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跨平台基因表达模式分析软件系统 被引量:1
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作者 胡弘 谢建明 +1 位作者 汪德正 孙啸 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2004年第10期146-148,共3页
构建了可在不同操作系统平台之间通用的基因表达模式分析软件系统。该软件集成了多种基因表达模式分析算法,并通过模块化设计保持了算法的可扩展性。同时具有原始数据可视化和过滤、多种相似性度量选择、聚类方法选择、表达模式匹配查... 构建了可在不同操作系统平台之间通用的基因表达模式分析软件系统。该软件集成了多种基因表达模式分析算法,并通过模块化设计保持了算法的可扩展性。同时具有原始数据可视化和过滤、多种相似性度量选择、聚类方法选择、表达模式匹配查询、计算结果可视化等功能。软件使用Java作为开发平台,具有良好的可移植性,为在高性能计算机上进行基因表达模式分析打下了良好的基础。 展开更多
关键词 基因表达模式分析 跨平台 软件系统
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蒺藜苜蓿GPAT基因家族的全基因组鉴定、序列变异和表达分析 被引量:4
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作者 杨成兰 段瑞君 +3 位作者 武雄雄 祁存英 马银花 熊辉岩 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第10期1966-1974,共9页
甘油-3-磷酸酰基转移酶(glycerol-3-phosphate acyltransferase,GPAT)是三酰甘油(triacylglycerol,TAG)生物合成的限速酶,催化TAG生物合成的起始步骤,为多种脂质合成提供了底物,会直接参与到植物的生长发育和抗逆过程。蒺藜苜蓿(Medicag... 甘油-3-磷酸酰基转移酶(glycerol-3-phosphate acyltransferase,GPAT)是三酰甘油(triacylglycerol,TAG)生物合成的限速酶,催化TAG生物合成的起始步骤,为多种脂质合成提供了底物,会直接参与到植物的生长发育和抗逆过程。蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)作为豆科模式植物具有基因组小、生长周期短、遗传转化效率高等特点。为了解GPAT基因在苜蓿抗逆尤其是在耐盐中的作用,本研究选择蒺藜苜蓿基因组为研究对象,采用Blastp和Hmm结构域搜索方法,共鉴定出24个mtGPAT基因。根据系统进化、基因结构和结构域差异将其分成3个亚家族。同时染色体定位分析发现,24个mtGPAT基因不均匀分布在7条苜蓿染色体上,每条染色体上分布有2~5个基因。基因表达谱分析表明:蒺藜苜蓿GPAT基因具有器官特异性,并且会参与盐胁迫反应。这些结果可为进一步深入研究蒺藜苜蓿GPAT家族基因的功能提供理论基础。 展开更多
关键词 蒺藜苜蓿 基因家族 甘油-3-磷酸酰基转移酶 系统进化分析 基因表达模式分析 染色体定位 盐胁迫
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甘蔗细胞色素P450还原酶基因的RT-PCR扩增与表达分析 被引量:3
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作者 苏炜华 黄珑 +5 位作者 黄宁 刘峰 苏亚春 肖新换 凌辉 阙友雄 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期173-178,共6页
细胞色素P450基因在电子传递链、次生代谢物质合成和对外源化学药物毒性降解中发挥着重要作用,为了深入了解该基因在甘蔗中的功能,通过RT-PCR扩增获得甘蔗细胞色素P450还原酶基因的cDNA全长序列,命名为ScCPR450(Gen Bank Accession Numb... 细胞色素P450基因在电子传递链、次生代谢物质合成和对外源化学药物毒性降解中发挥着重要作用,为了深入了解该基因在甘蔗中的功能,通过RT-PCR扩增获得甘蔗细胞色素P450还原酶基因的cDNA全长序列,命名为ScCPR450(Gen Bank Accession Number:KR864841).该基因全长999 bp,含有744 bp的完整开放阅读框,编码247个氨基酸.亚细胞定位结果显示,ScCPR450蛋白分布于细胞质中,与生物信息学预测结果相符.q RT-PCR表达分析表明,该基因在甘蔗中组成型表达,但有组织特异性,芽中表达量最高,其次是叶,而皮中表达量最低.在脱落酸(ABA)、水杨酸(SA)、茉莉酸甲酯(Me JA)、聚乙二醇(PEG)和氯化铜(CuCl_2)胁迫诱导过程中,该基因的表达量呈现不同变化模式,其中SA胁迫6 h下,ScCPR450基因的表达量最高,约为对照的12.21倍;在PEG胁迫下,ScCPR450基因的表达量上调且表达量稳定,推测ScCPR450基因在甘蔗响应生物和非生物胁迫中发挥一定的作用.本研究可为该基因家族其它成员的克隆以及深入解析该基因的功能特性奠定基础,进而为基于基因工程技术对甘蔗品种进行定向改良提供基因资源. 展开更多
关键词 甘蔗 ScCPR450基因 亚细胞定位分析 基因表达模式分析 胁迫
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Highly efficient differentiation of human ES cells and iPS cells into mature pancreatic insulin-producing cells 被引量:91
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作者 Donghui Zhang Wei Jiang +5 位作者 Meng Liu Xin Sui Xiaolei Yin Song Chen Yan Shi Hongkui Deng 《Cell Research》 SCIE CAS CSCD 2009年第4期429-438,共10页
Human pluripotent stem cells represent a potentially unlimited source of functional pancreatic endocrine lineage cells. Here we report a highly efficient approach to induce human embryonic stem (ES) cells and induce... Human pluripotent stem cells represent a potentially unlimited source of functional pancreatic endocrine lineage cells. Here we report a highly efficient approach to induce human embryonic stem (ES) cells and induced pluripo- tent stem (iPS) cells to differentiate into mature insulin-producing cells in a chemical-defined culture system. The differentiated human ES cells obtained by this approach comprised nearly 25% insulin-positive cells as assayed by flow cytometry analysis, which released insulin/C-peptide in response to glucose stimuli in a manner comparable to that of adult human islets. Most of these insulin-producing cells co-expressed mature β cell-specific markers such as NKX6-1 and PDX1, indicating a similar gene expression pattern to adult islet β cells in vivo. In this study, we also demonstrated that EGF facilitates the expansion of PDXl-positive pancreatic progenitors. Moreover, our protocol also succeeded in efficiently inducing human iPS cells to differentiate into insuIin-producing ceils. Therefore, this work not only provides a new model to study the mechanism of human pancreatic specialization and maturation in vitro, but also enhances the possibility of utilizing patient-specific iPS cells for the treatment of diabetes. 展开更多
关键词 insulin-producing cell pancreatic differentiation human embryonic stem cells human induced pluripotent cells
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