基于线粒体16S rRNA基因的鹅肉源性成分鉴别方法研究

研究旨在建立基于线粒体16S rRNA基因的鹅源性成分鉴别方法。试验以鹅源性DNA为阳性模板,以猪、牛、羊、鸽、鹌鹑、火鸡、鸡和鸭等8个物种DNA为干扰模板的混合模板,设计筛选出鹅特异性引物,进行PCR和荧光定量PCR(qPCR)反应,并将鹅肉DNA模板浓度按101~1088个梯度进行稀释,检测方法灵敏度。结果显示:所设计的引物仅对鹅肉DNA有特异性扩增,对鹅以外的其他8个物种均没有扩增;当鹅肉DNA模板稀释104倍,PCR扩增条带仍然清晰;当稀释倍数达到107时,仍有较好的扩增曲线,且Ct值小于35。研究表明,建立的畜禽肉中鹅源性成分PCR和qPCR鉴别方法不仅具有良好的特异性,而且具有较高的灵敏性,为食品中鹅源性成分的鉴别提供了新途径。

基于UPLC-Q-Orbitrap HRMS代谢组学和16S rRNA基因测序探讨骨疏丹补肾机制

目的 整合代谢组学和肠道微生物组学的研究策略探讨骨疏丹(Gushudan, GSD)预防氢化可的松诱导的肾阳虚证(kidney-yang deficiency syndrome, KYDS)大鼠的补肾作用机制。方法 分别采用超高效液相色谱-四级杆/静电场轨道阱高分辨质谱(UPLC-Q-Orbitrap HRMS)的非靶向代谢组学和16S rRNA基因测序分析的肠道微生物组学方法,分析正常对照组、肾阳虚证模型组、骨疏丹给药组和阳性对照组大鼠粪便代谢物谱与肠道菌群组成,采用Pearson相关分析探讨内源性差异代谢物与差异菌群之间的相关性。结果 基于UPLC-Q-Orbitrap HRMS的代谢组学方法在正负离子模式下共发现骨疏丹参与调控肾阳虚症的22种差异代谢物,如色氨酸、鹅去氧胆酸、肌酐和油酸酰胺等,主要涉及氨基酸代谢、胆汁酸代谢、能量代谢和脂质代谢。基于16S rRNA测序分析发现骨疏丹在属水平显著上调普雷沃氏菌(Prevotellaceae)的相对丰度(P<0.05),显著下调颤杆菌(Oscillibacter)的相对丰度(P<0.05)。相关性分析结果表明甘胆酸和鹅去氧胆酸与在属水平显著改变的普雷沃氏菌(Prevotellaceae)显著正相关(P<0.05),而与考拉杆菌(Phascolarctobacterium)显著负相关(P<0.05)。二十二碳六烯酸与毛螺菌(Lachnospiraceae)显著负相关(P<0.05)。结论 骨疏丹通过良性调节内源性代谢和肠道菌群结构发挥补肾作用,为中药通过肠-肾轴治疗疾病提供新的思路和方法。

基于16S rRNA基因测序技术分析急性肝内胆汁淤积大鼠的肠道菌群

目的 探讨ANIT诱导的大鼠急性肝内胆汁淤积(acute intrahepatic cholestasis,AIC)与肠道菌群的关系。方法 以SPF级的SD大鼠为实验对象,随机分为正常对照组、模型组,每组24只,依据取材时间不同又将各组随机分为24 h、48 h、72 h 3个亚组,每组8只。模型组通过一次性予2%ANIT按100 mg·kg^(-1)·d^(-1)灌胃造模诱发AIC模型,正常对照组予等容积色拉油灌胃。通过高通量测序法对肠道粪便细菌16S rRNA的V_(3)~V_(4)区进行基因测序及生物信息学分析。结果 AIC造模后,随着时间增加,α多样性指数逐步升高,造模72 h组相比造模24 h组,Shannon指数有显著性差异;β多样性发现,利用基于加权Unifrac距离PcoA分析或NMDS分析均显示:正常对照组、造模24 h组和造模48 h组的肠道菌群显示比较明显的聚集效应;在门水平上,厚壁菌门(Firmicutes)丰度在造模48 h后显著下降,变形菌门(Proteobacteria)的丰度显著上升,拟杆菌门(Bacteroidetes)的丰度显著上升;LEfSe对组间差异显著的物种分析结果显示,LDA值大于4的微生物类群有35个。结论 模型组干预后大鼠肠道菌群结构和多样性均发生显著变化。

