开放的差异基因表达技术研究进展

自 90年代早期发展以来 ,差异基因表达 (DGE)技术在许多领域得到了应用 .“开放”结构系统的DGE技术不需原始的生物学或序列信息 ,而且可应用于任何种群 .主要介绍 6项开放的DGE技术 :cDNA代表性差示分析 (cDNA RDA)、基因表达系统分析 (SAGE)、表达序列标签串联排列连接(TALEST) ,和早期的DGE技术差异显示 (DD)、随机引物聚合酶链反应 (AP PCR) ,以及一项受专利保护的技术———GeneCalling .通过几项重要的参数对这些技术进行了比较 ,认为DD虽然有其致命的弱点 ,但在目前仍然应用得非常广泛 .cDNA RDA能有效富增特异片段 ,扣除共有序列 ,如能和SAGE结合 ,将能进一步促进其发展 .TALEST和GeneCalling操作较简便 ,一次试验能获得大量的数据 ,但是分析这些数据比较麻烦 ,须借助另外的分析软件 .最后介绍了应用DGE技术取得的最新成果 .

差异基因表达技术在心脏疾病研究中的应用

细胞的发育和分化、细胞周期的调节、细胞衰老及死亡、一些疾病的发生和发展过程均与某些特殊基因的表达开放或者关闭有关。比较细胞在不同状态或不同分化阶段基因表达的差异 ,对细胞生命过程中的调节机制以及疾病发生机制的研究有着重要价值。该文对近年来发展的差异基因表达检测技术 ,包括mRNA差异显示、基因表达系列分析、抑制性消减杂交、DNA微阵列等在心脏疾病中的应用作一综述。

体内病原菌和基因表达技术应用进展

尽管体外分析对人们理解病原菌致病机制有很大的帮助,但它不能完全模拟病原菌所面临的体内复杂环境,限制了其应用.由于病原菌在宿主体内表达的基因在致病过程中起关键作用,为了更好地阐明病原体在体内的致病过程,有必要分析鉴定在感染过程中特异表达的基因,因此体内表达技术(IVET)应运而生.本文简要综述了IVET的基本原理,不同的报告系统及各自的优、缺点.

揭示最新基因表达技术，助力生命科学研究——安捷伦科技参加第四届国际转录组会议

【2005年11月713上海】全球领先的跨国高科技公司安捷伦科技宣布，该公司参加11月513至913在上海举办的第四届国际转录组会议（Transcriptome2005），并介绍了该公司在基因表达领域最新研究成果。

应用基因表达系列分析(SAGE)技术研究高温处理前后家蚕的基因表达差异

高温对家蚕的生理和免疫能力有明显影响。为从分子水平上探究家蚕抗高温机制,应用基因表达系列分析(SAGE)技术获得家蚕5龄雌蚕高温处理前后中肠、丝腺和脂肪体组织的基因表达谱,构建高温组(34℃)和常温组(26℃)2个家蚕SAGE文库。2个家蚕SAGE文库分别包含3555107和3580976个原始标签,其中的标签种类分别为113684和131 296个,清洁标签的种类分别为45972和49467。比较2个文库清洁标签获得65 535种差异标签,共注释4249个基因,其中有1 062个差异表达的基因(P<0.05,错误检测率FDR≤0.001并且拷贝数的差异在2倍以上)。经GO分析发现2个文库中基因的分布极其相似,表明这些基因在不同的环境温度下有类似的生物学功能并参与类似的生理代谢过程。KEGG pathway分析显示有732个基因涉及176个KEGG路径,其中有40个为差异表达基因显著富集的路径(P<0.05),超过一半的路径与代谢、生物合成和信号传导有关。上述结果有助于对家蚕抗高温基因的鉴定以及探究基因调控的网络关系。

