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基因间隔序列(ITS)在细菌分类鉴定和种群分析中的应用 被引量:51
1
作者 郑雪松 杨虹 +1 位作者 李道棠 韩文卿 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 2003年第6期678-684,共7页
Use of 16S-23S intergenic transcribed spacer (ITS) variability,as a relatively new method,is becoming an important supplement to the molecular methods based on 16S rRNA for which has a fairly constant size and is not ... Use of 16S-23S intergenic transcribed spacer (ITS) variability,as a relatively new method,is becoming an important supplement to the molecular methods based on 16S rRNA for which has a fairly constant size and is not divergent enough to give good separation in close relationships. This paper summarizes the structures and characteristics of ITS regions that are extremely variable in copy number,length and sequence per genome. The ITS region can be amplified easily taking advantage of conserved nucleotide stretches at the 5’ of the 16S and 3’ of the 23S gene,and the amplicon can contain different amounts of the 16S rDNA by choosing primers at different conserved areas within this gene. These primers are listed and discussed for perfecting the methodology of ITS. Furthermore,some recent progresses on the taxonomy,identification and community analysis of bacteria by means of ITS in epidemiology,ecology and artificial environment are reviewed,as well,the virtues and limitations of that method are discussed. Fig 2,Tab 1,Ref 展开更多
关键词 基因间隔序列 16SrRNA 细菌分类鉴定 种群分析
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基因间隔序列(ITS)在水产动物种质鉴定和遗传多样性分析中的应用 被引量:14
2
作者 徐田军 刘楚吾 +2 位作者 刘丽 董秋芬 杨叶欣 《湛江海洋大学学报》 CAS 2006年第1期84-88,共5页
关键词 基因间隔序列(ITS) 种质鉴定 遗传多样性
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几种灵芝rDNA基因间隔序列分析与鉴定 被引量:2
3
作者 张凤琴 张旺凡 +1 位作者 李小龙 赵彤 《中国现代医学杂志》 CAS 北大核心 2016年第21期35-39,共5页
目的基于基因间隔序列(ITS)序列对灵芝进行分类。方法培养灵芝、提取DNA、优化聚合酶链反应(PCR)体系、纯化与克隆、测序、构建遗传进化树、进行遗传分析。结果经过一系列的梯度实验得知优化的PCR体系为25μl反应混合物中含模板DNA 25ng... 目的基于基因间隔序列(ITS)序列对灵芝进行分类。方法培养灵芝、提取DNA、优化聚合酶链反应(PCR)体系、纯化与克隆、测序、构建遗传进化树、进行遗传分析。结果经过一系列的梯度实验得知优化的PCR体系为25μl反应混合物中含模板DNA 25ng、Mg^(2+)为2.0 mmol/L、dNT Ps 200μmol/L、Taq 1.5 U、引物为20 pmol;最佳反应程序为93℃预变性4min,93℃变性40s,59℃退火40s,72℃延伸1 min,共35个循环,72℃继续延伸7min,4℃无限循环。所采用的HZ002、DZ003、NZ004和XC005在遗传进化树上面十分接近,说明其可以划分为同一菌属,同属于灵芝菌属。结论基于ITS序列对灵芝进行分类,与其他的分子标记技术所取得的分类结果一致,证实依据ITS序列来对真菌菌属进行分类是十分合理的。 展开更多
