硒都黑猪NT5C1A基因核心启动子区鉴定及转录因子预测

本研究旨在探究猪胞质5'核苷酸酶1A基因(Cytosolic 5'-Nucleotidase1A,NT5C1A)启动子区序列的结构特性,确定其核心启动子区并分析其关键转录因子结合位点,为探究其表达调控机制提供理论依据。对NT5C1A互作蛋白进行预测,在线生物信息学分析软件预测猪NT5C1A基因核心启动子区,根据预测结果设计7对启动子缺失片段引物,以硒都黑猪血液基因组DNA为模板,通过PCR扩增和Sanger测序方法获得NT5C1A基因5'端7个启动子缺失片段并克隆至pGL3-Basic载体,以双荧光素酶报告基因检测试验对缺失片段进行荧光素酶活性检测,并通过转录因子在线预测软件预测核心启动子区潜在的转录因子。结果表明,NT5C1A基因核心启动子位于转录起始位点-290~+109bp的位置(ATG作为+1),该区域含有MYOD1、MYOG、MYF5和SP1等肌肉发育相关的转录因子结合位点。本试验为研究NT5C1A基因调控猪肌肉发育的分子机制提供了理论依据。

乙型肝炎病毒前-C区1896和基本C区启动子区1762、1764双突变及YMDD变异对拉米呋啶治疗的影响

目的 :研究乙型肝炎病毒前 - C区 G1896 A突变和基本 C区启动子区 A176 2 T、 G176 4 A双突变对拉米呋啶治疗的影响。方法 :采用直接测序法对服药前、中、后的血清标本的逆转录多聚酶区及前 - C、基本 C区启动子区进行检测。结果 :1前 - C区 G1896 A和基本 C区启动子区 A176 2 T、G176 4 A双突变在出现治疗中病毒学反弹与未出现治疗中病毒学反弹患者间及发生血清学转移与未发生血清学转换患者间差异无显著性 (P>0 .0 5 ) ;2 G1896 A突变在发生 YMDD变异和未发生 YMDD变异的患者间差异有显著性 (P<0 .0 5 ) ,发生 YMDD变异的患者很少伴有 G1896 A突变率低 (9% ) ;3出现治疗中病毒学反弹的患者 YMDD变异增加 ,与未出现治疗中病毒学反弹的患者比较差异有显著性 (P<0 .0 5 )。结论 :前 - C区 G1896 A和基本 C区启动子区 A176 2 T、 G176 4 A双突变对拉米呋啶治疗后出现的治疗中病毒学反弹和血清学转换没有影响 ;在 G1896 A突变株 YMDD变异减少 ;YMDD变异株的出现对治疗后出现的治疗中病毒学反弹有影响 ;YMDD变异可能是加剧肝细胞损伤引起治疗中病毒学反弹的因素之一。

HBV基本C区启动子区位点突变及病毒载量与拉米夫定耐药的关系

目的探讨乙型肝炎病毒（HBV）基本C区启动子（BCP）区第1762、1764位点突变及病毒载量与拉米夫定治疗慢性乙型肝炎（CHB）P区第552、528位点变异产生的关系。方法选择CHB且未接受过拉米夫定治疗的患者56例，应用拉米夫定治疗6个月，采用乙型肝炎病毒基因多态性检测芯片对拉米夫定治疗前后乙型肝炎病毒BCP区第1762、1764位点，P区第552、528位点进行检测，同时对患者治疗前后血清病毒载量进行检测。对比分析BCP区第1762、1764位点突变患者（A组）和未突变患者（B组）应用拉米夫定治疗6个月后，P区第552、528位点变异率，以及治疗前后血清病毒载量水平。结果（1）应用拉米夫定治疗6个月后，A组P区第552、528位点总突变率显著高于B组（P〈O．05）；第552、528单位点以及第552和528双位点突变率两组相比较差异均无统计学意义（P〉O．05）。（2）A组患者治疗前血清病毒载量水平显著高于B组患者（P〈O．05）。（3）产生P区第552、528位点变异患者治疗前血清病毒载量水平，显著高于P区未变异患者（P〈O．05）。结论（1）乙型肝炎病毒BCP区第1762、1764位点突变可增加拉米夫定治疗的耐药率。（2）BCP区第1762、1764位点突变可增加乙型肝炎病毒的复制水平。（3）BCP区位点突变所引起的乙型肝炎病毒大量复制可能是导致拉米夫定耐药率增加的主要原因。

