应用多因子降维法MDR分析基因-基因的交互作用

目的介绍在遗传流行病学病例对照研究中,应用多因子降维法(MDR)分析基因-基因交互作用。方法简述MDR的基本步骤、原理及其优缺点,并结合研究实例说明在病例对照研究中进行MDR分析。结果相对于传统的统计学方法 ,MDR是一种无参数、无遗传模式的分析交互作用的方法 ,理论和实例研究均表明其分析交互作用具有较好的效能,目前已成功应用于散发性乳腺癌、心房颤动和原发性高血压等疾病的研究。结论 MDR能够应用于病例对照研究进行基因-基因交互作用的分析,且具有较传统的统计学分析方法无法比拟的优势。

三酰甘油与APOE基因多态性在短暂性脑缺血发作患者发生急性脑梗死中的交互作用研究

目的探讨三酰甘油(TG)与载脂蛋白E(APOE)基因多态性在短暂性脑缺血发作(TIA)患者发生急性脑梗死中的交互作用。方法对2019年1月—2021年6月349例TIA进行6个月随访,根据是否发生急性脑梗死分为发生组、未发生组,比较2组一般资料、总胆固醇(TC)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、TG、APOE基因多态性,并比较不同TG水平患者APOE基因多态性,使用多因素Logistic回归分析TIA发生急性脑梗死的影响因素,使用交互作用系数γ分析TG与APOE基因多态性的交互作用。结果随访6个月,共45例(12.89%)TIA患者发生急性脑梗死。发生组TG高于未发生组(P<0.01)。发生组及TG升高患者E3/3基因型、ε3等位基因频率分别低于未发生组及TG正常患者,E3/4基因型、ε4等位基因频率分别高于未发生组及TG正常患者(P<0.05)。校正TIA持续时间、TIA发作频率后,TG、APOE基因型E3/3、E3/4及等位基因ε4仍是TIA发生急性脑梗死的独立影响因素(P<0.01)。TG升高与APOE基因型E3/4在TIA发生急性脑梗死中呈正向交互作用,且交互作用符合次相乘模型。结论TG升高与APOE基因型E3/4在TIA发生急性脑梗死中呈正向交互作用,且交互作用符合次相乘模型,TG升高可增强APOE基因型E3/4对TIA发生急性脑梗死的易感性。

HPA基因多态性和交互作用与新生儿血小板减少症的关联研究

目的探讨血小板特异性抗原(HPA)基因多态性和交互作用与新生儿血小板减少症(NT)的关联,为NT的发病机制研究提供实验依据。方法收集2022年01月至2023年10月在新生儿科住院治疗的NT患者105例为NT组,同期未诊断为NT的患儿124例为对照组,采集外周血,用扩增阻滞突变系统PCR(ARMS-PCR)法检测患儿HPA基因型,熔解曲线法分析扩增产物特异性。多因子降维分析(GMDR)软件GMDR 0.7评估HPA系统基因-基因交互作用在NT中的风险。结果NT组和对照组的妊娠合并症发生率、新生儿窒息发生率、血小板抗体阳性率差异有统计学意义(P<0.05);性别、出生体质量、胎龄、不良孕史、肺部感染、新生儿败血症、出血、凝血异常、黄疸等相关指标在两组分布无统计学意义(P>0.05);HPA1~6,15共七对等位基因位点频率分布在NT组和对照组中差异无统计学意义(P>0.05);HPA多态性1阶~7阶交互作用模型中第2阶(HPA-3,15)模型的均衡检验准确度(0.7821)最高,交叉验证一致性(10/10)最大,且有统计学意义(P=0.001)。3、4阶模型次之,均衡检验准确度为0.7695,交叉验证一致性为9/10,有统计学意义(P<0.05)。结论2阶、3阶、4阶交互作用有统计学意义。其中2阶模型的均衡检验准确度(0.7821)最高,交叉验证一致性(10/10)最大,HPA-3和HPA-15在NT的发生中存在交互作用。