关键词 灵芝 聚合酶链反应 基因间隔序列 遗传进化
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3个木薯品种的叶绿体基因组16S rRNA-23S rRNA基因间隔序列的特征分析 被引量:3
4
作者 李亚梅 段瑞军 +3 位作者 李瑞梅 刘姣 符少萍 郭建春 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2012年第10期1772-1777,共6页
以华南6、8、10号木薯为材料,通过PCR克隆3个木薯品种的叶绿体16S-23S基因间隔序列,与其他17种植物的该序列进行亲缘关系分析。从进化树可以看出,该序列进化分析符合Webster分类系统,同科植物可以很好的聚为1类。此外,3个木薯品种的16S-... 以华南6、8、10号木薯为材料,通过PCR克隆3个木薯品种的叶绿体16S-23S基因间隔序列,与其他17种植物的该序列进行亲缘关系分析。从进化树可以看出,该序列进化分析符合Webster分类系统,同科植物可以很好的聚为1类。此外,3个木薯品种的16S-23S基因间隔序列相似性高达99.94%;大戟科间的序列相似性为97.52%;其他植物科内的序列相似性不低于96%。该研究还分析了3个木薯品种16S-23S基因间隔序列的基因分布,该序列的基因分布情况一致,包含16S rRNA 5′端,trnI基因,ycf68基因,trnA基因,23SrRNA3′端,ISR-B,发现该序列的保守性较强,个别碱基差异并不影响基因分布,该研究可为后期木薯叶绿体遗传转化体系建立提供理论依据。 展开更多
关键词 木薯 叶绿体 16S-23S基因间隔序列
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桑树TrnL-trnF基因间隔区序列的特点及分析 被引量:9
5
作者 赵卫国 张志芳 +2 位作者 潘一乐 何家禄 史全良 《蚕业科学》 CAS CSCD 2002年第2期83-86,共4页
设计桑树TrnL trnF基因间隔区序列的特异引物 ,扩增并分析了桑属育 71 1和桑莲 2个品种的TrnL trnF基因间隔区序列 ,其长度分别为 4 14bp和 4 17bp ,且富含A/T。该序列有 4 2 1个分析性状 ,具有 17个变异位点。在这些变异中主要以碱基... 设计桑树TrnL trnF基因间隔区序列的特异引物 ,扩增并分析了桑属育 71 1和桑莲 2个品种的TrnL trnF基因间隔区序列 ,其长度分别为 4 14bp和 4 17bp ,且富含A/T。该序列有 4 2 1个分析性状 ,具有 17个变异位点。在这些变异中主要以碱基的插入和缺失 (主要是插入 /缺失dA)为进化形式 ,其余的发生了少数置换。除这些变异位点以外的核苷酸序列完全相同 ,说明两者有高度同源性 ,与桑科、菊科和蔷薇科的TrnL trnF基因间隔区序列有一定同源性。用Clustalx软件对 2 1份材料的TrnL trnF基因间隔区序列进行聚类分析 。 展开更多
关键词 桑树 TrnL-trnF基因间隔序列 聚类分析 特点
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基于16SrRNA和16S-23SrRNA基因间隔区序列探讨陆生和水生螺原体菌株的系统发生关系 被引量:3
6
作者 毕可然 顾伟 +2 位作者 王文 阎斌伦 张晓君 《南京师大学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期96-101,共6页