慢性HBV感染者HBV前C区/基本核心启动子区基因突变与临床应用

目的:探讨2010年10月至2013年6月来我院门诊及住院慢性HBV感染者中HBV前C(Pre C)区/基本核心启动子(BCP)区基因突变与其病程进展的相关性。方法:165例慢性HBV感染者血清生化指标检测,血清HBV DNA含量和HBe Ag定性检测,HBV Pre C区/BCP区突变率比较,分析Pre C区l896、BCP区1762/1764变异在HBV携带者(As C)、慢性乙型肝炎(CHB)和慢性乙型肝炎肝硬化(CHB-LC)患者中的分布。结果:血清生化指标在慢性HBV感染者病程发展中呈现相关性。与As C组比较:CHB组、CHB-LC组患者血清ALT、AST、AFP、TBA水平升高,差异有显著性意义(p<0.01),呈显著正相关,而TP、Alb、A/G水平降低,差异有显著性意义(p<0.05),呈负相关。HBe Ag(+)、HBe Ag(-)的标本中,BCP的突变率高于前C区突变率,差异有非常显著性意义。BCP区1762/1764双突变的突变率高于Pre C1896突变率。As C、CHB、CHB-LC 3组患者Pre C A1896、BCP区1762/1764变异率依次升高,与As C组比较,CHB组差异有显著性意义(P<0.05);CHB-LC组差异有非常显著性意义(P<0.01)。结论:对165例慢性HBV感染者观察,HBe Ag(+)/HBe Ag(-)患者及其病程不同发展阶段,Pre C/BCP出现相关联的突变率。特别需要注意的是HBe Ag(-)的慢性HBV感染者BCP区的突变率高于Pre C区的突变率,需要慎防HBV复制的危害性。HBV Pre C区/BCP区突变率可以预测到慢性HBV感染者病情的发展程度,对临床此类患者的研究具有重要意义。

我国常见乙型肝炎病毒基因型与基本核心启动子及前C区突变关系的初步研究

收集81份HBV DNA阳性血清标本,经PCR扩增和序列测定确定其中有50份属于基因型C,31份属于基因型B;C基因型的基本核心启动子BCP T1762/A1764的突变率(38%)明显高于B基因型(12.9%,P<0.05);前C区A1896的突变在B、C两基因型间无显著性差异,B基因型为9.7%,C基因型为12%,P>0.05;HBeAg的表达与否与BCP双突变或前C区A1896突变均无明显相关性。经定量PCR检测证明,HBeAg阳性组中的HBV DNA含量明显高于抗-HBe阳性组,P<0.05。组内BCP双突变株和野生株及前C1896突变株和野生株的HBV DNA含量无显著性差异。

慢性乙型肝炎前C区和基本核心启动子突变的临床意义

乙型肝炎病毒（HBV）全球有高流行率，超过20亿人感染过HBV，其中约4亿人为慢性HBV感染，约占世界人口的5％，每年有50万人因肝硬化或肝癌死亡，这些表明HBV具有高度传染性是全球的公共卫生问题。HBV属于嗜肝脱氧核糖核酸（DNA）病毒科，能导致急性和慢性肝脏疾病。HBV是部分双链DNA，全长3．2Kb，编码4种重叠开放读框（ORF），CORF编码乙型肝炎核心抗原，它是非结构形式，编码HBeAg，PORF具有逆转录活性，SORF和X0RF在发展至HBV相关性肝细胞癌起重要作用，基本核心启动子位于XORFE.

乙型肝炎病毒前C区1896、基本C区启动子区1762/1764变异对拉米夫定抗病毒疗效的影响及其临床意义

目的研究乙型肝炎病毒(HBV)前C区G1896A变异和基本C区启动子(BCP)区A1762T/G1764A双变异对拉米夫定(LAM)抗病毒疗效的影响及其临床意义。方法收集上海及其周边地区34例慢性乙型肝炎患者,单用LAM或LAM+聚乙二醇干扰素α-2a进行抗病毒治疗共48周,应用Trugene HBV genotyping试剂盒测定分析治疗前(0周)、治疗过程中(24周)、治疗结束时(48周)及随访结束时(72周)RT区YMDD变异;采用HBV基因多态性检测芯片试剂盒测定前C区1896、BCP区1762/1764位点的变异情况。结果在治疗前有9例患者检测出前C区G1896A变异,均为HBVe抗原(HBeAg)阴性慢性乙型肝炎患者;9例前C区G1896A变异患者中7例治疗应答(77.8%,7/9),BCP区A1762T/G1764A变异在治疗应答者与无应答者中差异无统计学意义;3例患者分别在治疗24和48周时检测到YMDD变异,对治疗均无应答。结论慢性乙型肝炎患者治疗前血清HBV DNA变异状态可能影响LAM抗病毒治疗应答及YMDD耐药变异株的复制能力。

