马STR复合扩增体系的建立和应用

本文为实现对马匹进行亲缘鉴定及个体识别,基于STR分型技术建立了一套包含20个STR基因座和1个性别识别位点的复合扩增体系,并对其进行性能评价以及实际样本扩增测试。应用荧光标记技术,选择HTG06、HTG07、COR022、CA425、HTG04、COR082、LEX54、COR069、AHT05、HMS03、HMS01、HMS06、HMS07、COR058、HTG10、ASB17、VHL20、HMS02、ASB02、LEX34、Amelogenin共21个遗传标记,进行引物设计、PCR复合扩增、CE平台测序,验证该体系的灵敏度、特异性及耐受性。对128份实际样本进行检测以及亲缘关系比对,并对其中的66份未知亲缘关系的样本基因做多态性统计。结果显示:该复合扩增体系检测128份马样本能够获得完整STR分型,在实际扩增中,无非特异峰产生,对于不同种属动物,例如牛、羊、猪、鸡、猫、狗、人DNA样本扩增时不出现特异性扩增峰;0.075 ng马标准品在10μL体系下仍可以获得完整分型;对于4种常见抑制剂的耐受性可以分别达到血红素200μmol/L、血红蛋白200μmol/L、腐殖酸100 ng/μL、EDTA 1.2 mmol/L。本研究建立的马STR复合扩增体系分型准确、性能优,可满足实验室对马匹亲权关系鉴定和个体识别的需求。

3个X-STR基因座荧光标记复合扩增(英文)

为研究DXS6803、DXS981和DXS68093个基因座多态性及其在法医学中的应用,建立X染色体基因座(DXS6803、DXS981和DXS6809)的荧光复合扩增体系。用荧光标记引物PCR技术复合扩增3个基因座,并用ABIPRISM3100毛细管电泳及其软件进行基因分型。结果在中国汉族340名无关男性个体及195名无关女性个体中,DXS6803、DXS981和DXS6809三个基因座分别发现了13、12、11个等位基因,男性个体共检出183种单倍型,单倍型多样性为0.9926。结果表明这3个基因座有较高的多态性信息,在个体识别和亲权鉴定(特别是在缺失双亲的特殊检案)中有重要的应用价值。

5个X-STR基因座荧光复合扩增体系的建立及法医学应用

为了发掘更多多态性高的X染色体短串联重复(X-STR)基因座,以解决法医学实践中的特殊案例,建立了一组荧光复合扩增体系,同时检测DXS6803、DXS981、DXS6809、DXS6789和DXS7132 5个X-STR基因座,并用ABI PRISM 3100作毛细管电泳和GeneMapper ID 3.1软件进行基因分型,结果清晰,灵敏度高,重复性好。最低检出限为0.25 ng,10～20 ng模板DNA能得到最佳结果,在实际检案中能得到满意结果。实验表明,本体系能为用X-STR基因座解决特殊的亲权鉴定案提供快速鉴定技术,是常染色体STR、Y-STR等鉴定方法的良好补充,在法医学实践中有较好的实用价值。

24个Y-STR基因座荧光标记复合扩增体系的建立

目的 构建包含24个Y-STR基因座的荧光标记复合扩增体系.方法 选择DYS531、DYS630、DYS622、DYS552、DYS510、DYS449、DYS459a/b、DYS446、DYS443、DYS635、DYS587、DYS527a/b、DYS460、Y-GATA-A10、DYS520、DYS557、DYS522、DYS481、DYS570、DYS385a/b、DYS44424个Y-STR基因座,构建荧光复合扩增体系.检测该体系的特异性、同一性、灵敏度、扩增均衡性、抗干扰性和准确性,调查其在广东地区人群的基因多样性.结果 建立的复合扩增体系在检测的非人类及女性样本中未发现谱带,同一个体不同组织检测结果一致,0.1 ng以上标准品9948可检测获得完整分型结果.常见抑制物中体系内加入120~200μmol/L血红素、1.5~2.0 mmol/L钙离子时出现等位基因丢失,对靛蓝、腐殖酸、EDTA具有较强抗干扰性.通过146例无关个体与Yfiler系统平行检测比对,24 Y-STR检测体系分型准确.广东地区人群单倍型多样性（HD）为0.99972,优于Yfiler系统（HD=0.99858）.结论 本研究建立的24个Y-STR基因座荧光标记复合扩增体系法医学应用前景广阔,可用于案件检验、亲权鉴定与Y-STR数据库建设.

