多位点可变串联重复序列技术用于西藏地区结核分枝杆菌基因分型的初步研究

目的 初步探讨多位点数目可变串联重复序列（MLVA）技术在西藏地区结核分枝杆菌基因分型中的应用和初步了解西藏地区结核分枝杆菌数目可变串联重复序列（VNTR）基因型种类及其分布。方法 在拉萨、山南、林芝、日喀则、那曲、昌都6个地区结核病防治中心收集结核分枝杆菌临床分离菌株,设计引物,采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术对结核分枝杆菌20个VNTR位点进行检测,并通过BioNumerics 4．5软件进行DNA指纹图谱多态性分析。结果 共收集到217株结核分枝杆菌,分为19个不同的VNTR基因型,其中以Ⅺ型为主要基因型占87．6%（属于北京家族）,其次Ⅵ型、ⅩⅤ型、ⅩⅥ型各占1．38%,Ⅰ型、Ⅶ型、ⅩⅢ型各占0．92%,12株结核分枝杆菌为单一的基因型。不同地区之间,以Ⅺ型为主要基因型,分别占各地区的86．8%、91．3%、78．95%、88．2%、95．05、89．3%。结论 西藏地区的结核分枝杆菌存在明显的基因多态性,主要流行型为VNTRⅪ型（即北京家族基因型）,初步研究结果显示北京家族基因型与卡介苗接种和耐药性无相关性。MLVA分型方法简单、快速,可以有效地用于结核分枝杆菌的基因分型和病原监测。

老年住院患者肺炎克雷伯菌临床分离株多位点可变数目串联重复序列基因分型特征分析

目的探讨老年住院患者肺炎克雷伯菌分离株多位点可变数目串联重复序列分析的基因分型特点。方法收集解放军总医院南楼临床部老年住院患者肺炎克雷伯菌临床分离菌株184株,提取基因组DNA,采用多重PCR和毛细管电泳对7个位点进行分析,利用Bio Numerics 5.1软件进行聚类分析。结果 184株肺炎克雷伯菌临床分离株共产生139种基因型,呈现明显的基因多态性;聚类分析结果显示,全部菌株可分为3个基因群,其中Ⅰ群包含93.06%的菌株。结论本医疗中心老年住院患者的肺炎克雷伯菌临床分离株具有明显的优势菌群,其感染来源仍以院内感染为主。

婴幼儿淋巴结核病原体及多位点可变数目串联重复序列分析

为了解婴幼儿淋巴结核的主要病原体及其分子生物学信息，对分离自73例0～3岁淋巴结核患儿的79份淋巴结穿刺液阳性培养物进行结核分枝杆菌鉴定、3个不同区域片段（RD1、RD9、RD10）扩增及多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）。结果显示，婴幼儿淋巴结核以卡介苗（BCG）感染为主（95．9％），其次为人型结核分枝杆菌感染（4．1％）。通过MLVA分离出4个基因型，3个为独立基因型、1个为成簇基因型。76株属成簇基因型，均为BCG ；3个独立基因型均为人型结核分枝杆菌。研究表明，BCG是引起婴幼儿淋巴结核的主要病原体，临床分离的BCG MLVA分型无差异。

多位点可变数量串联重复序列分析在北京家族结核分枝杆菌基因分型中的应用及位点筛选

目的对于北京家族菌株占绝大多数的感染人群,评价多位点可变数量串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)分析(multiple loci VNTR analysis,MLVA)中不同位点组合在结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)基因分型研究中的应用。并以IS6110限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)为参照,筛选有效位点。方法分别采用IS6110-RFLP、间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及MLVA不同位点组合对北京海淀区收集的MTB临床分离株进行基因分型研究,比较3种方法及MLVA不同位点组合的分型效果。结果 45株MTB分离株中86.7%为北京家族菌株,Spoligotyping和结核分枝杆菌散在分布重复单位(mycobacterial interpersed repetitive units,MIRU)-12系列的HGI(Hunter-Gaston Index)值分别为0.4313和0.8700,将45株MTB菌株分为10个和23个基因型。VNTR-9系列和IS6110-RFLP的分型结果一致,HGI值较高,为0.9980,将45株MTB菌株分为43个基因型。结论北京家族结核分枝杆菌在北京海淀区呈高水平流行。对于北京地区北京家族菌株占绝大多数的感染人群,VNTR-9系列MLVA是较为简便和高分辨率的分型方法 ,其分辨率能够达到MTB基因分型"金标准"IS6110-RFLP水平。

