碳青霉烯类肺炎克雷伯菌耐药基因型分析

目的:了解近期某院院内感染的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)基因型特征。方法:收集某院2018年11月—2019年3月CRKP 21株,采用梅里埃VITEK微生物鉴定仪进行菌种鉴定,用最低抑菌浓度MIC法、KB法分析抗菌药物的敏感性。对菌株进行全基因组测序和序列拼接,分析菌株耐药基因,采用MLST和cgMLST软件对菌株进行序列分型,构建最小生成树(MST)。结果:21株CRKP均携带blaKPC-2型耐药基因,MLST分型均为ST11型,而cgMLST分型显示CT3176(14株,66.7%)为院内流行优势菌株,另有CT1689型(3株)、CT1313型(2株)、CT1814型(1株)和CT3195型(1株)。在MST中某院CRKP被分为3大簇,其中CT3176型菌株为主要一簇。结论:某医院内ST11型的CRKP以CT3176亚型为主并在院内有小范围的播散,同时CRKP对临床常用抗菌药物呈多重耐药状态。

成都平原蚕豆高效根瘤菌的筛选及其促生功能初步评价

[目的]筛选适用于成都平原的高效广谱蚕豆根瘤菌,并对其相关促生功能进行初步评价,为成都平原高效蚕豆根瘤菌剂的研制与应用提供科学依据。[方法]供试6株根瘤菌由课题组前期分离自成都平原,其与四川主栽蚕豆‘大白蚕豆’匹配良好,采用常规方法测定了这6个菌株分泌生长素及溶磷能力。菌株与蚕豆品种匹配试验采用低氮砂培法,供试蚕豆品种为成都平原主栽品种‘成胡14’、‘成胡15’;两个品种的蚕豆种子播种后,分别接种6个菌株,以不接种为对照(CK),光照(控温22~25℃、光照强度2800 lx左右、日照时间14 h)下培养41天后收获,测定植株生物量和根瘤数。然后,对匹配性试验筛到的两株高效广谱根瘤菌进行田间验证,供试蚕豆品种为成胡15,将2个根瘤菌制备的菌剂(活菌数5.0×10^8 CFU/g以上,载体为泥炭)进行拌种,以不接菌处理的灭菌泥炭为对照。在盛花期(生育期105 d)采样测定株高、根瘤数、地上部分植株干重;收获期(生育期200 d)采样测产;测定两个时期植株样品氮、磷、钾含量。盛花期采用BOX-PCR分子标记法测定接种根瘤菌占瘤率,同时提取接种菌株SCAUf73、SCAUf76的总DNA,比较接种菌株及相应根瘤类菌体根瘤菌DNA的BOX-PCR分子指纹图谱。用多位点基因序列分析法对田间验证的优良菌株SCAU73进行分类地位研究。[结果]1)通过匹配性砂培试验,筛选到2株与2个成都平原主栽蚕豆品种均高效匹配的根瘤菌SCAUf73、SCAUf76。SCAUf76、SCAUf73能使‘成胡14’、‘成胡15’植株干重较CK显著增加40.5%~61.6%。2)通过两株菌田间接种试验发现,接种SCAUf76处理的蚕豆产量与CK差异不显著;接种SCAUf73处理蚕豆植株干重、全氮含量等指标均高于CK,籽粒鲜产比CK显著增加25.0%,并显著高于SCAUf76,其占瘤率达到33%。3)多位点基因序列分析表明,SCAUf73可能是Rhizobium的一个新类群。4)促生性试验表明,6株菌都能分泌生长素(IAA),最大分泌量为21.0 mg/L(SCAUf76);供试菌株的溶磷能力不明显。[结论]从成都平原上筛选的6个菌株中,SCAUf73具有分泌IAA能力,与蚕豆接种后,占瘤率达33%,可显著促进蚕豆氮素吸收积累,提高蚕豆籽粒产量。与成都平原的主栽蚕豆品种匹配的高效广谱根瘤菌SCAUf73,适用于成都平原的蚕豆生产。