荧光标记复合扩增毛细管电泳法在SNP分型中的应用

目的采用荧光标记复合扩增毛细管电泳法,对辽南地区汉族人群13个SNP进行等位基因频率调查,并评价其法医学应用价值。方法选择13个双等位基因SNP,应用荧光标记片段长度差异等位基因特异性复合扩增SNP分型方法,对辽南地区汉族人群进行群体调查。结果每个SNP纯合子为单一产物峰,杂合子则为长度不同的两个产物峰。不同位点扩增产物长度不同,根据产物长度和产物峰数量进行SNP分型,其结果与直接测序完全一致。同时获得辽南地区汉族人群13个SNP等位基因频率。结论采用荧光标记复合扩增毛细管电泳法进行SNP分型,方法简单实用,在法医学个人识别领域具有较高的应用。

X染色体STR荧光复合扩增体系的建立及其应用

目的研究X染色体STR在法医学亲权鉴定中的应用。方法利用荧光标记引物复合PCR技术,在同一反应管中同时检测DXS6801、DXS9902、DXS6809、DXS6803、DXS6804和DXS67996个X-STR基因座,采用3100遗传分析仪电泳和GeneMapper IDv 3.1软件进行基因分型。结果本体系同时分析6个X-STR基因座,结果清晰,灵敏度高,重复性好。结论本研究的6个X-STR基因座复合扩增体系,在法医学个体识别特别是女性的亲权鉴定中有重要应用价值。

23个STR基因座荧光复合扩增体系的法医学应用评估

目的评估新建立的23个STR复合扩增体系EX23的法医学应用价值。方法使用磁珠法提取样本DNA,应用23个STR复合扩增体系进行扩增,ABI3130XL遗传分析仪对扩增产物进行电泳,GeneMapperID 3.2软件进行基因分型,对法医学应用参数、灵敏度、种属、脱落细胞检材及降级检材分型效果进行观察,并与Sinofiler试剂盒比较。结果 DNA模板量在0.05~1.00ng时,各基因座分型结果清晰准确,均衡性好、特异性强。应用该复合扩增体系检验混合样本、降解检材及脱落细胞检材,均能获得正确的分型结果。统计结果显示该23个STR基因座累计个人识别（TDP）率达0.999999999,三联体累计非父排除率（CPE）达0.999999997。结论新建立的23个STR复合扩增体系分型效果良好,在广东地区汉族人群中具有高度多态性,可满足日常法医鉴定的需要。

用荧光复合扩增体系检测5个X染色体短串联重复序列基因座的多态性

【目的】为了研究X染色体短串联重复序列(X-STR)基因座的遗传多态性,我们检测了DXS6803、DXS981、DXS6809、DXS6789和DXS71325个基因座在广东汉族人群中的多态性。【方法】利用荧光标记引物PCR技术复合扩增上述5个基因座,并用ABIPRISM3100毛细管电泳及GeneMapperID3.1软件进行基因分型。【结果】在363个广东汉族无关个体(男性:181个,女性:182个)中5个基因座共检出54个等位基因。多态性信息含量为0.6935～0.8177;女性个体识别率为0.8976～0.9562。三联体非父排除率为0.7805～0.8467。【结论】这5个基因座多态性较高,在个体识别和亲权鉴定中具有重要的应用价值。

荧光复合扩增DXS6804、DXS6799和DXS7132基因座

应用分子克隆技术制备出DXS6804、DXS6799和DXS7132基因座的等位基因分型标准物，通过研究复合扩增技术，构建3个基因座X—STR复合扩增的荧光检测体系。