副溶血弧菌的多位点可变数目串联重复序列分型方法的研究

目的评价多位点可变数目串联重复序列分析（multiple locus variable number tandem repeat assay，MLVA）方法对副溶血弧菌（Vibrio parahaemolyticus，VP）的分型能力，初步了解中国深圳地区VP分离菌株可变数目串联重复序列（variablen umber tandemrepeat，VNTR）的基因分布特征。方法依据血清型和脉冲场凝胶电泳分析型别选择2006年一2011年分离自临床和食品中的108株VP菌株。采用MLVA方法对其进行基因分型，评价该方法对VP菌株8个VNTR位点的分型能力。结果MLVA8个位点将108株VP菌株分为101个型别，分辨系数为99．86％；将主流血清型03：K6共46株菌分为44个型别，分辨系数为99．71％。MLvA8个位点的多态性都较好（DI均〉0．60），各位点多态性指数由高到低，依次为TR7，TR4，TR10，TR2，TR1，TR8，TR5，TR9。结论MLVA8个位点的联合应用适合于对VP菌株的分型。MLVA对VP的分型研究具有很好的应用前景。

数目可变串联重复序列用于江苏省168株结核分枝杆菌菌株的基因分型研究

目的:初步了解江苏省结核分枝杆菌临床分离菌株的数目可变串联重复序列(Variable number of tandem repeats,VNTR)的基因型及VNTR基因分布特征。方法:在苏南、苏中、苏北三个地区13个结核病定点诊疗单位收集临床分离菌株。选取结核分枝杆菌基因组中11个具有明显多态性特征的VNTR位点,通过PCR扩增,2%琼脂糖凝胶电泳和Bio Numerics(Version 3.0)软件进行结核菌株VNTR的多态性和聚类分析。结果:共收集到168株结核分枝杆菌。不同的菌株在同一位点上具有多态性。共分为10个基因型(Ⅰ,Ⅱ～Ⅹ型),其中以Ⅷ型为主要基因型,占75.0%、其次为Ⅱ型5.4%、Ⅳ型4.2%、Ⅶ型9.5%。不同地区之间,苏南、苏中、苏北三个地区也都以Ⅷ型为主要基因型,分别占各地区的83.5%,57.1%,76.6%;但是苏南、苏中、苏北三地的Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅶ型菌株分布在各地菌株中的比例有差异显著性((2=54.710,P<0.0001),Ⅱ型以苏中为主(11.9%)、Ⅲ型以苏南为主(3.8%)、Ⅳ型以苏南、苏北为主(5.1%与6.4%)、Ⅶ型以苏中为主(31.0%)。结论:江苏省的结核分枝杆菌具有明显的多态性,以Ⅷ型为主要流行型,不同地区间同样以Ⅷ型为主要流行型,但菌型分布存在一定的差异。

儿童结核病101例临床分离结核分枝杆菌多位点串联重复序列分型

目的了解重庆地区儿童结核病中结核分枝杆菌临床分离株的数目可变串联重复序列(variable numbertandem repeats,VNTR)的分布特征,寻找适合的VNTR位点组合。方法采用多位点串联重复序列(multiple locus VNTRanalysis,MLVA)分型方法,选择标化的24个VNTR位点,对101例结核分枝杆菌临床分离株DNA进行检测,结果采用BioNumerics 6.1数据库软件进行聚类分析和单位点Hunter-Gaston分辨率指数(Hunter-Gaston index,HGI)分析,并比较分析国际推荐的分组(12、15、24位点)的基因分型鉴定能力。结果 MLVA分析结果显示24个VNTR位点在不同菌株中存在明显的多态性,101例结核分枝杆菌临床分离株可分为1个基因群83种基因型,其中69种基因型只有1个菌株,占68.32%(69/101),另有32株临床分离株表现出14种基因型,占31.68%(32/101),成簇率为17.82%;24个VNTR位点的HGI具有较大差异(0.168～0.829),HGI能达到0.5以上的VNTR位点数有16个;24个VNTR位点进行不同的位点组合:12、15个和24个位点组合的HGI分别为0.995、0.996、0.996。结论 重庆地区儿童结核病中结核分枝杆菌存在基因多态性,国际推荐的15个VNTR位点组合的MLVA分型方法适用于其流行病学的研究。

