基因间长链非编码RNA 467对子宫内膜癌细胞增殖、凋亡及迁移和侵袭能力的影响

目的探讨基因间长链非编码RNA 467(linc00467)对子宫内膜癌细胞增殖、凋亡及迁移和侵袭能力的影响。方法体外培养子宫内膜癌细胞株HEC-1A、Ishikawa、KLE和RL-95-2,应用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)法检测4种细胞中linc00467的相对表达量,选择高表达linc00467的子宫内膜癌细胞株HEC-1A、Ishikawa进行后续实验。分别构建2个linc00467慢病毒沉默表达载体sh-linc00467#1、sh-linc00467#2和空载慢病毒质粒;将对数生长期HEC-1A、Ishikawa细胞分为sh-NC组、sh-linc00467#1组和sh-linc00467#2组,sh-NC组细胞转染空载慢病毒质粒,sh-linc00467#1组和sh-linc00467#2组细胞分别转染sh-linc00467#1和sh-linc00467#2;应用RT-qPCR法检测3组细胞中linc00467的相对表达量,5-乙炔基-2-脱氧尿苷(EdU)实验、克隆形成实验检测3组细胞增殖能力,流式细胞术检测3组细胞凋亡情况,划痕实验检测3组细胞的迁移能力,Transwell小室实验检测3组细胞侵袭能力。结果HEC-1A细胞中linc00467 mRNA的相对表达量显著高于KLE和RL-95-2细胞(P<0.05);Ishikawa细胞中linc00467 mRNA的相对表达量显著高于KLE和RL-95-2细胞(P<0.05);HEC-1A与Ishikawa细胞中linc00467 mRNA的相对表达量比较差异无统计学意义(P>0.05),KLE细胞中linc00467 mRNA的相对表达量显著低于RL-95-2细胞(P<0.05)。sh-linc00467#1组和sh-linc00467#2组HEC-1A、Ishikawa细胞中linc00467 mRNA的相对表达量显著低于sh-NC组(P<0.01);sh-linc00467#1组与sh-linc00467#2组HEC-1A、Ishikawa细胞中linc00467 mRNA的相对表达量比较差异无统计学意义(P>0.05)。sh-linc00467#1组和sh-linc00467#2组EdU阳性HEC-1A、Ishikawa细胞数显著少于sh-NC组(P<0.01);sh-linc00467#1组与sh-linc00467#2组EdU阳性HEC-1A、Ishikawa细胞数比较差异无统计学意义(P>0.05)。sh-linc00467#1组和sh-linc00467#2组HEC-1A、Ishikawa细胞克隆数显著少于sh-NC组(P<0.01);sh-linc00467#1组与sh-linc00467#2组HEC-1A、Ishikawa细胞克隆数比较差异无统计学意义(P>0.05)。sh-linc00467#1组和sh-linc00467#2组HEC-1A、Ishikawa细胞凋亡率显著高于sh-NC组(P<0.01);sh-linc00467#1组与sh-linc00467#2组HEC-1A、Ishikawa细胞凋亡率比较差异无统计学意义(P>0.05)。sh-linc00467#1组和sh-linc00467#2组HEC-1A、Ishikawa细胞划痕愈合率显著低于sh-NC组(P<0.01);sh-linc00467#1组与sh-linc00467#2组HEC-1A、Ishikawa细胞划痕愈合率比较差异无统计学意义(P>0.05)。sh-linc00467#1组和sh-linc00467#2组HEC-1A、Ishikawa侵袭细胞数显著少于sh-NC组(P<0.01);sh-linc00467#1组与sh-linc00467#2组HEC-1A、Ishikawa侵袭细胞数比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论下调linc00467表达可抑制子宫内膜癌细胞的增殖、迁移和侵袭,促进子宫内膜癌细胞凋亡。

