利用基因表达连续分析技术构建肝癌HepG2细胞文库

目的采用基因表达连续分析技术（serial analysis of gene expression，SAGE）建立肝癌HepG2细胞标签文库。方法提取肝癌HepG2细胞总RNA，分离纯化得到mRNA，利用改进后的M—MLV RTase cDNA合成试剂盒合成生物素标记的双链cDNA；得到全长cDNA后，根据SAGE技术流程后续步骤，建立肝癌HepG2细胞标签文库。结合GenBank、UniGene文库分析标签代表的转录本，最终通过SAGE软件分析标签丰度。结果15586个标签中有14181个获得稳定有效的扩增，长度在200～3000bp。将获得的长片段进行序列分析后，2023个特异基因被发现。结论用改进后的逆转录试剂盒可以较好地获得全长cDNA，为SAGE技术构建文库提供可靠的原料。借助SAGE技术建立的肝癌HepG2细胞标签文库，容量大、效率高，为后续基因研究搭建了良好的平台.

基因表达连续分析技术及应用研究的进展

随着功能基因组学研究的兴起 ,基因表达连续分析技术 (SAGE)已成为高通量研究基因表达谱的新手段。 SAGE技术不仅可以用来研究大部分基因组序列尚未鉴定的生物个体的基因表达谱 ,其实验结果还可以直接与发表在 SAGEmap表达数据库中不同来源的已知文库相比较 ,应用日益受到重视。

基因表达的连续分析技术

基因表达的连续分析技术是一种能对某一细胞群或特定的微解剖结构基因表达做全面分析的技术。本文就基因表达的连续分析技术的原理、方法进行综述。

应用基因表达系列分析(SAGE)技术研究高温处理前后家蚕的基因表达差异

高温对家蚕的生理和免疫能力有明显影响。为从分子水平上探究家蚕抗高温机制,应用基因表达系列分析(SAGE)技术获得家蚕5龄雌蚕高温处理前后中肠、丝腺和脂肪体组织的基因表达谱,构建高温组(34℃)和常温组(26℃)2个家蚕SAGE文库。2个家蚕SAGE文库分别包含3555107和3580976个原始标签,其中的标签种类分别为113684和131 296个,清洁标签的种类分别为45972和49467。比较2个文库清洁标签获得65 535种差异标签,共注释4249个基因,其中有1 062个差异表达的基因(P<0.05,错误检测率FDR≤0.001并且拷贝数的差异在2倍以上)。经GO分析发现2个文库中基因的分布极其相似,表明这些基因在不同的环境温度下有类似的生物学功能并参与类似的生理代谢过程。KEGG pathway分析显示有732个基因涉及176个KEGG路径,其中有40个为差异表达基因显著富集的路径(P<0.05),超过一半的路径与代谢、生物合成和信号传导有关。上述结果有助于对家蚕抗高温基因的鉴定以及探究基因调控的网络关系。

基因表达聚类分析技术的现状与发展

随着多个生物基因组测序的完成、DNA芯片技术的广泛应用 ,基因表达数据分析已成为后基因组时代的研究热点 .聚类分析能将功能相关的基因按表达谱的相似程度归纳成类 ,有助于对未知功能的基因进行研究 ,是目前基因表达分析研究的主要计算技术之一 .已有多种聚类分析算法用于基因表达数据分析 ,各种算法因其着眼点、原理等方面的差异 ,而各有其优缺点 .如何对各种聚类算法的有效性进行分析、并开发新型的。

用表达性差异显示分析技术分离人胎肝组织选择性表达基因

目的 :建立 4月龄人胎肝组织选择性表达基因EST库 ,为研究胚胎肝组织特异表达基因提供有力的工具。方法 :采用表达性差异显示分析 (representationaldifferenceanalysis,RDA)技术建立 4月龄人胎肝组织选择性表达基因EST库 ,并测定部分克隆核苷酸序列 ,以竞争PCR检测代表性基因的差异表达。结果与结论 :以珠蛋白家族基因为标志 ,所建差减cDNA文库中α 珠蛋白家族基因的表达频率较未差减cDNA文库增高 7倍 ,同时该文库也含有多种与肝生长密切相关的基因 ,表明RDA技术确是研究差异表达基因的有效手段 ,所建EST库富集胎肝特异表达基因 .部分克隆序列分析获得 2种未报道序列 ,其中一株含有丝 /苏氨酸激酶结构域 。

基因表达快速分析新技术-MPSS简介

介绍了一种新的基因表达快速分析技术 -MPSS技术的基本原理、技术路线及其优点和应用。

基因表达连续分析标签数据库的实时定量多聚酶链反应验证

目的采用实时定量多聚酶链反应(PCR)技术验证不同丰度和匹配度的基因表达序列标签,尝试用该技术补充和完善高通量基因表达谱的结果。方法根据各基因序列全长设计引物,选择9个单匹配标签,6个多匹配标签,1个美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库更新后无匹配标签和2个无匹配基因进行实时定量PCR验证。结果挑选的所有基因均得到特异性扩增。基因表达量分析结果显示,基因表达连续分析(SAGE)文库中9个单匹配标签表达趋势和定量结果一致,且具有显著性差别;6个多匹配标签中有3个标签表达趋势和定量结果一致,且具有显著性差别;1个NCBI数据库更新后无匹配标签表达趋势和定量结果相反;2个无匹配基因表达量数据提示两组间没有显著性差别。结论实时定量PCR技术是验证SAGE等高通量数据的可靠工具之一。SAGE文库标签匹配度可影响数据的可信度。

机械点样DNA微点阵技术及其在基因表达分析上的应用(I)

