猪圆环病毒3型的检测及其全基因进化分析

本研究对2016年3月~2017年3月采集于上海市猪场的20份病料进行了病原体检测,并对检测到的圆环病毒3型(Porcine circovirus type 3,PCV3)进行了全基因分析。检测结果显示:猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRSV)阳性病料1份,而猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)、猪伪狂犬病毒(Pseudorabies virus,PRV)、猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)、猪细小病毒(Porcine parvovirus,PPV)、猪乙脑病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)均为阴性;PCV3阳性病料2份,其中1份为PCV3和PRRSV混合感染。对这2株PCV3进行全基因测序和Blast分析,并绘制PCV3全基因、囊膜蛋白基因的遗传进化树,结果显示:与这2株病毒基因同源性最高的毒株为CN/Hubei-618/2016,同源性为99%;在全基因进化树中,这2株毒株和中国来源的PCV3毒株以及美国毒株PCV3/USA/MO2015(Gen Bank登录号:KX778720.1)在同一群中;在囊膜蛋白基因的进化树中,这2株PCV3属于PCV3a。

福建部分沿海地区真鲷虹彩病毒病初步调查及基因进化分析

采集鱼样品25批,利用PCR检测方法对我国福建部分沿海地区真鲷虹彩病毒病(RSIVD)情况进行初步调查,对调查阳性结果的PCR扩增片段和阳性病毒株MCP基因PCR扩增片段进行测序分析,同时,与GenBank的虹彩病毒科各个属MCP全基因代表株进行同源性比较。初步调查结果表明,我国福建部分沿海地区共检出2批RSIVD阳性样品,受感染鱼种为大黄鱼和斜带髭鲷,将获得的大黄鱼源虹彩病毒、斜带髭鲷虹彩病毒分别命名为RISV-FJ-DHY和RISV-FJ-XDZD;通过基因全序列比对和绘制同源树,结果显示,分离的2例病毒株均属于虹彩病毒科细胞肿大病毒属,RISV-FJ-DHY与2002年分离的大黄鱼病毒株发生了一定的变异,而RISV-FJ-XDZD遗传性状稳定。

PCV2华南株的分离和基因进化分析

从具有猪圆环病毒病临床症状的猪体内分离到1株PCV2华南分离株,并进行了全基因组序列测定。序列分析发现PCV2ORF2的变异原因主要是点突变,但也存在连续突变和缺失/插入突变,而PCV2 ORF1的变异均为点突变,变异程度很小。将此PCV2华南分离株的全基因组序列与GenBank上收录的18个PCV2毒株的全基因组序列做进化树分析,表明此PCV2华南分离株与国内PCV2分离株、欧洲株更接近,而与韩国、中国台湾、日本和美洲毒株则稍远,在基因进化树上,无法判定基因分支与地理位置是否有相关性。

云南省新发猪圆环病毒3型感染状况调查与全基因进化分析

为了解猪圆环病毒3型(PCV3)在云南省不同地区猪群中的流行情况,针对PCV3基因保守区域设计特异性引物,优化反应条件,建立PCR快速检测方法,并采用该方法对采自云南省不同地市431份样品进行检测,将获得的部分毒株全基因序列进行遗传进化分析。结果显示:本研究成功建立了一种快速、特异和灵敏的PCV3检测方法;云南省12个地(市)29县(区)中,8个地(市)12个县(区)检测出阳性样品;431份样品中有43份PCV3阳性样品,阳性率为9.98%;获得的3株PCV3全基因组序列与参考毒株之间的核苷酸同源性为98.6%~99.5%,进化树显示3株云南毒株形成一个小的进化分支,属于PCV3a基因型。本研究结果表明,PCV3在云南省多个地区呈一定的流行趋势,流行毒株以PCV3a基因型为主,有必要进一步开展云南地区PCV3流行病学调查,并提出防控对策。