长基因间非蛋白编码RNA 472对阿尔茨海默病神经元铁死亡的作用机制研究

目的探究长基因间非蛋白编码RNA 472(LINC00472)对阿尔茨海默病(AD)神经元铁死亡的作用机制,为临床治疗提供参考。方法选取雄性昆明种小鼠30只,随机分为空白组、模型组、模型+加药组,各10只。空白组小鼠腹腔注射等量的生理盐水和灌胃等量的双蒸水,模型组小鼠灌胃人β淀粉样蛋白1-42(Aβ1-42)5 mg/kg(双蒸水配制)建立AD模型,模型+加药组小鼠在模型组基础上腹腔注射环磷酸腺苷(camp)筛选出的抑制LINC00472靶向药物。比较3组小鼠迷宫测试结果,脑组织炎症因子水平、β淀粉样蛋白(Aβ)mRNA水平、微管相关蛋白(tau)mRNA水平、谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)mRNA水平、甲基转移酶3(METTL3)水平、凋亡信号调节激酶1(ASK1)水平及3组小鼠的Aβ、tau、GPX4免疫组化检测结果。结果空白组、模型+加药组小鼠Y形迷宫觅食时间、莫里斯水迷宫(MWM)逃逸时间均短于模型组,且空白组均短于模型+加药组;空白组、模型+加药组小鼠MWM有效区域停留时间均长于模型组,且空白组长于模型+加药组(均P<0.05)。空白组、模型+加药组小鼠白细胞介素-6(IL-6)、单核细胞趋化蛋白(MCP-1)、白细胞介素-1β(IL-1β)、AβmRNA、tau mRNA、METT3 mRNA、ASK1水平均低于模型组,且空白组均低于模型+加药组;空白组、模型+加药组小鼠GPX4 mRNA水平均高于模型组,且空白组高于模型+加药组(均P<0.05)。模型组小鼠海马体Aβ1-42沉积增加,模型+加药组Aβ1-42表达水平低于模型组;模型组小鼠海马体tau磷酸化增加,模型+加药组海马体tau磷酸化程度低于模型组;模型组小鼠海马体GPX4表达减少,模型+加药组海马体GPX4表达高于模型组。结论LINC00472抑制有助于减轻神经炎症,减少Aβ沉积、tau磷酸化,并提高GPX4表达,进而通过抑制AD神经元铁死亡改善神经功能,且AD神经元铁死亡的作用机制与METT3/ASK1通路有关。

5S-rRNA基因间区序列变异用于金银花药材道地性研究初探

目的 研究金银花药材道地性形成的基因基础。方法 用 SDS法提取金银花 L onicera japonica不同居群、外类群细毡毛忍冬 L.similis和山银花 L.confusa的总 DNA,进行 5 S- r RNA基因间区的 PCR扩增和测序 ,并用软件 Mega进行分析。结果 L onicera L.属植物 5 S- r RNA基因间区约 2 10 bp,其中 G+C含量较高 ,达 70 %左右 ,不同居群的 L.japonica碱基序列有差别 ,通过测序可以进行鉴别。L.confusa与 L.japonica间的遗传距离较大。结论 种间 5 S- r RNA基因间区的序列差异大于种内 ;道地药材之间的遗传距离较小 ;道地与非道地药材之间的遗传距离大于道地药材之间的遗传距离。

2个印记的基因间lncRNAs位于牛Dlk1-Dio3印记区域

旨在鉴别牛Dlk1-Dio3印记区域内的新印记lncRNAs。本研究选取位于Meg8与Meg9基因间的2组表达序列标签(EST),通过RT-PCR克隆序列并进行分析,结果发现其具有lncRNA的特征,命名为Linc24062和Linc24063。分析Linc24062和Linc24063在牛8个组织(心、肝、脾、肺、肾、骨骼肌、皮下脂肪和大脑)中的表达,发现2个lncRNAs在被检测的组织中均表达。利用基于单核苷酸多态性(SNP)位点的直接测序法,通过比较杂合子牛中SNP位点处基因组PCR扩增产物与RT-PCR扩增产物的测序峰图分析Linc24062和Linc24063的印记状态,发现Linc24062和Linc24063在牛被检测组织中均为单等位基因表达,说明Linc24062和Linc24063在牛中是印记的。

