信号转导和转录激活因子3和长链非编码RNA肿瘤易感候选基因11在子痫前期胎盘中的表达及与胎盘螺旋动脉重铸的关系

目的 探究子痫前期(PE)病人胎盘组织中信号转导及转录活化因子3(STAT3)、长链非编码RNA肿瘤易感候选基因11(lncRNA CASC11)表达水平与胎盘螺旋动脉重铸的关系。方法 选取2019年1月至2022年4月于沧州市人民医院行剖宫产分娩的68例PE病人为PE组,并选取同期该院行剖宫产分娩的68例健康孕妇为健康组。比较PE组、健康组一般资料及胎盘组织中STAT3 mRNA、lncRNA CASC11表达水平;分析PE病人胎盘组织中STAT3 mRNA表达水平与lncRNA CASC11的相关性;比较健康组与PE组胎盘螺旋动脉管壁厚度、管腔面积;分析PE病人胎盘组织中STAT3 mRNA、lncRNA CASC11表达水平与胎盘螺旋动脉管壁厚度、管腔面积的相关性。结果 PE组病人舒张压、收缩压高于健康组(P<0.05),胎盘组织中STAT3mRNA、lncRNA CASC11表达水平分别为0.40±0.14、0.46±0.15,低于健康组的1.04±0.35、1.01±0.34(P<0.05),胎盘螺旋动脉管壁厚度高于健康组(P<0.05),管腔面积小于健康组(P<0.05);PE病人胎盘组织中STAT3 mRNA表达水平与lncRNA CASC11,及STAT3 mRNA、lncRNA CASC11表达水平与胎盘螺旋动脉管腔面积均呈正相关(P<0.05),STAT3 mRNA、lncRNA CASC11表达水平与胎盘螺旋动脉管壁厚度呈负相关(P<0.05)。结论 PE病人胎盘组织中STAT3 mRNA、lncRNA CASC11表达水平均较低,二者均与胎盘螺旋动脉重铸关系密切,可能为临床诊治PE提供新方向。

长链非编码RNA在急性肺损伤中的作用及分子调控机制研究进展

急性肺损伤(ALI)是临床上常见的危重症之一。长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度超过200个核苷酸的非蛋白质编码RNA,在染色质形成、转录和转录后翻译等基因表达水平直接或间接参与ALI的发生发展。lncRNA核富集丰富转录物1、lncRNA HOX转录反义基因间RNA及lncRNA牛磺酸上调1等lncRNA可作为竞争性内源RNA,与miR-26a-5p、miR-17-5p及miR-34b-5p等微小RNA结合,调节Wnt1诱导的信号通路蛋白1、Rho关联含卷曲螺旋结合蛋白激酶1蛋白及自噬相关蛋白等下游相关蛋白的表达,参与ALI的发生发展。LncRNA可能通过调控DNA甲基化、组蛋白修饰,在表观遗传水平参与ALI的发生发展;L通过组装转录激活因子和抑制因子,调节白细胞介素6(IL-6)、IL-17、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3/9等蛋白质的转录,在转录水平参与ALI的发生发展;与多种RNA结合蛋白相互作用,在转录后水平调控ALI的发生发展。

长链非编码RNA-重编码调控因子与肿瘤的研究进展

长链非编码RNA(LncRNA)是一类长度超过200核苷酸且不编码蛋白质的RNA分子。肿瘤基因组学的快速发展使LncRNA在人类肿瘤研究方面的功能更加显著。基因间LncRNA(LincRNA)-重编码调控因子(ROR)作为一种新型LncRNA,其作用机制在结直肠癌、胰腺癌、乳腺癌的发生发展过程中有报道。我们就LincRNA-ROR在肿瘤中的相关调控机制以及在不同肿瘤中的研究现状做简要综述,以便对其有进一步了解。

长链基因间非编码RNA 00963通过靶向微小RNA-148b-3p对结直肠癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响