应用基因表达谱芯片技术克隆甘草甜素诱导Jurkat细胞后的差异表达基因

目的:应用基因芯片技术,阐明甘草甜素作用于T淋巴细胞之后,甘草甜素对于T淋巴细胞基因表达谱的影响. 方法:应用基因表达谱芯片技术,对甘草甜素诱导的Jurkat 细胞和以生理盐水处理的相同细胞的mRNA进行差异显示分析,研究甘草甜素诱导人T淋巴细胞系Jurkat细胞后的差异表达基因. 结果:Jurkat细胞经甘草甜素诱导后,所检测的1152条目的基因中有30条产生差异表达,其中12条基因表达增强, 18条基因表达降低.表达增强的基因主要有:胸腺素及促胸腺生成素蛋白编码基因;白介素-18(IL-18);细胞代谢相关酶类.表达降低的基因主要有细胞信号转导相关基因(如血清/糖皮质激素调节激酶、丝裂素活化的蛋白激酶激酶激酶2、磷脂酶2调节亚基β、鸟嘌呤核苷结合蛋白、神经营养的酪氨酸激酶3型受体等);La自身抗原. 结论:应用基因表达谱芯片成功筛选了甘草甜素诱导T淋巴细胞后差异表达基因,为进一步阐明甘草甜素的免疫调节机制及深入了解甘草甜素用于防治病毒性肝炎的药理作用机制提供依据.

基因表达谱芯片技术筛选TAHCCP1转染细胞差异表达基因

目的:应用基因芯片技术,检测丙型肝炎病毒(HCV)核心蛋白反式激活基因TAHCCP1的表达对肝母细胞瘤细胞系HepG2基因表达谱的影响,进一步阐明TAHCCP1在肝细胞中上调或下调的基因,探索其可能的调节功能. 方法:设计并合成TAHCCP1基因序列特异性的引物,应用聚合酶链反应(PCR)技术扩增TAHCCP1基因片段,以常规的分子生物学技术将获得的TAHCCP1编码基因片段克隆到TA载体中进行核苷酸序列的测定,构建真核表达载体pcDNA3.1(-)-TAHCCP1,转染肝母细胞瘤细胞系HepG2 细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA,逆转录为cDNA,应用基因表达谱芯片技术对两组间差异表达mRNA进行检测和分析. 结果:在筛选的1 152点cDNA芯片中,有110种基因的表达水平上调(占9.55%),98种基因的表达水平下调(8.51%),包括一些与体内免疫调节、脂类代谢、蛋白质的翻译合成、氧化反应、细胞凋亡及细胞内的信号传导方面的基因. 结论:应用基因表达谱芯片成功筛选了TAHCCP1转染细胞后差异表达基因,为进一步阐明TAHCCP1蛋白可能的生物学功能提供依据.

基因表达谱芯片技术筛选丙型肝炎病毒核心蛋白反式调节基因TAHCCP2的调节基因

目的:应用基因表达谱芯片技术了解TAHCCP2在肝细胞中可能上调或下调的基因,了解其可能的调节功能线索. 方法:应用抑制性消减杂交(SSH)技术及生物信息学(bioinfo- rmatics)技术筛选并克隆HCV核心蛋白反式激活的新型靶基因TAHCCP2.以TAHCCP2表达质粒pcDNA3.1(-)- TAHCCP2转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA.应用基因表达谱芯片技术对差异表达mRNA进行检测和分析. 结果:TAHCCP2表达载体pcDNA3.1(-)-TAHCCP2经酶切鉴定和DNA测序鉴定正确.经基因表达谱芯片分析,4种基因的表达水平下调. 结论:筛选到的一些与体内氧化应激、细胞生长和能量代谢相关的基因,推测了TAHCCP2可能存在的调控机制的线索,尚需进一步的实验证明.