乙肝肝硬化患者HBV前C区和基本核心基因启动子序列分析

用套式PCR(nPCR)对 3 5例肝硬化患者血清HBV前C区和基本核心基因启动子 (BCP)进行扩增 ,阳性者用直接测序法进行序列分析。结果 2 3例HBVDNA阳性 ,阳性率为 65 7% ( 2 3 / 3 5 ) ,无正常序列标本 ,与e抗原产生有关的突变 :nt1762、1764双突变 (AT、GA) ,占 73 9% ( 17/ 2 3 ) ;nt1896点突变 (GA) ,导致终止密码产生 ,占2 1 7% ( 5 / 2 3 ) ;nt185 8点突变 (TC) ,占 2 1 7% ,其中标本 417、42 6、43 0同时在nt 185 6发生点突变 (CT)。其它的突变有nt1799点突变 (CG) ,占 47 8% ( 11/ 2 3 ) ,为无义突变 ;有 6例在nt1846发生点突变AT ,4例nt180 2 - 180 4发生突变 (TTCCGT) ;4例nt175 2位点突变 (AG) ;标本 43 2在nt175 1插入TG导致移码突变 ,并在nt1774- 1874发生缺失突变。说明HBVBCP和前C突变株在肝硬化患者中很常见 。

原发性肝癌患者乙型肝炎病毒前C区联合基本核心启动子变异的分析

目的:研究原发性肝癌患者乙型肝炎病毒前C区联合基本核心启动子变异情况及与基因型的关系。方法:收集乙型肝病毒感染者血清132份,HBVDNA均阳性,用半巢式聚合酶链反应扩增HBV前C及C基因部分片段,产物纯化后直接测序,检测前CA1896联合BCPT1762/A1764变异。用S基因PCR-RFLP方法确定HBV基因型。结果:乙型肝炎病毒前C区联合基本核心启动子变异在原发性肝癌组的阳性率为41.18%(14/34),显著高于慢性肝病组的11.22%(11/98)(P<0.01)。前C A1896联合BCP T1762/A1764变异在B基因型检出率与C基因型相比,差异无显著性(P>0.05)。结论:乙型肝炎病毒前C区联合基本核心启动子变异与原发性肝癌关系密切,与基因型无相关性。

乙型肝炎病毒前C/基本核心启动子区变异的生物学意义

乙型肝炎病毒（HBV）基因组变异率约为其他DNA病毒的104倍,主要原因：（1）HBV复制是以mRNA为模板反转录合成子代病毒DNA,该过程中缺乏校对酶的作用,容易发生碱基错配;（2）在内源性（宿主免疫清除）和外源性（疫苗接种、乙型肝炎免疫球蛋白注射、抗病毒药物治疗和诊断试剂检测）选择性压力下,

HBA2基因非编码区罕见突变分子诊断及家系分析

目的:对1例不符合遗传规律的α-地中海贫血病例进行分子诊断及家系分析,探索新发现的罕见突变(HBA2:c.*12G>A)对临床表型的影响。方法:采集先证者及其家系成员的血液样本进行血常规检测,毛细管电泳法进行血红蛋白组分分析,常规技术(Gap-PCR、RDB-PCR)检测中国人群常见的α-及β-珠蛋白基因位点,Sanger测序法分析α-珠蛋白基因序列(HBA1、HBA2)。结果:通过分析先证者及其家系成员的检测结果,检出先证者基因型为-α^(3.7)/HBA2:c.*12G>A,其父亲为罕见α-珠蛋白基因HBA2:c.*12G>A杂合突变携带者。结论:本研究发现了一种未报道的罕见α-珠蛋白基因突变HBA2:c.*12G>A,其杂合突变携带者表现为静止型α-地中海贫血。