目的探讨长链基因间非编码RNA00963(LINC00963)对结直肠癌细胞恶性生物学行为的影响及作用机制。方法本研究于2018年8月至2019年5月进行;正常结直黏膜上皮细胞NCM460以及结直肠癌细胞系HT29、SW480、SW1116购自中国科学院上海细胞库,实时荧光定量PCR(q RT-PCR)检测微小RNA-148b-3p(miR-148b-3p)和LINC00963的表达水平;双荧光素酶报告实验检测miR-148b-3p和LINC00963的靶向关系。将HT29细胞分为miR-NC组、miR-148b-3p组、si-NC组、si-LINC00963组、si-LINC00963+anti-miR-NC组、si-LINC00963+anti-miR-148b-3p组;蛋白质印迹法(Western Blotting)检测蛋白表达;四甲基偶氮唑盐比色法(MTT)检测细胞活性;Transwell检测各组细胞迁移和侵袭。结果与NCM460细胞相比,HT29、SW480、SW1116细胞中miR-148b-3p的表达水平显著降低[(0.32±0.04)、(0.48±0.04)、(0.39±0.04)比(1.03±0.09)],LINC00963的表达水平显著升高[(3.13±0.31)、(2.76±0.27)、(2.91±0.28)比(1.00±0.09)],差异有统计学意义(P<0.05)。LINC00963靶向调控miR-148b-3p的表达。干扰LINC00963后,细胞周期蛋白D1(Cyclin D1)、基质金属蛋白酶2(MMP-2)、基质金属蛋白酶9(MMP-9)蛋白表达水平降低,细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1A(p21)表达水平升高,HT29细胞活性[48 h为(0.43±0.04)比(0.65±0.06),72 h为(0.56±0.05)比(1.05±0.09)]降低,及迁移数量减少[(39.65±3.42)个比(81.24±8.06)个],侵袭数量减少[(32.14±3.28)个比(69.54±6.27)个],差异有统计学意义(P<0.05)。过表达miR-148b-3p后,Cyclin D1、MMP-2、MMP-9表达水平降低,p21表达水平升高,HT29细胞活性[48 h为(0.49±0.04)比(0.67±0.06),72 h为(0.62±0.06)比(1.06±0.09)]降低,及迁移数量减少[(45.32±4.28)个比(86.27±8.25)个],侵袭数量减少[(39.54±4.03)个比(73.65±7.24)个],差异有统计学意义(P<0.05)。抑制miR-148b-3p表达可逆转干扰LINC00963对HT29细胞的作用。结论干扰LINC00963可通过上调miR-148b-3p抑制结直肠癌HT29细胞的增殖、迁移和侵袭。

基因间长链非编码RNA 152靶向微小RNA-103a-3p对非小细胞肺癌细胞增殖和侵袭迁移的影响

目的探讨基因间长链非编码RNA 152(LINC00152)靶向调控微小RNA-103a-3p(miR-103a-3p)表达及对非小细胞肺癌(NSCLC)细胞增殖和侵袭迁移的影响。方法采用实时定量PCR(QPCR)检测正常肺上皮细胞BEAS-2B及NSCLC细胞(ANIP-973、NCI-H157、A549和NCI-H1975)的LINC00152水平。选取LINC00152水平最高的细胞分别转染LINC00152特异性小干扰RNA(si-LINC00152组)或无关序列(si-NC组),另设未转染细胞为对照组。QPCR检测LINC00152水平,活细胞计数CCK-8法、Transwell小室和划痕实验测定细胞增殖、侵袭和迁移能力,Western blotting检测基质金属蛋白酶(MMP)-2、MMP-9和第10号染色体缺失的磷酸酶及张力蛋白同源基因(PTEN)的水平;荧光素酶报告实验验证LINC00152靶向结合miR-103a-3p的能力。结果NSCLC细胞的LINC00152水平均高于BEAS-2B细胞(P<0.05),尤其是NCI-H1975细胞的最高。si-LINC00152组的LINC00152水平为0.352±0.087,低于对照组的1.058±0.219和si-NC组的1.126±0.139(P<0.05)。与si-NC组和对照组相比,si-LINC00152组NCI-H1975细胞转染48、72 h的增殖活力下降(P<0.05);si-LINC00152组的划痕愈合率和穿膜细胞数分别为(27.386±2.428)%和(78.840±5.031)个,低于si-NC组的(77.675±4.803)%和(179.208±13.264)个及对照组的(76.371±5.385)%和(174.003±15.678)个(P<0.05);与si-NC组和对照组相比,si-LINC00152组的MMP-2和MMP-9水平均降低,而PTEN水平升高(P<0.05)。对照组和si-NC组上述指标的差异无统计学意义(P>0.05)。双荧光素酶报告分析证实,miR-103a-3p模拟物降低了野生型LINC00152的荧光素酶活性(P<0.05),但对突变型无影响(P>0.05)。结论LINC00152在NSCLC细胞中高表达并发挥促癌作用,与NSCLC的迁移侵袭密切相关,LINC00152与miR-103a-3p间的相互作用在NSCLC靶向治疗中有一定潜能。