从芯片制作、芯片杂交、芯片扫读与图像分析、基因表达数据分析等方面,详细介绍了机械点样DNA微点阵技术及其应用于多基因表达分析的基本步骤与原理。

基因差异表达分析技术在寄生虫学中的应用研究进展

生物体表现出的各种生物学特性,主要是由于基因在不同细胞间及不同生长阶段的选择性差异表达引起的。这些基因的差异表达按特定的时间和空间顺序有序地进行着,决定了生命活动的多样性。而基因差异表达研究的各种分析技术正是在此基础上发展起来并在兽医寄生虫学中得到广泛应用。以mR-NA差异显示、抑制消减杂交法和DNA微列阵分析等为代表的基因差异表达分析技术,在基因表达谱的分析及基因生物学功能研究,阐述寄生虫的发病机制,寄生虫疾病诊断,筛选合适的药物靶标和疫苗候选分子有效地防病治病方面发挥着重要作用。

微量材料系列性基因表达分析技术的研究

建立了微量材料 (1μgRNA)系列性基因表达分析技术 (minimalserialanalysisofgeneexpression ,miniSAGE) ,并用miniSAGE技术对冠心病 (coronaryarterydisease ,CAD)患者和正常人成纤维细胞的基因表达谱进行了分析 ,合成了两个高质量的SAGE库 ,比较了两个库的SAGE标签 ,为CAD发病机理的研究提供了大量表达异常基因的资料 .从而为后续分离与CAD发病相关的新基因打下了基础 .miniSAGE技术是一种有力的基因表达分析方法 ,可用于微量RNA (1μg)材料的基因表达分析 。

基因差异表达分析技术及其在糖尿病研究中的应用

随着差异表达基因检测技术的不断发展,建立了很多新的检测方法,本文对差异显示反转录PCR技术(DDRT-PCR)、代表性差异分析技术(RDA)、抑制消减杂交技术(SSH)、获得全长基因的消减杂交法、基因表达系列分析(SAGE)、限制性显示技术(RD-PCR)和基因芯片技术的基本原理作了综述,介绍了它们的应用状况和优缺点,并对基因差异表达分析技术在糖尿病研究中的近期应用及其前景作了简要介绍。随着研究的进一步深入,基因差异表达分析技术和方法将在糖尿病及其他疾病的分子机制、临床诊断、治疗和预防等领域中具有广阔的应用前景。

基因表达系列分析技术及其应用

基因表达系列分析(Serial Analysis of GeneExpression,SAGE)是近几年来发展起来的一种全基因组基因表达分析和寻找差异基因的新技术,能同时对大量的转录物进行定性和定量分析,可以同时反映正常或异常等不同功能状态下细胞整个基因组基因的全貌,特别对低丰度表达基因有较高的检测结果,因而具有重要的应用价值.它不但能快速详细地同时分析成千上万个基因转录子的丰富信息,还能发现新基因.SAGE是目前较为成熟的用于全基因组基因分析的方法,经过数年的探索,SAGE受到广泛关注,显示出广阔前景.本文简介SAGE技术的基本原理、操作方法、应用前景、优缺点.

机械点样DNA微点阵技术及其在基因表达分析上的应用(II)

从芯片制作、芯片杂交、芯片扫读与图像分析、基因表达数据分析等方面,详细介绍了机械点样DNA微点阵技术及其应用于多基因表达分析的基本步骤与原理。

基因表达系列分析技术在植物基因表达分析中的应用

基因表达系列分析技术 (SAGE)是一种以测序为基础 ,采用数字化分析手段 ,在转录物水平上研究细胞或组织基因表达模式的有效工具。该技术不仅能够全面地分析特定组织或细胞表达的基因 ,获得这些基因表达丰度的数量信息 ,还可比较不同组织、不同时空条件下基因表达的差异 ,从而发现新基因。SAGE技术在植物方面的应用相对较少 ,但进展很快。本文着重介绍了SAGE在植物基因表达分析中的应用 ,分析SAGE所存在的问题。

几种基因差异表达分析技术在原核生物差异基因筛选中的应用

原核生物差异基因筛选方面,目前代表性差异分析方法(RDA)、消减抑制杂交法(SSH)、限制性酶切片段差异显示(RFDD-PCR)以及cDNA-AFLP等技术经改良后,可用于原核生物差异基因筛选的研究。论文对这几种方法的优缺点及应用进行了介绍。

用改进的DDRT-PCR技术进行小麦穗和花药特异表达基因的分析

本研究采用改进的DDRT-PCR技术对小麦穗和花药发育的不同阶段进行了差别表达分析,以找出穗和花药的特异表达基因。用30个随机单引物进行RAPD扩增,从展示的近1000条带中找出14条差别cDNA片段,然后以cDNA为探针进行反向Northern-Blot,结果得到一条在花药内特异表达增强的阳性片段,命名为S1176450。

原发灶不明转移癌基因表达谱分析技术进展

原发灶不明转移癌(CUP)是一类经组织病理学证实为转移性,但经多种临床诊疗手段无法明确原发灶的肿瘤。明确肿瘤原发部位是CUP诊断的第一步,组织病理学、免疫组织化学技术、PET/CT都是临床常用的诊疗手段。基因表达谱分析技术是近年新兴的一种诊断原发灶的方法,具有较高的诊断准确率、敏感性和特异性,有望实现CUP患者的个体化治疗。

基因表达的连续分析

生物体的特性由其内在的基因表达所决定。已开发的一种称之为基因表达连续分析的方法（ＳＡＧＥ）能够定量地对大量转录产物同时进行分析。为了说明该方法，从胰脏中分离出一短的诊断标记序列，连接并克隆。１０００个人工标记序列揭示了胰脏功能的特征基因的表达模式，已鉴别出胰脏中对应新标记的转录物。ＳＡＧＥ比较常态的，发育阶段的和感病状态物种的基因表达和定量分类方面具有广阔的应用前景。