16S rRNA甲基化酶基因在鸡源和鸭源沙门菌中的流行特征

氨基糖苷类药物是一种重要的治疗人兽临床上细菌感染的抗菌药物,而16S rRNA甲基化酶是近年新发现的氨基糖苷类药物高度耐药的一种耐药机制。对2021—2022年分离自泰州鸡源和鸭源的143株沙门菌进行阿米卡星抗性平板筛选,并通过PCR方法检测耐阿米卡星的菌株是否携带相应的耐药基因。结果显示,沙门菌中armA基因较流行(22/143,15.38%),也有少数菌株携带rmtB基因(1/143,0.70%),其他基因未检测到;不同宿主中,鸡源沙门菌是主要宿主;不同血清型中,印第安纳沙门菌是优势血清型。携带armA基因或rmtB基因的23株阳性菌,阿米卡星的MIC值均高达512μg/mL以上,且表现出多重耐药现象,其中,较为流行的耐药谱是氨苄西林-头孢唑啉-氨曲南-庆大霉素-阿米卡星-萘啶酸-环丙沙星-氯霉素-喹乙醇-复方新诺明-头孢噻肟-链霉素-四环素-氟苯尼考-磷霉素。国内外关于16S rRNA甲基化酶基因在沙门菌中的研究相对较少。本研究结果可为生产实践中耐药菌株的快速监测提供参考,也可为动物临床或养殖业中合理使用氨基糖苷类药物提供理论依据。

细菌16SrRNA基因检测在新生儿败血症诊断中的价值

目的:探讨细菌16S rRNA基因检测在新生儿败血症诊断中的应用价值。方法:选取2016年12月—2018年1月汕头大学医学院第一附属医院收治的102例疑似败血症新生儿为研究对象,其中男性66例,女性36例,年龄10 min~28 d。采集研究对象血液标本分别用血培养和细菌16S rRNA基因PCR检测法进行病原检测,选取10例同期因非感染性疾病住院的新生儿的血液标本作为对照。结果:102例疑诊败血症新生儿中的46例经临床诊断及实验室确诊为败血症,血培养阳性率32.61%(15/46),16S rRNA基因检测阳性率91.30%(42/46),16S rRNA基因检测阳性率高于血培养(P<0.001)。10例同期住院的非感染性疾病患儿的血液标本PCR检测及血培养结果均为阴性,PCR检测灵敏度为91.30%(42/46),特异度为96.43%(54/56)。结论:与传统血培养相比,16S rRNA基因PCR检测法阳性率高,且敏感准确。

基于16S rRNA基因测序技术分析原发性胆汁性胆管炎伴抑郁小鼠粪便样本中肠道菌群的变化

背景:肠道菌群失调或紊乱与脑和肝脏疾病之间存在联系,肠道菌群可能通过肠⁃肝⁃脑轴影响原发性胆汁性胆管炎(PBC)和抑郁的发生和发展。目的:应用16S rRNA基因测序技术分析PBC伴抑郁小鼠的肠道菌群情况。方法:将12只雌性小鼠随机分为对照组、胆汁淤积组、胆汁淤积+抑郁组和治疗组。对照组小鼠给予正常饲料和水喂养;胆汁淤积组小鼠采用含0.1%DDC的饲料连续喂养2周构建胆汁淤积模型;胆汁淤积+抑郁组小鼠先采用慢性温和不可预期应激方式刺激2周,再以含0.1%DDC的饲料喂养2周构建胆汁淤积+抑郁模型;治疗组小鼠在构建胆汁淤积+抑郁模型的基础上,腹腔注射盐酸氯米帕明(7.5 mg·kg^(-1)·d^(-1))2周。造模期间观察小鼠的行为学变化。造模结束后各组小鼠称重,行负重游泳试验、强迫游泳试验、悬尾试验和肝组织HE染色;采集新鲜粪便,基于16S rRNA基因测序技术分析小鼠肠道菌群的变化。结果:与对照组相比,胆汁淤积组和胆汁淤积+抑郁组小鼠体质量明显减轻(P<0.05),抑郁样行为明显加重(P<0.05);与胆汁淤积+抑郁组相比,治疗组小鼠体质量明显升高(P<0.05),抑郁样行为明显减轻(P<0.05)。胆汁淤积组、胆汁淤积+抑郁组和治疗组小鼠肝组织出现不同程度的胆汁淤积性损伤;与胆汁淤积+抑郁组相比,治疗组肝脏病理损伤明显减轻。小鼠粪便样本经测序抽平处理后获得个5491个操作分类单元(OTU),4组共有的OTU为162个。对照组与胆汁淤积组、胆汁淤积+抑郁组和治疗组小鼠粪便中微生物多样性和群落组成存在较大差异。在门水平上,胆汁淤积组厚壁菌门(Firmicutes)丰度明显升高;胆汁淤积+抑郁组变形菌门(Proteobacteria)丰度明显升高;治疗组厚壁菌门和变形菌门丰度均明显升高,拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度明显下降。对组间差异显著的物种行LEfSe分析发现,LDA值>4的微生物类群有38个。结论:PBC伴抑郁小鼠的肠道菌群结构和多样性均发生显著变化,抗抑郁治疗能改善肠道菌群的丰度和多样性,通过调节肠道菌群治疗PBC伴抑郁有可能成为一种新的治疗策略。