基因间长链非编码RNA 113靶向微小RNA-493-3p对肺癌细胞侵袭和迁移的影响

目的探讨基因间长链非编码RNA 113(LINC00113)调控微小RNA-493-3p(miR-493-3p)在非小细胞肺癌(NSCLC)细胞侵袭迁移过程中的分子功能。方法采用实时定量PCR(qPCR)检测LINC00113和miR-493-3p在50对NSCLC癌组织和癌旁组织及4株NSCLC细胞株(A549、NCI-H1975、HCC827和NCI-H1299)的水平,双荧光素酶报告系统验证LINC00113与miR-493-3p的相互关系;将NCI-H1299细胞分为4组:对照组(空白对照)、LINC00113干扰(si-LINC00113)组(转染si-LINC00113+miR-493-3p无关序列miR-NC)、miR-493-3p抑制物inhibitor(miR-inhibitor)组(转染无关序列si-NC+miR-493-3p inhibitor)和共转染组(转染si-LINC00113+miR-493-3p inhibitor)。通过MTT比色法、划痕实验和Transwell小室实验分别检测LINC00113和miR-493-3p对NCI-H1299细胞增殖、迁移和侵袭的影响。结果与癌旁组织相比,NSCLC组织的LINC00113水平升高至2.125±0.119,而miR-493-3p水平降低至0.592±0.040,且两者水平呈负相关(r=-0.760,P<0.05)。与正常肺上皮细胞BEAS-2B相比,NSCLC细胞的LINC00113水平升高,而miR-493-3p水平降低,差异有统计学意义(P<0.05)。野生型LINC00113序列与miR-493-3p模拟物共转染细胞的荧光素酶活性降低(P<0.05)。对照组、si-LINC00113组、miR-inhibitor组和共转染组的细胞活力分别为1.381±0.076、0.863±0.070、1.824±0.102和1.452±0.105,划痕愈合率分别为(54.370±5.366)%、(26.203±1.817)%、(73.067±2.846)%和(51.587±4.288)%,穿膜细胞数分别为(339.265±12.032)、(183.619±9.387)、(467.113±8.950)和(325.667±6.036)个,与对照组相比,si-LINC00113组的细胞活力、划痕愈合率和穿膜细胞数均降低(P<0.05),miR-inhibitor组均升高(P<0.05),而共转染组的无明显变化(P>0.05)。结论NSCLC组织和细胞中LINC00113高表达且miR-493-3p低表达,下调LINC00113可抑制NSCLC细胞的增殖、迁移和侵袭能力,可能通过靶向miR-493-3p来发挥促癌作用,LINC00113/miR-493-3p轴有望成为NSCLC治疗的潜在靶点。

