关于建立证型基因表达谱数据库的设想

临床仅用四诊方法获取证候进行证型诊断,存在着较大的模糊性和主观性,影响了中医诊断的科学性,阻碍了中医药现代化和国际化的进程,因而证型诊断必须与现代科学结合,给它赋予现代最前沿的科学内涵。基于分子生物学和计算机科学的迅猛发展,将基因组学融入中医学,从基因微观分子水平研究中医诊断,是完全可以的。通过对足够数量的同一病位或病性患者的基因表达进行分析,建立辨证要素的基因表达谱数据库,再相互组合便可建立证型基因表达谱数据库,以此作为辨证的客观规范化标准。

基于公共数据库分析肿瘤坏死因子受体超家族成员-4在喉鳞状细胞癌中的表达及临床意义

目的 通过多个数据库资料结合临床样本分析喉鳞状细胞癌(鳞癌)患者中肿瘤坏死因子受体超家族成员(TNFRSF)4表达水平的变化,研究TNFRSF4在喉鳞癌发生发展中的作用。方法 根据高通量基因表达(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库转录组表达谱数据筛选出差异表达的基因,结合基因表达谱数据动态分析(GEPIA)数据库对差异基因TNFRSF4进行表达水平预测和生存分析;同时通过3例患者的喉鳞癌组织与癌旁组织标本进行qRT-PCR和Western blot验证,基于TCGA的临床数据绘制K-M生存曲线图并进行Cox回归分析。采用基因集富集分析探究与TNFRSF4在喉鳞癌中作用有关的信号通路。结果 数据库和临床样本中,喉鳞癌组中TNFRSF4的表达高于正常组(P<0.05),且TNFRSF4高表达组的生存率高于TNFRSF4低表达组(P<0.01)。多因素的Cox回归分析显示,TNFRSF4表达水平(HR:0.430,95%CI:0.229~0.806,P=0.009)、性别(HR:0.424,95%CI:0.204~0.882,P=0.022)、淋巴结分期(HR:2.010, 95%CI:1.055~3.831,P=0.034)和远处转移(HR:3.706, 95%CI:1.152~11.922,P=0.028)四个因素共同对患者的总生存时间产生影响。基因集富集分析的结果显示,与TNFRSF4表达最显著相关的信号通路有细胞黏附分子、JAK-STAT信号通路、T细胞受体信号通路、B细胞受体信号通路、原发性免疫缺陷和自身免疫性甲状腺疾病。结论 TNFRSF4高表达可能是喉鳞癌患者预后良好的生物标志物。

CCL18介导肿瘤微环境趋化因子网络导致卵巢癌不良预后的研究

目的分析血清CC趋化因子配体18(CC-chemokine ligand 18,CCL18)与卵巢癌预后的关系及其对卵巢癌微环境中其他趋化因子及受体的调控作用,探讨CCL18促进肿瘤生长和转移的可能机制。方法采用流式荧光微球法检测320例卵巢癌患者、150例盆腔良性肿块患者及100名正常对照女性血清样本中CCL18的表达,分析基因表达谱(Gene Expression Omnibus,GEO)以及癌症基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中CCL18基因表达与卵巢癌患者预后的关系。采用过表达CCL18的卵巢上皮癌细胞SKOV3-GFP-CCL18建立裸鼠皮下移植瘤模型,实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测移植瘤内其他趋化因子及受体的表达。结果卵巢癌患者血清中CCL18的表达水平显著高于盆腔良性肿块患者和正常对照女性[(238.04±93.59)ng/mL vs(94.36±59.17)ng/mL,P<0.001;(238.04±93.59)ng/mL vs(31.68±26.10) ng/mL,P<0.001],且高表达CCL18的卵巢癌患者中位无疾病进展生存期较低表达者短(15.0个月vs18.2个月,HR=1.25,95%CI:1.08～1.44,P=0.003)。CCL18激活卵巢癌微环境的XCL1-XCR1、XCL2-XCR1、CCL2-CCR2、CCL11-CCR3、CCL17-CCR4、CXCL9-CXCR3、CXCL11-CXCR3、CXCL12-CXCR4趋化因子-受体轴表达,抑制了CXCL1-CXCR2、CXCL6-CXCR2、CXCL8-CXCR2、CCL5-CCR1、CCL5-CCR5、CCL27-CCR10、CCL28-CCR10趋化因子-受体轴的表达。结论 CCL18促进卵巢癌细胞转移可能与激活转移趋化因子-受体XCL1-XCR1、XCL2-XCR1、CCL2-CCR2、CCL17-CCR4表达和下调CCL5-CCR5、CCL27-CCR10和CCL28-CCR10表达有关,其可能造成卵巢癌患者不良预后。