杉虎杂交斑5S rRNA基因甲基化分析

核糖体RNA是构成核糖体的重要组成部分,在蛋白质合成过程中起着重要作用。利用雌性棕点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus)与雄性清水石斑鱼(Epinephelus polyphekadion)杂交,获得在生长、肉质等方面具有一定优势的子代——杉虎杂交斑。对杉虎杂交斑及其亲本5S rRNA基因编码区前1 000 bp、编码区以及非转录区的DNA甲基化水平进行测定和比较分析。结果表明,杉虎杂交斑5S rRNA基因整体甲基化水平(0.418)高于棕点石斑鱼(0.379)和清水石斑鱼(0.037),但与母本棕点石斑鱼不具有显著性差异,与父本清水石斑鱼存在显著性差异。对5S rRNA基因编码区和非转录区的甲基化位点进行分析发现,在棕点石斑鱼与杉虎杂交斑中所有甲基化位点是一致的,但在清水石斑鱼中均未发现这些位点,表明杉虎杂交斑的5S rRNA基因甲基化模式与母本棕点石斑鱼一致。结果阐明了杉虎杂交斑5S rRNA基因的DNA甲基化水平和模式,为石斑鱼杂交育种提供理论基础。

弯曲杆菌16S rRNA基因质粒DNA标准物质的研制

弯曲杆菌引起的食源性胃肠道疾病是21世纪人类面临的一项严重经济和公共卫生负担。当前国内外进行的弯曲杆菌属分子生物学检测方法研究的靶基因均为16S rRNA基因。为满足检测试剂标准化需求,制备了候选弯曲杆菌16S rRNA基因质粒DNA标准物质,经均匀性和稳定性检验,证实其于-20℃保存12个月,4℃短期保存8 d,反复冻融30次后依然稳定。对候选标准物质采用微滴式数字PCR(ddPCR)方法,联合8家实验室进行联合定值,对不确定度进行量化、合成,确定了标准物质的扩展不确定度。最终确定弯曲杆菌16S rRNA质粒DNA标准物质标准值为4.95×10^(3)copies/μL,扩展不确定度(k=2)为0.47×10^(3)copies/μL。临床试用结果表明,该产品具有良好的均匀性和稳定性。该标准物质的研制,为我国弯曲杆菌分子生物学检测试剂的标准化奠定了基础。

