45个可变数目串联重复序列位点用于中国结核分枝杆菌基因型鉴定的分辨力评价

目的评价结核分枝杆菌基因组中串联重复序列（VNTR）位点在中国结核分枝杆菌临床分离株的分型鉴定的分辨力。方法参考http：／／minisatellites.u-psud.fr／网站记载的位点选取其中VNTR位点，参照H37Rv结核分枝杆菌标准株全基因序列，利用DNAStar软件设计引物，采用PCR分别对中国结核分枝杆菌临床来分离株和H37Rv标准株的VNTR位点进行检测，根据PCR凝胶电泳图片中各菌株相应位点扩增产物的大小，确定重复单元的重复次数。计算Hunter-Gaston指数来分析各位点的分辨能力，及各位点合并分辨力。结果共检测135株中国结核分枝杆菌临床分离株和H37Rv标准株的45个VNTR位点。结果显示45个VNTR位点对136株菌的分辨力各不相同，Hunter-Gaston指数最大者为0.814（0.797-0.830），最小者为O.015（0.001-0.028），〉0.5的有13个位点。位点的合并分辨力分析显示，随着位点数量增加，分辨力增强，如Qubll-b和Qub18两个位点合并分析，Hunter-Gaston指数为0.936，分组数为44组；Qub11-b、Qub18、Mtub21、Rv2372、MIRU26、Qub26、Qub4156c、Qub11-a和Qub15等9个位点合并分析，Hunter-Gaston指数已经达到1，组数为136组，表示已达到最大分辨力，即株水平分型。结论不同VNTR位点具有不同的分辨力。其分型分辨力，多位点联合明显好于单位点。Qub11-b等9个位点的合并分型能力较好，这些位点有利于结核分枝杆菌的分型研究。