沙门菌基因间共有重复序列-PCR分子分型方法的优化及应用初探

目的优化沙门菌基因间共有重复序列-PCR(ERIC-PCR)分子分型方法,分析沙门菌标准菌株及流行分离株基因组DNA ERIC-PCR指纹图谱。方法提取鼠伤寒沙门菌基因组DNA作为模板,根据ERIC核心片段设计引物,运用ERIC-PCR技术扩增沙门菌基因组中的靶序列,PCR产物经琼脂糖凝胶电泳后用凝胶成像分析仪对图谱进行观察分析。反应体系中模板量、Mg2+浓度、引物浓度和退火温度的优化实验则采用对优化项目设置梯度、其它条件不变的方法进行。以优化好的ERIC-PCR方法对16株沙门菌及1株大肠杆菌进行分析。结果在总体积为25μl的反应体系中,选择DNA模板量为100ng/25μl,Mg2+浓度为2.0mmol/L,引物ERIC1R、ERIC2浓度分别为0.4μmol/L,退火温度为52℃时,扩增产物的电泳图谱条带最清晰完整。不同血清群、型和来源的沙门菌株间基因组DNA ERIC-PCR指纹图谱带型差异较大,可在250～5000bp范围内出现3～13条条带,并在250bp处出现一条特征条带。结论优化了沙门菌ERIC-PCR的重要反应条件。ERIC-PCR法能区分不同来源的沙门菌,可用于沙门菌病的流行病学调查和同源性追踪,弥补传统分型方法的不足。

应用Hapmap数据库分析HBG1-HBD基因间序列单倍型及标签SNP的挑选

目的 HBG1-HBD基因间序列在γ珠蛋白基因表达有重要作用,文中分析中国北京汉族人群HBG1-HBD基因间序列的单倍型并挑选标签SNP(tag SNP)。方法从Hapmap数据库中下载HBG1-HBD基因间序列上中国北京汉族人群的所有SNP数据。应用Haploview 4.0软件对HBG1-HBD基因间序列的SNP位点进行连锁不平衡分析,在此基础上构建HBG1-HBD基因间序列范围的单倍域及单倍型。用MEGA5.10软件对单倍型进行聚类分析,根据SNP之间的r2值挑选出可代表不同类型单倍型的tag SNP。结果在中国北京汉族人群中,HBG1-HBD基因间序列中共有2个单倍域(Block1和Block2),分别有7种和3种单倍型,发生频率均>1%。通过聚类分析将Block1的单倍型分为2组,可通过相互代表的11个tag SNP进行分组,11个SNP依次为:rs3813727、rs10837643、rs4320977、rs4283007、rs4402323、rs4910543、rs4910736、rs2105819、rs968857、rs968856、rs10768687。结论获得了中国北京汉族人群中HBG1-HBD基因间序列的单倍型及tag SNP,为研究HBG1-HBD基因间序列的单倍型与γ珠蛋白基因表达的相关性打下了基础。

长链基因间非编码RNA-p21通过调控YAP表达促进胃癌细胞凋亡

目的:探讨lincRNA-p21在胃癌细胞凋亡中的作用及其潜在机制。方法:在胃癌MGC-803细胞系中分别转染siRNA以及过表达质粒实现下调/上调lincRNA-p21表达。lincRNA-p21和YAP的mRNA水平由qRT-PCR方法测定。之后通过流式细胞术和TUNEL测定对细胞凋亡进行检测,并用Western blot检测细胞凋亡相关蛋白。结果:上调lincRNA-p21促进胃癌细胞凋亡,反之亦然。研究还发现下调lincRNA-p21会引起YAP mRNA及蛋白表达量升高。最重要的是,由lincRNA-p21下调引起的抑制凋亡作用可以通过敲低YAP表达来解除。结论:lincRNA-p21可以通过调控YAP表达促进胃癌细胞凋亡,这可能为胃癌治疗提供新思路。