应用16S rRNA基因测序比较分析不同品系1型糖尿病小鼠肠道菌群的异同

目的比较C57BL/6(B6)和FVB两个品系小鼠建立的1型糖尿病(T1DM)模型肠道菌群组成和多样性的异同,为探索两模型在T1DM相关肠道菌群研究中的进一步应用提供背景数据。方法采用8周龄SPF级雄性B6和FVB小鼠各20只,两组小鼠每天腹腔注射40 mg/kg的链脲佐菌素(STZ)连续5 d,小鼠空腹血糖连续2周≥11.1 mmol/L为T1DM建模成功,建模6周后每组分别收集10份洁净粪便,进行16S rRNA基因V3-V4区测序,分析粪便中肠道菌群的Alpha多样性、Beta多样性、优势菌科及肠道菌群相关的功能通路。结果B6与FVB组T1DM小鼠肠道菌群的Alpha多样性和丰富度没有显著差异(P>0.05),两组小鼠的菌群Beta多样性存在统计学上的差异(P<0.05)。B6组T1DM小鼠肠道的优势菌科为Muribaculaceae、Lactobacillaceae、Lachnospiraceae、Prevotellaceae、Desulfovibrionaceae、Akkermansiaceae;FVB组T1DM小鼠肠道的优势菌科为Lactobacillaceae、Muribaculaceae、Lachnospiraceae、Prevotellaceae、Clostridiales_unclassified、Saccharimonadaceae、Marinifilaceae;两组中共有的优势菌科在比例上差异很大。B6与FVB组的厚壁菌门与拟杆菌门的比值都显著增加。两组T1DM小鼠肠道菌群的功能通路集中在以氨基酸、糖代谢及核苷酸的代谢途径中。结论两组T1DM小鼠肠道菌群Alpha多样性无差异,但肠道菌群的组成及比例差异较大,优势菌群在不同模型中的组成比例发生了改变。

基于16S rRNA基因测序技术分析非酒精性脂肪性肝病大鼠的肠道菌群

目的 基于16S rRNA基因测序技术分析非酒精性脂肪性肝病(non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD)大鼠的肠道菌群。方法 以SPF级SD大鼠为实验对象,随机分为普通饮食组(对照组)和高脂饮食组(模型组)。高脂饮食组通过进食高脂饲料8周诱发NAFLD模型。8周后检测大鼠血清丙氨酸氨基转移酶(alanine aminotransferase,ALT)、天门冬氨酸氨基转移酶(aspartate aminotransferase,AST)、高密度脂蛋白胆固醇(high-density lipoprotein cholesterol,HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(low density lipoprotein cholesterol,LDL-C)、甘油三酯(triglyceride,TG)和总胆固醇(total cholesterol,TC)水平,取肝组织进行HE及油红O染色,采集大鼠新鲜粪便通过高通量测序法对肠道粪便细菌16S rRNA的V3-V4区进行基因测序。利用UPARSE软件进行类单元(operational taxonomic unit,OTU)聚类,采用RDP Classifier算法对OTU代表序列进行比对分析,并在门、纲、目、科、属、种等水平上进行注释其群落的物种信息。基于OTU聚类结果,利用mothur软件和Qimme(V.1.8)进行Alpha多样性分析和Beta多样性分析,并通过LEfSe软件进行组间菌落差异分析。结果 与正常组相比,模型组大鼠AST [(23.63±4.82)U/L vs (10.61±1.17)U/L]、ALT [(9.98±2.27)U/L vs(3.40±0.81)U/L]、LDL-C [(0.69±0.11)mmol/Lvs(0.34±0.10)mmol/L]、TG [(0.90±0.24)mmol/L vs (0.33±0.13)mmol/L]及TC [(5.69±0.72)mmol/L vs(2.10±0.42)mmol/L]水平均显著升高,HDL-C [(0.62±0.14)mmol/L vs (1.07±0.17)mmol/L]水平显著降低,差异均有统计学意义(P均<0.05)。两组共获得2607个OTU,经过抽平处理后获得2547个OTU,其中对照组2367个,模型组2168个,两组共享OTU为1988个。随样本量增加物种累积曲线趋于平缓,表明样本量充分。在Alpha多样性指数中,模型组的香农指数(7.0673±0.4812 vs 6.1695±0.7165)、物种个数[(968.6250±233.0221)个vs (1155.9500±129.0011)个]和PD_Whole_Tree指数(69.3449±14.2872vs82.0219±10.2012)显著低于对照组,差异有统计学意义(P均<0.05),Chao1指数也低于对照组(1418.4503±277.8639 vs 1599.1725±100.1048),但差异无统计学意义(P>0.05)。采用主成分分析、主坐标分析、层次聚类分析、偏最小二乘法判别分析和非度量多维尺度法等Beta多样性分析方法均能将模型组与对照组大鼠完全区分开来,进一步说明二者间的菌群有明显区别。采用RDP Classifier算法对OTU代表序列进行比对分析,结果表明,从门水平分析,NAFLD大鼠厚壁菌门和放线菌门丰度增加,其中放线菌门丰度显著增加,拟杆菌门和变形菌门的丰度降低。从纲水平分析,NAFLD大鼠放线菌纲和丹毒丝菌纲相对丰度显著升高,而杆菌纲相对丰度显著下降。从目水平分析,NAFLD大鼠红椿菌目和丹毒丝菌目相对丰度显著升高,而乳杆菌目和酸微菌目相对丰度显著降低。从科水平分析,NAFLD大鼠毛螺菌科(Lachnospiraceae)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)、消化链球菌科(Peptostreptococcus)、丹毒丝菌科(Erysipelotrichaceae)和双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)等增加,其中双歧杆菌科、肽链球菌科显著增加,乳酸杆菌科(Lactobacillaceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)和拟杆菌目S24-7组比例下降,其中乳酸杆菌科显著性减少。采用LEfSe对组间差异显著的物种分析,结果表明两组间差异起重要作用的肠道微生物类群共126个,LDA值大于3.6的微生物类群共24个。结论与普通饮食组相比,高脂饮食组干预8周后大鼠肠道菌群结构和多样性均发生显著变化。

