应用Hapmap数据库分析HBG1-HBD基因间序列单倍型及标签SNP的挑选

目的 HBG1-HBD基因间序列在γ珠蛋白基因表达有重要作用,文中分析中国北京汉族人群HBG1-HBD基因间序列的单倍型并挑选标签SNP(tag SNP)。方法从Hapmap数据库中下载HBG1-HBD基因间序列上中国北京汉族人群的所有SNP数据。应用Haploview 4.0软件对HBG1-HBD基因间序列的SNP位点进行连锁不平衡分析,在此基础上构建HBG1-HBD基因间序列范围的单倍域及单倍型。用MEGA5.10软件对单倍型进行聚类分析,根据SNP之间的r2值挑选出可代表不同类型单倍型的tag SNP。结果在中国北京汉族人群中,HBG1-HBD基因间序列中共有2个单倍域(Block1和Block2),分别有7种和3种单倍型,发生频率均>1%。通过聚类分析将Block1的单倍型分为2组,可通过相互代表的11个tag SNP进行分组,11个SNP依次为:rs3813727、rs10837643、rs4320977、rs4283007、rs4402323、rs4910543、rs4910736、rs2105819、rs968857、rs968856、rs10768687。结论获得了中国北京汉族人群中HBG1-HBD基因间序列的单倍型及tag SNP,为研究HBG1-HBD基因间序列的单倍型与γ珠蛋白基因表达的相关性打下了基础。

模式生物的外显子、内含子和基因间序列的识别(英文)

基于核酸序列在剪切位点上保守性、组分的不同和编码序列阅读框架的3周期性,模式生物全基因组序列分为外显子、内含子和基因间序列三类.三个标准离散源分别由64个三联体在整条序列上的概率和4个碱基序列首尾(剪切位点附近)共30个位点上的概率共同构成.某条序列的类型就由该序列的离散量同相应区间上三个标准离散量的离散增量确定.结果表明:具有184个信号参数的离散量预测比只有64个三联体参数的结果要高出5%,总体预测成功率:线虫为87.37%,拟南芥为91.08%,果蝇为92.28%,原核生物大肠杆菌的二种序列预测率为92.88%,酵母菌为94.88%.

斑马鱼和鲤miR-1-2/133a-1基因间序列活性和调控研究

分别以斑马鱼(Danio rerio)和鲤(Cyprinus carpio L.)为研究材料,通过克隆斑马鱼和鲤miR-1-2和133a-1的基因间增强子序列,利用活体和离体实验探讨其是否具有肌肉特异性;并通过荧光素酶报告系统等研究转录因子MyoD是否调控该序列。研究结果显示:在活体实验中,无论斑马鱼还是鲤, miR-1-2/133a-1基因间序列均有肌肉特异性,且保留有保守区域(cr,含有E-box)的序列,注射72h后GFP表达量明显高于其他突变体。体外细胞实验也显示,转染含有cr序列的实验组,分化后的荧光素酶活性明显高于分化前。进一步探讨MyoD对miR-1-2/133a-1基因间序列的调控作用结果显示:无论是斑马鱼还是鲤, miR-1-2/133a-1基因间序列活性均受MyoD调控。结果为完善鱼类肌肉发育机理,及未来的鱼类分子育种奠定基础。

基于编码序列、基因间序列和氨基酸序列构建的系统发生关系比较

以7种古菌、46种细菌和10种真核生物的基因组为样本,考虑碱基间的短程关联和长程关联作用,得到编码序列的密码对和基因间序列的三联体对中不同位点的二核苷酸频率,据此构建了基于编码序列和基因间序列的系统发生关系。无论是基于编码序列还是基因间序列对信息进行聚类,古菌或真核均被聚在一支上,表明聚类参数的选择是合适的;与基于氨基酸序列构建的系统发生关系进行两两比较,发现大部分硬壁菌的编码序列与基因间序列之间,以及编码序列与氨基酸序列之间的进化都存在较大差异。通过分析认为,只有综合考虑这三类序列的进化信息,才可能得到更自然的系统发生关系。

5S-rRNA基因间区序列变异用于金银花药材道地性研究初探

目的 研究金银花药材道地性形成的基因基础。方法 用 SDS法提取金银花 L onicera japonica不同居群、外类群细毡毛忍冬 L.similis和山银花 L.confusa的总 DNA,进行 5 S- r RNA基因间区的 PCR扩增和测序 ,并用软件 Mega进行分析。结果 L onicera L.属植物 5 S- r RNA基因间区约 2 10 bp,其中 G+C含量较高 ,达 70 %左右 ,不同居群的 L.japonica碱基序列有差别 ,通过测序可以进行鉴别。L.confusa与 L.japonica间的遗传距离较大。结论 种间 5 S- r RNA基因间区的序列差异大于种内 ;道地药材之间的遗传距离较小 ;道地与非道地药材之间的遗传距离大于道地药材之间的遗传距离。

