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分子模拟中的增强抽样方法
被引量:
2
1
作者
杨立江
邵强
高毅勤
《化学进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2012年第6期1199-1213,共15页
分子模拟在化学、物理、生物、材料等多学科的发展中起着越来越重要的作用。然而,受到当前计算机处理速度的限制,分子模拟计算所能够达到的时间尺度同实验或实际应用中要求的时间尺度相比还存在着巨大的差距。增强抽样方法的发展和应用...
分子模拟在化学、物理、生物、材料等多学科的发展中起着越来越重要的作用。然而,受到当前计算机处理速度的限制,分子模拟计算所能够达到的时间尺度同实验或实际应用中要求的时间尺度相比还存在着巨大的差距。增强抽样方法的发展和应用可以有效地拓宽分子模拟所能研究体系的时间尺度,极大地提高分子模拟的热力学和动力学计算能力。本文中先简单介绍增强抽样方法的发展以及几类增强抽样方法的优缺点,然后重点介绍了我们研究组所发展的温度积分抽样方法(integrated tempering sampling,ITS)的基本思路及其在蛋白质折叠研究中的应用。文章最后总结了增强抽样方法发展的新需求,同时也对此研究方向的广阔发展前景进行了展望。
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关键词
分子模拟
增强抽样
温度积分
抽样
蛋白质折叠
原文传递
题名
分子模拟中的增强抽样方法
被引量:
2
1
作者
杨立江
邵强
高毅勤
机构
北京大学化学与分子工程学院
中国科学院上海药物研究所
出处
《化学进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2012年第6期1199-1213,共15页
基金
国家自然科学基金项目(No.91027044
21003004)资助
文摘
分子模拟在化学、物理、生物、材料等多学科的发展中起着越来越重要的作用。然而,受到当前计算机处理速度的限制,分子模拟计算所能够达到的时间尺度同实验或实际应用中要求的时间尺度相比还存在着巨大的差距。增强抽样方法的发展和应用可以有效地拓宽分子模拟所能研究体系的时间尺度,极大地提高分子模拟的热力学和动力学计算能力。本文中先简单介绍增强抽样方法的发展以及几类增强抽样方法的优缺点,然后重点介绍了我们研究组所发展的温度积分抽样方法(integrated tempering sampling,ITS)的基本思路及其在蛋白质折叠研究中的应用。文章最后总结了增强抽样方法发展的新需求,同时也对此研究方向的广阔发展前景进行了展望。
关键词
分子模拟
增强抽样
温度积分
抽样
蛋白质折叠
Keywords
molecular simulation
enhanced sampling
integrated tempering sampling
protein folding
分类号
O641.3 [理学—物理化学]
O643.1 [理学—物理化学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
分子模拟中的增强抽样方法
杨立江
邵强
高毅勤
《化学进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2012
2
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