采集江苏省养殖池塘内发病的中华绒螯蟹、克氏原螯虾和南美白对虾,利用已有螺原体16S rRNA和23S rRNA基因序列保守引物扩增并测序16S rRNA和16S-23S rRNA基因间隔区序列(ISRs).基于已获得的序列和GenBank中下载的螺原体序列分别进行同... 采集江苏省养殖池塘内发病的中华绒螯蟹、克氏原螯虾和南美白对虾,利用已有螺原体16S rRNA和23S rRNA基因序列保守引物扩增并测序16S rRNA和16S-23S rRNA基因间隔区序列(ISRs).基于已获得的序列和GenBank中下载的螺原体序列分别进行同源性比对,比对的结果分别利用PAUP软件和MrBayes软件提供的最大似然法和贝叶斯法进行系统发生关系分析.分析结果是:所有淡水甲壳动物螺原体菌株Spiroplasma erio-cheiris(中华绒螯蟹)、Spiroplasmasp.CRAYFISH(克氏原螯虾)、Spiroplasmasp.SHRIMP(南美白对虾)严格聚为一支,并且与陆生兔扁虱螺原体(非凡螺原体)Spiroplasma mirum关系最近,而与中国报道的陆生植物螺原体菌株Spiroplasmasp.CR-1(油菜)、Spiroplasmasp.CNR-1(油菜)、Spiroplasmasp.CNR-2(油菜)、Spiroplasmasp.CAN-1(杜鹃花)、Spiroplasmasp.CRW-1(红花酢浆草)及昆虫螺原体菌株Spiroplasmasp.CH-1(蜜蜂)、Spiroplas-masp.M10(蜜蜂)关系较远,此外,3个淡水甲壳动物螺原体菌株与现今唯一报道的海水南美白对虾螺原体Spi-roplasma penaei系统发生关系也很远.因此,在螺原体属中,我国发现的淡水甲壳动物螺原体近缘种是非凡螺原体而不是我国陆生昆虫或植物螺原体及美洲的南美白对虾螺原体. 展开更多
关键词 螺原体 16S RRNA基因 16S-23S rRNA基因间隔序列 系统发生关系
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新城疫病毒V4株NP和P基因及其间隔区序列的克隆与分析 被引量:1
7
作者 刘芳宁 闫丽辉 +2 位作者 曹殿军 刘培欣 杨增岐 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2006年第3期11-15,共5页
采用RT-PCR技术克隆了新城疫病毒(NDV)V4株长约4 200 bp的核苷酸序列,并进行了序列测定与分析。结果表明,该序列中包含有NDV V4株NP基因编码区、NP和P基因间隔区以及P基因的全部核苷酸序列。NDV V4株NP和P基因与其他8个NDV毒株相应部分... 采用RT-PCR技术克隆了新城疫病毒(NDV)V4株长约4 200 bp的核苷酸序列,并进行了序列测定与分析。结果表明,该序列中包含有NDV V4株NP基因编码区、NP和P基因间隔区以及P基因的全部核苷酸序列。NDV V4株NP和P基因与其他8个NDV毒株相应部分进行同源性比较,与Quuesland V4株的同源性最高。NDV V4株NP和P基因间隔区序列与其他13株NDV毒株相应部分的比较结果表明,F48E9等强毒株较La sota等弱毒、无毒毒株和试验用V4株在这个区域多了6个碱基,这6个碱基插入的位置在La sota等弱毒、无毒毒株全基因组序列的1647-1648 nt处;参比的14株NDV在这个区域的同源性为63.9%-100%,弱毒株之间的同源性较高,弱毒株与强毒株之间及强毒株之间的同源性差异较大。 展开更多
关键词 新城疫病毒 NP基因 P基因 NP和P基因间隔序列 克隆 序列分析
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肉苁蓉的生药学研究(3):基于质体rps2基因和rpl16-rpl14基因间隔序列分析列当科植物的生源关系
8
作者 鲍雷 《国外医学(中医中药分册)》 2004年第1期61-62,共2页
中国药典中记载药材肉苁蓉的原植物仅为列当科植物Cistanche deserticola,而中药材市场上存在一定数量的生药来自C.salsa和C.tubulosa,难以从形态学和化学特征加以鉴别。本次通过比较其rps2基因和rpl16~rpl14基因间隔区的核苷酸序列... 中国药典中记载药材肉苁蓉的原植物仅为列当科植物Cistanche deserticola,而中药材市场上存在一定数量的生药来自C.salsa和C.tubulosa,难以从形态学和化学特征加以鉴别。本次通过比较其rps2基因和rpl16~rpl14基因间隔区的核苷酸序列,分析这些植物的分类和生源关系。 展开更多
关键词 肉苁蓉 生药学 质体 rps2基因 rpl16 rpl14 基因间隔序列分析 生源关系
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中华绒螯蟹颤抖病螺原体分布及16 S-23 S rRNA基因间隔区序列的分析
9
作者 黄颖 叶鑫 +1 位作者 胡闯险 毕可然 《湖北农业科学》 北大核心 2011年第17期3632-3634,共3页