中国炭疽芽胞杆菌中11个串联重复序列位点的特征和分布

目的检测炭疽芽胞杆菌中可变数量串联重复序列(VNTR)的变化,分析我国菌株中VNTR的特征和分布规律。方法 PCR扩增,琼脂糖电泳和毛细管电泳,测序验证,BLAST比对等。结果 11个VNTR位点中有4个在所有菌株中没有差别,另外7个位点只在个别菌株中检测到差别,有差别的菌株多分布在新疆;11个VNTR位点均位于基因编码区内,编码对细菌生存重要的蛋白和一些功能不明蛋白。结论结果提示新疆的菌株类型较复杂;本研究中的VNTR位点比较保守,可能不能用于区别不同的炭疽芽胞杆菌,但对于了解炭疽芽胞杆菌的基因组特征以及鉴定炭疽芽胞杆菌具有一定的作用。

内蒙古炭疽芽胞杆菌多位点串联重复序列分型分析

炭疽芽胞杆菌是引起人和动物炭疽的病原菌,牛、羊等食草动物为主要传染源,人类主要通过接触炭疽病畜毛皮和食肉而感染,也可以通过吸入含有炭疽芽孢的粉尘或气溶胶而感染.我国炭疽自然疫源地分布广泛,炭疽病例时有发生.内蒙古地区是主要的炭疽自然疫源地,每年都有病例发生.炭疽杆菌是一种相对保守的细菌,很多基因分型方法都不能对其分型,Keim等[1]首次将MLVA8方法用于炭疽芽抱杆菌基因分子分型中,其选择6个染色体上VNTR多态性位点和2个质粒上VNTR多态性位点联合建立了MLVA8分析方法,是比较有效的区别不同炭疽芽胞杆菌的方法.

中国汉族人vWF基因内可变数目串联重复序列的研究

用聚合酶链反应(PCR)和聚丙烯酰胶凝胶电泳(PAGE)的方法,研究了71名中国汉族人142条染色体的vWF基因40号内含子的可变数目串联重复序列(VNTR)。中国人群vWF基因内存在ATCT的串联重复序列,其VNTR存在14,13,12,11,10,9,8和7等八种等位基因,总的理论杂合率为79.4％。该VNTR携带遗传信息量大,作为血管性血友病的遗传指标之一对vWD的遗传咨询和产前诊断具有应用价值。

可变数目串联重复序列在上海崇明岛地区结核分枝杆菌北京基因型菌株微进化研究中的应用

本文通过对上海市疾病预防控制中心收集并保存的、来源于上海崇明岛地区痰培养阳性肺结核患者的135株结核分枝杆菌北京基因型菌株进行可变数目串联重复序列(VNTR)和单核苷酸多态性(SNP)基因分型,并构建最小生成树(MST),来寻找适合研究北京基因型菌株微进化的VNTR组合及区分不同亚型的分子标志。结果显示,16位点VNTR与SNP的分型结果最匹配,适合于研究该地区北京基因型菌株的微进化;SNP单倍型主要集中在ST10(42.2%)、ST19(30.4%)、ST22(14.1%)3个类型;4个VNTR位点(Mtub21、QUB26、MIRU16和QUB4156)可能是区分北京基因型菌株不同亚型的分子标志。

