基于机器学习的DNA复制起始位点识别研究

DNA复制发生在所有生物体内,是生物遗传的基础,它是从单个原始的DNA分子生成两个相同复制品的过程。为了深入了解这一重要的生物学过程并将它应用于发展对抗遗传病的新战略,有必要对DNA复制的机制进行研究。在后基因组时代,随着DNA序列数据的数量呈爆炸式的增长,急需发展高通量数据比对的工具,此工具能够通过DNA序列数据即可识别DNA序列中的复制起始位点。文章中提出一个新型的预测器iROI-PCM,将DNA序列样本通过结合一系列自协方差和交叉协方差的物理化学属性矩阵来表示,并使用支持向量机进行分类。经过严格的交叉验证,结果表明,所提出的预测器在敏感性、特异性、准确性、稳定性等指标上都明显优于已有的预测器,能在一定程度上对相关研究有所助益。

DNA复制起始位点的识别机制研究

DNA复制起始位点作为基因组的重要组成要素之一,是遗传信息传递给子代细胞的基础。然而,目前关于DNA复制起始位点的调控因素仍疑点重重。中国科学院生物物理研究所李国红课题组最近发现一个新颖的表观遗传调控通路--H2A.Z-SUV420H1-H4K20me2-ORC1,能够调控早期DNA复制起始位点的认证和激活,从而为理解真核生物中DNA复制起始位点的特征和调控因素提供了新思路。

人乳头状瘤病毒复制机制的研究进展

人乳头状瘤病毒(human papillomavirus,HPV)DNA以游离和整合两种形式存在于感染细胞中。游离形式HPVs的复制依赖于上皮细胞的分化,病毒E1、E2蛋白和复制起始位点(origin,Ori)为复制必需元件,E1和E2蛋白与Ori结合起始病毒DNA的复制。随后,病毒DNA通过E2蛋白与Brd4(bromodomain-containing protein 4)等细胞蛋白的互作而与染色体结合,并随细胞分裂平均分配到子代细胞中。在肿瘤中,高危型HPVs的基因组通常以整合形式存在,并随细胞的增殖而复制。