为了探究中华绒螯蟹颤抖病螺原体(Spiroplasma eriocheiris)在江苏省的分布,以2003年至2009年从江苏省养殖池塘收集的发病中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)为研究对象,利用螺原体体外培养、光电镜检测和16 S-23 S rRNA基因间隔区序列比... 为了探究中华绒螯蟹颤抖病螺原体(Spiroplasma eriocheiris)在江苏省的分布,以2003年至2009年从江苏省养殖池塘收集的发病中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)为研究对象,利用螺原体体外培养、光电镜检测和16 S-23 S rRNA基因间隔区序列比较等方法进行了系统分析。结果表明,S.eriocheiris是一种广泛分布于江苏省养殖中华绒螯蟹体内的病原微生物,它们不仅在7月底8月初的高温季节引起中华绒螯蟹发病和暴发性死亡,还能在3月和11月等低温季节引起部分中华绒螯蟹的发病和死亡,其严重危害中国江苏省中华绒螯蟹养殖业的健康发展。 展开更多
关键词 中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis) 中华绒螯蟹颤抖病螺原体(Spiroplasma eriocheiris) 16 S-23 S rRNA基因间隔序列
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斑翅草螽线粒体基因组序列测定与分析 被引量:6
10
作者 周志军 尚娜 +2 位作者 黄原 石福明 韦仕珍 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期548-554,共7页
已经测定的昆虫线粒体基因组中,直翅目草螽亚科的疑钩额螽Ruspolia dubia线粒体控制区长度最短,仅70bp。为此,本研究采用L-PCR结合二次PCR扩增策略对另一种草螽亚科昆虫斑翅草螽Conocephalus maculates线粒体基因组序列进行了测定。序... 已经测定的昆虫线粒体基因组中,直翅目草螽亚科的疑钩额螽Ruspolia dubia线粒体控制区长度最短,仅70bp。为此,本研究采用L-PCR结合二次PCR扩增策略对另一种草螽亚科昆虫斑翅草螽Conocephalus maculates线粒体基因组序列进行了测定。序列注释发现:斑翅草螽线粒体基因组序列全长15 898 bp,A+T含量为72.05%,基因排列与典型的节肢动物线粒体基因组一致。全部蛋白质编码基因以典型的ATN作为起始密码子,9个蛋白质编码基因具有完整的终止密码子,其余4个以不完整的T作为终止信号。除trnSAGN外,其余21个tRNAs均可折叠形成典型的三叶草结构,依照Steinberg等(1997)线粒体特殊tRNA结构类型-9,trnSAGN的DHU臂形成一个7 nt环,反密码子臂则长达9 bp,含1个突起碱基,而不是正常的5 bp。斑翅草螽与其他直翅目昆虫线粒体基因组的主要区别在于,在trnSUCN和nad1,nad1和trnLCUN基因间各存在一段罕见的、大段的基因间隔序列,长度分别为78 bp和360 bp。其中,位于nad1和trnLCUN之间的基因间隔序列N链可形成一个包含完整起始、终止密码子(ATT/TAA)、编码103个氨基酸的未知开放阅读框。同义密码子使用偏好与线粒体基因组编码的tRNA反密码子匹配情况无关,但与密码子第3位点的碱基组成紧密相关;相对密码子使用频率(relative synonymous codon usage,RSCU)大于1的密码子,其第3位点全部是A或T。在已经测定的直翅目昆虫线粒体基因组tRNAs中,均存在一定数量的碱基错配,且以G-U弱配对为主,表明G-U配对在线粒体基因组中可能是一种正常的碱基配对形式。本研究测定的斑翅草螽线粒体基因组序列,和先前已经测定的直翅目线粒体基因组序列一起,可以为重建直翅目的进化历史提供数据资源。 展开更多
关键词 斑翅草螽 线粒体基因 序列分析 基因间隔序列 相对密码子使用频率
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核rDNA ITS区序列在水产动物研究中的应用 被引量:6
11
作者 王庆 傅洪拓 《安徽农学通报》 2007年第11期99-101,共3页
在水产动物的研究中,作为对线粒体DNA信息的重要补充,人们越来越多地采用核DNA的核糖体内转录间隔区(ITS)作为分子标记。本文介绍了ITS的结构特征,概述了ITS在水产动物研究中的应用,并分析了ITS应用于水产动物时存在的问题及其应用前景。
关键词 基因间隔序列(ITS) 水产动物 遗传多样性 系统分类
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基于ITS2条形码序列的京大戟及其易混品的DNA分子鉴定 被引量:7
12
作者 石林春 宋经元 +2 位作者 李莉 姚辉 陈士林 《环球中医药》 CAS 2011年第2期103-108,共6页