白细胞介素1受体拮抗剂基因内含子2可变串联重复序列多态性与冠心病的相关性

探讨白细胞介素 1受体拮抗剂基因内含子 2可变数串联重复序列多态性与血清白细胞介素 1受体拮抗剂水平及冠心病的相关关系。运用聚合酶链反应的方法 ,检测了 2 45例冠心病患者和 2 36例健康对照者白细胞介素 1受体拮抗剂基因可变数串联重复序列多态性 ,并用酶联免疫吸附实验检测了血清白细胞介素 1受体拮抗剂水平。结果发现该多态有Ⅰ /Ⅰ、Ⅰ /Ⅱ、Ⅰ /Ⅳ和Ⅱ /Ⅱ 4种基因型 ,冠心病组Ⅰ /Ⅰ型频率为 88.6 %,Ⅰ /Ⅱ型频率为9.8%,Ⅰ /Ⅳ型频率为 1.2 %,Ⅱ /Ⅱ型频率为 0 .4%。对照组Ⅰ /Ⅰ型频率为 80 .1%,Ⅰ /Ⅱ型频率为 16 .9%,Ⅰ /Ⅳ型频率为 2 .1%,Ⅱ /Ⅱ型频率为 0 .9%,且冠心病组携带Ⅱ型等位基因的基因型频率显著低于对照组 ,而在心肌梗死组和心绞痛组中的分布差异更为显著。冠心病组Ⅱ型等位基因携带者血清白细胞介素 1受体拮抗剂水平明显高于不携带者。研究表明白细胞介素 1受体拮抗剂基因可变数串联重复序列多态性可能影响个体血清白细胞介素 1受体拮抗剂水平 ,可能在冠心病的发展过程中具有保护作用。

毛细管电泳-短小串联重复序列多态性方法及对人凝血因子BSTR位点的检测

为开展高效毛细管电泳技术对STR位点的检测 ,通过建立毛细管电泳 短小串联重复序列 (STRs)多态性的检测方法 ,实现了利用毛细管电泳快速检测人凝血因子B (F13B)STR位点PCR产物的长度多态性 ,结果F13B STR基因型分型正确 ,图谱清晰 .方法的建立可简化常规多态性检测 ,实现快速。

中国宁夏回族人群15个人类短串联重复序列位点的遗传多态性研究

目的研究宁夏回族人群15个人类短串联重复序列位点(STR) D3S1358、THO1、D21S11、D18S51、vWA、CSF1PO、D8S1179、TPOX、FGA、D5S818、D13S317、D7S820、D16S539、D19S433、D2S1338的遗传多态性.方法通过STR复合扩增、基因扫描、基因分型调查了102名回族无关个体15个STR位点等位基因分布情况.结果 15个STR位点均符合Hardy-Weinberg平衡,共检出150个STR等位基因,其频率分布在0.004 9～0.553 9之间,杂合度(H)为0.625 5～0.865 4,个体识别力(DP)为0.834 7～0.960 6,非父排除率(EPP)为0.381 2～0.720 4,多态信息含量(PIC)为0.572 2～0.845 6.结论此研究为进一步研究中国回族STR遗传结构奠定了基础,在人类学、法医学等领域也有重要的应用价值.

宁夏布鲁氏菌多位点串联重复序列分型研究

目的分析宁夏布鲁氏菌多位点串联重复序列分型特征。方法采用传统细菌学和分子生物学方法鉴定菌株,对16个可变数目串联重复序列位点进行PCR扩增,产物经毛细管电泳测序,生物信息学软件Bio Numerics进行聚类分析。结果经细菌学和分子生物学方法鉴定近期宁夏人群感染分离44株布鲁氏菌均为羊种布鲁氏菌,对选取的20世纪分离的24株菌重新鉴定结果为羊种12株、牛种3株和猪种9株。多位点串联重复序列分析方法(MLVA)分型结果显示,68株菌被分为8大基因群39个基因型,并将羊种、牛种和猪种布鲁氏菌分成3个基因群,其中56株羊种菌分为33个基因型,基因型存在地域性分布特点,同一基因型的部分菌株具有流行病学关联。结论 MLVA分型方法能将布鲁氏菌在种的水平上区分,宁夏感染人体布鲁氏菌具有丰富的遗传多样性,部分菌株采用MLVA分型方法结合流行病学资料可溯源。

温州汉族人群短串联重复序列D5S818位点的多态性

目的 :研究D5S818的遗传多态性及其法医学应用价值。方法 :应用聚合酶链式反应 (PCR)、聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染显带技术对温州地区汉族 2 2 7名无关个体的D5S818位点进行分型 ,并检验D5S818基因型频率分布是否符合Hardy Weinberg平衡 ,计算法医学常用的各种概率 ,并与其他人群进行了比较。结果 :D5S818位点检出 8个等位基因、2 4种基因型。基因型频率的分布符合Hardy Weinberg平衡 (χ2 =12 .3,P >0 .5 ,df=16 ) ,观测杂合度h为 76 .6 5 +1.99% ,偶合机率为 0 .0 814 ,个体识别率为 0 .9186 ,多态信息含量为 0 .74 96 ,亲子关系指数为 2 .14 15 ,期望排除率为 0 .5 385。不同人群基因频率分布存在一定的差异。结论 :该研究所得到的等位基因频率数据可为温州汉族人群法医个体识别、亲子鉴定及遗传学研究提供更多依据。