沙门菌基因间共有重复序列-PCR分子分型方法的优化及应用初探

目的优化沙门菌基因间共有重复序列-PCR(ERIC-PCR)分子分型方法,分析沙门菌标准菌株及流行分离株基因组DNA ERIC-PCR指纹图谱。方法提取鼠伤寒沙门菌基因组DNA作为模板,根据ERIC核心片段设计引物,运用ERIC-PCR技术扩增沙门菌基因组中的靶序列,PCR产物经琼脂糖凝胶电泳后用凝胶成像分析仪对图谱进行观察分析。反应体系中模板量、Mg2+浓度、引物浓度和退火温度的优化实验则采用对优化项目设置梯度、其它条件不变的方法进行。以优化好的ERIC-PCR方法对16株沙门菌及1株大肠杆菌进行分析。结果在总体积为25μl的反应体系中,选择DNA模板量为100ng/25μl,Mg2+浓度为2.0mmol/L,引物ERIC1R、ERIC2浓度分别为0.4μmol/L,退火温度为52℃时,扩增产物的电泳图谱条带最清晰完整。不同血清群、型和来源的沙门菌株间基因组DNA ERIC-PCR指纹图谱带型差异较大,可在250～5000bp范围内出现3～13条条带,并在250bp处出现一条特征条带。结论优化了沙门菌ERIC-PCR的重要反应条件。ERIC-PCR法能区分不同来源的沙门菌,可用于沙门菌病的流行病学调查和同源性追踪,弥补传统分型方法的不足。

应用肠杆菌科基因间重复序列聚合酶链反应对鲍曼不动杆菌进行同源性分析

目的了解临床不同来源的鲍曼不动杆菌是否存在同源性,判断其是否存在耐药菌株的克隆播散,追踪其在医院交叉感染的可能途径,以便有效防控鲍曼不动杆菌在医院中传播。方法收集2012年10月至2013年6月临床分离的73株多重耐药鲍曼不动杆菌,用肠杆菌科基因间重复序列-聚合酶链反应(enterobacterial repetitive intergenic consensus-polymerase chain reaction,ERIC-PCR)对菌株进行同源性分析。结果 73株多重耐药鲍曼不动杆菌经ERIC-PCR分型分为8个基因型,分别用A、B、C、D、E、F、G、H表示,其中A型31株,B型15株,C型12株,D型8株,E型3株,F型2株,G和H型各为1株。A型为主要的流行株,分布在多个不同的科室。重症监护室(intensive care unit,ICU)分离的菌株存在6个基因型;骨科系统病区存在4个基因型;急诊科有5个基因型;内科发现有6个基因型;外科发现3个基因型。ICU病房环境物体表面共分离出4株鲍曼不动杆菌,其中9号和10号菌株来自于不同患者的床旁,12号和13号来自于护理站电脑键盘。结论临床分离的多重耐药鲍曼不动杆菌存在多个基因型。多重耐药鲍曼不动杆菌存在时间和空间的聚集性。

肠道细菌基因间重复共有序列-聚合酶链式反应指纹图谱技术用于细菌分型的研究进展

肠道细菌基因间重复共有序列-聚合酶链式反应(enterobacterial repetitive intergenic consensus-polymerase chain reaction,ERIC-PCR)指纹图谱技术利用普遍存在于生物体内的ERIC进行引物设计,通过基因扩增,获得能够表征其基因组结构的产物,该方法简单易行、重复性好、用时短,被广泛应用于细菌基因分型及同源性判别。本文简述细菌分型的研究背景和ERIC-PCR指纹图谱技术的原理及特点,归纳该技术在细菌基因分型方面的优缺点及其在常见食源性致病菌基因分型中的应用现状,并对ERIC-PCR指纹图谱技术应用于乳品企业污染菌溯源的研究进行展望。

不同产地浙贝母的基因序列及生物碱含量比较

目的:探讨道地药材形成的基因基础。方法:以AS和AS-1为引物对4个不同产地浙贝母的5S-rRNA基因间区进行了PCR扩增和测序,并采用酸性染料比色法测定了它们的总生物碱含量及用柱前衍生化气相色谱法测定了其中2个单体生物碱的含量。结果:不同产地浙贝母的5S-rRNA基因间区具有相同的碱基序列,均为588bp;它们的总生物碱含量相当,气相色谱结果也表明,它们含有相同的单体生物碱,只是各单体生物碱的含量不同。结论:不同产地浙贝母的差异不是由碱基序列,而是由小环境因素引起的。