目的对京大戟及其易混品进行DNA分子鉴定,以保证京大戟的用药安全。方法对京大戟及其18种易混品共29份样品的内转录第二间隔区(ITS2)条形码序列进行分析。对京大戟ITS2序列种内序列变异,京大戟与其易混品间的种间序列差异进行分析比较,... 目的对京大戟及其易混品进行DNA分子鉴定,以保证京大戟的用药安全。方法对京大戟及其18种易混品共29份样品的内转录第二间隔区(ITS2)条形码序列进行分析。对京大戟ITS2序列种内序列变异,京大戟与其易混品间的种间序列差异进行分析比较,并构建京大戟及其易混品的NJ树。结果京大戟ITS2序列种内变异较小,平均K-2P距离为0.0092,最大K-2P距离为0.0138。京大戟与其易混品间的种间序列差异较大,种间K-2P距离的平均值为0.3395,最小种间K-2P距离为0.0427。京大戟在NJ树上聚为独立一支,表现出单系性。结论 ITS2条形码可以对京大戟及其易混品进行DNA分子鉴定,在中药材鉴定中具有重要的应用价值。 展开更多
关键词 京大戟 易混品 内转录第二间隔基因序列 鉴定
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席藻ITS序列拷贝类型及进化关系分析
13
作者 焦淑静 黄现恩 +1 位作者 谷青 史全良 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期294-298,共5页
由于协同进化未完成,蓝藻的16S-23S rDNA基因间隔序列(ITS)存在多种拷贝类型,目前蓝藻ITS序列的拷贝类型分布以及演化规律尚未研究清楚。该文采用本地采集的席藻属样品,测定其ITS序列,并结合基因库中已有的席藻ITS序列,对席藻属蓝藻ITS... 由于协同进化未完成,蓝藻的16S-23S rDNA基因间隔序列(ITS)存在多种拷贝类型,目前蓝藻ITS序列的拷贝类型分布以及演化规律尚未研究清楚。该文采用本地采集的席藻属样品,测定其ITS序列,并结合基因库中已有的席藻ITS序列,对席藻属蓝藻ITS序列拷贝类型及其之间的进化关系进行探讨。结果显示,席藻属ITS序列的PCR产物有两种情况,即单一条带(仅出现ITS-IA或ITS-I型)和两条条带(同时出现ITS-IA和ITS-N型),其中以单一条带的ITS-IA型最为普遍;在基于ITS序列的系统发生树中,ITS-IA型和ITS-I型均各自聚为一个组群,且ITS-IA型的组群节点出现较早,表明席藻属ITS-I型极有可能是由其原来的ITS-IA型缺失tRNAAla编码区进化而来,ITS-IA型应为席藻ITS序列的基本结构。 展开更多
关键词 席藻 16S-23S rDNA基因间隔序列 拷贝类型 系统发育 进化关系
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基因组编辑技术最新进展及其在消化系肿瘤研究中的应用 被引量:1
14
作者 吕玉红 李晓倩 +1 位作者 岳昌武 王苗 《世界华人消化杂志》 CAS 2016年第36期4772-4780,共9页
基因组编辑技术是位点特异性基因靶向操作的重要工具,研究者可通过该技术实现对感兴趣的目标基因或DNA片段进行"编辑",实现对靶DNA的定点敲除、敲入等基因组改造.人们已经利用该技术实现包括从低等微生物到人的基因组改造的目... 基因组编辑技术是位点特异性基因靶向操作的重要工具,研究者可通过该技术实现对感兴趣的目标基因或DNA片段进行"编辑",实现对靶DNA的定点敲除、敲入等基因组改造.人们已经利用该技术实现包括从低等微生物到人的基因组改造的目标.该技术的应用将在消化系肿瘤早期分期分型、精准治疗和预后判断等方面发挥重要的作用.本文综述了目前较为成熟的以核酸酶为工具的包括类转录激活因子效应物核酸酶、锌指核酸酶以及成簇的规律间隔的短回文重复序列及相关基因在内的多种基因组编辑技术的原理及其在消化系肿瘤研究中的应用最新进展. 展开更多
关键词 基因组编辑 类转录激活因子效应物核酸酶 锌指核酸酶 成簇的规律间隔的短回文重复序列及相关基因 消化系肿瘤
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26个桑树品种的ITS序列位点的克隆与分析
15
作者 王晖 高妍夏 +4 位作者 高玉军 李娜 谢岩 张东豪 杨帆 《北方蚕业》 2019年第2期1-4,共4页
选择26个代表性的桑树品种,提取DNA作为模板,进行PCR反应,以已经公布的ITS引物作为本研究的扩增引物,同时从NCBI中搜索所有关于桑树的ITS扩增序列,下载与本研究的扩增序列进行比对。结果表明:26个代表性桑树品种中,只有毛桑出现了两个... 选择26个代表性的桑树品种,提取DNA作为模板,进行PCR反应,以已经公布的ITS引物作为本研究的扩增引物,同时从NCBI中搜索所有关于桑树的ITS扩增序列,下载与本研究的扩增序列进行比对。结果表明:26个代表性桑树品种中,只有毛桑出现了两个个变异位点,其它25个品种或种质序列完全一致,从Genbank中共下载到15条桑树的ITS序列,其中有3条序列含有3个变异位点。本研究证明,单独的ITS只能进行少数几个桑树品种的鉴别,不能完全准确地进行桑树品种分类。 展开更多