胰岛素信号通路相关基因多态性和基因-基因交互作用与肥胖儿童MAFLD的关联

目的:胰岛素信号通路在代谢相关脂肪性肝病(metabolic associated fatty liver disease,MAFLD)的发生、发展中具有重要作用,但该通路相关基因多态性与MAFLD的关联尚不明确。本研究旨在探讨胰岛素信号通路相关基因多态性和基因-基因交互作用与肥胖儿童MAFLD易感性的关联,为后续遗传机制的研究提供科学依据。方法:招募2019年9月至2021年10月在湖南省儿童医院就诊的502例肥胖儿童MAFLD患者为病例组,以同期就诊的421例肥胖儿童非MAFLD患者为对照组。采用调查问卷收集研究对象社会人口学信息、早产史、饮食习惯、运动情况,体格检查收集人体测量学数据;同时,采集静脉血2 mL提取DNA,检测胰岛素信号通路相关基因多态性(5个代表性候选基因、12个位点);采用多因素Logistic回归分析探讨胰岛素信号通路基因多态性与肥胖儿童MAFLD的关联。结果:调整混杂因素后,INS rs3842748在等位基因、杂合子和显性模型下与肥胖儿童MAFLD风险显著相关[OR及95%CI分别为1.749(1.053~2.905)、1.909(1.115~3.267)、1.862(1.098~3.157),均P<0.05];INS rs3842752在杂合子和显性模型下与肥胖儿童MAFLD风险显著相关[OR及95%CI分别为1.736(1.028~2.932)、1.700(1.015~2.846),均P<0.05];NR1H3 rs3758674在等位基因模型下与肥胖儿童MAFLD风险显著相关[OR及95%CI为0.716(0.514~0.997),P<0.05];SREBP-1c rs2297508在等位基因和显性模型下与肥胖儿童MAFLD风险显著相关[OR及95%CI分别为0.772(0.602~0.991)、0.743(0.557~0.991),均P<0.05];SREBP-1c rs8066560在等位基因、杂合子、显性模型下与肥胖儿童MAFLD风险显著相关[OR及95%CI分别为0.759(0.589~0.980)、0.733(0.541~0.992)、0.727(0.543~0.974),均P<0.05]。NR1H3 rs3758674突变体C与SREBP-1c rs2297508突变体G在肥胖儿童MAFLD发生中存在交互作用[OR及95%CI为0.407(0.173~0.954),P<0.05]。结论:胰岛素信号通路中INS、NR1H3、SREBP-1c基因多态性与肥胖儿童MAFLD易感性存在关联,但上述基因的功能及其作用机制有待进一步研究。

基因-环境交互作用对动脉僵硬度影响的家系研究

目的:利用北京房山家系队列研究的基线调查数据,探索基因-环境交互作用对动脉僵硬度的影响。方法:选取来自北京市房山区9个乡镇的先证者及其亲属作为研究对象,以吸烟、饮酒、体重指数(body mass index,BMI)、膳食评分和体力活动作为行为生活方式因素,以肱-踝脉搏波传导速度(brachial-ankle pulse wave velocity,baPWV)和踝肱指数(ankle-brachial index,ABI)作为动脉僵硬度评价指标,采用方差组分模型估计动脉僵硬度的遗传度,利用极大似然法进行基因型-环境交互作用分析。基于基因型-环境交互作用分析识别的阳性环境因素,进一步选取糖脂代谢通路上的45个基因位点作为候选基因位点,利用广义估计方程模型,探索基因位点与生活方式间的交互作用对动脉僵硬度的影响。结果:共纳入了来自3225个家系的6302名研究对象,研究对象的平均年龄为56.9岁,男性占比45.1%。估计得到baPWV和ABI的遗传度分别为0.360(95%CI:0.302~0.418)和0.243(95%CI:0.175~0.311)。基因型-环境交互作用结果显示,总体加性遗传效应与年龄、性别、膳食评分和BMI间存在交互作用,分别影响baPWV和ABI水平。以baPWV作为结局评价指标时,ADAMTS9-AS2基因上和CDH13基因上的2个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点均与膳食评分存在交互作用。高遗传风险的个体遵循健康的生活方式能够降低其动脉僵硬程度。以ABI作为研究终点时,CDKAL1、ATP8B2和SLC30A8基因上的3个SNP位点与BMI存在交互作用,影响动脉僵硬度水平。对于高遗传风险的个体,保持健康的BMI水平能够有效降低动脉僵硬度水平。结论:本研究利用家系关系观察了基因型-健康膳食模式和基因型-BMI交互作用影响动脉僵硬度水平,发现5个SNP位点与二者存在交互作用;维持健康的生活方式和健康的BMI水平能够降低遗传因素对动脉僵硬度的影响,为识别动脉僵硬度的环境危险因素、制定人群精准预防控制策略提供了一定的研究基础和思路。