应用基因表达谱芯片技术筛选XTP6基因转染细胞差异表达基因

目的 应用基因芯片技术 ,检测乙型肝炎病毒 (HBV)X蛋白 (HBxAg)反式激活基因XTP6的表达对肝母细胞瘤系HepG2基因表达谱的影响 ,进一步阐明XTP6蛋白可能的分子生物学功能。方法 设计并合成XTP6基因序列特异性的引物 ,应用聚合酶链反应 (PCR)技术扩增XTP6基因片段 ,以常规的分子生物学技术将获得的XTP6编码基因片段克隆到TA载体中进行核苷酸序列测定 ,构建真核表达载体pcDNA3 .1(-) XTP6。以脂质体转染肝母细胞瘤细胞系HepG2 ,提取mRNA ,逆转录为cDNA ,与转染空表达载体pcDNA3 .1(-)的HepG2细胞进行cDNA芯片分析。结果 构建的表达载体经过限制性内切酶分析的DNA序列测定 ,证实准确无误。提取高质量的mRNA ,逆转录为cDNA ,进行cDNA芯片分析。在 115 2个基因表达谱的筛选中 ,发现 2 1个基因表达水平显著上调 ,18个基因表达水平显著下调。结论 应用基因表达谱芯片成功筛选了XTP6转染细胞后差异表达基因 ,为进一步阐明XTP6蛋白可能的生物学功能提供依据。

微量材料系列性基因表达分析技术的研究

建立了微量材料 (1μgRNA)系列性基因表达分析技术 (minimalserialanalysisofgeneexpression ,miniSAGE) ,并用miniSAGE技术对冠心病 (coronaryarterydisease ,CAD)患者和正常人成纤维细胞的基因表达谱进行了分析 ,合成了两个高质量的SAGE库 ,比较了两个库的SAGE标签 ,为CAD发病机理的研究提供了大量表达异常基因的资料 .从而为后续分离与CAD发病相关的新基因打下了基础 .miniSAGE技术是一种有力的基因表达分析方法 ,可用于微量RNA (1μg)材料的基因表达分析 。

基因表达谱技术:贵亦需有道

肿瘤是最常见的危害人类健康的疾病之一,但其早期诊断困难,导致患者不能及时、恰当地接受治疗。因此,探索肿瘤早期诊断的新方法,早发现、早治疗是肿瘤治愈的关键。目前,基因表达谱技术等新型诊断方法得到越来越多的应用。本文针对发表在《临床医师肿瘤杂志》(CA Cancer J Clin)2009年第5期上的1篇综述文章,提出虽然基因表达谱技术是一项很有前景的诊断方法,但是经济效益分析暂时不支持其在临床大范围推广,期望能够引起同行的争鸣。

基因表达的连续分析技术

基因表达的连续分析技术是一种能对某一细胞群或特定的微解剖结构基因表达做全面分析的技术。本文就基因表达的连续分析技术的原理、方法进行综述。

基因差异表达分析技术在寄生虫学中的应用研究进展

生物体表现出的各种生物学特性,主要是由于基因在不同细胞间及不同生长阶段的选择性差异表达引起的。这些基因的差异表达按特定的时间和空间顺序有序地进行着,决定了生命活动的多样性。而基因差异表达研究的各种分析技术正是在此基础上发展起来并在兽医寄生虫学中得到广泛应用。以mR-NA差异显示、抑制消减杂交法和DNA微列阵分析等为代表的基因差异表达分析技术,在基因表达谱的分析及基因生物学功能研究,阐述寄生虫的发病机制,寄生虫疾病诊断,筛选合适的药物靶标和疫苗候选分子有效地防病治病方面发挥着重要作用。

基因表达谱芯片技术筛选HCTP4反式调节基因

目的:应用基因表达谱芯片研究丙型肝炎病毒核心(HCV core)蛋白的反式调节基因HCTP4作用的靶基因. 方法:构建HCTP4基因的真核表达载体pcDNA3.1(-)- HCTP4,应用基因表达谱芯片技术对pcDNA3.1(-)- HCTP4转染的HepG2(人肝母细胞瘤细胞系)细胞和转染空载体的相同细胞差异表达的mRNA进行检测和分析. 结果:HepG2细胞经转染HCTP4后,有104条差异基因表达,其中54条基因表达增强,50条基因表达降低.这些差异表达的基因与细胞的增生、分化及细胞的信号转导密切相关. 结论:HCTP4是一种病毒反式激活蛋白,对于肝细胞基因表达谱有显著影响,与细胞的增生、分化及细胞的信号转导密切相关,在HCV的致病过程中有重要作用.