长链基因间非编码RNA 00681竞争性结合miR-16促进黑素瘤细胞侵袭和迁移

目的:检测长链基因间非编码RNA 00681(long intergenic noncoding RNA 00681,linc00681)在恶性黑素瘤组织和皮肤良性痣组织中的表达,探索沉默linc00681对黑素瘤A375细胞侵袭和迁移能力的影响及机制。方法:采用一步法实时定量聚合酶链式反应(real time-quantitative polymerase chain reaction, RT-qPCR)检测恶性黑素瘤组织和A375细胞中linc00681的表达。利用小干扰RNA技术沉默黑素瘤A375细胞中linc00681的表达。应用划痕实验检测敲低linc00681对细胞迁移距离的影响,Transwell检测敲低linc00681对细胞迁移和侵袭能力的影响。生信分析网站分析linc00681和微小RNA-16(microRNA-16,miR-16)的潜在结合位点。荧光素酶报告实验检测linc00681与miR-16的结合能力。挽救实验检测miR-16对linc00681调控A375细胞迁移和侵袭能力的影响。结果:黑素瘤组织和A375细胞中linc00681的表达高于皮肤良性痣和正常黑素HEMa-LP细胞。沉默linc00681表达后,A375细胞迁移距离、迁移和侵袭细胞数目均显著降低。研究显示:linc00681可吸附结合miR-16;linc00681和miR-16共同沉默组侵袭和迁移能力明显高于linc00681单独沉默组。结论:linc00681在黑素瘤组织和A375细胞中表达升高,并可通过竞争性结合miR-16促进黑素瘤细胞迁移和侵袭。

长链非编码RNA LINC00641通过微小RNA-181d-5p靶向真核细胞翻译起始因子4A2抑制宫颈癌细胞增殖的研究

目的观察长链非编码RNA(LncRNA)LINC00641(LINC00641)在宫颈癌细胞中的表达特征,探讨LINC00641通过微小RNA-181 d-5p(miR-181 d-5p)/真核细胞翻译起始因子4A2(EIF4A2)对宫颈癌细胞增殖的调节作用。方法选择宫颈癌Hela细胞株,建立空白对照组,构建转染pc-DNA3.1的无关序列组､转染pc-DNA3.1-LINC00641的pc-DNA-LINC00641组､转染pc-DNA3.1-LINC00641-siRNA的si-LINC00641组,转染miR-181 d-5p inhibitor的miR-181 d-5p inhibitor组､转染miR-181 d-5p mimic的miR-181 d-5p mimic组､转染siRNA-EIF4A2的si-EIF4A2组。采用CCK-8实验检测细胞增殖活性,采用双荧光素酶报告基因实验观察LINC00641和miR-181 d-5p､miR-181 d-5p､EIF4A2的靶向关系。选取2019年12月至2021年1月陕西中医药大学第二附属医院诊治的45例宫颈鳞癌且未行术前新辅助放､化疗的女性患者作为研究对象,留取其术后肿瘤组织(宫颈鳞癌组织)。另选取45例因子宫肌瘤行子宫全切术,且经病理确诊为慢性宫颈炎的患者,留取其宫颈组织(慢性宫颈炎组织)。采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)法检测LINC00641和miR-181 d-5p的表达,采用免疫组化SP法检测EIF4A2和Ki67的表达,采用Pearson检验分析其相关性。结果生物信息分析显示,LINC00641与miR-181 d-5p､miR-181 d-5p､EIF4A2具有可能的结合位点。与空白对照组和无关序列组比较,pc-DNA-LINC00641组､miR-181 d-5p mimic组､si-EIF4A2组细胞增殖活性下降,si-LINC00641组､miR-181 d-5p inhibitor组细胞增殖活性升高。双荧光素酶报告基因实验显示,LINC00641与miR-181 d-5p､miR-181 d-5p､EIF4A2具有靶向关系。挽救实验显示,沉默EIF4A2可部分逆转沉默LINC00641和沉默miR-181 d-5p对细胞增殖的促进作用。与慢性宫颈炎组织比较,宫颈鳞癌组织中LINC00641､miR-181 d-5p低表达,EIF4A2高表达(P<0.05)。Pearson相关分析显示,LINC00641与miR-181 d-5p､EIF4A2､Ki67呈正相关性,miR-181 d-5p与EIF4A2呈负相关性。结论LINC00641通过miR-181 d-5p/EIF4A2抑制宫颈癌细胞的增殖,调控肿瘤的形成和进展。