HSP70-2基因多态性与体质指数、饮酒的交互作用对维吾尔族缺血性心力衰竭患者预后的影响

目的:探讨HSP70-2基因多态性与体质指数(BMI)、饮酒对维吾尔族缺血性心力衰竭(IHF)患者预后的影响及其交互作用。方法:选择2014年6月—2017年6月在乌鲁木齐市友谊医院心内科住院的维吾尔族IHF患者205例,匹配年龄、性别、民族,收集同期在该院门诊体检指标无明显异常的健康体检者200名作为健康对照组。采用聚合酶链反应检测HSP70-2基因+1267多态性。采用多因素非条件logistic回归分析IHF患者预后相关的危险因素,并通过叉生分析法计算交互作用的相对超额风险(RERI),分析HSP70-2基因多态性与BMI、饮酒的交互作用对患者预后的影响。结果:随访3年,205例IHF患者中,预后不良56例(27.32%),预后良好149例(72.68%)。与健康对照组和预后良好组比较,预后不良组饮酒比例明显增加,BMI、左心室射血分数明显降低,丙氨酸转氨酶(ALT)和天冬氨酸转氨酶(AST)明显升高(均P<0.05)。与预后良好组比较,预后不良组HSP70-2基因型AA/AG/GG、A/G等位基因分布差异有统计学意义(均P<0.05),且不同纽约心脏病协会(NYHA)心功能分级IHF患者HSP70-2基因型分布不同(χ^(2)=45.42,P<0.01);A/G等位基因分布也不同,随着心功能级别升高,HSP70-2基因A等位基因频率升高、G等位基因频率降低(χ^(2)=19.14,P<0.01)。多因素logistic回归分析结果显示,饮酒、ALT、AST是IHF患者预后不良的危险因素,而BMI、HSP70-2GG基因型(相比AA基因型)为IHF患者预后不良的保护因素(均P<0.05)。叉生分析结果显示,BMI与HSP70-2基因多态性有显著加性交互作用(RERI=1.15,95%CI:0.54~1.76,P<0.01),对于携带HSP70-2 AA/AG基因型的患者,BMI小于26.5 kg/m^(2)会增加预后不良的风险(OR=7.47,95%CI:2.51~22.22,P<0.01);饮酒与HSP70-2基因多态性无显著加性交互作用(RERI=0.56,95%CI:-6.07~7.20,P>0.05)。结论:维吾尔族IHF患者HSP70-2基因多态性与BMI具有交互作用,携带AA/AG基因型、BMI小于26.5 kg/m^(2)会增加IHF患者预后不良的风险。

糖尿病性骨质疏松患者雌激素受体α基因XbaI(rs9340799)SNP和HbA1c水平交互作用与疾病易感性分析

目的探讨糖尿病性骨质疏松症(diabetic osteoporosis,DO)患者雌激素受体α(estrogen receptorα,ERα)基因XbaI(rs9340799)单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)和糖化血红蛋白(glycosylated hemoglobin A1c,HbA1c)水平交互作用与疾病易感性的关系。方法选择2019年2月~2021年11月于如皋市人民医院就诊的DO患者117例,T2DM患者112例和108例健康体检者(对照组)。采用高效液相层析法(high pressure liquid chromatography,HPLC)测定三组人群的HbA1c水平,并通过双脱氧末端终止法(Sanger法)检测三组人群ERa基因XbaI(rs9340799)SNP。采用多因素Logistic回归模型分析DO发生的危险因素,估算ERa基因XbaI39.32SNP和HbA1c水平与DO发病风险的调整比值比(odds ratio,OR)及95%置信区间(95%confidence interval,95%CI),分析XbaI SNP与HbA1c水平的交互作用。结果对照组、T2DM组和DO组患者HbA1c水平分别为5.07%±0.85%,7.94%±1.32%和9.23%±1.40%,差异有统计学意义(F=26.671,P<0.05)。DO组、T2DM组和对照组AA基因频率(11.11%,33.93%和46.30%)、AG基因频率(49.57%,39.28%和33.33%)、GG基因频率(39.32%,26.79%和20.37%),差异均有统计学意义(χ^(2)=37.174,10.600,14.307,均P<0.05)。DO组、T2DM组和对照组等位基因A基因频率(36.75%,61.61%和74.07%)、等位基因G基因频率(63.25%,38.39%和25.93%)差异均有统计学意义(均χ^(2)=36.305,P<0.001)。Logistic回归分析结果显示,HbA1c水平和ERa基因XbaI(AG/GG)与DO的发生显著相关(P<0.05)。单纯6.5%≤HbA1c<9.0%的OR_(e1)为6.231,单独携带XbaI(AG)型的OR_(g1)为5.384,二者同时存在时交互作用OR_(e1g1)为33.978,交互系数γ=β_(e1g1)/β_(e1)>1,OR_(e1g1)>OR_(e1)×OR_(g1)为超相乘模型。6.5%≤HbA1c<9.0%和XbaI(AG/GG)、HbA1c≥9.0%和XbaI(AG/GG)均存在正向交互作用(均γ>1)。结论携带XbaI(AG)和XbaI(GG)基因型的个体属DO高危人群,这些基因型和HbA1c水平的交互作用促进了DO的发生发展,临床可通过控制HbA1c水平以及基因调控达到预防DO的目的。