关键词 桑树 基因间隔序列 克隆
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基于叶绿体psbA-trnH和核糖体5S rRNA基因间隔区序列的石斛种间和种内鉴别 被引量:12
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作者 彭小凤 何涛 +2 位作者 淳泽 胡亚东 万闰兰 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期887-896,共10页
采用直接测序法对12种石斛叶绿体psb A-trn H基因间隔区序列和核糖体5S r RNA基因间隔区序列进行测序,用克隆测序法对叠鞘石斛dq-2品种和dq-5品系(各20份样品)psb A-trn H基因间隔区序列进行测序,所得序列采用Squencher4.14拼接后,采用B... 采用直接测序法对12种石斛叶绿体psb A-trn H基因间隔区序列和核糖体5S r RNA基因间隔区序列进行测序,用克隆测序法对叠鞘石斛dq-2品种和dq-5品系(各20份样品)psb A-trn H基因间隔区序列进行测序,所得序列采用Squencher4.14拼接后,采用Bioedit 7.0软件对获得的psb A-trn H基因间隔区序列和5S r RNA基因间隔区序列进行序列比对和排序,用Dnasp5.0软件分析序列核苷酸多态性,用MEGA 5.2计算种内和种间kimura2-parameter(K2P)遗传距离,并构建系统发育树(NJ树).结果显示,石斛叶绿体psb A-trn H基因间隔区序列平均长度为742.3 bp,有72个变异位点,其中信息位点33个;核糖体5S r RNA基因间隔区序列平均长度为336.4 bp,存在213个变异位点,其中信息位点139个;以上两个基因片段的组合序列,能对叠鞘石斛、铁皮石斛、球花石斛、细叶石斛、细茎石斛、齿瓣石斛、鼓槌石斛、尖刀唇石斛和金钗石斛等9种石斛进行有效鉴别,可揭示铁皮石斛不同居群间的差异,而且可根据该组合序列中存在的一个单核苷酸多态性位点(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)对叠鞘石斛dq-2品种和dq-5品系进行区分.本研究表明,psb A-trn H基因间隔区序列和5S r RNA基因间隔区序列组合后显示出多序列组合策略在石斛种间和种内的分子鉴别中的优势,可为石斛属植物及药材鉴别提供分子依据. 展开更多
关键词 石斛 psbA-trn H基因间隔序列 5S rRNA基因间隔序列 序列组合 分子鉴别 单核苷酸多态性位点
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藏药加哇及其易混品的ITS2序列鉴定研究
17
作者 杨吉玉 高必兴 +3 位作者 齐景梁 王艺娱 李倩 连艳 《中国药学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期687-693,共7页
目的 利用DNA条形码核基因内部转录间隔区(ITS2)序列,建立加哇及其易混品的有效鉴定方法。方法 采用试剂盒提取72批加哇及其易混品的DNA,针对其ITS2片段进行聚合酶链式反应(PCR)扩增并双向测序,获取ITS2序列信息,同时从GenBank下载相关... 目的 利用DNA条形码核基因内部转录间隔区(ITS2)序列,建立加哇及其易混品的有效鉴定方法。方法 采用试剂盒提取72批加哇及其易混品的DNA,针对其ITS2片段进行聚合酶链式反应(PCR)扩增并双向测序,获取ITS2序列信息,同时从GenBank下载相关序列30条,应用MEGA6.0软件对102条ITS2序列进行序列比对分析,计算种内和种间Kimura双参数遗传距离(K2-P),构建邻接法(neighbor-joining, N-J)系统进化树,并预测ITS2二级结构。结果 K2-P遗传距离分析显示,除松潘棱子芹与瘤果棱子芹外,西藏棱子芹、迷果芹、西藏凹乳芹、葛缕子、裂叶独活、羽苞藁本及刺果峨参具有明显的条形码间距。N-J树聚类分析显示,各物种均能以>50%的自展支持率各自聚为1支,单系性良好。ITS2二级结构分析显示,加哇与其易混品在4个螺旋区的茎环数目、大小、位置有所差异。结论 ITS2序列可用来鉴别加哇及其易混品,有利于加哇的质量控制及资源利用。 展开更多