前列腺癌膜联蛋白Ⅱ微卫星不稳定的荧光复合扩增研究

目的探讨膜联蛋白Ⅱ微卫星的不稳定对前列腺癌早期诊断的作用。方法使用荧光复合扩增的方法对16例前列腺癌组织、16例良性前列腺增生组织及16例正常人血样中的膜联蛋白Ⅱ的三个基因座进行扩增,检测PCR产物,分析其差异与疾病间的关系。结果膜联蛋白Ⅱ的D15S1185,D15S1292两个正常基因座在前列腺癌组织、良性前列腺增生组织以及血液样本中扩增大小无差别;在AN2-di-repeat-NH的二核苷酸重复序列微卫星基因座区域表现差异,以扩增大小134 bp为分界线,前列腺癌组织与正常血液样本存在显著性差异(χ2=9.087,df=1,P=0.003),前列腺癌组织与良性前列腺增生组织之间显著性不明显(χ2=1.997,df=1,P=0.158),良性前列腺增生组织与正常血液样本之间有显著性差异趋势(χ2=3.405,df=1,P=0.065)。结论膜联蛋白Ⅱ二核苷酸微卫星基因座AN2-di-repeat-NH的多态性有可能成为早期前列腺癌的预警指标。

DYS19、DYS391、DYS439三个Y-STR荧光标记复合扩增的法医学应用研究

目的 研究Y—染色体STR基因座在法医学检测中的应用价值。方法 用荧光标记DYS19,DYS391,DYS4 39三个Y—STR基因座 ,PCR复合扩增 ,通过毛细管电泳得到结果。结果 三个Y—STR基因座有较高的种属特异性 ;观察 5 0次男性配子细胞形成过程中的减数分裂未发现突变基因 ;对男∶女不同比例混合血样检测 ,当男∶女性血样比达 1∶5 0时 ,仍能准确分型Y—STR基因型 ,并且Y—STR检验较常染色体STR分型更有优势 ;检测了 1～ 15个月病理石蜡切片 ,表明Y -STR基因座适合降解DNA的检测。结论 Y -STR分型适合日常法医检案的需要 ,该方法是对常染色体STR应用的一个补充。

19个X-STR荧光复合扩增体系的法医学应用评估

目的评估含有19个X染色体-短串联重复序列(X-STR)的复合扩增体系在法医学中的应用效果。方法参照DNA分析方法科学工作组(SWGDAM)的验证指南,评估了含有19个X-STR的复合扩增体系的种属特异性、灵敏度、抗抑制剂、精确性、可重复性、一致性、在混合样本与陈旧样本中的检测效果及Stutter峰和群体多态性。结果 DNA模板量在0.25~1.00ng时,各基因座分型结果清晰准确,均衡性好、特异性强,混合、陈旧样本均能获得正确的分型结果;检测中国南方汉族共196份无关个体血样,19个X-STR遗传标记共检出151个等位基因,基因频率为0.0037~0.8439,其中多态性信息量最为丰富的基因座是DXS10135(多肽性信息含量=0.9173),个体识别能力在男、女性群体中分别为0.9124、0.9894;累积个体识别能力在男性群体中大于0.999 999 999 874,在女性群体中大于0.999 999 999 999;在三联体案件中的累积平均排除概率大于0.999 999 999 298,在二联体中的累积平均排除概率大于0.999 999 500 495。结论含有19个X-STR的复合扩增体系分型准确、稳定,满足法医学实践的要求,获得的基因频率等参数可为X-STR检验提供数据支撑。

五色荧光标记27个Y染色体短串联重复序列基因座复合扩增体系的建立

目的建立27个Y染色体短串联重复序列(Y-STR)基因座的复合扩增体系,评估其法医学应用价值。方法采用五色荧光素标记技术,对27个Y-STR基因座进行复合扩增和毛细管电泳检测;检测体系的灵敏度、均衡性、一致性、特异性和稳定性,并观察混合、降解和脱落细胞检材的分型情况。结果五色荧光标记复合扩增检测体系的阳性DNA样本分型正确,内标和等位基因分型标准物符合要求;等位基因间的均衡性≥70%,同一荧光标志基因座间的均衡性≥50%,不同标志荧光素间的均衡性≥30%。灵敏度达0.125 0 ng,种属特异性高;混合、降解和脱落细胞检材的分型正确。结论 27个Y-STR基因座复合扩增体系分型效果良好,对建立Y染色体STR数据库、研究群体遗传学和进行法医学鉴定有重要意义。