PAI-1基因多态性与血小板聚集率交互作用对下肢深静脉血栓形成的影响

目的 探讨纤溶酶原激活物抑制剂1型(plasminogen activator inhibitor type 1,PAI-1)基因多态性与血小板聚集率交互作用对下肢深静脉血栓(deep vein thrombosis,DVT)形成的影响。方法 选择2020年2月~2023年2月于张家口市第一医院就诊的下肢DVT患者80例为观察组,另选80例健康者为对照组。比较两组血小板聚集率表达及多重PCR扩增目标区域后再进行高通量测序PAI-1基因基因型和等位基因频率。采用多因素Logistic回归模型分析DVT发生的危险因素,估算PAI-1基因4G/5G单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)和血小板聚集率与DVT发病风险的调整比值比(odds ratio,OR)及95%置信区间(95%confidence interval,95%CI),分析PAI-1 SNP与血小板聚集率的交互作用。结果 与对照组比较,观察组患者的血小板计数[(189.56±51.27)×10^(12)/L vs(209.16±71.91)×10^(12)/L]水平降低;D-二聚体(0.96±1.27 mg/L vs 0.45±1.26 mg/L)、PAI-1(33.26±10.12 mg/ml vs 15.14±8.56mg/ml)、卧床时间(4.12±1.20 h vs 2.32±0.78 h)和血小板聚集率(55.25%±15.56%vs 35.75%±16.23%)水平均升高,差异有统计学意义(t=1.985,2.550,12.227,11.249,7.757,均P <0.05)。观察组PAI-1 4G/5G基因型4G4G,4G5G和5G5G基因频率分别为41.25%,47.50%和11.25%,对照组分别为12.50%,67.50%和20.00%,差异具有统计学意义(χ^(2)=17.045,P <0.001)。观察组PAI-1 4G/5G等位基因4G,5G频率分别为65.00%,35.00%,对照组分别为46.25%,53.75%,差异有统计学意义(χ^(2)=11.394,P <0.001)。与5G5G基因型患者相比,基因型4G5G,4G4G患者的血小板聚集率依次升高(35.25%±12.55%vs 45.78%±13.45%,56.48%±15.26%),差异有统计学意义(t=4.297,P <0.001)。PAI-1 4G/5G位点基因型4G4G(OR=5.248,95%CI:1.787~17.124)、携带等位基因4G(OR=4.268,95%CI:1.897~15.252)和血小板聚集(OR=5.514,95%CI:1.815~21.148)是下肢DVT的独立危险因素(P<0.05)。PAI-1 4G/5G位点基因型4G4G与血小板聚集率在患者下肢DVT易感性中呈正向交互作用(3.135<1.864×2.024,为次相乘模型)。结论 PAI-1 4G/5G位点基因型4G4G和血小板聚集率在患者下肢DVT易感性中呈正向交互作用且易感性显著增加,应引起临床上重视并早期制定预防措施。

朱砂叶螨β-N-乙酰己糖胺酶基因TecHEX3的克隆及在蜕皮发育中的作用

【目的】本研究旨在探明朱砂叶螨Tetranychus cinnabarinus几丁质降解通路中的关键酶β-N-乙酰己糖胺酶基因(TecHEX3)在螨蜕皮发育中的功能,为开发新型安全的防治害螨生物农药奠定基础。【方法】利用PCR克隆朱砂叶螨TecHEX3,并进行生物信息学分析。利用RT-qPCR检测TecHEX3在朱砂叶螨不同发育阶段(卵、幼螨、若螨和成螨)以及饲喂蜕皮激素20-羟基蜕皮酮(20-hydroxyecdysone,20E)的若螨中的表达量。通过饲喂法进行朱砂叶螨雌成螨和若螨TecHEX3的RNAi,分析沉默效率,统计并观察朱砂叶螨若螨的死亡率和致死表型。【结果】成功克隆了朱砂叶螨TecHEX3(GenBank登录号:OR413561),其编码蛋白具有典型的20糖苷水解酶家族结构特征;系统发育树表明TecHEX3与二斑叶螨T.urticae TuHEX3的亲缘性最高且均属于β-N-乙酰己糖胺酶Ⅳ型。TecHEX3在朱砂叶螨不同发育阶段都有表达,在成螨期表达量最高;饲喂500 ng/μL的20E对TecHEX3的表达有最好的诱导效果。RNAi结果表明饲喂ds TecHEX3时朱砂叶螨若螨TecHEX3表达量较对照组(饲喂ds EGFP)显著下调81%;沉默TecHEX3导致朱砂叶螨蜕皮困难或蜕皮后形态异常,致死率达40.58%。【结论】TecHEX3参与朱砂叶螨几丁质降解过程,并在朱砂叶螨的蜕皮发育过程中发挥重要作用。

