基于GSS算法的HRD评分与高危前列腺癌和转移性激素敏感性前列腺癌患者临床病理特征、基因组突变和预后的关系

目的分析同源重组修复缺陷(HRD)评分与高危和转移性激素敏感性前列腺癌(mHSPC)患者临床病理特征、基因组突变的关系及对mHSPC患者预后的预测价值。方法纳入2021年12月—2023年11月在解放军总医院第一医学中心泌尿外科诊治的高危前列腺癌和mHSPC患者127例,进行同源重组修复(HRR)基因测序,并基于基因组疤痕评分(GSS)算法得出HRD评分。分析HRD评分与临床病理特征、基因突变和患者预后之间的关系。结果127例高危前列腺癌和mHSPC患者的中位HRD评分为1.6(0.8,5.2),30例(23.6%)患者HRD评分≥10,11例(8.7%)患者HRD评分≥20。临床病理特征包括国际泌尿病理协会(ISUP)分级≥4(P=0.044)和转移状态(P=0.008)与高HRD评分相关。存在BRCA、TP53和MYC体系基因突变型患者的HRD评分显著高于野生型基因患者(P<0.05)。在mHSPC患者中,HRD评分≥20患者出现生化复发的风险是HRD评分<20患者的12.836倍[OR:12.836(1.332~124.623),P=0.028]。结论HRD评分在高危前列腺癌和mHSPC患者中的基线水平较低;HRD评分高的患者可能倾向于拥有更高的组织学分级(ISUP≥4)和更晚的临床分期。HRD评分作为生化标志物提示不良预后的阈值还需进一步的研究。

多基因风险评分用于结直肠癌风险预测的研究进展

结直肠癌是全球最为常见的消化系统恶性肿瘤,其发生、发展过程受到遗传和环境因素共同作用。多基因风险评分可汇总多个遗传易感位点的效应,提升疾病风险的预测能力。本文就国内外结合多基因风险评分的结直肠癌风险预测模型研究进展作一综述,为优化结直肠癌人群风险识别策略,制定公共卫生综合防控政策提供参考和证据。

多基因遗传风险评分(PRS)在遗传疾病研究中的应用与前景:数据分析方法综述

多基因遗传风险评分(polygenic risk score,PRS)是一种新兴的遗传数据分析方法。该方法通过对个体多个遗传变异位点的综合考虑,对个体复杂疾病的遗传风险进行定量评估,在遗传学领域受到广泛关注,同时该方法的有效性也在临床应用中得到进一步验证。由于PRS的计算涉及大量的基因组数据分析,其模型的数据选择、构建方法以及验证方法均存在较大差异。本综述结合目前已发表的PRS相关研究和算法,对PRS模型以及其应用进行阐述。

21基因复发风险评分与淋巴结阴性、激素受体阳性乳腺癌局部复发的关系

1文献来源 Mamounas EP,Tang G,Fisher B,et al.Association between the 21-gene recurrence score assay and risk of locoregional recurrence in node-negative,estrogen receptor-positive breast cancer：Results from NSABP B-14 and NSABP B-20[J].J Clin Oncol,2010,28（10）：1677-1683.

21基因复发风险评分在乳腺黏液癌中的临床应用价值

目的探讨21基因复发风险评分在乳腺黏液癌(MBC)中的临床应用价值。方法选取接受手术治疗的96例雌激素受体(ER)阳性、人类表皮生长因子受体2(HER-2)阴性的MBC患者,收集所有患者的临床资料。提取所有患者肿瘤组织石蜡包埋标本中的RNA,采用实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测21基因的表达,计算21基因复发风险评分,根据评分结果将所有患者分为低危组(<18分)、中危组(18~30分)和高危组(>30分)。采用多因素Logistic回归分析评估21基因复发风险评分的独立影响因素。采用Kaplan-Meier生存曲线评估无病生存期(DFS)。结果96例MBC患者中低危组23例(24.0%)、中危组63例(65.6%)、高危组10例(10.4%)。低危组、中危组及高危组之间孕激素受体(PR)表达、分子分型及肿块大小差异均有统计学意义(P<0.05),年龄、绝经时间、stage分期、Ki67表达差异均无统计学意义(P>0.05)。多因素Logistic回归分析结果显示,PR低表达是MBC患者21基因复发风险评分为高危的独立危险因素[比值比(OR)=7.271,95%可信区间(CI)为0.728~3.240]。化疗的选择与Ki67表达、分子分型、PR表达及21基因复发风险评分有关(P<0.05),与年龄、肿块大小、绝经时间、手术方式、stage分期无关(P>0.05)。多因素Logistic回归分析结果显示,21基因复发风险评分及Ki67表达是选择化疗的独立影响因素(P<0.05)。Kaplan-Meier生存曲线分析结果显示,低危组、中危组及高危组之间DFS差异均无统计学意义(P>0.05)。结论在MBC患者中,21基因复发风险评分与PR表达密切相关,是辅助化疗选择的独立影响因素,但不能预测患者DFS的长短。