4个X-STR基因座复合扩增体系的建立及应用

目的:建立DXS9902,DXS7130,DXS9898及DXS9895等4个X染色体特异性短串联重复(X-chromosomespecific short tandem repeat,X-STR)基因座的复合扩增体系,调查其多态性并探讨在法医学实践中的应用.方法:复合扩增DXS9902,DXS7130,DXS9898及DXS98954个基因座,ABI PRISM3100进行毛细管电泳检测,Genescan及Genetyper软件进行检测结果分析及等位基因分型.结果:在中国北方汉族200名无关男性个体及200名无关女性个体中,4个基因座分别发现了6,12,8,6个等位基因.结论:这4个基因座的复合扩增系统有较高的多态性信息,在个体识别和亲权鉴定中有较好的实用价值.

10个STR基因座荧光复合扩增体系的研制

目的建立10个STR基因座荧光标记复合扩增体系,并评价其法医学应用价值。方法在北京、山西、广东汉族,辽宁满族、西藏藏族群体中调查STR基因座遗传多态性,筛选出9个具有高度多态性和法医应用价值的STR基因座及性别基因座。构建四色荧光素标记复合扩增体系,制备等位基因分型标准物,编制分析软件,并对体系的种属特异性、灵敏度、稳定性、混合样本等检测能力进行考察。结果建立的复合扩增体系遗传稳定好,累积非父排除率可达0.999 96,累积个体识别率可达0.999 999 999 999 3;与CODIS系统均不存在连锁遗传;各基因座间布局合理、无杂峰、扩增结果清晰易辨,并可实现检测分析自动化。体系种属特异性较好,灵敏度为0.1ng,稳定性好,混合样本检出范围在2∶8～8∶2之间。实际案例检材检测结果好。结论本文建立的复合扩增体系在法医学实践中有较好的应用价值。

6个Y-STR荧光复合扩增系统的建立及应用

目的建立6个Y-STR荧光复合扩增体系,评价其法医学应用价值。方法设计DYS444,GATA-A7.2,GATA-A10,DYS390,GATA-A7.1,DYS443荧光复合扩增引物,扩增总体积20μL,内含模板DNA0.5～10ng,PCR产物用3130遗传分析仪电泳,GenemapperID v 3.2分析结果,根据等位基因标准命名各等位基因,并评价该系统的特异性、准确性、均衡性、灵敏度及对混合血样的分析能力。结果当dNTP、Mg2+分别为200μmol/L、1.5mmol/L时扩增效果最佳,0.5～10ngDNA模板量均能获得较好的扩增效果,各基因座分型结果清晰,扩增均衡,特异性强,重现性好,基本满足实际应用的性能要求。对湖北汉族群体进行遗传学调查,结果GD值0.580 3～0.722 3,共检出158种单倍型,其多样性为0.995 8。结论本文6个Y-STR扩增系统分型可靠,配合常用Y-STR分型试剂盒,可进一步提高个体识别能力。

STR荧光复合扩增试剂发展历史及研究应用进展

STR(short tandem repeats,短串联重复序列)是法医个体识别和亲子鉴定领域的“金标准”。本文简要介绍了法医STR荧光复合扩增试剂的发展历史、研究现状,以及STR试剂在法医学领域的应用情况、优势与局限性等内容。STR系统经过多年的发展与实践已非常成熟,但仍具有相当高的研究价值和广阔的发展空间。

30个中低突变Y-STR基因座复合扩增体系的建立

目的建立30个中低突变Y-STR基因座的复合扩增体系,并对其性能进行评估。方法采用六色荧光标记技术,选择30个中低突变率、中高多态性的Y-STR基因座自行设计引物,进行复合扩增和毛细管电泳检测。检测该体系的准确性、特异性、灵敏度和耐受性,并观察其在混合检材的分型情况。结果采用本体系,分型结果准确稳定、特异性好、耐受性强,灵敏度达0.0625ng,混合检材在1:4的比例下,可获准确分型。结论本研究建立的30个Y-STR基因座的复合扩增体系分型结果良好,对于中国人群的法医Y-STR数据库建设和群体遗传学研究具有重要意义。