长链基因间非编码RNA 00681竞争性结合miR-16促进黑素瘤细胞侵袭和迁移

目的:检测长链基因间非编码RNA 00681(long intergenic noncoding RNA 00681,linc00681)在恶性黑素瘤组织和皮肤良性痣组织中的表达,探索沉默linc00681对黑素瘤A375细胞侵袭和迁移能力的影响及机制。方法:采用一步法实时定量聚合酶链式反应(real time-quantitative polymerase chain reaction, RT-qPCR)检测恶性黑素瘤组织和A375细胞中linc00681的表达。利用小干扰RNA技术沉默黑素瘤A375细胞中linc00681的表达。应用划痕实验检测敲低linc00681对细胞迁移距离的影响,Transwell检测敲低linc00681对细胞迁移和侵袭能力的影响。生信分析网站分析linc00681和微小RNA-16(microRNA-16,miR-16)的潜在结合位点。荧光素酶报告实验检测linc00681与miR-16的结合能力。挽救实验检测miR-16对linc00681调控A375细胞迁移和侵袭能力的影响。结果:黑素瘤组织和A375细胞中linc00681的表达高于皮肤良性痣和正常黑素HEMa-LP细胞。沉默linc00681表达后,A375细胞迁移距离、迁移和侵袭细胞数目均显著降低。研究显示:linc00681可吸附结合miR-16;linc00681和miR-16共同沉默组侵袭和迁移能力明显高于linc00681单独沉默组。结论:linc00681在黑素瘤组织和A375细胞中表达升高,并可通过竞争性结合miR-16促进黑素瘤细胞迁移和侵袭。

长基因间非编码RNA 691调控MAPK信号通路对非小细胞肺癌细胞侵袭迁移的影响

目的探讨长基因间非编码RNA 691(LINC00691)调控丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路对非小细胞肺癌(NSCLC)细胞增殖、迁移和侵袭的影响。方法通过实时荧光定量PCR(qPCR)检测LINC00691在NSCLC细胞(NCI-H1229、A549、HCC827、NCI-H23)和肺上皮细胞BEAS-2B中的水平。将NCI-H23细胞分为空白对照组、阴性对照组(转染si-NC)、LINC00691干扰组(转染靶向LINC00691的小干扰RNA si-LINC00691)和LINC00691干扰+MAPK激动剂组(转染si-LINC00691+p79350)。CCK-8法、划痕愈合实验和Transwell小室实验检测各组细胞的增殖、迁移和侵袭情况,qPCR和Western blotting检测各组细胞MAPK信号通路相关因子如磷酸化丝裂原活化蛋白激酶激酶(p-MEK)、c-Myc和基质金属蛋白酶9(MMP-9)的水平。结果NSCLC细胞的LINC00691水平高于BEAS-2B细胞(P<0.05)。LINC00691干扰组NCI-H23细胞的p-MEK水平低于阴性对照组(P<0.05)。与阴性对照组比较,LINC00691干扰组NCI-H23细胞的增殖、迁移和侵袭能力明显减弱(P<0.05)。与LINC00691干扰组比较,LINC00691干扰+MAPK激动剂组NCI-H23细胞的增殖、迁移和侵袭能力更强。另外,LINC00691干扰组NCI-H23细胞的p-MEK、c-Myc和MMP-9水平相较于空白对照组和阴性对照组明显降低(P<0.05);而LINC00691干扰+MAPK激动剂组NCI-H23细胞的p-MEK、c-Myc和MMP-9水平相较于LINC00691干扰组明显增加(P<0.05)。结论下调LINC00691表达能够通过调控MAPK/MEK信号通路来抑制NSCLC细胞的增殖、侵袭和迁移,LINC00691有望成为NSCLC治疗的新靶点。