儿童慢性乙型肝炎患者HBV前C/基本核心启动子区基因变异特点研究

目的探讨慢性乙型肝炎(慢乙肝)患儿HBV前C(procore, PC)/基本核心启动子(basic core promoter,BCP)区的变异特点。方法收集符合慢乙肝和肝硬化诊断标准的患儿血清166例。采用DNAout方法提取血清HBV DNA;巢式PCR方法扩增HBVPC/BCP区序列,PCR产物纯化后直接测序。分析HBVPC/BCP区相关位点变异情况。结果 166例患儿中,HBV B基因型的患儿占比20.83%,HBV C基因型的患儿占比79.17%。在感染HBV B基因型的患儿中,乙型肝炎(乙肝)肝硬化患儿与慢乙肝患儿的HBV DNA水平无明显差异,但前者G1899A位点突变率高于后者。在感染HBV C基因型的患儿中,与慢乙肝患儿相比,乙肝肝硬化患儿发生A1762T/G1764A、G1896A突变的比率明显升高且ALT水平较高。结论 HBV C基因型,ALT水平升高,发生A1762T/G1764A,G1896A位点变异的患儿,更容易发展为乙肝相关肝硬化。

胶质瘤中端粒酶逆转录酶启动子区突变分析及其预后意义

目的：探讨端粒酶逆转录酶（TERT）启动子区突变与胶质瘤患者临床病理指标的关系及其对预后的影响。方法：应用Sanger测序技术检测78例脑胶质瘤组织中TERT启动子区C228T和C250T位点的突变情况,分析TERT启动子区突变与临床病理指标的关系及其对预后的影响。结果：TERT启动子区突变在脑胶质瘤中的发生率为32.1%,在低级别（Ⅰ~Ⅱ）和高级别（Ⅲ~Ⅳ）胶质瘤中突变分别占28.0%和34.0%。其中少突星形细胞瘤中突变占57.1%,胶质母细胞瘤中突变占44.4%,低级别星形细胞瘤和少突胶质细胞瘤中突变分别占28.6%和23.1%。TERT启动子区突变与胶质瘤患者术后生存时间显著相关,突变型术后生存时间显著短于野生型（P=0.001）。按低级别和高级别分组独立分析后发现,TERT启动子区突变在低级别组和高级别组中均与不良预后相关（P值分别为0.019和0.018）。Cox回归分析表明,TERT启动子区突变和术后放化疗是独立的预后影响因素（P=0.002,HR=3.486,95%CI：1.591~7.637;P=0.004,HR=0.331,95%CI：0.156~0.699）。结论：TERT启动子区突变频繁发生于脑胶质瘤中,突变型胶质瘤患者预后不良。

中国汉族人群NOS3基因启动子区T-786C、A-922G与第7外显子G894T多态性等位基因及其组合分布

目的 研究中国汉族人群的内皮源性一氧化氮合酶基因启动子区 T 786C、A 92 2G与第 7外显子G894T 3个位点的单核苷酸多态性 (SNP)及其等位基因频率、单倍型组合分布特征。方法 利用嵌套式等位基因特异性引物PCR技术检测NOS3T 786C、NOS3G894TSNP以及单一等位基因特异性引物PCR技术检测NOS3A 92 2GSNP ,应用聚类分析其基因多态性特征。结果 获得 50 4例受试者的 3位点的 2 7种SNP基因型组合的自然分布特征。SNP基因型组合前 5种 :NOS3G894T +A 92 2A +T 786T 64例 (1 2 65 % ) ,NOS3G894G +A 92 2A +T 786T 54例(1 0 67% ) ,NOS3G894T +A 92 2G +T 786T 52例 (1 0 2 8% ) ,NOS3G894G +A 92 2G +T 786T 36例 (7 1 1 % ) ,NOS3G894T +A 92 2G +T 786C33例 (6 52 % )。男亚组的SNP的组合分布发生频度的前 3位的顺序与全样本是一致的。结论 本研究首次揭示了NOS3基因的 3位点的SNP基因型组合分布特征 ,为研究其与生理功能和疾病的关系的提供实验基础。

ABCA1基因启动子区-477C/T单核苷酸多态性在中国汉族正常人群中的分布及对血脂的影响

目的研究ATP结合盒转运子A1(ABCA1)基因启动子区-477C/T单核苷酸多态性(SNP)在中国汉族正常人群中的分布及其对血脂的影响。方法用聚合酶链反应-限制性酶切片段长度多态性分析法(PCR-RFLP)检测113例中国汉族正常人ABCA1基因启动子区-477C/T SNP三种基因型在正常人群中的分布及其与临床指标的关系。结果ABCA1基因启动子区-477C/T SNP存在于中国汉族正常人群中;其基因型分布为:CC基因型37.2%(42例),CT基因型46.9%(53例),TT基因型15.9%(18例)。三种基因型间比较,TT基因型血高密度脂蛋白水平明显低于CC基因型(P<0.05),而总胆固醇、甘油三脂、低密度脂蛋白、极低密度脂蛋白、体重指数等指标在三种基因型间差异无显著性(P>0.05)。结论在中国汉族正常人群中,TT基因型可明显影响血浆高密度脂蛋白水平。

