、汇总受试者工作特性曲线用于评估CLDN8的临床价值。收集TCGA数据库中PRCC患者的临床病理参数,通过非配对独立样本t检验或方差分析探究CLDN8表达与患者临床病理特征之间的关系。结果共筛选出7个数据集,包括500例PRCC组织和111例非癌组织,CLDN8在PRCC中显著低表达(SMD=-6.80,95%CI:-8.97~-4.63),在PRCC与非癌组织表达差异具有极显著统计学意义(P<0.0001),汇总受试者工作特性曲线下面积趋近于1.00(95%CI:0.99~1.00),灵敏度为0.99(95%CI:0.93~1.00),特异度为0.99(95%CI:0.83~1.00),阳性、阴性似然比分别为103.39(95%CI:5.16~2069.90)、0.01(95%CI:0.00~0.08)。整体未检测到明显的发表偏倚。CLDN8表达水平与患者性别、年龄、分级分期无明显关联。结论CLDN8表达水平在PRCC中降低,可能与PRCC的发生、发展相关。

基因芯片分析Narasin对雌激素受体阳性乳腺癌细胞基因表达的影响

目的 通过基因芯片技术分析Narasin处理对雌激素受体阳性(ER+)乳腺癌细胞基因表达的影响。方法 选取ER+乳腺癌MCF-7细胞株,用0.05 mmol·L^(-1)Narasin进行处理,将处理后的细胞分为对照组C(未经Narasin处理的3个重复组C1、C2、C3)及实验组T(经0.05 mmol·L^(-1)Narasin处理的3个重复组T1、T2、T3),并进行RNA的提纯;将RNA通过Affymetrix Gene Chip Prime View人类基因表达阵列进行分析,利用R语言limma包筛选出未经Narasin处理和0.05 mmol·L^(-1)Narasin处理的MCF-7细胞中的差异表达基因(DEGs),进而通过KEGG通路和GO富集分析研究DEGs的功能分布。结果 根据基因芯片的数据进行分析,发现DEGs共111个,其中82个基因表达上调,29个基因表达下调(差异均在1.5倍以上),且细胞中过表达与乳腺癌预后不良相关基因CYP24A1、EYA2等经Narasin处理后基因表达下调。GO富集分析结果显示,下调的DEGs主要富集在先天免疫系统、Ⅰ型干扰素信号通路、病毒基因组复制的负调控、免疫反应、伤口愈合、细胞迁移、基因表达调控、细胞黏附、膜的锚定组件、细胞因子活性、酶结合、DNA结合、双链RNA绑定等。KEGG通路分析结果显示,下调的DEGs主要富集于癌症中的小分子核糖核酸、单纯疱疹病毒感染、麻疹、黏着斑、ECM-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路、甲型流感、Rap1信号通路及糖尿病并发症中的AGERAGE信号通路等。结论 基因芯片技术快速有效地反映了Narasin处理后ER+乳腺癌细胞相关基因及信号通路的改变,这些关键基因和通路为探讨Narasin作用的分子机制及关键靶标提供了新方向。

利用基因芯片分析单侧输尿管梗阻模型中TIF与自噬的变化

目的:利用基因芯片分析寻找单侧输尿管梗阻(UUO)模型肾小管间质纤维化(TIF)的机制,并探究自噬在TIF中的变化。方法:选取GEO数据库中编号为GSE42303的基因芯片,提取其中假手术组与UUO组的肾组织基因表达谱进行分析。实验研究选取雄性SD大鼠,分成假手术组与模型组,每组各10只。在制备UUO模型14 d后取材,对梗阻肾组织进行光镜、免疫组化与透射电镜检测。结果:本研究共筛选出398个差异表达的基因,其中表达下调的有74个,上调表达的有324个。其中与自噬、炎症反应、氧化应激反应、小管离子转运、能量代谢以及胶原蛋白合成等生命活动相关的基因表达水平变化尤为显著。实验研究也进一步证实了梗阻肾组织中自噬激活与TIF的发生发展有密切联系。结论:TIF可能与自噬、小管离子转运障碍、能量代谢障碍、炎症反应、胶原合成以及腺苷通路活化有关,其中自噬可能是与TIF进展较为密切的关键机制。