长基因间非编码RNA 842对非小细胞肺癌细胞侵袭迁移和Wnt/β-catenin信号通路的影响

目的探讨长基因间非编码RNA 842(LINC00842)对非小细胞肺癌(NSCLC)细胞侵袭迁移和Wnt/β-连环蛋白(β-catenin)信号通路的影响。方法从美国国家生物技术信息中心的GEO数据库中下载NSCLC数据集GSE30219的series matrix数据用于分析NSCLC组织的LINC00842水平。采用实时荧光定量PCR(qPCR)检测正常肺上皮细胞BEAS-2B及NSCLC细胞系(NCI-H1299、SPC-A-1、A549和NCI-H1975)的LINC00842水平。脂质体法向NCI-H1975细胞转染LINC00842过表达质粒pcDNA3.1-LINC00842(过表达组)和pcDNA3.1空质粒(空载体组)并设未转染的细胞为对照组。细胞计数试剂盒8(CCK-8)、划痕实验和Transwell小室实验检测细胞增殖活力、划痕愈合率和穿膜细胞数,qPCR和Western blotting检测wnt1和β-catenin水平。结果GSE30219数据集中的基因表达数据显示272例NSCLC组织的LINC00842水平为3.385±0.218,低于14例正常组织的3.538±0.137(P<0.05)。NSCLC细胞的LINC00842水平均低于BEAS-2B细胞(P<0.05),选取LINC00842水平最低的NCI-H1975细胞进行后续的功能验证实验。过表达组NCI-H1975细胞转染48 h后的LINC00842水平高于其余两组(P<0.05)。与对照组和空载体组相比,在转染处理后48、72 h,过表达组NCI-H1975细胞的增殖活力降低(P<0.05)。过表达组NCI-H1975细胞的划痕愈合率和穿膜细胞数分别为(25.764±2.584)%和(159.987±13.203)个,低于对照组的(78.551±6.726)%和(279.464±20.427)个及空载体组的(76.945±4.370)%和(265.823±21.246)个(P<0.05)。与对照组和空载体组相比,过表达组NCI-H1975细胞的wnt1和β-catenin水平均降低(P<0.05)。对照组和空载体组上述指标的差异无统计学意义(P>0.05)。结论LINC00842在NSCLC组织和细胞中表达均下调,增强LINC00842表达可抑制细胞的增殖和侵袭迁移能力及Wnt/β-catenin信号通路的激活,可能通过调控Wnt/β-catenin信号通路来发挥抑癌作用。

应用肠杆菌科基因间重复序列聚合酶链反应对鲍曼不动杆菌进行同源性分析

目的了解临床不同来源的鲍曼不动杆菌是否存在同源性,判断其是否存在耐药菌株的克隆播散,追踪其在医院交叉感染的可能途径,以便有效防控鲍曼不动杆菌在医院中传播。方法收集2012年10月至2013年6月临床分离的73株多重耐药鲍曼不动杆菌,用肠杆菌科基因间重复序列-聚合酶链反应(enterobacterial repetitive intergenic consensus-polymerase chain reaction,ERIC-PCR)对菌株进行同源性分析。结果 73株多重耐药鲍曼不动杆菌经ERIC-PCR分型分为8个基因型,分别用A、B、C、D、E、F、G、H表示,其中A型31株,B型15株,C型12株,D型8株,E型3株,F型2株,G和H型各为1株。A型为主要的流行株,分布在多个不同的科室。重症监护室(intensive care unit,ICU)分离的菌株存在6个基因型;骨科系统病区存在4个基因型;急诊科有5个基因型;内科发现有6个基因型;外科发现3个基因型。ICU病房环境物体表面共分离出4株鲍曼不动杆菌,其中9号和10号菌株来自于不同患者的床旁,12号和13号来自于护理站电脑键盘。结论临床分离的多重耐药鲍曼不动杆菌存在多个基因型。多重耐药鲍曼不动杆菌存在时间和空间的聚集性。