ERIC-PCR技术在鲍曼不动杆菌基因分型中的应用评估

目的了解仁济医院鲍曼不动杆菌的基因同源性,验证肠杆菌科基因间重复序列(ERIC)-聚合酶链反应(PCR)在鲍曼不动杆菌基因分型中的实用性。方法采用琼脂稀释法检测临床分离的81株鲍曼不动杆菌对临床常用抗菌药物的最低抑菌浓度(MIC);采用ERIC-PCR对81株鲍曼不动杆菌进行基因分型;使用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术对其中的43株耐亚胺培南鲍曼不动杆菌进一步分型,以PFGE分型为参考标准,验证ERIC-PCR在基因分型中的实用性。结果 81株鲍曼不动杆菌对临床常用的13种抗菌药物普遍耐药,只对米诺环素耐药率最低,为30.9%,其次是亚胺培南,为53.1%,对其他抗菌药物的耐药率均>60%。81株鲍曼不动杆菌ERIC-PCR分型主要为A、B、C、D、E、F 6型,其中A、B、C型为主要的流行株。43株耐亚胺培南鲍曼不动杆菌分型为A型41株(A1型29株,A2型12株)、B型1株、C型1株。PFGE分型将其分为5型,A型34株(A1型31株,A2型3株),B型6株,C、D、E分型各1株。结论仁济医院鲍曼不动杆菌存在克隆播散,且主要为耐亚胺培南鲍曼不动杆菌。ERIC-PCR分辨力较强,结果可靠,与PFGE结果具有一定的相关性,是一种简便、快捷的基因分型技术。

进口蜂蜜中幼虫芽孢杆菌分子分型方法的比较研究

为研究来自不同地域幼虫芽孢杆菌的进化关系,建立其分子分型方法,对来自11个国家和地区的50株幼虫芽孢杆菌分离株进行MLST分型分析,并与ERIC分型比较。结果显示,ERIC法将50株分离株分为ERICⅠ、ERICⅡ与ERICⅣ型,但不能区分不同区域菌株;MLST法将菌株分为ST1至ST8共8种序列型,其中ST1为优势型,占比高且分布广泛;其次为ST5(主要为加拿大分离株),ST3(澳大利亚分离株),ST4(法国与匈牙利分离株),ST6(新西兰分离株),ST2(西班牙分离株),ST7(匈牙利分离株)和ST8(澳大利亚分离株)。与ERIC相比,MLST可以对不同地域的幼虫芽孢杆菌进行有效分型,具有更高的分辨率,可作为后续进口蜂蜜中幼虫芽孢杆菌流行病学调查的工具。

大肠埃希菌耐药谱型、基因型和生物膜表型关系研究

以ATCC25922为研究对象,采用改良结晶紫染色,快速银染法和扫描电镜技术对其生物被膜进行定量和定性研究,建立大肠埃希菌生物被膜体外模型,利用优化的模型条件对249株临床分离株进行验证。采用琼脂平板计数法绘制大肠埃希菌浮游菌和被膜菌生长曲线,比较其生长特性的异同。对不同成膜能力的大肠埃希菌临床分离株进行色氨酸定量试验,分析不同培养条件对生物被膜菌胞外基质分泌量的影响。快速银染法和扫描电镜定性研究结果表明,大肠埃希菌形成生物被膜后,形成一种浮游细菌和生物被膜细菌共同分布于同一生存空间内的特殊生理结构;不同稀释度的接种量对细菌生物被膜生物量的变化影响不显著(P>0.05)。249株大肠埃希菌分为强成膜能力、中等成膜能力、弱成膜能力和无成膜能力4个表型,分别占3.21%、18.88%、51.81%、26.10%。