长链非编码RNA调控转录因子21基因启动子的去甲基化

德国美茵兹大学分子生物学研究所的Niehrs教授和他的研究团队发现,长链非编码RNA（long noncoding RNA,lncRNA）TARID（TCF21 antisense RNA inducing demethylation）可通过募集生长阻滞与DNA损伤诱导蛋白45A（growth arrest and DNAdamage-inducible,alpha,GADD45A）/胸腺嘧啶DNA糖基化酶（thymine-DNA glycosylase,TDG）实现肿瘤抑制基因转录因子21（trascriptor factor 21,TCF21）启动子的去甲基化,从而激活TCF21的表达。其相关研究成果发表在今年8月21日的Molecular Cell杂志上。DNA甲基化是一种广泛参与基因表达调控的动态可逆的表观遗传修饰,在正常的生理条件以及一些病理过程中均起着重要作用。通常DNA的甲基化抑制基因转录,代表着基因功能的＂关闭＂。

长链非编码RNANRAV在抗病毒应答中对干扰素刺激基因(ISG)转录的调控作用

天然免疫是宿主抵抗病毒的第一道防线。病毒侵染宿主后，宿主的病原识别受体（PRR）鉴别出病毒的核酸或蛋门质组分，激活抗病毒天然免疫应答。一系列天然免疫信号通路被PRR激活，通路下游的转录因子随之活化并进入细胞核，核内各种免疫相关基因依次开始转录调控。首先，干扰素大量表达并被分泌至细胞外，随后上百种干扰素刺激基因（ISG）转录表达。

长链非编码RNA 91H对食管鳞癌组织中IGF2表达的调控作用及机制研究

目的探索长链非编码RNA(lncRNA)91H对食管鳞癌(ESCC)组织中胰岛素样生长因子2(IGF2)异常表达的调控机制,评价其在ESCC发生、发展中的作用。方法收集232例ESCC患者癌组织和癌旁组织标本以及食管鳞癌细胞系TE-1和Eca-109,用实时荧光定量PCR及免疫荧光法检测其91H和IGF2的表达水平,亚硫酸氢盐修饰后测序法(BSP)检测印记基因H19调控区域(ICR)的甲基化程度。结果肿瘤患者浸润程度越深、肿瘤等级和TNM分期越高,91H的表达量越低而IGF2表达量越高(P<0.05),用91H RNA干扰后,TE-1细胞IGF2 mRNA的表达水平为4.91±1.68,明显高于阴性对照组1.38±0.61(P<0.05);Eca-109细胞IGF2 mRNA的表达水平为3.62±1.44,明显高于阴性对照组1.75±1.00(P<0.05);经5-aza-CdR去甲基化处理后,细胞甲基化程度越低,91H表达水平越高(P<0.05)。结论 lncRNA 91H的表达与H19 ICR区甲基化程度密切相关,其对IGF2表达起抑制作用,提示lncRNA 91H可作为一个新的遗传学标志物。

急性髓系白血病患者外周血白细胞长链基因间非编码RNA324(LINC00324)与免疫表型的相关性分析

目的分析急性髓系白血病(AML)患者外周血白细胞长链基因间非编码RNA324(LINC00324)与免疫表型的关系。方法用实时荧光定量PCR和生物信息学数据库分析AML患者外周血白细胞及KG-1、THP-1、U937细胞株中UNC00324的表达水平,并采用Peraon相关分析40例AML患者LINC00324的表达水平与红细胞及血小板计数及LINC00324与免疫表型CD14、CD68、CD64、CDllb、CD4、CD45、CD33、人类白细胞抗原DR(HLA-DR)、CD163、CD2、CD58、CD117、CD43、CD34、CD99、CD8、CD38、CD10、CD13、CD56、CD7、TdT、CD235a、CD138、CD61、髓过氧化物酶(MPO)、CD19的关系。同时选取cBioPortal数据库的数据集(TCGA,NEJM 2013)分析173名AML患者的临床病例数据,分析患者肿瘤样本中LINC00324的表达水平与外周血幼稚细胞百分比及白细胞计数的相关性。结果AML患者外周血白细胞LINC00324表达下调,其表达水平与免疫表型CD33、红细胞及血小板数显著正相关。生物信息学数据库分析显示LINC00324在髓系白血病细胞株中低表达,AML患者中LINC00324表达与CD33、CD117、CDllb、CD14、CD64等多种免疫表型相关,与外周血幼稚细胞百分比及白细胞计数呈负相关。结论UNC00324可能参与调控免疫细胞的分化发育及功能,为AML靶向药物开发或治疗提供新策略。