(R)-(+)-长叶薄荷酮对耐药结核分枝杆菌抑制作用及其生物被膜调控基因的影响

目的 研究(R)-(+)-长叶薄荷酮对耐药结核分枝杆菌体外抑制作用及其生物被膜调控基因Rv0024、Rv2872、Ra1362的影响。方法 通过聚合酶链反应(Polymerase chain reaction, PCR)筛选含生物被膜调控基因Rv0024、Rv2872、Ra1362的耐药结核分枝杆菌,采用刃天青显色法和液体培养计数法测定(R)-(+)-长叶薄荷酮对生物被膜介导的耐药结核分枝杆菌的最小抑菌浓度(Minimal inhibit concentration, MIC)和最低杀菌浓度(Minimum bactericidal concentration, MBC),应用反转录-聚合酶链式反应(Reverse transcription-polymerase chain reaction, RT-PCR)检测(R)-(+)-长叶薄荷酮对耐药结核分枝杆菌生物被膜调控基因Rv0024、Rv2872、Ra1362的影响。结果 在3×10^(7) CFU/mL和3×10^(6) CFU/mL菌液浓度下,刃天青显色法测得(R)-(+)-长叶薄荷酮对耐药结核分枝杆菌的MIC和MBC分别为14.79、29.59 mg/mL;液体培养计数法测得(R)-(+)-长叶薄荷酮对耐药结核分枝杆菌的MIC_(90)和MBC分别为19.89、24.62 mg/mL。RT-PCR法结果表明长叶薄荷酮可抑制Rv0024、Ra1362的表达,促进Rv2872的表达(P<0.05)。结论 (R)-(+)-长叶薄荷酮通过调控耐药结核分枝杆菌生物被膜主要基因Rv0024、Rv2872、Ra1362的表达,达到抑制耐药结核分枝杆菌的生长的作用。

HBV-HCC中HBx与免疫微环境的交互作用

乙型肝炎病毒X蛋白(HBx)是乙型肝炎病毒X基因(HBX)将自身DNA整合至人基因组,进而合成的多功能蛋白。HBX基因的表达受肝细胞免疫、微环境和机体免疫的监视和调控,其表达的蛋白也可通过激活肝星状细胞、参与机体免疫调节、调控炎性细胞因子和诱导细胞外基质重塑等参与肝细胞癌(HCC)抑制性免疫微环境的形成。HBx与免疫微环境的相互作用是影响乙肝病毒相关肝细胞癌(HBV-HCC)发生、发展的主要因素之一。深入研究HBx与免疫微环境相互作用机制,探索促进HBV-HCC抑制性免疫微环境形成的机制,有助于开发新型抗HCC药物,改善患者预后。本文就HBx与HBV-HCC免疫微环境的研究进展进行综述。

长链非编码RNA母系表达基因8通过微小RNA-495-3p调控急性髓性白血病细胞高迁移率族蛋白A1表达及对细胞增殖、凋亡的作用机制研究

目的:探讨长链非编码RNA(lncRNA)母系表达基因8(MEG8)通过微小RNA-495-3p(miR-495-3p)调控急性髓性白血病细胞(AML)高迁移率族蛋白A1(HMGA1)表达及对细胞增殖、凋亡的机制。方法:选取50例经确诊为AML患者的骨髓活检标本与52例健康骨髓捐赠者骨髓标本,常规培养人AML细胞株HL-60,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法骨髓单个核细胞中lncRNA MEG8 mRNA表达。将HL-60细胞分为六组,即HL-60组(HL-60细胞)、si-NC组(转染si-NC)、si-lncRNA MEG8组(转染si-lncRNA MEG8)、mimic-NC组(转染mimic-NC)、miR-495-3p mimic组(转染miR-495-3p mimic)、si-lncRNA MEG8+miR-495-3p mimic组(转染si-lncRNA MEG8+miR-495-3p mimic),CCK-8法检测培养24、48、72 h各组细胞增殖能力,流式细胞术检测细胞凋亡,Western blot法检测细胞中HMGA1表达,双荧光素酶报告基因实验验证lncRNA MEG8、miR-495-3p、HMGA1之间的关系。结果:与对照组相比,观察组lncRNA MEG8 mRNA表达升高(P<0.05)。与miR NC+MEG8 WT组比较,miR-495-3p mimic+MEG8 WT组荧光素酶活性下降(P<0.05),与miR NC+HMGA1 WT组比较,miR-495-3p mimic+HMGA1 WT组荧光素酶活性下降(P<0.05)。与HL-60组、si-NC组、mimic-NC组比较,si-lncRNA MEG8组、miR-495-3p mimic组和si-lncRNA MEG8+miR-495-3p mimic组24、48 h细胞增殖能力均显著下降,si-lncRNA MEG8+miR-495-3p mimic组细胞增殖率最低(P<0.05)。与HL-60组、si-NC组和mimic-NC组比较,si-lncRNA MEG8+miR-495-3p mimic组HL-60细胞凋亡率高于si-lncRNA MEG8组和miR-495-3p mimic组(均P<0.05)。与HL-60组、si-NC组和mimic-NC组比较,si-lncRNA MEG8+miR-495-3p mimic组HMGA1蛋白表达低于si-lncRNA MEG8组和miR-495-3p mimic组(均P<0.05)。结论:沉默lncRNA MEG8可能通过上调miR-495-3p来下调HMGB1,来抑制HL-60细胞的恶性生物学行为,可为探索AML潜在治疗靶点提供了新思路。