21个基因检测评分在乳腺癌复发中的应用效果及影响因素研究

目的探讨21基因检测复发评分在乳腺癌患者中的应用效果及影响因素.方法选择2014年6月~2017年8月科室收治的乳腺癌患者90例,入组患者雌激素受体(ER)阳性、人类表皮生长因子受体2(HER2)阴性.患者均行手术治疗,切除病灶组织,采用实时荧光聚合酶链反应(PCR)检测21基因(包括:16个乳腺癌相关基因及5个参考基因)表达,计算21基因复发风险评分.根据21基因复发风险评分将患者分为低危组(n=26例)、中危组(n=30例)和高危组(n=34例),分析21基因检测复发评分与乳腺癌病理的关系并进行多因素Logistic回归分析.结果单因素结果表明:21基因检测复发评分与乳腺癌患者年龄、病理类型、组织分级、P53、TOPIIa、EGFR、CK5/6及手术方式的关联差异无统计学意义(P>0.05);21基因检测复发评分与乳腺癌患者肿瘤直径、Ki67、PR阳性率的关联有统计学意义(P<0.05);多因素Logistic回归分析结果表明:21基因检测复发评分与乳腺癌患者肿瘤直径、ki67、PR阳性率的关联有统计学意义(P<0.05).结论将21基因检测复发评分用于乳腺癌患者中效果理想,其影响因素较多,加强21基因检测复发评分能评估预后,指导临床治疗.

家族性高胆固醇血症患者基因风险评分与心血管疾病的相关性

目的探究家族性高胆固醇血症(FH)患者基因风险评分与心血管疾病(CVD)的相关性。方法选取2016年1月-2019年6月在新疆生产建设兵团医院诊断及就诊的FH患者199例,根据是否合并心血管疾病分为观察组(n=43)与对照组(n=156),对比一般资料及血脂水平,包括:伴随疾病、吸烟史、家族CVD史、甘油三酯(TC)、总胆固醇(TC)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C).低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C),同时检测低密度脂蛋白受体(LDLR).,载脂蛋白B(ApoB)、枯草溶菌素转化酶(PCSK9)基因的风险评分,使用Spearman相关分析探究基因风险评分与LDL.-C水平的关系,使用Logistie回归分析CVD的独立危险因素。结果观察组的年龄、家族性心血管病史率显著高于附照组,观察组的TC(1=2.171,P=0.031)、TC(t=6.325,p=0.000)及LDL-C(1=6.890,P=0.000)水平显著高于对照组,HDL-C水平显著低于对照组(1=5.137,P=0.031);所有患者基因风险评分分布在1.25~2.25,中位分数1.90,观察组高基因风险比例显著高于对照组(81.40%vs 49.36%;χ^2=14.060,P=0.000).基因风险评分与LDL-C水平呈显著正相关(r=0.358,P=0.000)。多因索Logistie回归分析显示年龄(OR=1.369,P=0.001)、家族性心血管病史(OR=3.043,P=0.044)、LDL-C(OR=1.734,P=0.000)、高基因风险评分(OR=6.507,P=0.003)是心血管疾病发生的独立危险因素,HDL-C(OR=0.008,P=0.000)是心血管疾病的独立保护因素。结论FH患者基因风险评分与LDL-C水平呈显著正相关,高基因风险评分是CVD发生的独立危险因素。