长链非编码RNA与鼻咽癌发生发展的研究进展

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),即长度大于200nt的RNA分子,被发现在转录及转录后水平参与调控基因表达,参与遗传修饰的调控,部分lncRNA在鼻咽癌的发生发展中起到一定调控作用,并可能成为鼻咽癌预后的标志物。本文就肿瘤相关lncRNA在鼻咽癌中的作用进行简单综述。

长链非编码RNA-重编程调控因子调节脂肪酸合成促进胰腺癌细胞侵袭迁移的研究

目的探究长链非编码RNA-重编程调控因子(Linc-ROR)对胰腺癌细胞侵袭、迁移及脂肪酸合成的调节及其机制。方法实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测Linc-ROR在4种细胞中的表达水平。在PANC-1细胞系中单独转染pCDH-Linc-ROR过表达质粒或联合转染该质粒和脂肪酸合酶(FASN)的小干扰RNA(siRNA)后,尼罗红染色法观察脂肪酸合成;划痕实验和Transwell实验检测细胞迁移、侵袭;蛋白免疫印迹法检测脂肪酸合成相关蛋白的变化。结果Linc-ROR表达水平在3种胰腺癌细胞系中明显高于正常胰腺导管上皮细胞(1.56±0.10、45.53±3.74、147.80±7.21比1.00,F=869.1,P<0.01)。与对照组比较,转染pCDH-Linc-ROR质粒后侵袭能力增强(272.70±25.70比101.00±16.52,P<0.01),Transwell迁移实验显示该组迁移能力增强(691.30±34.67比274.70±12.06,P<0.01),划痕实验同样证明该结果(35.01±2.22比22.47±2.09,P<0.01),染色后荧光显示脂肪酸合成增强,脂肪酸合成相关蛋白增加(3.11±0.17、1.77±0.08、1.22±0.08、1.15±0.06、1.2±0.09、1.88±0.10、1.13±0.08比1.00,P<0.05)。进行联合转染Linc-ROR过表达质粒及siRNA后,pCDH-Linc-ROR+si-FASN相较于pCDH-Linc-ROR+si-NC组划痕实验证明显示迁移能力下降(34.38±1.12比52.88±2.19,P<0.01),Transwell迁移实验提示相同的结果(382.00±19.08比771.70±13.58,P<0.01),并且该组侵袭能力减弱(309.00±22.34比601.70±20.03,P<0.01),FASN蛋白水平明显下降(1.004±0.05比3.122±0.17,P<0.01),且染色后荧光示细胞脂肪酸的合成降低。结论Linc-ROR可能通过影响FASN来蛋白的调控脂肪酸合成进而促进PANC-1细胞的侵袭和迁移。

LncRNA SNHG15通过调控miRNA-451a促进乳腺癌细胞的上皮间质转化研究

目的:研究长链非编码RNA小核仁RNA宿主基因15(LncRNA SNHG15)与miRNA-451a对乳腺癌细胞的生物学活性的影响。方法:qRT-PCR法检测SNHG15、miRNA-451a及趋化因子受体4(CXCR4)在乳腺癌耐药细胞SKBR3-PR中的表达情况;细胞划痕实验检测干扰SNHG15及miRNA-451a抑制剂对SKBR3-PR的细胞迁移能力的影响;流式细胞术检测对细胞凋亡情况的影响;Western blotting实验检测CXCR4、上皮间质转化(EMT)相关蛋白Vimentin、Snail水平表达。结果:相比于亲本细胞,乳腺癌耐药细胞株中SNHG15表达量上调,但差异无统计学意义(P>0.05),miRNA-451a表达量下降(P<0.05),CXCR4表达量上调(P<0.01);划痕实验结果显示SNHG15促进细胞的迁移(P<0.01),miRNA-451a可抑制细胞迁移(P<0.01);细胞凋亡实验结果表明SNHG15抑制细胞凋亡(P<0.01),miRNA-451a促进细胞凋亡(P<0.01);Western blotting表明干扰SNHG15后,EMT相关蛋白Snail和CXCR4表达水平下降,miRNA-451a抑制剂组Snail和CXCR4表达水平上升(P<0.01),Vimentin表达水平无统计学意义(P>0.05)。结论:LncRNA SNHG15可能通过调控miRNA-451a促进乳腺癌细胞的迁移、凋亡,并且潜在调控CXCR4诱导乳腺癌细胞的EMT。