青岛两所医院鲍曼不动杆菌碳青霉烯酶基因及同源性分析

目的了解青岛市两所医院鲍曼不动杆菌(AB)耐药情况、分布特征,碳青霉烯酶基因携带情况。方法收集两所医院临床分离的145株(A院78株,B院67株)AB进行药敏试验,采用聚合酶链反应(PCR)扩增碳青霉烯酶基因,肠杆菌科基因间一致重复序列(ERIC)-PCR对菌株进行同源性分析。结果 A院AB对临床常用的16种抗菌药物普遍耐药,对头孢哌酮/舒巴坦耐药率最低(3.85%),其次是米诺环素(16.67%),对其他抗菌药物耐药率均>73%。B院AB对常用的23种抗菌药物普遍耐药,对米诺环素和替加环素均不耐药,对阿米卡星和左氧氟沙星的耐药率分别为23.88%、38.81%,对其他抗菌药物的耐药率均>64%。两院所有菌株均携带OXA-51基因,A、B两院碳青霉烯耐药组OXA-23基因的携带率分别为86.76%(59/68),56.67%(34/60),差异有统计学意义(χ2=14.53,P<0.001);A院3株菌携带OXA-58基因,B院未检出OXA-58基因。145菌株共分为8个基因型,其中A型71株和E型37株,为主要流行株;A院主要流行A型(46.15%)和E型(41.03%),B院主要流行A型(52.24%)和C型(17.91%)。结论两所医院临床分离的AB耐药情况严重,且存在医院流行,OXA型酶OXA-23、OXA-51基因在介导AB对碳青霉烯类药物耐药中发挥重要作用。

副溶血性弧菌ERIC-PCR分型及毒力基因检测研究

目的:建立副溶血性弧菌ERIC-PCR分子分型技术,分析副溶血性弧菌标准菌株及分离株基因组DNAERIC-PCR指纹图谱,并对副溶血性弧菌毒力基因进行检测,以了解不同来源副溶血性弧菌毒力基因携带情况。方法:提取副溶血性弧菌基因组DNA,以肠杆菌基因间共有重复序列(ERIC)为引物进行PCR扩增,PCR产物经琼脂糖凝胶电泳后用凝胶成像分析仪对图谱进行观察分析,并以相似性系数构建聚类图;通过PCR方法对直接耐热溶血素(TDH)和耐热直接相关溶血素(TRH)进行检测。结果:26株副溶血性弧菌均可扩增产生可重复的DNA指纹图谱,ERIC-PCR可将26株菌分为12个型,分辨力指数为0.926;只在临床分离株中检测到TDH基因,而除一株标准菌株外,所有菌株都未检测到TRH基因。结论:研究显示ERIC-PCR可从分子水平对副溶血性弧菌基因组DNA进行快速指纹图谱分析,同时结合毒力基因检测,能够为副溶血性弧菌食物中毒疾病的预防和流行病学调查提供科学依据。

采用ERIC-PCR与PFGE分析鲍曼不动杆菌基因型和同源性并对比方法学差异

目的比较脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)与肠杆菌科基因间重复序列聚合酶链式反应(enterobacterial repetitive intergenic consensus-polymerase chain reaction,ERICPCR)检测鲍曼不动杆菌同源性的结果差异。方法分别采用PFGE和ERIC-PCR对我院院内分离的43株鲍曼不动杆菌进行分型检测。结果 43株鲍曼不动杆菌通过PFGE分型得出:A型22株、B型10株、C型3株、D型4株、E型2株、F型1株、G型1株;通过ERIC-PCR得出7种型别:Ⅰ型22株、Ⅱ型10株、Ⅲ型3株、Ⅳ型2株、V型3株、Ⅵ型1株、Ⅶ型2株。2种方法结果相符率为76.8%。我院鲍曼不动杆菌存在克隆株传播。结论 ERIC-PCR操作简便、结果可靠,与PFGE结果一致性高,2种分型方法均适合作为医院进行病原菌流行病学调查的分型检测手段。

三种基因检测分型方法在耐碳青霉烯抗生素肺炎克雷伯菌基因分型中的应用对比观察

目的比较限制性内切酶联合脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)和肠杆菌基因间重复序列PCR(ERIC-PCR)在耐碳青霉烯抗生素肺炎克雷伯菌基因分型中的应用情况。方法 20株耐碳青霉烯类抗生素的肺炎克雷伯菌,分别采用PFGE、MLVA和ERIC-PCR法,对肺炎克雷伯菌基因进行扩增并分型,并用Bio Numerics软件测算各方法 Simpson差异指数(D值,D值越趋于1表示该方法分辨力越好)。结果20株菌株共分为18个PFGE型,其中2个带型包含2株菌,其余16个带型分别只包含1株菌,分别有两组两株菌具有相同的PFGE型别;17个MLVA型,其中3个型别分别包含2株菌,其余16个型别只包含1株菌,以差异位点≤2个位点作为构建MLVA群的标准,20株菌中构建出4个MLVA克隆群;14个ERIC型,其中中优势型、次优势型分别为5、3株,其余12个型别分别只包含1株菌。PFGE、MLVA和ERIC-PCR法对耐碳青霉烯抗生素的肺炎克雷伯菌的D值分别为0.989 5、0.984 2、0.931 6。结论 PFGE、MLVA和ERIC-PCR对耐碳青霉烯抗生素的肺炎克雷伯菌的分型效果均较好。