2023年广东省急性出血性结膜炎流行末期病原组成及基因进化分析

分析2023年广东省急性出血性结膜炎(Acute hemorrhagic conjunctivitis,AHC)疫情流行末期病原体组成及其分子特征情况,为AHC的防治提供科学依据。本研究采集AHC流行末期81份AHC患者眼结膜拭子,采用实时荧光定量PCR(Real-time quantitative PCR,qPCR)方法,对其进行人肠道病毒70型(Human enterovirus 70,HEV70)、柯萨奇病毒A组24型变异株(Coxsackievirus A24 variant,CVA24v)和腺病毒(Adenovirus,AdV)核酸检测。通过HEp-2细胞进行病毒分离。对分离株进行PCR扩增和基因测序。用Mega11和BioEdit软件进行基因进化分析,用SWISS-MODEL进行VP1蛋白三维结构分析,通过IEDB进行VP1蛋白的B细胞抗原表位预测。结果显示81份眼拭子样本荧光定量PCR检测,EV70全部阴性,20份样本CVA24v阳性,16份样本AdV阳性。使用HEp-2细胞成功分离到8株CVA24v毒株。基于分子测序分析发现,2023年AHC流行末期的CVA24v病毒株与5月份疫情初期病毒株相比,8株CVA24v毒株在3C区核苷酸共有7处突变,其中在第309位点共享同义突变C→T。在VP1区共有19处突变,除AHC705/GD/CHN/2023株外,其余7株在第30位点共享同义突变T→C。此外还获得一株CVA24v的全基因组序列,和流行初期病毒株全长序列相比有24个核苷酸突变,3个氨基酸突变。本研究通过分析VP1蛋白的三维结构预测,识别出了本次疫情流行末期相比早期出现三个变异位点,其中T98A和A146T两个位点位于蛋白表面,参与组成抗原决定簇。研究结果显示,与疫情初期由CVA24v独立引起的流行相比,流行末期出现了CVA24v与AdV共同流行的现象。这一发现对理解病毒变异与流行动态具有重要意义。

2010年江西省急性出血性结膜炎病原体鉴定及基因进化分析

为鉴定引起2010年江西省急性出血性结膜炎（Acute hemorrhagic conjunctivitis,AHC）疫情的病原体,并对其进行基因进化分析,本研究采集了20份门诊AHC患者眼结膜拭子,对其进行病毒分离,随后通过逆转录-聚合酶链式反应（Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR）方法分别检测阳性分离物中肠道病毒70型（Human enterovirus type 70,EV70）、柯萨奇病毒A24变异株（Coxsackievirus A24variant,CV-A24v）和腺病毒。并对CV-A24v分离株进行VP1区和3C区全序列测定,分析其与全球流行CV-A24v的基因进化关系。20份标本中有10份病毒分离阳性,PCR检测证明引起本次AHC流行的病原体为CV-A24v。基于3C区构建的基因进化树表明10株江西CV-A24v与全球2010年后分离到的其它CV-A24v同属于GenotypeⅣ基因型的Cluster 5群（GⅣ-C5）,而且在GⅣ-C5内江西CV-A24v又分属于A和B两个传播链。基于VP1区构建的基因进化树将全球2000年后分离到的CV-A24v分成5组Group1~5（G1~5）,江西CV-A24v属于G5,这些毒株在VP1区进化树中同样分属于A和B两个传播链。本研究表明2010年至少有两个CV-A24v传播链在江西同时流行。VP1区基因进化树对全球2000年后分离到的CV-A24v的组群划分与3C区基本一致,而且与3C区呈现同样显著的年代聚集性。

2011-2014年青岛地区甲型H3N2流感病毒基因进化分析

目的 了解2011-2014年青岛地区人群甲型H3N2流感病毒流行株基因进化及抗原变异趋势.方法 选取2011-2014年间青岛地区流行的甲型H3N2流感病毒64株,提取病毒RNA,应用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）扩增HA、NA、MP 3个基因片段,并进行序列测定,对各基因片段进行系统发育分析及基因和氨基酸位点变异分析.结果 HA进化树分析表明,甲型H3N2流感病毒基本上分为三大分支,并且每个分支与当年的疫苗株都不在同一分支上;HA1蛋白抗原决定簇共有8个位点发生了变化;NA蛋白酶活性中心及周围相关位点氨基酸组成保守,未检测到耐奥司他韦和扎那米韦的变异位点.M2蛋白均发生S31N突变.结论 2011-2014年青岛地区流行的H3N2流感病毒在持续不断地发生基因变异而产生抗原漂移;毒株全部为烷胺类药物耐药株,但对神经氨酸酶抑制剂敏感.