21基因复发风险评分在激素受体阳性乳腺癌患者中的应用

近10年来,随着精准医疗的发展,乳腺癌的治疗进入了一个新时代,即在不影响生存结果的前提下,趋向于治疗降级、方案个体化,在给患者带来最大获益的同时尽可能减少医源性毒性暴露。21基因复发风险评分(21-gene recurrence score, RS)能够评估乳腺癌患者复发风险和化疗获益,已被美国临床肿瘤学会、美国国家综合癌症网络及中国抗癌协会推荐用于指导激素受体阳性、人类表皮生长因子受体2阴性的早期乳腺癌患者辅助治疗,但其临床应用尚存有争议。目前的研究主要聚焦于RS的临床优化,以更加准确地识别可从辅助治疗中受益的患者,使乳腺癌患者的治疗方案更加个体化。本文主要就RS在激素受体阳性乳腺癌患者辅助治疗中的应用、RS对临床决策的影响、RS面临的争议与应用前景等方面进行综述,以期指导临床进一步扩展RS的应用范围,使乳腺癌患者的辅助治疗更加精准。

21基因复发风险评分在早期乳腺癌个体化辅助治疗选择的应用

1文献来源Sparano JA,Gray RJ,Makower DF, et al.Adjuvant chemotherapy guided by a 21-gene expression assay in breast cancer[J]. N Engl J Med,2018,379(2):111-121.2证据水平1b。3背景21基因复发风险评分测定(Oncotype DX,Genomic Health)是一种通过测定特定乳腺癌基因,为激素受体阳性、腋窝淋巴结阴性的乳腺癌患者提供预后预测信息的模型,评分分值为0~100.当复发风险评分较高时(≥31,或≥26),预测患者接受辅助化疗可获益.当复发风险评分较低(0~10)时,提示患者10年内的远处复发率极低并且不大可能受辅助化疗的影响.

端粒长度与2型糖尿病:孟德尔随机化研究与多基因风险评分分析

多项观察性研究表明,端粒长度缩短与2型糖尿病(type 2 diabetes,T2D)之间存在关联。然而,传统观察性研究结果常受到混杂因素和反向因果关联的影响,端粒长度与T2D是否存在因果关联尚不明确。本研究在中国汉族人群中利用孟德尔随机化(Mendelian randomization,MR)和多基因风险评分(polygenic risk score,PRS)方法探索端粒长度与T2D的因果关系。MR研究选取8个与端粒长度相关的独立遗传变异作为工具变量,利用2632例中国汉族人群T2D全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)数据,检验遗传预测的端粒长度与T2D的关系。利用中国汉族人群GWAS数据,采用PRS分析评价端粒长度PRS与T2D的关系。MR研究共纳入1318例T2D患者和1314例正常对照,逆方差加权、MR-Egger回归、简单中位数和加权中位数法估计的OR值分别为0.78(95%CI:0.36~1.68,P=0.522)、0.23(95%CI:0.01~7.64,P=0.412)、0.60(95%CI:0.28~1.28,P=0.185)和0.64(95%CI:0.31~1.33,P=0.233),遗传预测的较长端粒长度与T2D之间不存在关联。PRS分析未发现端粒长度PRS与T2D显著关联的一致结果。本研究采用MR和PRS方法未发现端粒长度与T2D具有因果关联,后续研究中增大样本量有助于得出更可靠的结论。

21基因复发风险评分对早期乳腺癌术后治疗决策的影响

目的探讨21基因复发风险评分(recurrence score,RS)对早期激素受体阳性、淋巴结阴性乳腺癌术后辅助治疗的决策导向作用。方法收集自2013年6月至2016年12月在西安交通大学第一附属医院行手术治疗,且术后行21基因检测评分的早期激素受体阳性、淋巴结阴性的乳腺癌患者110例,按21基因复发风险评分标准分为低危组、中危组和高危组,比较其行21基因检测前后治疗决策的改变。结果在行21基因复发风险评分前,共有61例(55%)患者推荐使用辅助化疗+辅助内分泌治疗。行21基因复发风险评分后,32例(29%)患者改为行单纯辅助内分泌治疗(McNemar's test,P<0.001)。其中低危组和中危组行21基因复发风险评分后,分别有24例(39%)和8例(20%)患者由辅助化疗联合内分泌治疗改为仅行术后辅助内分泌治疗(McNemar's test,P<0.001;P=0.008)。结论对于早期激素受体阳性、淋巴结阴性乳腺癌患者,行21基因复发风险评分可以显著避免低危组和中危组患者的过度术后辅助化疗,降低术后化疗率,减少患者化疗副反应。

