CMKLR1与chemerin及α-NETA复合体结构预测

他扎罗替尼诱导基因2(tazarotene-induced gene 2,TIG2)的产物chemerin是孤儿G蛋白耦联受体趋化因子样受体1(chemokine-like receptor 1,CMKLR1)的内源性配体。chemerin/CMKLR1信号系统在体内多组织器官发挥着重要的功能和作用。chemerin的C端在体内被蛋白酶切后形成多种亚型,该文通过Alphafold2对chemerin的6种亚型进行结构预测与建模,并将其中有活性的3种形式与CMKLR1进行复合体建模,对复合体进行结合位点分析后,阐明不同活性形式的差异结合位点。此外,将CMKLR1的小分子拮抗剂2-(α-萘甲酰基)乙基三甲基碘化铵(2-(α-naphthoyl)ethyltrimethylammonium iodide,α-NETA)与CMKLR1进行对接,确定二者的相互结合位置。实验结果从蛋白质分子结构层面解释了两点:(1)具有活性的chemerin与CMKLR1的互作方式;(2)小分子拮抗剂α-NETA与CMKLR1的互作方式。研究内容将为CMKLR1的靶向药物设计提供理论依据和实验基础。