全基因组范围禾本科植物GPX基因家族的进化分析和表达模式研究

【目的】研究禾本科植物谷胱甘肽过氧化物酶（GPX）基因家族的序列及其在正常生长和胁迫条件下的表达差异,为揭示GPX基因在植物抵抗逆境胁迫中的作用奠定基础。【方法】利用生物信息学方法,分析水稻、短柄草、高粱中18个GPX基因的序列特点、基因结构和系统进化关系;采用反转录PCR（RT-PCR）方法,分析18个GPX基因在正常生长以及1-氯-2,4-二硝基苯（CDNB）、双氧水（H2O2）、莠去津（Atrazine）和水杨酸（SA）处理后,水稻、短柄草和高粱的根、茎、成熟叶、幼叶、叶鞘,以及正常生长条件下发芽2d后幼苗根和芽中的表达情况。【结果】从水稻、短柄草和高粱基因组中分别鉴定出6,5,7个GPX基因,这些基因编码长度为168-251个氨基酸的蛋白,分子质量介于18.44-27.42ku。系统发生分析发现,3个物种至少有7个最近的共同祖先GPX基因,物种分化之后水稻和短柄草分别丢失1个和2个GPX基因。序列相似性分析发现,3个物种GPX蛋白具有较高的序列相似性,介于38.0%-95.2%,且不同基因簇中GPX序列的分化速率不同。3个物种GPX基因具有保守的基因结构,但SbGPX7发生了内含子插入事件,预示着其与其他GPX基因之间功能的分化。表达模式分析发现,3个物种的18个GPX基因中有15个在所有检测样品中均为组成型表达,3个GPX基因（水稻2个、高粱1个）为选择性表达,表达模式的分化预示着功能的分化。【结论】作为植物保护细胞免受氧化损伤的重要酶类,禾本科3个物种的GPX基因在进化过程中发生了功能分化。

2018年广西7种鸟类的新城疫病毒病原学监测和F基因遗传进化分析

为跟踪监测2018年广西的鸟类携带新城疫病毒(NDV)情况,本试验采集了鹧鸪、山鸡、鹌鹑、珠颈斑鸠、斑鸠、野鸭和鸽子共7种鸟类的咽喉/泄殖腔棉拭子样品共904份,对其进行NDV分离、RT-PCR鉴定和F基因遗传进化分析。结果显示,共获得17株NDV,其中鸽源NDV 3份,山鸡源NDV 2份,鹌鹑源NDV 1份,鹧鸪源NDV 2份,斑鸠源NDV 5份,珠颈斑鸠源NDV 4份。17个毒株之间的F基因的核苷酸相似性为71.1%~100%,与弱毒疫苗株LaSota的核苷酸相似性为71.1%~99.8%,与经典强毒F48E9的核苷酸相似性为71.5%~90.2%。遗传进化分析显示,17株NDV包含CLASSⅠ基因1b亚型(2/17),CLASSⅡ基因Ⅰ型(4/17)和CLASSⅡ基因VI型(11/17)3种基因型。11株CLASSⅡ基因VI型NDV中有10株属于VIk亚型,1株属于VIj亚型,与广西地区的鸽源NDV亲缘关系紧密。表明鸟类和养殖鸽群存在NDV互相传播的现象,需要密切跟踪NDV流行分布和致病性变化情况,同时也为NDV的流行传播研究提供了科学参考。

2011—2016年浙江省猪流行性腹泻病毒S基因与ORF3基因遗传进化分析

为调查近年来浙江省猪流行性腹泻病毒流行毒株与疫苗株的S基因和ORF3基因遗传变异情况,2011—2016年,从浙江省各地区采集疑似猪流行性腹泻病料并提取其RNA,用3对特异性引物对S基因和ORF3基因进行RT-PCR扩增、克隆及测序,并对其序列变化、遗传进化情况和抗原位点进行分析。结果表明:与国内疫苗株CV777相比,12个样品株的S基因存在15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失,导致氨基酸序列存在5个氨基酸插入(^(58)QGVN^(61)和^(140)N)和2个氨基酸缺失(^(163)DI^(164)),且在主要突变区S1区的2个中和表位(499-638和764-771 aa)有8处氨基酸突变;样品株的ORF3基因有7处氨基酸变异。遗传进化分析结果显示,12株分离株的S基因与亚洲主要疫苗株(国内疫苗株CV777和韩国弱毒疫苗株DR13)的同源性仅为93.3%~94.9%,而与2011—2016年中国流行株(BJ-2011和Hu N)的同源性高达97.8%~99.9%,表明近年来猪流行性腹泻病毒呈现较大程度的变异,可为研制更加有效的疫苗奠定基础。