长基因间非编码RNA 1475调控微小RNA-423-5p对胃癌细胞增殖、侵袭和迁移的影响

目的探讨长基因间非编码RNA 1475(LINC01475)对微小RNA-423-5p(miR-423-5p)的靶向调控作用及在胃癌细胞增殖、侵袭和迁移中的作用。方法采用实时荧光定量PCR(qPCR)检测胃癌组织和细胞的LINC01475和miR-423-5p水平并进一步通过双荧光素酶报告基因实验鉴定两者的靶向关系。选择胃癌SGC-7901细胞并分为4组:对照组(未转染)、LINC01475过表达组(转染过表达载体pcDNA3.1-LINC01475+miR-NC)、miR-423-5p过表达组(转染miR-423-5p模拟物mimics+空载体pcDNA3.1)和共过表达组(转染pcDNA3.1-LINC01475+miR-423-5p mimics);采用qPCR、MTT法、划痕实验和Transwell小室实验评估转染效果、细胞活力及迁移侵袭能力的变化。结果与癌旁组织相比,胃癌组织的LINC01475水平降低,而miR-423-5p水平升高,两者水平呈负相关(r=-0.686,P<0.05)。与人正常胃上皮GES-1细胞相比,胃癌细胞的LINC01475水平降低,而miR-423-5p水平升高(P<0.05)。在SGC-7901细胞中,miR-423-5p mimics显著降低了野生型LINC01475的荧光素酶活性(P<0.05),而不影响突变型LINC01475的荧光素酶活性(P>0.05)。与对照组相比,SGC-7901细胞的活力、划痕愈合率和穿膜细胞数在LINC01475过表达组中降低,而在miR-423-5p过表达组增多(P<0.05);共过表达组的SGC-7901细胞活力、划痕愈合率和穿膜细胞数与对照组的差异无统计学意义(P>0.05)。结论LINC01475可能部分通过抑制miR-423-5p表达在胃癌中发挥抑癌基因的作用。

PCR-SSCP分析Q热立克次体中国分离株16S-23SrDNA基因间区

目的 建立快速分析Q热立克次体分离株 16S 2 3SrDNA基因间区株间差异的PCR SSCP方法。方法 用半套式PCR扩增 7株中国分离株 (七医、新桥、雅安、李、YS 8、YS 9和YH 11)和 3株国际参考株 (九里、Henzerling和Grita)的 16S 2 3SrDNA基因间区 ,对扩增产物进行PCR SSCP分析。结果 3株云南分离株 (YS 8,YS 9和YH 11)与其它 7株之间的差异较大。与此区域的序列分析结果一致。结论 Q热立克次体分离株的 16S 2 3SrRNA基因间区由于适应不同的地理环境可发生变异 ,PCR SSCP是快速分析这些变异的有效方法。