COⅠ和16S rRNA基因在鱼胶品种鉴别中的适用性研究

为建立准确的鱼胶鉴别技术,该研究从DNA条形码的角度出发,分析了细胞色素氧化酶亚基I基因(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)和核糖体16S rRNA基因(16S ribosomal RNA,16S rRNA)在鱼胶品种中的鉴别适用性。选用3对通用引物对五大类鱼胶产品共30个样品的COⅠ基因和16S rRNA基因的序列片段进行PCR扩增和测序,利用DnaSP 6.12、Mega 11软件进行了DNA序列分析和遗传差异分析,最终基于邻接法(neighbor-joining,N-J)构建进化树。结果显示,在基因片段序列分析方面,2种基因片段都表现出核苷酸碱基偏倚性,16S rRNA基因序列变异率远小于COⅠ基因,16S rRNA基因遗传物质更具有稳定性。在遗传距离方面,COⅠ序列和16S rRNA序列种内平均遗传距离分别为0.56%和0.37%,种间平均遗传距离分别为20.26%和13.93%。从建树结果来看,16S rRNA基因在部分同源性较高的物种鉴别中不如COⅠ基因分类明确,但也能区分出五大类鱼胶。因此建议联合使用COⅠ和16S rRNA两种基因作为鱼胶品种鉴别的DNA条形码,鉴别准确率可达100%。

柽柳丛枝植原体鉴定及16S rRNA基因多样性分析

【目的】研究柽柳丛枝病在新疆南疆地区的分布危害、分类、形态特征及病原物16S rRNA基因的遗传多样性,为该病害的检测和鉴定提供理论依据。【方法】调查新疆南疆地区柽柳丛枝病的分布及危害,采用形态学与分子生物学相结合的方法,对柽柳丛枝病病原物进行透射电镜观察、16S rRNA基因和rp基因扩增,研究其形态特征及分类地位,并对新疆南疆不同地区柽柳丛枝病病原物16S rRNA基因遗传多样性。【结果】柽柳丛枝病在新疆南疆地区的平均发病率为9.06%,平均病情指数为5.66;在柽柳丛枝韧皮部组织中观察到有植原体颗粒的存在;16S rRNA基因和rp基因巢式PCR分别获得1219 bp和1174 bp大小的条带,柽柳丛枝病属于植原体病害,在分类地位上属于植原体16SrXXX-A亚组;新疆南疆柽柳丛枝植原体主要可分为4个株系,16S rRNA基因核苷酸相似度在96.5%~99.8%。【结论】柽柳丛枝病在新疆南疆地区主要分布在阿克苏市、温宿县、巴楚县、图木舒克市、阿拉尔市、伽师县,阿拉尔市12团等地,且发生情况和危害程度均较轻,不同地区之间的发病率及病情指数存在显著差异性;柽柳丛枝病存在植原体颗粒并主要在韧皮部组织中,有球形、椭圆形和不规则形态,大小300~600 nm不等。