10株绿僵菌菌株分类地位的多基因系统进化分析

为确定10株高效杀虫绿僵菌菌株的分类地位,通过克隆、测序10株绿僵菌菌株的ef1-α、rpb1、rpb2、β-tubulin部分序列进行多基因系统进化分析,并结合形态特征确定10株绿僵菌菌株的分类地位。结果表明多基因分子鉴定在绿僵菌菌种的划分上较单基因更为准确,结合多基因系统进化分析结果和形态学特征,将CQMa114、CQMa117、CQMa125、CQMa126、CQMa128归为大孢绿僵菌,CQMa102归为蝗绿僵菌,CQMa132、CQMa135归为贵州绿僵菌,菌株CQMa138、CQMa140与其他绿僵菌亲缘关系较远,有可能为绿僵菌属的新种或新的分类单位。

寄生蜂细胞色素P450基因家族进化分析

寄生蜂是重要的天敌昆虫,被广泛应用于生物防治,但在实际生产应用中面临诸多问题,如环境适应性和耐药性问题。细胞色素P450是真核生物中广泛存在的超基因家族酶系,参与农药、植物次生代谢物及环境有害物质等的代谢,同时也参与昆虫体内多种内源性化合物的合成与代谢。本文通过对植食性榕小蜂和9种寄生蜂基因组数据的生物信息学分析,共获得615个P450基因,分析表明不同寄生蜂P450基因家族的差异主要发生在CYP3和CYP4簇,而CYP2和Mito簇相对保守;相较于外寄生蜂,内寄生蜂的P450超基因家族有明显的收缩现象;此外,发现了2个在寄生蜂中1:1:1高度保守的P450基因,CYP18和CYP314,以及茧蜂特有的CYP304基因和内寄生蜂特有的CYP28基因。本研究从基因组水平系统地分析了寄生蜂P450超基因家族的进化,为寄生蜂的遗传改良和规模化饲养等提供理论基础。

2011—2018年青岛市B型流感病毒基因进化分析

目的了解2011—2018年青岛市人群B型流感病毒(IBV)流行株基因进化变异趋势。方法2011—2018年间青岛市流感样病例标本12 236份,提取病毒RNA,采用IAV/IBV多重荧光RT-PCR方法鉴定流感病毒及型别,使用B/Victoria系和B/Yamagata系分型核酸检测试剂盒检测IBV两个谱系;选取IBV 182株,RT-PCR扩增血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因,并进行序列测定,进行系统发育分析及氨基酸位点变异分析。结果2011—2018年青岛市几乎每年都会检出IBV,阳性率(4.99 %)仅比IAV(6.21 %)略低。B/Victoria和B/Yamagata分别出现了2个(2011—2012年,2015—2016年)和3个显著流行年份(2013—2014年,2014—2015年,2017—2018年)。感染人群以10岁以下儿童为主,两系具有相似的年龄特征。基于HA进化,B/Victoria系分离株分属于Vic-1A和Vic-1B,B/Yamagata系分离株分属于Yam-2和Yam-3。B/Yamagata在HA上的氨基酸变异位点多于B/Victoria,表现出更大的遗传多样性。B/Yamagata系在抗原决定簇上已发生了12个氨基酸位点变异,在受体结合位点上发生了2个氨基酸位点变异;B/Victoria系则分别已发生7个和3个氨基酸位点变异。青岛市IBV基因重配频繁,系内重配26株,多发生在B/Victoria系内;系间重配23株,多发生在HA-B/Yamagata与NA-B/Victoria之间。发现了1株可能的NA抑制剂耐药株。结论IBV在季节性流感中的地位不容忽视。氨基酸替换、插入-缺失和基因片段重配是IBV自然进化的主要策略。流感监测十分重要,流感疫苗株需要及时更新。