基于基因瘢痕评分(GSS)探索乳腺癌中的同源重组修复缺陷(HRD)

目的:使用基因瘢痕评分(GSS)描述中国乳腺癌人群的HRD状态,并对乳腺癌的HRD状态和临床特征进行统计学分析。方法:使用AmoyDx HRD Panel检测我院诊断的79例乳腺癌患者。根据拷贝数长度(LCN)、拷贝数部位(SCN)和拷贝数类型(TCN)确定基因组疤痕得分(GSS)。HRD阳性是指BRCA突变阳性和/或GSS得分≥50。HRD得分与临床特征之间的关系通过卡方检验和Fisher’s精确检验及Wilcoxon秩和检验进行统计分析。结果:在79例患者中,BRCA突变阳性率10.1%,HRD阳性率35.4%。在TNBC患者中,HRD阳性率为80%,BRCA突变阳性率26.7%。53.4%的TNBC患者BRCA突变阴性但HRD阳性。与HRD阴性的乳腺癌相比,HRD阳性乳腺癌明显更可能是Ki-67高(P<0.05)、ER阴性(P<0.05)和PR阴性(P<0.05)的肿瘤。HRD阳性率在TNBC(80%)中也明显高于Luminal A(7.7%,P<0.001)和Luminal B(27.7%,P<0.05)。结论:GSS是乳腺癌同源重组缺陷的重要检测工具,能帮助挖掘BRCA突变阴性但HRD阳性的乳腺癌人群。HRD状态与乳腺癌的ER、PR和Ki-67状态相关。

乳腺癌病人的21基因复发风险评分与临床病理特征

目的:分析激素受体阳性的早期乳腺癌病人21基因复发风险评分(recurrence score,RS)与临床病理特征的相关性,并比较不同管腔(luminal)型乳腺癌划分标准与RS的关系。方法:收集2014年1月至2015年6月瑞金医院乳腺疾病诊治中心手术治疗后接受21基因检测的早期女性乳腺癌病人,回顾分析RS与临床病理特征的相关性。结果:共入组379例病人,其中低危RS 86例(22.7%),中危RS 229例(60.4%),高危RS 64例(16.9%)。单因素分析结果显示,在不同雌激素受体、孕激素受体(progesterone receptor,PgR)、Ki67表达及组织学分级的乳腺癌病人中,RS存在统计学差异(P值分别为0.011,<0.001,<0.001,<0.001)。多因素分析表明,PgR、Ki67表达及组织学分级是RS评分的独立影响因素(P值分别为0.001,0.006,0.045)。分别以Ki67≥14%和≥20%作为luminal A型和luminal B型乳腺癌的划分标准,进行RS的分层分析显示,两者的RS较为一致。结论 :在激素受体阳性早期乳腺癌病人中,Pg R、Ki67及组织学分级是影响RS的独立影响因素。根据Ki67不同表达水平进行luminal A型和luminal B型乳腺癌的划分,不影响RS。

21基因复发风险评分在乳腺癌预后及疗效预测中的应用进展

21基因复发风险评分(RS)主要用于预测激素受体阳性、淋巴结阴性、HER-2阴性乳腺癌患者的预后及疗效。根据21基因RS将该类乳腺癌患者分为低、中、高复发风险组,低复发风险组患者局部复发风险、远处复发风险及死亡风险均低于高、中复发风险组患者。21基因RS可预测乳腺癌内分泌治疗及化疗的效果,在内分泌治疗效果受益评估中,低风险组患者受益最大;而在化疗效果评估中,高风险组患者受益最大;在中等风险组中,单独内分泌治疗和化疗加内分泌治疗的效果相似,仅少部分年龄小于50周岁的患者能从化疗中受益。