TB-RNA、TB-DNA、基因芯片技术检测BALF对儿童涂阴肺结核的早期诊断价值

目的评估结核菌核糖核酸(tuberculosis bacterium ribonucleic acid,TB-RNA)、结核菌脱氧核糖核酸(tuberculosis bacterium deoxyribonucleic acid,TB-DNA)、基因芯片技术检测支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)对儿童涂阴肺结核的早期诊断价值。方法收集2019年1月至2022年8月于福建省福州肺科医院住院的227例0~17岁疑似涂阴肺结核患儿的BALF,进行TB-RNA、TB-DNA、基因芯片检测,分析三种检测方法的诊断效能。结果诊断为肺结核168例,非肺结核59例。以临床综合诊断(composite reference standard,CRS)为金标准,三种方法单独检测及联合检测BALF的敏感度分别为40.48%、39.29%、38.69%、56.55%,特异度分别为98.31%、96.61%、100%、94.92%,曲线下面积(Area under the curve,AUC)分别为0.694、0.679、0.693、0.757,单独检测的敏感度与培养法(44.64%)比较,差异均无统计学意义(χ^(2)分别为1.24,1.73,2.53,P均>0.05),联合检测的敏感度高于培养法及单独检测,差异均有统计学意义(χ^(2)分别为9.52,25.04,27.03,28.03,P均<0.05);三种方法检测的敏感度BALF明显高于痰,差异均有统计学意义(χ^(2)分别为41.33,24.92,28.17,P均<0.05)。以培养结果阳性为金标准,BALF进行三种方法单独检测及联合检测的敏感度分别为76.00%、69.33%、72%、85.33%,特异度分别为98.31%、96.61%、100%、94.92%,阳性预测值(Positive predictive value,PPV)分别为98.28%、96.30%、100%、95.52%,阴性预测值(Negative predictive value,NPV)分别为76.32%、71.25%、73.75%、83.58%,Kappa值分别为0.72、0.64、0.69、0.79,AUC分别为0.872、0.830、0.860、0.901。结论TB-RNA、TB-DNA、基因芯片检测BALF可快速诊断涂阴肺结核,联合检测可以提高儿童涂阴肺结核的病原学诊断率。

通用多重不对称PCR联合基因芯片实现下呼吸道病原菌及耐药基因快速检测

目的 建立一种基于通用多重不对称聚合酶链反应(PCR)联合基因芯片的下呼吸道病原菌及耐药基因检测方法,同步实现6种下呼吸道常见病原菌(大肠埃希菌、鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯菌、金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、卡他莫拉菌)和两种碳青霉烯酶基因(blaKPC、blaVIM)快速检测。方法 针对待检病原菌及耐药基因的保守序列设计特异性引物与探针,并制备相应的基因芯片。优化多重PCR的反应体系和杂交参数,分析其特异度、灵敏度,并通过临床标本进行方法应用评价。结果 本研究建立的检测方法特异性强、稳定性好,能在4 h内特异性地鉴别单一或多重靶标。检测大肠埃希菌纯培养物的灵敏度为104copy/mL,鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯菌及碳青霉烯酶基因(blaKPC、blaVIM)的灵敏度均为103copy/mL,金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、卡他莫拉菌的灵敏度均为102copy/mL。与产酸克雷伯菌、黏质沙雷菌、奇异变形杆菌、表皮葡萄球菌、唾液链球菌、流感嗜血杆菌等6种病原菌无交叉反应。结论 基于通用多重不对称PCR结合基因芯片的下呼吸道病原菌及耐药基因检测方法特异性强、灵敏度高,为快速、灵敏地鉴定下呼吸道病原菌及耐药基因提供了一种有效的检测手段。

基于GEO基因芯片联合网络药理学及分子对接探讨补肾健脾方治疗2型糖尿病作用机制

目的 基于GEO基因芯片、网络药理学及分子对接技术探讨补肾健脾方治疗2型糖尿病(T2D)的作用机制。方法 通过SymMap、TCMID、TCMSP和TCM-ID数据库获取补肾健脾方有效成分及对应靶点,通过GeneCards、OMIM数据库获取T2D相关靶点,采用Cytoscape3.7.2软件构建蛋白相互作用(PPI)网络。利用GEO数据库筛选T2DM核心靶点基因并进行基因富集分析;通过STRING数据库筛选核心靶点,并进行GO功能和KEGG通路富集分析。最后运用AutoDock软件对有效成分与核心靶点进行分子对接验证。结果 共筛选出补肾健脾方有效成分1 230种,靶点594个,主要活性成分包括β-谷甾醇、山嵛酸酯、槲皮素等。预测得到补肾健脾方治疗T2D潜在作用靶点9个,包括VEGFA、IL1B、COL1A1、CXCL8等。GO功能及KEGG通路富集分析结果显示,补肾健脾方治疗T2D主要涉及糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、类风湿关节炎、非酒精性脂肪肝等通路。分子对接结果表明,有效成分β-谷甾醇、槲皮素与VEGFA、IL1B、COL1A1等核心靶点有较强结合能力。结论 补肾健脾方中多种活性成分可能通过AGE-RAGE、类风湿关节炎等信号通路,调控VEGFA、IL1B、COL1A1等靶点治疗T2D。