关键词 加哇 基因内部转录间隔序列 易混品 藏药
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婴幼儿辅食中细菌总数及蜡样芽孢杆菌污染情况分析 被引量:13
18
作者 杨文龙 陈雅蘅 +2 位作者 王继金 刘勇 周帼萍 《中国酿造》 CAS 2013年第10期26-30,共5页
通过平板菌落计算法和最大近似值(MPN)法检测市售婴儿辅食中细菌总数和蜡样芽孢杆菌污染情况,并对MPN法得到的疑似蜡样芽胞杆菌进行基因间隔序列(ITS)插入性序列分析和形态鉴定。结果表明,101份样品中只有30份样品菌落总数达标,合格率仅... 通过平板菌落计算法和最大近似值(MPN)法检测市售婴儿辅食中细菌总数和蜡样芽孢杆菌污染情况,并对MPN法得到的疑似蜡样芽胞杆菌进行基因间隔序列(ITS)插入性序列分析和形态鉴定。结果表明,101份样品中只有30份样品菌落总数达标,合格率仅为29.7%,部分超标产品的细菌总数达105CFU/g^106CFU/g。市售3种婴幼儿辅食-米粉、奶伴侣和面条中细菌总数及食源性致病菌蜡样芽孢杆菌检出情况不容乐观。 展开更多
关键词 婴幼儿辅食 蜡样芽孢杆菌 菌落总数 基因间隔序列分析 污染
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一株具霉菌抑制活性细菌的鉴定 被引量:6
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作者 曹冬梅 何成华 +2 位作者 景晟 张洪英 张海彬 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期467-469,共3页
为探讨菌株HB02对霉菌生长的影响,将HB02与霉菌孢子悬液同时加入到PYG肉汤,在28℃培养15d。在培养的第3、69、、12和15天测定培养液中的黄曲霉和禾谷镰刀菌菌丝重量。结果显示:与对照组相比,HB02可显著抑制黄曲霉和禾谷镰刀菌生长(P<... 为探讨菌株HB02对霉菌生长的影响,将HB02与霉菌孢子悬液同时加入到PYG肉汤,在28℃培养15d。在培养的第3、69、、12和15天测定培养液中的黄曲霉和禾谷镰刀菌菌丝重量。结果显示:与对照组相比,HB02可显著抑制黄曲霉和禾谷镰刀菌生长(P<0.01)。通过常规细菌学实验鉴定该菌株为一株乳酸杆菌。通过分子生物学方法测定了菌株的16S rRNA基因序列,进一步证实了HB02为一株乳酸杆菌。根据Berthier等的方法,通过HB0216S/23S rRNA基因间隔(Intergenic Spacer Regions,ISR)序列的扩增和测定,再通过基因文库中所有细菌基因序列比较分析,最终鉴定菌株HB02为一株弯曲乳酸杆菌(Lactobacillus curvatus)。 展开更多
关键词 霉菌 16S/23S RRNA 基因间隔序列 弯曲乳酸杆菌
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黄瓜细菌性角斑病的分子检测 被引量:10
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作者 王平 樊金娟 +2 位作者 刘长远 赵奎华 梁春浩 《中国农学通报》 CSCD 2012年第25期150-153,共4页
探索黄瓜细菌性角斑病菌(Pseudomonas syringaepv.)的分子检测技术,为快速、准确鉴定和检测提供技术和方法。根据丁香假单胞杆菌黄瓜角斑病致病型病菌与其他黄瓜病原菌核糖体基因转录间隔区(16S-23S Ribosomal DNA Intergenic Spacer,I... 探索黄瓜细菌性角斑病菌(Pseudomonas syringaepv.)的分子检测技术,为快速、准确鉴定和检测提供技术和方法。根据丁香假单胞杆菌黄瓜角斑病致病型病菌与其他黄瓜病原菌核糖体基因转录间隔区(16S-23S Ribosomal DNA Intergenic Spacer,ITS)序列间的差异,设计特异性引物PLf1/PLr2(PLf1:5'-ATA AGG GTG AGG TCG GCA GTT-3',PLr2:5'-CTC GTC TTT CAT CGC CTT TG-3')。引物PLf1/PLr2可从丁香假单胞杆菌黄瓜角斑病致病型病菌中增出1条473bp的条带,将黄瓜细菌性角斑病菌和其他菌种分开。建立的黄瓜细菌性角斑病分子检测的方法可用于该病害的快速分子检测,可直接对黄瓜叶片汁液进行病原菌检测,并且可在接种后病症发生前72h内检测到病原菌。 展开更多
关键词 黄瓜细菌性角斑病菌 核糖体基因间隔序列 分子检测
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