miR-126过表达和ADAM9基因沉默对胃癌SGC-7901细胞生物学行为的影响及其机制

目的:探讨微小RNA-126(miR-126)过表达和解整联蛋白金属蛋白酶9(ADAM9)基因沉默对胃癌细胞生物学行为的影响,并阐明其作用机制。方法:体外培养人胃低分化腺癌SGC-7901细胞和人正常胃黏膜上皮NGEC细胞,提取细胞中总RNA,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测2种细胞中miR-126和ADAM9 mRNA表达水平。将处于对数生长期的SGC-7901细胞分为miR-126过表达组(miR-126-OE组)和ADAM9基因沉默组(ADAM9 siRNA组),以LipofectamineTM 2000为载体分别转染miR-126模拟物(miR-126 mimics)和敲低ADAM9的RNA寡核苷酸,并设置相应的阴性对照组。采用噻唑蓝(MTT)法检测各组细胞增殖活性,细胞划痕实验检测各组细胞迁移率,Transwell小室实验检测各组细胞的迁移细胞数和侵袭细胞数,Western blotting法检测各组细胞中E-钙黏蛋白、N-钙黏蛋白和波形蛋白表达水平。TargerScan网站预测miR-126的靶基因并通过双荧光素酶报告基因实验验证miR-126和ADAM9的靶向调控关系,采用RT-qPCR法和Western blotting法检测转染miR-126 mimics后SGC-7901细胞中ADAM9 mRNA和蛋白表达水平。结果:RT-qPCR法检测,与人正常胃黏膜上皮NGEC细胞比较,胃癌SGC-7901细胞中miR-126表达水平明显降低(P<0.05),而ADAM9mRNA表达水平明显升高(P<0.05)。MTT法检测,SGC-7901细胞过表达miR-126或沉默ADAM9基因48和72 h后,与相应阴性对照组比较,miR-126 OE组和ADAM9 siRNA组细胞增殖活性均明显降低(P<0.05或P<0.01)。细胞划痕实验检测,与相应阴性对照组比较,48 h后miR-126 OE组和ADAM9 siRNA组细胞迁移率明显降低(P<0.05)。Transwell小室实验检测,与相应阴性对照组比较,miR-126 OE组和ADAM9 siRNA组迁移细胞数和侵袭细胞数明显减少(P<0.05或P<0.01)。Western blotting法检测,与相应阴性对照组比较,miR-126-OE组和ADAM9 siRNA组细胞中E-钙黏蛋白表达水平明显升高(P<0.05或P<0.01),而N-钙黏蛋白和波形蛋白表达水平明显降低(P<0.05或P<0.01)。靶基因预测,ADAM9的3´-UTR含有与miR-126-3p互补的核苷酸序列。双荧光素酶报告基因实验,ADAM9是miR-126靶向负调控的下游基因。SGC-7901细胞转染miR-126 mimics 48 h后,与mimics NC组比较,miR-126 OE组细胞中ADAM9 mRNA和蛋白表达水平均明显降低(P<0.05或P<0.01)。结论:胃癌SGC-7901细胞中miR-126低表达而ADAM9基因高表达。miR-126过表达可抑制胃癌SGC-7901细胞增殖活性、迁移和侵袭能力,其机制可能与miR-126靶向负调控ADAM9并抑制胃癌细胞的上皮-间质转化(EMT)进程有关。

TGF-β1和ADAM33基因交互作用与儿童哮喘易感性及严重程度相关性

目的:探讨转化生长因子β1(TGF-β1)和解整合素金属蛋白酶33(ADAM33)基因单核苷酸多态性与儿童哮喘易感性及严重程度相关性。方法:采用以医院为基础的病例对照研究(110例哮喘患儿和144例对照)方法,三个多态性位点(V4、T2、T869C)用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)技术进行基因分型,应用MDR软件分析基因各位点之间交互作用。结果:TGF-β1基因的T869C位点基因型及等位基因频率分布在哮喘组和对照组比较差异均无统计学意义(P>0.05)。哮喘组ADAM33基因V4位点C和T2位点A等位基因频率显著高于对照组(P<0.01),而V4位点的CC基因型及T2位点的GA基因型分布在轻中度哮喘组与对照组比较差异无统计学意义(P>0.05),T2位点的AA基因型分布在重度哮喘与对照组比较无显著性差异(P>0.05)。MDR交互作用分析显示,ADAM33基因V4和T2位点构成的2个位点最佳模型;ADAM33基因位点V4、T2和TGF-β1位点T869C构成的3个位点最佳模型两组比较均有统计学差异(P<0.05)。结论:ADAM33基因V4和T2位点与儿童哮喘发生及其严重程度相关。

