目的:基于网络药理学方法探究复方血栓通胶囊治疗视网膜静脉阻塞(retinal vein occlusion,RVO)的潜在作用靶点及机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analy...目的:基于网络药理学方法探究复方血栓通胶囊治疗视网膜静脉阻塞(retinal vein occlusion,RVO)的潜在作用靶点及机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)获取三七、黄芪、丹参、玄参的活性成分及相关靶点。运用GeneCards、在线孟德尔人类遗传数据库(online mendelian inheritance in man,OMIM)以及DrugBank数据库获取RVO的相关作用靶点,采用Cytoscape 3.7.2软件绘制“疾病-药物-活性成分-靶点”图,借助STRING数据库建立靶点蛋白-蛋白互作网络(protein-protein interactions,PPI),并挖掘其中潜在的蛋白质功能模块。最后通过Metascape平台进行基因本体论功能(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析。结果:筛选得到复方血栓通胶囊119个有效活性成分,有效靶点202个,RVO的疾病靶点1539个,最终获得复方血栓通胶囊治疗RVO有效靶点115个,通过PPI筛选出主要核心靶点10个,富集分析得到的有效靶点主要参与癌症相关通路,糖尿病并发症相关AGE-RAGE、流体剪切应力与动脉粥样硬化、白细胞介素17、肿瘤坏死因子、PI3K-Akt、MAPK等信号通路。结论:复方血栓通胶囊主要通过调节氧化应激、炎症因子、新血管生成、细胞凋亡等过程治疗RVO。展开更多
通过网络药理学来预测复方鹿茸健骨胶囊(CLJC)治疗老年性骨质疏松(Senile Osteoporosis,SOP)的作用机制。通过中药系统药理学成分分析平台(BATMAN-TCM)、TCMID数据库、中国知网、PubMed和Web of Science等途径查阅相关文献,中药系统药...通过网络药理学来预测复方鹿茸健骨胶囊(CLJC)治疗老年性骨质疏松(Senile Osteoporosis,SOP)的作用机制。通过中药系统药理学成分分析平台(BATMAN-TCM)、TCMID数据库、中国知网、PubMed和Web of Science等途径查阅相关文献,中药系统药理学数据库(TCMSP)检索CLJC的主要活性成分,ADME功能以及Uniprot数据库检索筛选CLJC的主要活性成分靶点;通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、疾病相关的基因与突变位点数据库(DisGeNET)检索SOP主要作用靶点;通过Venny2.1.0软件对药物靶点与疾病靶点取交集,两者交集即为CLJC治疗SOP潜在靶点;用STRING数据库分析蛋白质-蛋白质相互作用(PPI),并且构建PPI网络图;用Metascape数据库进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,并通过Cytoscape 3.9.2软件构建“药物成分-靶点-疾病-通路”网络图;最后,通过Auto Dock Tools 1.5.7软件将核心活性成分与核心靶点进行分子对接,并进一步验证CLJC治疗SOP以及网络药理学所得出的结论。CLJC共筛选到89种活性成分,相对应的药物靶点有463个;SOP共筛选到972个疾病靶点;CLJC与SOP共有81个靶点,核心靶点有AKT1、TP53、CTNNB1、SRC、RXRA、ITGB3、SP1、MMP3、TNF、MMP9、MMP2、TGFB1、PPARG、FOS、IGF2、VEGFA和IL10等;GO分析显示,BP有激素反应(Response to hormone)、肽反应(Response to peptide)、细胞对氮化合物的反应(Cellular response to nitrogen compound)等;MF有信号受体调节器活性(Signaling receptor regulator activity)、信号受体激活器活性(Signaling receptor activator activity)、受体配体活性(Receptor ligand activity)等;CC有隔膜筏(Membrane raft)、膜微结构域(Membrane microdomain)、质膜筏(Plasma membrane raft)等;KEGG富集分析共得到164条通路,主要有癌症通路(Pathways in cancer)、MAPK信号通路(MAPK signaling pathway)、癌症蛋白聚糖(Proteoglycans in cancer)以及脂质和动脉粥样硬化(Lipid and atherosclerosis)等;分子对接验证核心活性成分与核心靶点都表现出良好的对接活性。