产金属酶嗜麦芽窄食单胞菌13株的耐药谱和基因型分析

目的 :研究产金属 β内酰胺酶 (MBL)的嗜麦芽窄食单胞菌感染的菌株同源性和耐药谱。 方法 :MBLE试验检测临床分离对亚胺培南耐药嗜麦芽窄食单胞菌的产MBL菌株 ;E试验检测MBL阳性株对 1 1种抗菌药物的药敏结果 ;用肠杆菌科基因间重复一致序列为引物的聚合酶链反应 (ERIC PCR)方法确定菌株之间的同源性。结果 :MBLE试验检测到MBL阳性株1 3株 ,为我院 1 998— 2 0 0 2年医院感染株 ,1 2株来源于下呼吸道感染 ,1株为尿路感染。 1 3株MBL阳性株对亚胺培南、庆大霉素、阿米卡星、头孢噻肟和头孢曲松均耐药 ,对哌拉西林 三唑巴坦、替卡西林 克拉维酸、头孢哌酮 舒巴坦、头孢他啶、头孢吡肟和环丙沙星等 6种抗菌药物呈现 8种耐药模式 ;ERIC PCR结果显示 ,1 3株MBL阳性株呈现 1 0种基因型 ,4株MBL阳性株为同一基因型 ,其余 9株为独立的基因型。综合分析 ,菌株来源、药敏谱和基因型与之间无显著相关性。结论 :我院产MBL嗜麦芽窄食单胞菌感染以下呼吸道为主 ,其发生呈散发性 ,抗生素的选择性压力可能是造成耐药谱和基因型多态性的主要原因。

碳青霉烯类耐药大肠埃希菌耐药基因型检测及同源性分析

目的检测临床分离碳青霉烯类耐药大肠埃希菌的耐药基因型,并对其同源性进行分析,研究其流行情况。方法收集铜陵市人民医院2012年9月至2016年10月临床分离碳青霉烯类耐药大肠埃希菌,采用VITEK-2 Compact全自动微生物鉴定仪进行鉴定,改良Hodge试验检测碳青霉烯酶表型,EDTA双纸片协同试验进行金属酶初筛,聚合酶链反应(PCR)检测碳青霉烯酶基因(bla KPC、bla IMP、bla VIM、bla NDM和bla OXA-48),并对阳性扩增产物进行基因测序;同源性分析采用肠杆菌科基因间重复一致序列聚合酶链反应技术(ERIC-PCR)。结果共收集碳青霉烯类耐药大肠埃希菌25株,8株改良Hodge试验阳性,13株金属酶初筛试验阳性,其中4株携带bla NDM-1基因,1株携带bla IMP-4基因,1株携带bla KPC-2基因;ERIC-PCR检测分为10种型别。结论碳青霉烯类耐药大肠埃希菌的耐药机制主要是产金属酶,携带NDM-1型碳青霉烯酶大肠埃希菌需重点监测;碳青霉烯类耐药大肠埃希菌未在医院引起克隆流行。

3种基因分型方法在鲍曼不动杆菌中的应用评价

目的比较3种基因分型方法在鲍曼不动杆菌中的应用。方法采用琼脂稀释法检测重症监护室（ICU）分离的30株鲍曼不动杆菌的最小抑菌浓度（MIC）;分别以肠杆菌科基因间重复一致性序列（ERIC）、基因外回文重复序列（REP）及随机多态性核苷酸序列（RAPD）为引物进行PCR扩增,利用电泳指纹图谱进行基因分型,并进行聚类分析。结果 30株鲍曼不动杆菌仅对头孢哌酮/舒巴坦有较低的耐药率;ERIC-PCR基因分型法的扩增条带最为丰富,能扩增出4∽7个条带,RAPD和REP-PCR扩增条带较少,分别扩增出1∽5和1∽4个条带;3种方法分别将30株鲍曼不动杆菌分为4、4、3个群。结论头孢哌酮/舒巴坦对于多重耐药鲍曼不动杆菌依然有较好的敏感性;本试验初步证实3种方法均可作为鲍曼不动杆菌基因分型的可选方法,ERIC-PCR较另外两种方法扩增条带更丰富,分辨率更好。