ESR1基因与5-HTT基因多态性的交互作用对女性围绝经期抑郁障碍的影响

目的通过多因子降维法(MDR)模型探讨雌激素α受体(ESR1)基因与5-羟色胺转运体(5-HTT)基因多态位点的交互作用对围绝经期首发抑郁障碍的影响。方法采用病例-对照研究,通过对在妇科门诊就诊的围绝经期汉族女性人群进行抑郁障碍筛查及诊断,最终共纳入围绝经期抑郁障碍患者63例(病例组),围绝经期健康女性131例(对照组)。采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)法对5-HTT基因启动子区域多态(5-HTTLPR)位点、第2内含子上可变数目串联重复序列多态位点(Stin2)及ESR1基因第1内含子上限制性内切酶PvuⅡ(rs11155815)和XbaⅠ(rs11155816)多态位点进行基因分型。应用MDR软件对两基因交互作用与围绝经期首发抑郁障碍的关联进行分析。结果病例组与对照组5-HTTLPR位点各基因型分布频率差异具有统计学意义(P=0.032),患病与L/L基因型呈正相关(OR=3.52,95%CI为1.36～9.09);而两组间Stin2位点、PvuⅡ位点及XbaⅠ位点各基因型分布频率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。基因交互作用分析结果显示,5-HTT基因及ESR1基因上的4个多态位点的交互作用与抑郁障碍存在关联(P<0.05),其中最优模型为5-HTTLPR与XbaⅠ多态位点交互作用与疾病的关联模型(χ2=9.24,P=0.010)。结论 5-HTT基因与ESR1基因多态交互作用可能增加女性围绝经期抑郁障碍患病的风险。

白细胞介素-17基因多态性与山西东南地区汉族人群2型糖尿病的相关性

目的 研究山西省东南地区汉族人群白细胞介素-17(IL-17)基因单核苷酸多态性及其与2型糖尿病(T2DM)的相关性。方法 收集健康对照组和T2DM组受试者基本信息及临床资料,提取全血DNA,采用聚合酶链反应-高温连接酶反应对IL-17基因4个位点(rs2275913、rs3819024、rs4711998和rs8193036)进行多态性检测。结果 两组IL-17基因4个SNP位点基因型和等位基因频率分布差异均无统计学意义(P> 0.05),在校正年龄、BMI、WC和血脂异常等因素后,两组研究对象在不同遗传模型下的基因型及等位基因频率分布差异亦无统计学意义(P> 0.05)。进一步分析显示,T2DM组rs2275913位点AA基因型FPG和HOMA-IR显著低于AG和GG基因型,三组间差异有统计学意义(P <0.05);而三组间BMI、FINS、HbA1c水平差异无统计学意义(P> 0.05)。此外,T2DM组rs3819024位点AA基因型WC、HOMA-IR显著高于GG基因型,差异有统计学意义(P <0.05)。结论 IL-17基因rs2275913、rs3819024、rs4711998、rs8193036多态性与山西省东南地区汉族人群T2DM可能无关,IL-17 rs2275913位点AA基因型、rs3819024位点GG基因型分别与山西东南地区汉族T2DM患者FPG和HOMA-IR、WC和HOMA-IR相关,可能是IL-17影响糖代谢的潜在基因型。

CYP2D6、CYP2C19、CYP2B6、SLC6A4、HTR2A基因型和5-羟色胺再摄取抑制剂抗抑郁药:2023年CPIC指南解读

2023年临床药物基因组学实施联盟(CPIC)更新并扩展了2015年CYP2D6和CYP2C19基因型与选择性5-羟色胺再摄取抑制剂(SSRIs)治疗指南,在涉及基因型与药物部分分别增加了CYP2B6、5-羟色胺转运体SLC6A4、5-羟色胺2A受体HTR2A以及5-羟色胺与去甲肾上腺素再摄取抑制剂(SNRIs)、类SSRIs活性的5-羟色胺(5-HT)调节剂相关内容,并更新了基于基因多态性的5-HT再摄取抑制剂类药物应用建议。本文对该指南相关内容进行解读,以期为我国5-HT再摄取抑制剂类药物个体化药物管理提供参考。