基于16S rRNA基因的不同基原、不同产地甘草微生物群落特征分析

目的探究4批不同基原、不同产地的甘草微生物群落信息。方法参照《中国药典》2020年版四部,对甘草药材中的需氧菌总数、霉菌和酵母菌总数、耐热菌总数以及控制菌进行检查,并对致病菌平板上的菌落进行革兰染色,同时进行甘草药材的16S rRNA基因测序及数据分析。结果甘草药材中的需氧菌总数、霉菌和酵母菌总数、耐热菌总数对数值分别为4.15~4.95、2.40~4.85、1.67~3.15;经热处理(100℃、30 min)后发现其需氧菌总数对数值的下降百分比分别为100.00%、24.10%、40.20%、66.26%;各甘草中耐胆盐革兰阴性菌可能总数较高,但均未检测到大肠埃希菌和沙门菌。16S rRNA基因测序共获得19 phylum、40 class、68 order、137 family、236 genus,其中GC-2获得最多的phylum(18)、class(36)、order(58),GC-1和GC-3获得最多的family(121),GC-1获得最多的genus(162)。多样性分析结果表明,甘草药材中污染微生物主要分布于3个门、3个属,不同基原、不同产地的甘草药材中优势菌属同时具有相似性和差异性,优势菌属均为布丘氏菌属(Buttiauxella)、假单胞菌属(Pseudomonas)和藻类(Streptophyta)。结论甘草药材中微生物污染较为严重,并随基原、产地的不同而存在差异。

16S-23S rRNA基因区间细菌鉴定实验研究

目的 :探讨 16 S- 2 3S r RNA基因区间对细菌鉴定的应用。方法 :以 16 S- 2 3S r RNA基因区间为靶序列设计引物 ,采用聚合酶链反应检测标准菌株及临床菌株 DNA。结果 :对 2 7株代表 2 7个菌种的标准菌株进行 PCR扩增 ,分别出现不同的 DNA图谱 ,该图谱能直接或经核酸内切酶处理后用于细菌分类 ,敏感性可达 2 .5 CFU/ml的细菌 ,与人外周血白细胞 DNA和真菌及病毒无交叉。 32株临床细菌标本均扩增出与相应标准菌株一致的图谱。结论 :16 S- 2 3S r RNA基因区间 PCR扩增技术检测细菌 ,具有敏感、特异、快速、准确的优点 。

基于线粒体12S rRNA基因对大理州亚洲 带绦虫遗传多样性的分析

目的为了解云南省大理州亚洲带绦虫的遗传多样性。方法本研究采集到大理(DL)、巍山(WS)、弥渡(MD)、漾濞(YB)和洱源(EY)5个地区的131份亚洲带绦虫样本,基于线粒体12S rRNA基因进行扩增,运用MEGA7.0和DNASP5.10.01软件对所得序列进行分析,计算其碱基含量、遗传多样性参数、遗传分化系数和基因流以及遗传距离等数据。结果5个地区的亚洲带绦虫12S rRNA基因片段大小均为493 bp,平均A、T、G、C的碱基含量为28.3%、43.2%、19.4%和9.1%;共定义76个单倍体型,其中单倍型多样性为0.9830,核酸多样性为0.0332;遗传分化指数和基因流范围分别为-0.01913~0.04080和5.87745~22.49795;遗传距离为0.0023~0.0229,大理与巍山之间的遗传距离最大,漾濞与洱源群体之间的遗传距离最小。结论大理州5个地区亚洲带绦虫的线粒体12S rRNA基因的遗传多样性水平较高,基因交流频繁,但种群间的遗传分化较弱,本研究为亚洲带绦虫遗传多样性提供了基础数据。

基于PacBio 16S rRNA基因全长测序调查某校园水体微生物群落结构及多样性研究

水体是校园环境的重要部分,了解水体特征对于校园水体治理和完善校园生态环境研究具有重要意义。采用PacBio 16S rRNA基因全长测序技术,对某校园水体微生物群落的结构及多样性进行分析。结果显示各处校园水体的群落丰度与多样性呈现出差异,源湖、南一楼西湖和东湖的微生物群落丰度和多样性要高于东九湖、醉晚亭西湖和东湖。具体表现为水体的菌门和菌属的组成与丰度有所不同,呈现出复杂的变化情况。Beta多样性分析结果显示空间距离小的水体的微生物组成更为相似。水体微生物群落多样性受到NH_(3)-N、TP、DO等多种环境因子的共同作用。