特发性肺间质纤维化中长链非编码RNA及转录因子的生物信息学挖掘

目的应用生物信息学分析的方法探讨特发性肺间质纤维化(IPF)中差异表达的长链非编码RNA(lncRNAs)及转录因子(TFs)。方法从NCBI基因表达芯片数据库(GEO)下载与IPF相关的三个基因表达谱(GSE2052、GSE44723以及GSE24206),根据NCBI Gene数据库及GENCODE v7数据库的基因注释信息,将下载的数据进行注释合并。然后应用R软件(3.6.0版本)的limma包,筛选出差异表达的基因(表达倍数>1或<–1,且P<0.05),并构建基因表达相关网络,采用R软件clusterProfiler包对差异表达的lncRNA及TFs进行功能富集分析,以推测其生物学功能。应用实时荧光定量聚合酶链反应验证筛选基因在IPF患者中的表达。结果筛选出8483个差异表达的基因,其中3个GEO数据集中共有29个共同差异表达的基因,采用功能及通路富集分析注释差异表达的基因,通过蛋白质–蛋白质互作网络获得18个模块,主要涉及多聚泛素、高尔基小囊泡转运、胞内吞等功能。采用超几何检验的方法获得IPF中差异表达的lncRNAs和TFs,并且相应的基因主要涉及泛素化介导的蛋白质水解、剪切体以及细胞周期等。其中的lncMALAT1、E2F1以及YBX1在IPF患者外周血中出现差异表达。结论lncMALAT1、E2F1以及YBX1可能是IPF发病和进展的调控基因,可为IPF的诊断治疗提供新途径。

长链非编码RNA在骨关节炎基因表达调控中的作用及其机制的研究进展

目前，针对骨关节炎（OA）的治疗尚缺乏能够控制疾病进展的确切有效的治疗手段，多以对症治疗为主，疾病晚期需行全关节置换术以代替原有的关节功能。研究表明，多种因素参与了OA的发生和发展进程，其中，长链非编码RNA（1ncRNA）在基因表达调控的过程中所起的作用，越来越受到人们的重视。在OA发病过程中与疾病密切相关的多种重要蛋白分子的表达过程均受到IncRNA的调控，如：金属蛋白酶（MMP）、蛋白聚糖酶（ADAMTS）、胰岛素样生长因子（IGF）-2、血管内皮生长因子（VEGF）等。IncRNA转录调控作用的的研究，为OA的治疗提供了新的思路。因此，本文就OA发病过程中与之密切相关的6种IncRNA及其作用和机制综述如下。