愈肝颗粒治疗慢性乙型肝炎基本核心区启动子变异患者的疗效观察

目的:观察中药制剂愈肝颗粒治疗慢性乙型肝炎（CHB）基本核心区启动子（BCP）变异患者的疗效。方法:用微孔板杂交法和酶联免疫吸附试验联合检测乙型肝炎病毒（HBV）BCP变异,变异阳性组（简称P组,46例）和变异阴性组（简称N组,69例）。所有患者均给予愈肝颗粒治疗,观察患者治疗前后临床表现及实验室有关指标。结果:治疗结束后,两组患者症状积分显著减低,血清ALT、TBiL水平明显下降。P组HBeAg阴转率（60％）显著高于N组（30％,P<0.05）,而HBV-DNA阴转两组比较差异无显著性,两组综合疗效相似。结论:愈肝颗粒能够显著改善CHB患者的症状,降低血清ALT和TBiL水平,同时具有抗HBV作用,且对于BCP变异株感染与野生株感染同等有效。

护骨素基因启动子区T950C多态性与2型糖尿病合并骨质疏松症的关系

目的探讨护骨素(OPG)基因启动子区T950C的多态性与2型糖尿病(T2DM)合并骨质疏松症的关系,了解T2DM合并骨质疏松症与遗传相关的易感基因。方法(1)使用聚合酶链反应技术,检测T2DM不合并骨质疏松组(A组),T2DM合并骨量减少组(B组),T2DM合并骨质疏松组(C组),OPG基因T950C的基因型,分别分析3组的OPG基因T950C多态性;(2)比较3组人群性别、体重指数、年龄、血压、体重、糖化血红蛋白、身高、血脂、空腹血糖、睾酮、雌激素、维生素D等临床指标;(3)比较OPG基因T950C的基因型间不同部位的骨密度差异;(4)通过Logistic回归分析了解T2DM合并骨质疏松患者的独立危险因素。结果(1)TC型是T2DM和T2DM合并骨质疏松症人群OPG基因T950C的主要基因型;(2)3组OPG基因T950C基因型的频率及等位基因频率的差异均无统计学意义(P>0.05);(3)3组患者体重、年龄、身高、BMI、比较,差异有统计学意义(P<0.05),且各组间相互比较,差异有统计学意义(P<0.05);(4)OPG基因T950C的3种基因型比较,各部位的骨密度均无差异(P>0.05);(5)回归分析显示:年龄、吸烟可进入回归方程,而OPGOPG基因T950C的基因型未进入回归方程。结论(1)TC型是T2DM和T2DM合并骨质疏松症患者OPG基因T950C的主要基因型;(2)OPG基因T950C的基因型可能不是T2DM及T2DM合并骨质疏松症的易感基因;(3)吸烟和年龄是T2DM合并骨质疏松患者的独立危险因素。

淋球菌mtrR启动子区域中回文序列基因突变与多重耐药的关系

目的 :探讨淋球菌mtrR启动子区域中回文序列基因突变与多重耐药之间的关系。方法 :①纸片扩散法检测 5 6株淋球菌对 5种抗生素的敏感性 ;②PCR扩增mtrR启动子区域中包含有 13个碱基回文序列在内的 15 7个碱基 ,并进行SSCP(单链构象多态性 )分析 ;③根据SSCP的结果 ,选取 12株标本进行测序分析 ,将其核苷酸序列与标准敏感株ATCC194 2 4进行比较。结果 :5 6株细菌中有 5株对 5种抗生素都敏感 ;对 1种抗生素耐药的有 2 2株 ;对 2种抗生素耐药的有 19株 ,其中有 2株mtrR启动子区域中回文序列基因发生了突变 ;对 3,4和 5种抗生素耐药的株菌分别是 7株、2株和 1株 ,它们的mtrR启动子区域中回文序列基因均发生了突变。并且这 12株突变的类型一致 ,在 13个碱基的回文序列中发生了单个A/T碱基的缺失。结论 :mtrR启动子区域中回文序列基因突变介导淋球菌的多重耐药 ;