基于16S rRNA检测的微生物种群分析及其在流行性疾病预警中的应用

微生物群落多样性和结构对深入了解微生物生态系统的功能和多样性至关重要。近年来,基于16S rRNA的分析已成为研究微生物群落多样性和流行预警的重要工具。本文对基于16S rRNA的微生物种群分析研究方法、基本过程及预警关系和目前在预警应用中遇到的问题和改进策略进行分析,为更全面地理解16S rRNA分析方法,特别是其在流行病预警中的作用及利用该系统有效及时地预警流行病的发生提供借鉴。Microbial community diversity and structure are critical to understanding the function and diversity of microbial ecosystems. In recent years, 16S rRNA-based analysis has become an important tool for studying microbial community diversity and epidemic warning. This paper analyzes the research methods, basic processes and early warning relationships of microbial population analysis based on 16S rRNA, as well as the problems encountered in early warning applications and improvement strategies, so as to provide references for a more comprehensive understanding of 16S rRNA analysis methods, especially its role in epidemic early warning and the use of this system to effectively and timely warn the occurrence of epidemic.

基于16S rRNA基因测序的四妙散加减方治疗痛风性关节炎作用机制研究

目的 探讨痛风性关节炎患者采用四妙散加减方治疗前后肠道菌群结构和丰度的差异,阐释该治疗措施与肠道微生物种群的关联性。方法 将2020年5月至2022年5月于浙江省余姚市中医医院就诊的符合纳入标准的痛风性关节炎患者15例采用四妙散加减方治疗,收集治疗前后的粪便组织样本,采用高通量测序的技术对痛风患者肠道菌群中的16S rRNA V3-V4区进行基因测序,将得到的结果进一步进行生物信息学的分析,比较各种菌群的群落结构及多样性。结果 α多样性方面,Kruskal-Wallis方法结果显示,治疗后Shannon指数低于治疗前(P<0.05),治疗前后Observed OTU、Faith’s PD和chao1指数比较,差异无统计学差异意义(P>0.05);β多样性方面,主坐标分析显示,第1主成分的贡献度为12.5%,第2主成分的贡献度为8.5%;Permanova分析显示T=1.764,P=0.005,分组有意义。与治疗前相比,治疗后含有厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门和梭杆菌门的比例减少,而放线菌门的比例增加。结论 痛风性关节炎患者采用四妙散加减方治疗前后的肠道菌群存在一定的差异性。

Galt基因编辑小鼠的肠道菌群分析

目的:本研究旨在分析半乳糖-1-磷酸尿苷转移酶(Galactose-1-Phosphateuridylyltransferase, Galt)基因编辑后对小鼠肠道菌群的影响。方法:基于前期构建的Galt基因编辑小鼠模型,通过16S rRNA基因测序技术,对比野生型(Wild type, WT)和Galt基因编辑小鼠肠道内容物中的菌群组成。结果:结果显示,Galt基因编辑小鼠肠道菌群多样性下降,菌群丰富度减少;物种组成也发生显著性变化。Galt基因编辑组中厚壁菌门占比由69.836%降低45.096%,拟杆菌门占比由15.824%增加到37.672%,变形菌门的相对丰度由1.82%增加到13.175%,脱硫弧菌门的相对丰度由5.42%降低到0.36%。在属水平上,未分类的木楠科属和嗜冷杆菌属相对丰度在Galt基因编辑组中上调,萄球菌属和脱硫弧菌属在WT组中上调。进一步对两组小鼠KEGG功能差异分析,结果显示小鼠碳水化合物运输和代谢,能量产生和转化,氨基酸运输和代谢以及与复制,重组和修复相关的基因方面等功能上存在差异。结论:Galt基因编辑对小鼠肠道菌群的丰富度、组成和功能有影响。

中国和越南青蟹线粒体16S rRNA基因序列分析

为确定我国青蟹的分类地位及其资源的合理利用与保护提供理论依据,对中国和越南青蟹的线粒体16SrRNA基因片段序列进行了测定,并同Genbank中其他青蟹的序列进行了比较,分析研究了青蟹种内和种间的遗传差异及其分类地位。结果显示:中、越青蟹个体间序列差异极小,与Genbank中Scyllaparamamosain同源片段序列的相似性达到99%以上,而与其他3种青蟹的差异达3.91%～8.41%。所得序列与S.paramamosain,S.serrata,S.olivacea及S.tranquebarica的遗传距离分别为0.002,0.075,0.087,0.042,种间遗传距离远大于种内距离。序列特征、遗传距离和系统进化分析结果都表明本文研究的中国和越南青蟹均为S.paramamosain。