基于ompB基因序列的立克次体精河株的系统发育分析与鉴定

用PCR方法扩增新疆分离的斑点热立克次体精河株(Rickettsia sp.Jinghe)的外膜蛋白B基因(ompB)并测定其序列,将精河株ompB基因序列与其他斑点热群立克次体的ompB基因序列进行比较作系统发育分析,结果表明精河株与西伯利亚立克次体(R.sibirica)有最近的亲缘关系,但他们之间的差异水平可将精河株列为斑点热群立克次体的一个新种。

实时荧光定量PCR检测莫氏立克次体

目的采用TaqMan-MGB探针建立检测莫氏立克次体的实时荧光定量PCR。方法依据莫氏立克次体外膜蛋白B基因(ompB)设计引物和探针,以克隆的ompB作模板建立实时荧光定量PCR方法。结果建立的定量标准曲线的循环阈值(Ct)与模板拷贝数呈良好的线性关系(r=0.995);该方法能检出<10拷贝的莫氏立克次体DNA,敏感性为普通PCR的1000倍。用该方法检测莫氏立克次体DNA,结果为阳性,但是检测其他相关细菌DNA的结果均为阴性。用该方法检测莫氏立克次体感染豚鼠血标本,50%样本检测为阳性,而普通PCR检测结果均为阴性。结论该实时荧光定量PCR具有很高的特异性和敏感性,适合于快速检测样本中微量莫氏立克次体DNA,可用于临床实验室快速确诊地方性斑疹伤寒。

实时荧光定量PCR检测普氏立克次体

目的采用新型TaqMan-MGB探针建立检测普氏立克次体的实时荧光定量PCR方法。方法根据普氏立克次体外膜蛋白B的基因(ompB)序列设计引物和探针,以克隆的OmpB基因片段作DNA模板,在荧光定量PCR检测仪(ABI 7900型)上建立实时荧光定量检测方法。结果建立的定量标准曲线的循环阈值(Ct)与模板拷贝数呈良好的线性关系(r=0．999)；与巢式PCR相比较,荧光定量PCR检测敏感性是其100倍。用荧光定量PCR检测莫氏立克次体及其他相关立克次体和细菌DNA,检出结果均为阴性。用荧光定量PCR检测普氏立克次体感染的豚鼠血标本,某些样本检测为阳性,而用巢式PCR检测的结果均为阴性。结论研究中建立的检测普氏立克次体实时荧光定量PCR具有很高的特异性和敏感性,适合于快速检测样本中微量普氏立克次体DNA,可用作临床实验室快速确诊流行性斑疹伤寒。