本研究证实了CLJC中的quercetin成分与AKT1和TP53靶蛋白相互作用,通过Pathways in cancer、MAPK signaling pathway等信号通路多成分、多靶点、多通路治疗SOP。展开更多
目的:基于网络药理学方法探讨复方斑蝥胶囊治疗非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)的作用机制。方法:从中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platfo...目的:基于网络药理学方法探讨复方斑蝥胶囊治疗非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)的作用机制。方法:从中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)筛选复方斑蝥胶囊中11味中药的活性成分及作用靶点,利用药物靶标数据库TTD、人类基因数据库(the human gene database,GeneCards)、美国国家生物技术信息中心(NCBI)筛选NSCLC相关靶点基因,通过STRING数据库对疾病与药物共同靶点构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络模型,运用Cytoscape 3.5.1软件构建化合物-关键靶点相互作用网络图,利用DAVID6.8数据库对共同靶点进行生物过程和信号通路富集分析。结果:共筛选出复方斑蝥胶囊的210种活性成分和310个作用靶点,与治疗NSCLC相关靶点155个,关键靶点68个,主要通过作用于丝氨酸/苏氨酸特异性蛋白激酶1、肿瘤蛋白质53、血管内皮生长因子A、白细胞介素6、促分裂原活化蛋白激酶3、胱天蛋白酶3、JUN激酶、髓细胞增生原癌基因、肿瘤坏死因子、促分裂原活化蛋白激酶1、促分裂原活化蛋白激酶8、信号转导因子和转录激活因子3(急性期应答因子)、表皮生长因子、前列腺素内过氧化物合成酶2(前列腺素G/H合成酶和环氧酶)、雌激素受体1关键靶蛋白调控癌症通路、PI3K-Akt信号通路、癌症中的蛋白多糖通路、NSCLC通路等发挥治疗NSCLC的作用。结论:复方斑蝥胶囊可能通过多靶点、多途径治疗NSCLC。展开更多
文摘目的:基于网络药理学方法探究复方血栓通胶囊治疗视网膜静脉阻塞(retinal vein occlusion,RVO)的潜在作用靶点及机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)获取三七、黄芪、丹参、玄参的活性成分及相关靶点。运用GeneCards、在线孟德尔人类遗传数据库(online mendelian inheritance in man,OMIM)以及DrugBank数据库获取RVO的相关作用靶点,采用Cytoscape 3.7.2软件绘制“疾病-药物-活性成分-靶点”图,借助STRING数据库建立靶点蛋白-蛋白互作网络(protein-protein interactions,PPI),并挖掘其中潜在的蛋白质功能模块。最后通过Metascape平台进行基因本体论功能(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析。结果:筛选得到复方血栓通胶囊119个有效活性成分,有效靶点202个,RVO的疾病靶点1539个,最终获得复方血栓通胶囊治疗RVO有效靶点115个,通过PPI筛选出主要核心靶点10个,富集分析得到的有效靶点主要参与癌症相关通路,糖尿病并发症相关AGE-RAGE、流体剪切应力与动脉粥样硬化、白细胞介素17、肿瘤坏死因子、PI3K-Akt、MAPK等信号通路。结论:复方血栓通胶囊主要通过调节氧化应激、炎症因子、新血管生成、细胞凋亡等过程治疗RVO。