lncRNA LINC00689靶向调控miRNA-634促进胶质瘤U251细胞增殖、侵袭和迁移

目的探讨长链基因间非蛋白编码RNA689(LINC00689)对胶质瘤细胞增殖、侵袭和迁移的影响。方法RT-PCR实验检测正常胶质细胞HEB、胶质瘤细胞系A172、U251、U87、SHG-4中LINC00689和miRNA-634的表达。将si-NC、si-LINC00689、miRNA-634 mimics、miRNA-NC、si-LINC00689+anti-miRNA-NC、si-LINC00689+anti-miRNA-634质粒转染至U251细胞中;CCK-8实验检测细胞增殖、Transwell实验检测细胞侵袭和迁移。结果与正常胶质细胞HEB比较,胶质瘤细胞系A172、U251、U87和SHG-4的LINC00689表达水平较高,而miRNA-634表达水平较低(P<0.05)。与si-NC组比较,si-LINC00689组LINC00689表达水平、细胞增殖活力、侵袭和迁移细胞数明显较低(P<0.05)。与miRNA-NC组比较,miRNA-634 mimics组miRNA-634表达水平明显增高(P<0.05),细胞增殖活力、侵袭和迁移细胞数明显降低(P<0.05)。与si-LINC00689+anti-miR⁃NA-NC组比较,si-LINC00689+anti-miRNA-634组细胞增殖活力、侵袭和迁移细胞数明显增高(P<0.05)。结论LINC00689可以促进胶质瘤细胞的增殖、侵袭和迁移,其机制可能与靶向调控miRNA-634有关。

武汉植物园等长链非编码RNA调控基因转录研究获进展

中科院武汉植物园王艇研究组与其合作者通过突变体的筛选，发现CDKC；2虽为正向转录延伸因子P-TEFb复合体的激酶亚基，却对拟南芥开花时间重要调控基因FLC的转录表现为抑制作用。前期研究在FLC位点发现了一组名为COOLAIR的反义转录本。受此启发，该研究阐明CDKC；2直接促进COOLAIR的转录。进一步解析表明，不含COOLAIR启动子的FLC转录不受CDKC；

血清lncRNA HOTAIR和miR-206表达水平与急性呼吸窘迫综合征患者病情严重程度及预后的关系

目的探讨血清长链非编码RNA(lncRNA)HOX转录反义基因间RNA(HOTAIR)、miR-206表达水平与急性呼吸窘迫综合征(ARDS)患者病情严重程度及预后的关系。方法选取110例ARDS患者,依据其入院时的氧合指数[PaO_(2)/吸入氧比例(FiO_(2))]分为ARDS轻度组37例、ARDS中度组41例、ARDS重度组32例,并根据入院28 d内的临床结局将其分为生存组74例和死亡组36例。比较不同病情严重程度及不同临床结局ARDS患者的一般资料及临床资料,血清HOTAIR、miR-206表达水平,采用COX回归模型分析ARDS患者入院28 d内死亡的影响因素,采用受试者工作特征(ROC)曲线分析血清HOTAIR和miR-206表达水平对ARDS患者入院28 d内死亡的预测效能,采用Pearson法对血清HOTAIR与miR-206表达水平进行相关性分析。结果ARDS轻度组、ARDS中度组、ARDS重度组患者的呼气末正压通气(PEEP)、急性生理与慢性健康评价Ⅱ(APACHEⅡ)评分及血清HOTAIR表达水平均依次升高,而血清miR-206表达水平依次降低(均P<0.05)。与生存组相比,死亡组患者的APACHEⅡ评分、PEEP及血清HOTAIR表达水平均更高,而PaO_(2)/FiO_(2)及血清miR-206表达水平均更低(均P<0.05)。COX回归分析结果显示,APACHEⅡ评分、PaO_(2)/FiO_(2)及血清HOTAIR表达水平、血清miR-206表达水平均是ARDS患者入院28 d内死亡的影响因素(均P<0.05)。ROC曲线分析结果显示,血清HOTAIR表达水平、血清miR-206表达水平及两者联合预测ARDS患者入院28 d内死亡的曲线下面积分别为0.845、0.837、0.943,特异度分别为87.80%、71.60%、89.20%,敏感度分别为75.00%、83.30%、91.70%。Pearson相关性分析结果显示,ARDS患者血清HOTAIR的表达水平与血清miR-206的表达水平呈负相关(P<0.05)。结论血清HOTAIR、miR-206的表达水平与ARDS患者的病情严重程度及预后密切相关,血清HOTAIR表达水平升高及血清miR-206表达水平降低均是ARDS患者入院28 d内死亡的危险因素,且ARDS患者血清HOTAIR表达水平与血清miR-206表达水平呈负相关,二者联合检测对ARDS患者的预后具有较好的预测价值。