基于PI3K/AKT/GSK-3β信号通路探讨EA改善APP/PS1双转基因小鼠认知功能障碍的内在机制

目的探讨鞣花酸(ellagicacid,EA)对APP/PS1双转基因小鼠认知功能的影响,并基于磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B/糖原合成酶激酶-3(PI3K/AKT/GSK-3β)信号通路探讨鞣花酸对双转基因小鼠海马氧化应激水平的调节机制。方法将32只SPF级6月龄APP/PS1双转基因小鼠随机分为4组,即APP/PS1组、APP/PS1+EA组、APP/PS1+LY294002组、APP/PS1+EA+LY294002组,每组8只,另外选取8只SPF级C57BL/6J野生型小鼠(Wildtype)作为空白对照组,即WT组。APP/PS1+EA组给予50mg·kg^(-1)·d^(-1)灌胃EA;APP/PS1+LY294002组予以1.5mg·kg^(-1)·d^(-1)腹腔注射PI3K抑制剂LY294002;APP/PS1+EA+LY294002组予以50mg·kg^(-1)·d^(-1)灌胃EA,同时按1.5mg·kg^(-1)·d^(-1)腹腔注射LY294002;WT组和APP/PS1组于相同时间点灌胃等体积10%二甲基亚砜(DMSO)。每日给药1次,连续给药60天。Morris水迷宫检测小鼠学习和记忆能力,免疫组化、蛋白免疫印迹法检测PI3K、AKT、GSK-3β相关蛋白的表达,透射电镜观察小鼠海马组织超微结构变化。结果与WT组相比,其他四组的逃避潜伏期均增长(P<0.05),穿越平台次数明显减少(P<0.01);APP/PS1组、APP/PS1+LY294002组和APP/PS1+EA+LY294002组中的PI3K、AKT蛋白表达量显著降低(P<0.01),GSK-3β表达量显著升高(P<0.01);APP/PS1+EA组的PI3K表达量降低(P<0.05),AKT表达量显著降低(P<0.01),GSK-3β表达量升高(P<0.05);与WT组相比,APP/PS1组海马神经元细胞数目较少,线粒体结构破坏,大部分线粒体出现肿胀,线粒体的内膜和外模不完整,部分线粒体嵴消失,微管、微丝缠结,排列紊乱,而APP/PS1+EA组神经元细胞数较APP/PS1组增多,线粒体结构较清晰,可见清楚的线粒体嵴,线粒体轻度水肿。微管、微丝排列较整齐有序。结论鞣花酸改善AD模型小鼠的学习和记忆能力、减少海马神经元细胞损伤和凋亡,其作用机制可能是通过调节PI3K、AKT、GSK-3β等相关蛋白降低AD模型小鼠海马氧化应激水平。

E-选择素S128R基因多态性与吸烟在冠心病发生中的交互作用

目的探讨E-选择素S128R基因多态性与吸烟在汉族人群冠心病病理变化过程中的交互作用。方法采用病例-对照研究方法对197例冠心病(CHD)患者和从正常人群中抽取的213例对照人群进行调查。聚合酶链反应-限制性片段长度多态性技术检测E-选择素S128R基因型在冠心病组和对照组中的基因频率分布。问卷调查吸烟习惯在冠心病组和对照组中的分布频率。结果冠心病组SR+RR基因型频率(17.77%)显著高于对照组(5.16%),P<0.05。冠心病组E-选择素血清水平[(37.8±7.3)μg/L]与对照组[(27.5±8.1)μg/L]比较差异有极显著性意义(P<0.01);冠心病组中SR+RR基因型携带者的E-选择素血清水平[(43.3±7.9)μg/L]显著高于SS基因型者[(34.2±7.5)μg/L,P<0.01]。调整年龄、性别、血压、体重指数后,E-选择素S128R基因多态性与吸烟对冠心病发生交互作用有显著意义的OR值分别为:SR+RR-曾吸烟1.56,SR+RR-仍吸烟4.52。结论SR+RR基因型携带者经常大量吸烟,其患冠心病的危险性显著增加。

中国北方汉族人群TNF-α、VDR基因间交互作用与HBV感染结局相关

目的探讨肿瘤坏死因子α(TNF-α)和维生素D受体(VDR)基因多态位点交互作用与2型肝炎病毒(HBV)感染慢性化的关系。方法391例慢性乙型肝炎(CHB)患者为病例组和212例乙型肝炎病毒自限性感染者为对照组,应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法检测TNF-α基因启动子区-238G/A、-857C/T、-863C/A、VDR-TaqⅠT/C和FokⅠC/T位点的基因型,采用相乘模型分析基因-基因间的交互作用。结果TNF-α-238GA与VDR-FokⅠCT/CC(ORint=4.04)、TNF-α-863 CC与-857 CC(ORint=1.26)、VDR-FokⅠCT/CC与TNF-α-857 CC的基因间(ORint=1.37)均为正交互作用,增加HBV感染发展为慢性乙型肝炎的风险;TNF-α-238 GA与-857 CC(ORint=0.92)、VDR-FokⅠCT/CC与TNF-α-863 CC基因间(ORint=0.95)为负交互作用,降低HBV感染发展为慢性乙型肝炎的风险。结论TNF-α和VDR基因间交互作用可能影响HBV感染结局。