基因表达谱芯片技术筛选HBV DNA多聚酶RNase H反式调节基因

目的:应用基因表达谱芯片(基因芯片)技术,检测乙型肝炎病毒DNA聚合酶RNaseH结构域蛋白(HBVDNAP RNaseH ,RNaseH)的表达对肝母细胞瘤细胞HepG2基因表达谱的影响,进一步阐明RNaseH对肝细胞基因表达的调节机制及其生物学功能。方法:以常规的分子生物学技术构建真核表达载体pcDNA 3 1(-) RNaseH ,以脂质体转染肝母细胞瘤细胞系HepG2 ,提取mRNA ,逆转录为cDNA ,与转染空白表达载体pcDNA 3 1(-)的HepG2细胞进行cDNA芯片分析。结果:RNaseH表达质粒转染的细胞有2 2 2条差异表达基因,其中113条基因表达水平上调,10 9条基因表达水平下调。结论:应用基因芯片成功筛选了RNaseH转染细胞后差异表达基因,为进一步阐明RNaseH的反式激活作用及免疫调节机制提供了新的依据。

基因差异表达分析技术及其在糖尿病研究中的应用

随着差异表达基因检测技术的不断发展,建立了很多新的检测方法,本文对差异显示反转录PCR技术(DDRT-PCR)、代表性差异分析技术(RDA)、抑制消减杂交技术(SSH)、获得全长基因的消减杂交法、基因表达系列分析(SAGE)、限制性显示技术(RD-PCR)和基因芯片技术的基本原理作了综述,介绍了它们的应用状况和优缺点,并对基因差异表达分析技术在糖尿病研究中的近期应用及其前景作了简要介绍。随着研究的进一步深入,基因差异表达分析技术和方法将在糖尿病及其他疾病的分子机制、临床诊断、治疗和预防等领域中具有广阔的应用前景。

基因表达谱芯片技术筛选NS5ATP2 (615)蛋白反式调节基因

目的 :对新基因NS5ATP2 (615 )转染肝癌细胞的基因表达谱进行分析 ,探索该基因表达对肝细胞基因表达的调节机制及其生物学功能。方法 :应用生物信息学 (bioinformatics)技术 ,分析我们研究组通过抑制消减杂交(SSH)技术筛选得到的新基因NS5ATP2 (615 )的全长编码序列 ,构建NS5ATP2的真核表达载体 pcDNA3 1(-) NS5ATP2 (615 )。应用基因表达谱芯片技术对重组表达质粒pcDNA3 1(-) NS5ATP2 (615 )和 pcDNA3 1(-)空载体分别转染的HepG2细胞的mRNA的差异性表达进行检测。 结果 :确定基因NS5ATP2 (615 )由 615nt组成 ,编码 2 0 4aa的蛋白。基因表达谱芯片所检测的 115 2条目的基因均为GenBank中登录的基因 ,NS5ATP2 (615 )表达质粒转染的细胞有 40条差异表达基因 ,其中 18条基因表达增强 ,2 2条基因表达降低。这些差异表达的基因与细胞信号转导、凋亡、肿瘤的发生密切相关。结论 :基因表达谱芯片技术对于初步探索新基因的功能提供重要的资料。本实验结果为进一步阐明NS5ATP2 (615 )生物学功能及HCVNS5A的致病机制提供了理论依据。

基因调控表达技术的建立及在多潜能造血干/祖细胞扩增调控中的应用

干细胞是一种原始多潜能的细胞,具有自我更新和定向分化的基本特征.为了克服干细胞数量少的不足,众多学者已经在积极探索干细胞的扩增方法.目前国内外采用不同细胞因子的组合方案来进行干细胞的扩增,但其扩增的结果存在很多问题,主要体现在:扩增的时间短,倍数低,扩增体系难于调控,扩增后的干细胞自我更新能力,可塑性及造血重建的功能均较扩增前下降.

基因表达谱芯片技术及其在腺样囊性癌研究中的应用

对基因表达谱芯片技术的概念、检测原理、优点及其在腺样囊性癌中的应用作一介绍。