瘤背石磺表皮生长因子基因的克隆、结构及进化分析

首次在瘤背石磺(Onchidium struma)中克隆得到一种新的表皮生长因子(EGF)的cDNA序列全长。EGF基因cDNA的全长为1158bp,命名为Os-egf1,其中开放阅读框长度为846 bp,编码一条包含281个氨基酸残基的多肽链。根据氨基酸序列比对和结构域分析结果发现其含有2个保守的EGF结构域和1个EGF-like结构域,每个结构域中均包含至少6个半胱氨酸残基,且形成CX7 CX4-5 CX10-13CXCX8 C结构,其结构域由C1~C3、C2~C4和C5~C6之间形成的3个二硫键维持,符合表皮生长因子家族及其相关蛋白的特征结构域,但其余氨基酸序列与现有相关基因差异较大,推测可能是一种新的EGF-like基因。利用MEGA6.0软件构建Os-egf1与EGF家族相关蛋白的系统进化树,表明EGF家族蛋白具有一定的物种特异性。

番茄多胺氧化酶(PAO)基因家族鉴定及表达分析

该研究通过生物信息学手段,从番茄基因组中鉴定出11个编码多胺氧化酶(polyamine oxidase,PAO)的家族基因(命名为SlPAO1~11),分为3个亚家族(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ);基因结构分析、蛋白质二级结构预测、亚细胞定位预测结果均显示,SlPAOs基因家族具有明显的亚家族分类特征。序列和进化分析结果显示,亚家族Ⅰ和Ⅱ中的SlPAO1~8属于典型的PAO基因,而亚家族Ⅲ中的SlPAO9~11编码蛋白还含有特异性的SWIRM结构域,SlPAO9~11属于组蛋白赖氨酸特异性脱甲基化酶,而非真正的PAO。选取上述鉴定的8个典型SlPAO基因(SlPAO1-8),采用qRT-PCR技术对SlPAO1-8基因在不同组织中(干燥种子,新鲜的真叶、子叶、茎、根)的相对表达分析显示,SlPAO1-8在不同组织中的表达水平差异显著,推测SlPAOs基因家族的组织表达多样性与功能多样性之间可能具有一定的相关性。

马传染性贫血病毒白细胞弱毒疫苗株及其亲本毒驴强毒株前病毒基因组比较分析

为阐明马传染性贫血白细胞弱毒疫苗株(EIAVDLV)的致弱和免疫保护机理,对EIAVDLV121及其亲本驴强毒株(EIAVDV117)前病毒全基因组序列进行了测定,并结合准种理论,分析了EIAV疫苗致弱过程中基因组进化特点。利用LA-PCR技术对EIAVDV117和EIAVDLV121的前病毒基因组分两段进行扩增,分别获得4个和10个前病毒全基因组序列。EIAVDV117前病毒基因组平均为8236bp,G+C含量38.0。EIAVDLV121前病毒基因组平均8249bp,G+C含量37.3。两者的前病毒基因组平均差异率为2.8。其中S2、LTR和env基因差异较大,分别为4.1、3.9和3.1。此外,S2、S3和env推导的氨基酸的差异明显,分别为10.4、5.6和4.8(gp90为6.8)。EIAVDLV121各基因的异质性均显著高于EIAVDV117。研究发现体外培养的EIAVDLV121至少有5种类型的LTR混合存在。在gp90推导的氨基酸序列上,EIAVDV117比EIAVDLV121平均多2个N-糖基化位点,总数为19,其中3个为EIAVDV117特有。EIAVDLV121有1个疫苗株特有N-糖基化位点。研究结果为进一步探讨马传染性贫血弱毒疫苗生物学特性提供信息。