长基因间非编码RNA 1980靶向微小RNA-335-5p及对胃癌细胞迁移侵袭的影响

目的探讨长基因间非编码RNA 1980(LINC01980)对微小RNA-335-5p(miR-335-5p)的靶向调控作用及胃癌细胞迁移侵袭的影响。方法采用实时荧光定量PCR(qPCR)检测人胃黏膜上皮细胞GES-1及胃癌细胞(AGS、HGC-27、MKN-45和MGC80-3)的LINC01980和miR-335-5p水平,双荧光素酶报告基因实验验证LINC01980与miR-335-5p的相互关系;将MGC80-3细胞分为4组:对照组(未转染)、LINC01980干扰(si-LINC01980)组(转染si-LINC01980+miR-335-5p无关序列miR-NC)、miR-335-5p抑制物inhibitor(miR-inhibitor)组(转染无关序列si-NC+miR-335-5p inhibitor)和共转染组(转染si-LINC01980+miR-335-5p inhibitor)。MTT、划痕实验和Transwell小室实验分别检测细胞增殖活力、迁移和侵袭能力。结果与GES-1细胞相比,胃癌细胞的LINC01980水平升高,而miR-335-5p水平降低(P<0.05)。野生型LINC01980序列与miR-335-5p模拟物共转染细胞的荧光素酶活性降低且MGC80-3细胞转染si-LINC01980后的miR-335-5p水平升高(P<0.05)。对照组、si-LINC01980组、miR-inhibitor组和共转染组的细胞活力分别为1.508±0.101、0.944±0.077、1.856±0.117和1.404±0.082,划痕愈合率分别为(65.552±3.701)%、(19.920±2.571)%、(88.133±1.264)%和(75.433±7.313)%,穿膜细胞数分别为(80.349±8.763)、(31.151±1.338)、(114.064±2.983)和(78.920±7.811)个,与对照组相比,si-LINC01980组的细胞活力、划痕愈合率和穿膜细胞数均降低(P<0.05),miR-inhibitor组均升高(P<0.05),而共转染组的无明显变化(P>0.05)。结论干扰LINC01980可能通过增强miR-335-5p表达来抑制胃癌的进展,LINC01980/miR-335-5p轴有望成为胃癌治疗的潜在靶点。

模式生物的外显子、内含子和基因间序列的识别(英文)

基于核酸序列在剪切位点上保守性、组分的不同和编码序列阅读框架的3周期性,模式生物全基因组序列分为外显子、内含子和基因间序列三类.三个标准离散源分别由64个三联体在整条序列上的概率和4个碱基序列首尾(剪切位点附近)共30个位点上的概率共同构成.某条序列的类型就由该序列的离散量同相应区间上三个标准离散量的离散增量确定.结果表明:具有184个信号参数的离散量预测比只有64个三联体参数的结果要高出5%,总体预测成功率:线虫为87.37%,拟南芥为91.08%,果蝇为92.28%,原核生物大肠杆菌的二种序列预测率为92.88%,酵母菌为94.88%.

利用脉冲电场凝胶电泳测定小鼠CK-4、Hox3.1和Hox3.3基因间的距离

利用脉冲电场凝胶电泳(PFGE,Pulse Field Gel Electrophoresis)和Southern印迹杂交,测定了小鼠第15染色体上Ⅱ型细胞角蛋白CK-4基因与含同源区序列的Hox 3.3基因之间的最大距离为130kb。Hox 3.3和Hox 3.1基因之间的距离不超过50kb。同时还确定了这三个基因所在的1100kb DNA片段上MluⅠ、NotⅠ、SacⅡ、SolⅠ和SfiⅠ五种限制酶的物理图。

长链基因间非编码RNA 00963通过靶向微小RNA-148b-3p对结直肠癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响