基因表达评分(GES)对非糖尿病人群冠状动脉狭窄程度的预测价值

目的探讨和评价外周血基因表达评分对非糖尿病人群冠状动脉狭窄程度的预测价值。方法连续入选2015年11月~2016年4月于陆军总医院心血管病研究所住院的146例非糖尿病可疑胸痛患者,其中男性92例,女性54例。对146例患者行冠状动脉造影检查,并使用Lepcare检测方法测定基因表达评分(分值范围-30~30分),使用统计方法验证基因表达评分作为新的检测方法评估冠状动脉狭窄程度的可行性,并分析基因表达评分与冠状动脉狭窄程度的相关性。结果以冠状动脉造影结果为金标准,基因表达评分阈值设为6分时,Lep Care评分预测冠状动脉狭窄程度≥50%的患者的ROC曲线下面积(AUC)为0.869±0.033(95%CI:0.803~0.934,P<0.01),其灵敏度为91.8%,特异性为70.8%。冠状动脉狭窄≥50%的患者在-30到-1、-10到10、11到30组中的比例分别为0(0%)、20(43%)、78(88%),且随基因表达评分愈高,冠状动脉狭窄程度愈高。结论基因表达评分作为无创性检查,在预测非糖尿病人群冠状动脉狭窄程度中具有较高的临床应用价值。

多基因风险评分在恶性肿瘤风险预测中的应用展望

多基因风险评分通过综合多个易感位点的累积效应预测个体的肿瘤发病风险,对肿瘤高危人群的筛查和有效防治具有应用价值。近年来,多基因风险评分的构建方法和应用范畴得到了进一步拓展和完善。本文就多基因风险评分应用于恶性肿瘤风险预测的最新进展进行简要介绍,总结其应用展望和挑战。

多基因风险评分的构建及其在卒中领域的应用

卒中是一种由遗传和环境因素共同作用引起的复杂疾病,人类遗传学的发展为卒中的个体化预防和治疗提供了新的机会。多基因风险评分是根据个体的基因型和相关的全基因组关联研究数据,对一种性状或疾病的遗传倾向进行估计,是遗传学研究中全基因组关联研究的补充方法。多基因风险评分可以对患者进行风险分层以进行个性化管理,从而有助于卒中等复杂疾病的精准预测和防控。基于此,本篇综述阐述了多基因风险评分的构建及其在卒中研究中的应用情况,以期为国内相关研究提供思路。

多基因风险评分在精神障碍研究中的应用进展

多基因风险评分(polygenic risk score,PRS)作为全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)的补充方法,已广泛应用于各类复杂性状疾病的遗传学研究中,精神疾病一直是PRS应用的重要领域。国际上关于PRS的研究范式渐趋成熟。国内关于PRS方法的综述主要关注于复杂性状疾病的总体进展[1-2],或将其作为遗传风险分析方法的一种类型进行介绍[3]。

多基因风险评分在复杂性状疾病中的应用进展

随着精准医学的提出以及基因组医学研究的不断深入,人类基因组信息可有效辅助临床进行更精确的疾病诊断,并帮助医师制定个体化的治疗方案,同时也可被用于大范围的人群筛查,并根据个体差异而采取相应措施,阻止疾病的发生。复杂性状疾病(complex disease)发病由多个基因位点共同参与且与环境因素相互作用决定疾病表型的遗传疾病,如心血管疾病、肿瘤性疾病、自身免疫病等。人类基因组信息中,遗传风险评分作为研究单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与复杂性状疾病间关系的方法.

多基因疾病胚胎植入前遗传学检测的研究进展及挑战

胚胎植入前遗传学检测是辅助生殖过程中的重要环节,可以阻断单基因或染色体疾病的代际间遗传。其中,多基因疾病胚胎植入前遗传学检测(PGT-P)是该领域的最新进展之一。PGT-P在人工智能和遗传检测技术发展的基础上,通过检测遗传物质,计算多基因风险评分,再将其转化为发病概率,可以筛选得到多基因疾病发病概率相对较低的胚胎进行移植,以期降低子代未来患该疾病的可能,具有显著的临床和社会意义。目前,PGT-P在国内外都进行了阶段性的开展并取得了成功的临床实践。与此同时,PGT-P作为一项正在发展的技术仍存在结果不稳定、无法排除环境因素、种族差异影响等技术缺陷;在伦理角度,若不严加规范PGT-P的筛选指征则容易产生新的社会问题。本文主要综述了目前PGT-P的技术组成和最新进展,并对其未来的发展,尤其是如何建立完整且适用于我国人群的筛查模型提出了展望。