2020—2023年贵州省新型冠状病毒基因进化特征分析

目的了解贵州省2020—2023年新型冠状病毒(SARS-CoV-2)基因组特征,明确其基因变异规律及关键氨基酸位点突变导致的易感性变化。方法收集贵州省2020—2023年SARS-CoV-2感染阳性患者口咽拭子和鼻咽拭子样本316份。使用高通量测序技术进行病毒全基因组扩增和测序。通过Nextclade在线数据分析平台对下机数据进行分析,判定病毒型别与进化分支,分析其关键氨基酸位点的变异情况及遗传进化特征。结果成功获取259株新冠病毒全基因组序列,共计59种进化分支。前期(2020年1—8月)病毒进化程度较为有限,主要为原始新冠毒株(Pango分型为B.1);第2阶段(2020年9月—2021年12月)主要以德尔塔(Delta)变异株(3个进化分支)为主,包含36~39个氨基酸变异,其中S蛋白约8~10个氨基酸突变位点;第3阶段(2022年1月—2023年12月)主要以奥密克戎(Omicron)变异株(56个进化分支)为主,约包含47~66个氨基酸变异,其中S蛋白约28~42个氨基酸突变位点。整体占比前3位的分别为:奥密克戎XBB重组体及其亚分支、奥密克戎BA.5.2及其亚分支、奥密克戎BF.7变异株。结论2020—2023年贵州省SARS-CoV-2感染早期阶段发生的突变具有较高的血管紧张素转化酶2(ACE2)结合亲和力及部分免疫逃逸能力,后期发生的突变则表现出更高的免疫逃逸能力,导致全人群免疫鸿沟逐渐增加。

西藏羊蜱蝇中巴尔通体检测及gltA基因序列分析

为了明确西藏部分地区绵羊体外寄生羊蜱蝇携带病原巴尔通体的感染情况,作者于2019年1—9月采集了西藏林芝、日喀则、那曲地区绵羊体外寄生羊蜱蝇298只,通过形态学鉴定、PCR扩增羊蜱蝇18S rRNA基因进行虫体鉴定,并对病原巴尔通体的gltA基因进行检测,将部分阳性PCR产物连接pMD^TM-18T后转入DH5α感受态细胞,将阳性结果进行测序并进行遗传进化分析。结果显示,雌性阳性率49.8%(113/227),雄性阳性率42.3%(30/71),雌雄之间差异不显著(χ^2=0.944,P=0.267);羊蜱蝇携带病原巴尔通体的总感染率为48.0%(143/298),林芝极显著高于日喀则、那曲地区(χ^2=13.801,P<0.01;χ^2=17.067,P<0.01),日喀则和那曲地区无显著差异(χ^2=0.084,P=0.771);散养模式羊蜱蝇携带阳性率44.3%(102/230),圈养阳性率85.0%(34/40),屠宰场阳性率23.3%(7/30),宿主散养和圈养、屠宰场存在极显著差异(χ^2=20.929,P<0.01;χ^2=24.38,P<0.01),宿主散养和屠宰场存在显著差异(χ^2=3.989,P=0.046);将测序结果上传GenBank数据库获得3个巴尔通体gltA基因登录号(MN623006、MN623007、MN623008);序列比对表明和云南、新疆巴尔通体相似性为99.6%~100%。本次研究首次检测出西藏羊蜱蝇携带病原巴尔通体,为了解西藏绵羊体外寄生虫携带病原巴尔通体和病原防控提供依据。

非甲～戊型肝炎患者血清HCV RNA测定及基因型分析

目的 探讨临床诊断为“非甲～戊型肝炎”患者中丙型肝炎病毒感染状况及基因型分析。方法 应用逆转录巢式 PCR(n PCR)法检测 HCV RNA,并对 HCV RNA核心区部分序列克隆测序分析。结果 6 0例临床诊断为“非甲～戊型肝炎”患者中 ,应用 n PCR法检测有 3例阳性 ,检出率为 5 %。3个 HCV北京分离株与 HCV 型核苷酸同源性为 94 %～ 96 %。基因进化树分析显示 3个北京分离株为 HCV 型。结论 临床诊断为“非甲～戊型肝炎”患者中 ,存在少数丙型肝炎病毒感染 ,其基因型以 HCV

华南地区猪流行性腹泻病毒的分子流行病学调查与分析

为了解华南地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行、变异及进化情况,从该地区的不同猪场采集2 159份样品,利用RT-PCR方法检测PEDV,扩增了部分PEDV阳性样品中的S、M和ORF3基因并测序,利用生物信息学软件进行序列分析。结果显示,PEDV在猪场中的检出率为100%,在所有样品中的平均检出率为53.0%,在哺乳仔猪、断奶仔猪、育肥猪和母猪样品中,PEDV平均阳性率分别为67.6%、42.8%、12.8%和47.2%。根据S、ORF3和M基因建立的进化树,PEDV可分为2个基因群,其中当前样品株为一群,韩国、美国和中国的参考毒株为一群。结果表明,PEDV在华南地区猪场普遍存在,其基因也在不断发生变化。