新颖栽培丹参材料的rDNA内外转录间隔区(ITS和ETS)分子标记鉴定

本研究对前期发现的2个新颖多年生大紫花单株(V-HNYZ-bV-1和W-SXXA-bV-1)和1个二年生白花丹参(Salvia miltiorrhiza)栽培居群(W-SCHY-W-1)材料,进行了基于其rDNA内、外转录间隔区(ITS和ETS)的分子标记鉴定。结果表明:W-SXXA-bV-1和V-HNYZ-bV-1的ITS的GC含量均较高,W-SCHY-W-1的ITS和ETS的GC含量最低;新颖材料W-SXXA-bV-1和V-HNYZ-bV-1的ITS序列变异率较高,均高于W-SCHY-W-1,而对于ETS序列,W-SXXA-bV-1和V-HNYZ-bV-1接近(7.1%~6.5%),但低于W-SCHY-W-1(8.2%);W-SXXA-bV-1与V-HNYZ-bV-1亲缘关系较近,W-SXXA-bV-1、V-HNYZ-bV-1和W-SCHY-W-1均与Q-DZH-V-4亲缘关系较远,V-HNYZ-V-1与Q-DZH-V-4亲缘关系很近。上述结果与栽培形态观察结果都高度一致表明:W-SXXA-V-1和V-HNYZ-V-1是康定或甘西鼠尾草,新颖单株材料W-SXXA-bV-1可能为W-SXXA-V-1的突变体,V-HNYZ-V-1和Q-DZH-V-4同为荔枝草,V-HNYZ-bV-1可能为混杂在V-HNYZ-V-1中的康定或西藏鼠尾草,与W-SXXA-bV-1非常相似。W-SCHY-W-1为粘毛鼠尾草。

栽培丹参居群外转录间隔区(ETS)遗传多样性分析

为了解栽培丹参居群核糖体RNA基因外转录间隔区(ETS)的遗传多样性及其系统发育关系,该研究以征集到的国内40份栽培丹参居群为材料,采用PCR首次成功扩增了栽培丹参居群的ETS序列,利用生物信息学手段对其序列进行了分析比较.结果表明:40个栽培丹参居群的ETS序列长度为421~433 bp,其中32个栽培丹参居群ETS序列长度为422 bp;GC含量为56.8%~62.8%,向GC方向偏斜;共有241个单核苷酸多态性(SNP)变异位点,变异率高达54.8%,有205个简约信息位点;基于ETS序列的SNP指纹可以鉴定14个栽培丹参居群.贝叶斯分析表明:其最佳核苷酸替代模型为HKY+I.对ETS序列的遗传多样性分析表明:栽培丹参在物种水平上存在非常丰富的遗传多样性.中性检验显示其在p>0.10的水平差异不具有统计学意义,符合中性进化模型.基于ETS序列的系统进化树表明:40个栽培丹参居群聚类在2个系支上,其中最大似然法(ML)和邻近连接法(NJ)聚类结果一致,较最大简约法更适合丹参ETS聚类分析.

利用外转录间隔区对中国人参和西洋参进行分子鉴定

人参和西洋参是我国两种重要的中药材。两者虽然形态相似,但药性差异较大。为了建立一种简单高效的中国人参和西洋参的分子鉴别方法,作者利用从核DNA的外转录间隔(ETS)发掘的人参和西洋参单核苷酸多态性位点(SNP),分别设计了人参和西洋参的等位基因特异性引物,并利用多重PCR对人参和西洋参进行了鉴定。结果表明,作者建立的多重PCR体系可以有效地对人参、西洋参及两者的混合品进行鉴定。

四川地区念珠菌性外阴阴道炎快速鉴定和菌种构成研究

目的建立快速诊断、鉴定外阴阴道念珠菌病病原体的方法,并分析四川地区外阴阴道念珠菌病菌种构成情况。方法直接从阴道炎患者宫颈分泌物中提取真菌DNA,扩增ITS1-2区,与培养法比较检出阳性率。分析念珠菌性阴道炎患者致病菌种构成特点;比较VVC患者与RVVC患者以及不同年龄段阴道炎患者菌种分布特点。结果对阴道分泌物的快速分子检测无论敏感性还是时效性都明显优于传统培养法;白念珠菌是引起念珠菌性阴道炎的优势致病菌。非白念珠菌在RVVC患者以及40岁以上患者感染比例增高。结论用分子生物学方法快速鉴定外阴阴道念珠菌病的病原菌有利于正确、及时地制订治疗方案。

云南石屏汉族与彝族患者外阴阴道念珠菌病的菌种构成

目的探讨云南省石屏县汉族和彝族患者外阴阴道念珠菌病(VVC)的菌种构成情况。方法收集来源于云南省石屏地区念珠菌病患者的阴道分泌物143份,其中汉族84份,彝族59份;根据科玛嘉(CHROMagar)显色培养基人工鉴定结果,同时经PCR扩增ITS1-ITS4区段,用测序法进行菌种鉴定,用DNAStar软件对测序结果进行分析。将科玛嘉显色培养基法与测序结果进行对比。结果科玛嘉显色培养基法检出4种菌种,分别是光滑念珠菌,克柔念珠菌,白色念珠菌和热带念珠菌。测序法在VVC阴道分泌物中检测出5种菌种,分别是白色念珠菌113株、光滑念珠菌25株、近平滑念珠菌3株、热带念珠菌和季也蒙念珠菌各1株;汉族患者未检测到季也蒙念珠菌,彝族患者未检测到热带念珠菌。汉族患者的白色念珠菌、光滑念珠菌、近平滑念珠菌和热带念珠菌的携带率分别为78.57%(66株)、17.86%(15株)、2.38%(2株)和1.19%(1株);彝族患者的白色念珠菌、光滑念珠菌、近平滑念珠菌和季也蒙念珠菌的携带率分别为79.66%(47株)、16.95%(10株)、1.69%(1株)和1.69%(1株)。云南省石屏县汉族VVC患者的念珠菌菌种构成比与彝族患者相比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论PCR测序法优于科玛嘉显色培养基法鉴定念珠菌的菌种,云南省石屏县汉族与彝族VVC患者的病原菌以白色念珠菌为主。

甄氏外瓶霉的核糖体基因分型研究

目的:应用核糖体基因(rDNA)序列对甄氏外瓶霉进行分型研究。方法:试验菌株包括甄氏外瓶霉及其变种 20株(模式株、标准株、临床及自然分离株),丛梗孢外瓶霉 8株,威尼克外瓶霉 1株 (标准株及临床和环境分离株),疣状瓶霉 1株。煮沸冷冻法提取DNA,常规PCR扩增核糖体基因及其转录间隔区,应用DNA多序列分析等方法进行研究。结果:甄氏外瓶霉核糖体基因及其转录间隔区变异较大,DNA序列分析显示,不同来源、不同致病性的甄氏外瓶霉可分为 7型,个别菌种与其他甄氏外瓶霉的遗传距离较大。结论:甄氏外瓶霉核糖体基因及其转录间隔区序列变异较大,个别菌株的归属有待于进一步研究。