文摘通过网络药理学来预测复方鹿茸健骨胶囊(CLJC)治疗老年性骨质疏松(Senile Osteoporosis,SOP)的作用机制。通过中药系统药理学成分分析平台(BATMAN-TCM)、TCMID数据库、中国知网、PubMed和Web of Science等途径查阅相关文献,中药系统药理学数据库(TCMSP)检索CLJC的主要活性成分,ADME功能以及Uniprot数据库检索筛选CLJC的主要活性成分靶点;通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、疾病相关的基因与突变位点数据库(DisGeNET)检索SOP主要作用靶点;通过Venny2.1.0软件对药物靶点与疾病靶点取交集,两者交集即为CLJC治疗SOP潜在靶点;用STRING数据库分析蛋白质-蛋白质相互作用(PPI),并且构建PPI网络图;用Metascape数据库进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,并通过Cytoscape 3.9.2软件构建“药物成分-靶点-疾病-通路”网络图;最后,通过Auto Dock Tools 1.5.7软件将核心活性成分与核心靶点进行分子对接,并进一步验证CLJC治疗SOP以及网络药理学所得出的结论。CLJC共筛选到89种活性成分,相对应的药物靶点有463个;SOP共筛选到972个疾病靶点;CLJC与SOP共有81个靶点,核心靶点有AKT1、TP53、CTNNB1、SRC、RXRA、ITGB3、SP1、MMP3、TNF、MMP9、MMP2、TGFB1、PPARG、FOS、IGF2、VEGFA和IL10等;GO分析显示,BP有激素反应(Response to hormone)、肽反应(Response to peptide)、细胞对氮化合物的反应(Cellular response to nitrogen compound)等;MF有信号受体调节器活性(Signaling receptor regulator activity)、信号受体激活器活性(Signaling receptor activator activity)、受体配体活性(Receptor ligand activity)等;CC有隔膜筏(Membrane raft)、膜微结构域(Membrane microdomain)、质膜筏(Plasma membrane raft)等;KEGG富集分析共得到164条通路,主要有癌症通路(Pathways in cancer)、MAPK信号通路(MAPK signaling pathway)、癌症蛋白聚糖(Proteoglycans in cancer)以及脂质和动脉粥样硬化(Lipid and atherosclerosis)等;分子对接验证核心活性成分与核心靶点都表现出良好的对接活性。本研究证实了CLJC中的quercetin成分与AKT1和TP53靶蛋白相互作用,通过Pathways in cancer、MAPK signaling pathway等信号通路多成分、多靶点、多通路治疗SOP。
文摘目的:基于网络药理学方法探讨复方斑蝥胶囊治疗非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)的作用机制。方法:从中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)筛选复方斑蝥胶囊中11味中药的活性成分及作用靶点,利用药物靶标数据库TTD、人类基因数据库(the human gene database,GeneCards)、美国国家生物技术信息中心(NCBI)筛选NSCLC相关靶点基因,通过STRING数据库对疾病与药物共同靶点构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络模型,运用Cytoscape 3.5.1软件构建化合物-关键靶点相互作用网络图,利用DAVID6.8数据库对共同靶点进行生物过程和信号通路富集分析。结果:共筛选出复方斑蝥胶囊的210种活性成分和310个作用靶点,与治疗NSCLC相关靶点155个,关键靶点68个,主要通过作用于丝氨酸/苏氨酸特异性蛋白激酶1、肿瘤蛋白质53、血管内皮生长因子A、白细胞介素6、促分裂原活化蛋白激酶3、胱天蛋白酶3、JUN激酶、髓细胞增生原癌基因、肿瘤坏死因子、促分裂原活化蛋白激酶1、促分裂原活化蛋白激酶8、信号转导因子和转录激活因子3(急性期应答因子)、表皮生长因子、前列腺素内过氧化物合成酶2(前列腺素G/H合成酶和环氧酶)、雌激素受体1关键靶蛋白调控癌症通路、PI3K-Akt信号通路、癌症中的蛋白多糖通路、NSCLC通路等发挥治疗NSCLC的作用。结论:复方斑蝥胶囊可能通过多靶点、多途径治疗NSCLC。