湖北汉族群体8个短串联重复序列位点遗传多态性分析

为了解中国汉族人短串联重复序列 (STR)位点的遗传多态性分布 ,选取了 8个STR位点 :vWA31A、THOI、TPOX、F13A0 1、FES、D5S818、D7S82 0和D13S317,采用Chelex法从 10 2名无血缘关系的汉族个体血液中提取DNA ,应用STR -聚合酶链反应 (polymerasechainreaction ,PCR)扩增 ,变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离 ,银染法显影技术 ,对汉族人群上述 8个位点进行遗传多态性调查。结果 :8个STR位点基因型观察数 12～ 2 1个 ,等位片段数 6～ 8个 ,多态信息含量介于 0 5 5 2 0～ 0 785 5之间 ,个人识别概率介于 0 790 5～ 0 9318之间 ,其中 6个STR位点在中国汉族人群中的等位基因频率分布与白色人种、黑色人种之间均具有显著差异。结果表明 :8个STR位点的基因型分布均符合Hardy Weinberg平衡 。

中国炭疽芽胞杆菌多位点可变数目串联重复序列分析基因型多态性

目的分析中国炭疽芽胞杆菌多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)基因型多态性,建立中国炭疽芽胞杆菌MLVA基因型数据库。方法收集1947年以来中国不同来源的炭疽芽胞杆菌分离菌株,采用MLVA15分型策略进行基因型鉴定,对基因型进行统一编号和命名,分析不同来源菌株MLVA基因型的分布特征,同时通过Bionumerics软件绘制聚类图,分析不同基因型间的遗传关系。结果MLVA15分型可将533株中国炭疽芽胞杆菌分为4群91个基因型,其中54个基因型为中国独有的基因型。新命名的基因型MLVA15-CHN1~MLVA15-CHN6广泛分布于中国不同地区、不同年代和宿主,其余基因型具有地区和年代特征性。结论本研究建立了中国炭疽芽胞杆菌MLVA基因型数据库,掌握了MLVA基因型分布特征及其遗传多态性,为中国炭疽疫情防控及分子溯源技术提供了参考依据。

中国延边朝鲜族和汉族D17S30非翻译区的可变数目串联重复序列多态性研究

[目的 ]探讨中国延边朝鲜族和汉族D17S3 0位点的非翻译区的可变数目串联重复序列 .[方法 ]应用聚合酶链反应法 .[结果 ]中国延边朝鲜族和汉族等位基因频率总体分布之间均有显著性差异 ;D17S3 0位点的非翻译区的可变数目串联重复序列在中国延边朝鲜族和汉族中的观察杂合性、多态信息含量、个体鉴别力均高于 70 % ;中国延边朝鲜族和汉族中D17S3 0非翻译区的可变数目串联重复序列位点频率分别以A3和A1的为最高 .[结论 ]D17S3 0非翻译区的可变数目串联重复序列在中国延边朝鲜族和汉族中的基因频率分布具有很强的多态性 .

温州汉族人群短串联重复序列D6S477位点多态性研究

目的 获得D6S4 77基因座在中国温州汉族群体中基因型及等位基因频率数据 ,探讨其在法医学应用价值。方法 应用聚合酶链式反应 (PCR)、聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染显带技术对温州地区汉族 14 0名无关个体的D6S4 77位点进行分型 ,并检验D6S4 77基因型频率分布是否符合Hardy -Weinberg平衡 ,计算法医学常用的各种概率。结果 D6S4 77位点检出 7个等位基因 ,19种基因型。基因型频率的分布符合Hardy -Weinberg平衡 (χ2 =13.6 ,P >0 .0 5 ,df =15 ) ,观测杂合度h0为 83.6 +2 .2 1% ,偶合机率为 0 .0 74 ,亲子关系指数为 3.0 4 ,个体识别率为 0 .92 6 ,期望排除率为 0 .6 6 7,多态信息含量为 0 .78。结论 不同人群基因频率分布存在一定的差异 ,所得到的等位基因频率数据可为温州汉族人群法医个体识别 。