目的探讨长链基因间非编码RNA00963(LINC00963)对结直肠癌细胞恶性生物学行为的影响及作用机制。方法本研究于2018年8月至2019年5月进行;正常结直黏膜上皮细胞NCM460以及结直肠癌细胞系HT29、SW480、SW1116购自中国科学院上海细胞库,实时荧光定量PCR(q RT-PCR)检测微小RNA-148b-3p(miR-148b-3p)和LINC00963的表达水平;双荧光素酶报告实验检测miR-148b-3p和LINC00963的靶向关系。将HT29细胞分为miR-NC组、miR-148b-3p组、si-NC组、si-LINC00963组、si-LINC00963+anti-miR-NC组、si-LINC00963+anti-miR-148b-3p组;蛋白质印迹法(Western Blotting)检测蛋白表达;四甲基偶氮唑盐比色法(MTT)检测细胞活性;Transwell检测各组细胞迁移和侵袭。结果与NCM460细胞相比,HT29、SW480、SW1116细胞中miR-148b-3p的表达水平显著降低[(0.32±0.04)、(0.48±0.04)、(0.39±0.04)比(1.03±0.09)],LINC00963的表达水平显著升高[(3.13±0.31)、(2.76±0.27)、(2.91±0.28)比(1.00±0.09)],差异有统计学意义(P<0.05)。LINC00963靶向调控miR-148b-3p的表达。干扰LINC00963后,细胞周期蛋白D1(Cyclin D1)、基质金属蛋白酶2(MMP-2)、基质金属蛋白酶9(MMP-9)蛋白表达水平降低,细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1A(p21)表达水平升高,HT29细胞活性[48 h为(0.43±0.04)比(0.65±0.06),72 h为(0.56±0.05)比(1.05±0.09)]降低,及迁移数量减少[(39.65±3.42)个比(81.24±8.06)个],侵袭数量减少[(32.14±3.28)个比(69.54±6.27)个],差异有统计学意义(P<0.05)。过表达miR-148b-3p后,Cyclin D1、MMP-2、MMP-9表达水平降低,p21表达水平升高,HT29细胞活性[48 h为(0.49±0.04)比(0.67±0.06),72 h为(0.62±0.06)比(1.06±0.09)]降低,及迁移数量减少[(45.32±4.28)个比(86.27±8.25)个],侵袭数量减少[(39.54±4.03)个比(73.65±7.24)个],差异有统计学意义(P<0.05)。抑制miR-148b-3p表达可逆转干扰LINC00963对HT29细胞的作用。结论干扰LINC00963可通过上调miR-148b-3p抑制结直肠癌HT29细胞的增殖、迁移和侵袭。

基因间长链非编码RNA 152靶向微小RNA-103a-3p对非小细胞肺癌细胞增殖和侵袭迁移的影响

目的探讨基因间长链非编码RNA 152(LINC00152)靶向调控微小RNA-103a-3p(miR-103a-3p)表达及对非小细胞肺癌(NSCLC)细胞增殖和侵袭迁移的影响。方法采用实时定量PCR(QPCR)检测正常肺上皮细胞BEAS-2B及NSCLC细胞(ANIP-973、NCI-H157、A549和NCI-H1975)的LINC00152水平。选取LINC00152水平最高的细胞分别转染LINC00152特异性小干扰RNA(si-LINC00152组)或无关序列(si-NC组),另设未转染细胞为对照组。QPCR检测LINC00152水平,活细胞计数CCK-8法、Transwell小室和划痕实验测定细胞增殖、侵袭和迁移能力,Western blotting检测基质金属蛋白酶(MMP)-2、MMP-9和第10号染色体缺失的磷酸酶及张力蛋白同源基因(PTEN)的水平;荧光素酶报告实验验证LINC00152靶向结合miR-103a-3p的能力。结果NSCLC细胞的LINC00152水平均高于BEAS-2B细胞(P<0.05),尤其是NCI-H1975细胞的最高。si-LINC00152组的LINC00152水平为0.352±0.087,低于对照组的1.058±0.219和si-NC组的1.126±0.139(P<0.05)。与si-NC组和对照组相比,si-LINC00152组NCI-H1975细胞转染48、72 h的增殖活力下降(P<0.05);si-LINC00152组的划痕愈合率和穿膜细胞数分别为(27.386±2.428)%和(78.840±5.031)个,低于si-NC组的(77.675±4.803)%和(179.208±13.264)个及对照组的(76.371±5.385)%和(174.003±15.678)个(P<0.05);与si-NC组和对照组相比,si-LINC00152组的MMP-2和MMP-9水平均降低,而PTEN水平升高(P<0.05)。对照组和si-NC组上述指标的差异无统计学意义(P>0.05)。双荧光素酶报告分析证实,miR-103a-3p模拟物降低了野生型LINC00152的荧光素酶活性(P<0.05),但对突变型无影响(P>0.05)。结论LINC00152在NSCLC细胞中高表达并发挥促癌作用,与NSCLC的迁移侵袭密切相关,LINC00152与miR-103a-3p间的相互作用在NSCLC靶向治疗中有一定潜能。