2022年陕西省一起霍乱疫情调查及全基组溯源分析

目的对2022年陕西省城固县1起霍乱疫情调查溯源。方法对病例进行个案调查,对现场环境进行卫生学调查,收集当地气温及降水资料。采集病例、同餐人员及同期腹泻患者粪便或肛拭子样本,采集剩余食品、环境水体、水产品样本,进行霍乱弧菌核酸检测及分离培养。对分离到的霍乱弧菌进行血清学和质谱鉴定,利用国家致病菌识别网药物敏感试验指南进行药敏试验,提取菌株DNA进行毒力基因检测,利用二代测序平台进行全基因组测序,用测序拼接数据进行毒力基因及耐药基因预测,与既往分离的霍乱弧菌、pubMLST下载的国内外霍乱弧菌基因组序列进行核心基因组多位点序列分析(cgMLST)及核心基因组单核苷酸多态性分析(cgSNP)。结果本起疫情从1例霍乱病例和1例带菌者中各分离到1株霍乱弧菌,均为O139群,携带ctxAB毒力基因,对磺胺类、碳青霉烯类、三代头孢菌素类、喹诺酮类、β-内酰胺类药物均敏感,而对氯霉素、多粘菌素类、四环素类、氨基糖苷类有抗药性;cgMLST分析结果显示,菌株为大流行菌克隆株序列型(ST)69型,与陕西省既往霍乱菌株无关联。同餐人员及同期腹泻病例共106人均未检出霍乱弧菌。水体样本96份,鱼类样本35份,环境样本7份,畜禽粪便样本7份。经霍乱弧菌核酸检测阳性2份,分别为文川河某处采集的鱼类样本2份中检出霍乱弧菌hlyA、O139群基因核酸阳性,ctxAB毒力基因阴性。结论本起疫情为霍乱弧菌O139群引起的散发疫情,其病原为国内的大流行菌株,感染来源可能与水产品污染有关,高温、干旱等因素是霍乱发生的原因之一。

凉山州新银合欢根瘤菌的共生有效性及遗传多样性

【目的】研究分离自四川凉山州新银合欢根瘤菌的遗传多样性和共生有效性。【方法】采用16S rRNA RFLP、BOX-PCR、AFLP、多位点持家基因序列的联合分析及无氮水培法对33株供试新银合欢根瘤菌的遗传多样性和共生有效性进行研究。【结果】分析表明,3种方法在属水平的分群结果具有较好的一致性,有1个Mesorhizobium属的菌株、3个Bradyrhizobium属的菌株、3个Rhizobium属的菌株,26个相似度较高的菌株属Sinorhizobium。16S rRNA-recA-atpD-glnII序列联合构建的新银合欢根瘤菌系统发育树表明,SCAU203、SCAU211可能分别是Rhizobium和Bradyrhizobium的新类群,另外3个代表菌株分别位于Sinorhizobium、Mesorhizobium、Bradyrhizobium分支,分别与S.americanum、M.Plurifarium、R.huautlense亲缘关系最近。无氮水培接种试验筛选出2个共生固氮效果好、与不接种对照处理差异达显著水平的菌株SCAU229和SCAU307,有3个菌株不仅不具共生有效性,甚至不利于宿主的生长,其余84%的供试菌为低效或无效菌株。【结论】凉山州新银合欢根瘤菌具有丰富的遗传多样性,分布于4个属:Rhizobium、Bradyrhizobium、Mesorhizobium、Bradyrhizobium,79%为Sinorhizobium属的菌株,优势菌群为Sinorhizobium。该区的新银合欢根瘤菌大多数的共生有效性差。

山蚂蝗慢生根瘤菌的遗传多样性及系统发育

【目的】研究我国亚热带和温带地区与山蚂蝗共生的慢生根瘤菌遗传多样性和系统发育。【方法】采用BOX-PCR和多位点基因序列分析(nifH,nodC和recA基因)方法对分离自我国不同地区的29株山蚂蝗慢生根瘤菌进行遗传多样性和系统发育分析。【结果】BOX-PCR分析表明供试的山蚂蝗慢生根瘤菌形成25个基因遗传型,具有丰富的基因组多样性。多位点基因序列分析发现代表菌株位于慢生根瘤菌的3个分支上,分别与埃氏慢生根瘤菌(Bradyrhizobium elkanii),大豆慢生根瘤菌(Bradyrhizobium japonicum)和圆明慢生根瘤菌(Bradyrhizobium yuanmingense)亲缘关系近。【结论】我国山蚂蝗慢生根瘤菌具有丰富的遗传多样性,共生基因系统发育分析表明它们多与持家基因共同进化,并以垂直进化为主。

攀枝花市银合欢根瘤菌遗传多样性

【目的】研究分离自四川攀枝花的银合欢根瘤菌的遗传多样性。【方法】采用联合16S rDNA RFLP和IGS RFLP的综合聚类分析(16S-IGS RFLP)、AFLP及多位点持家基因(16S rDNA,atpD,recA)序列的联合分析对供试银合欢根瘤菌进行研究。【结果】31株未知菌具有15种16S-IGS遗传图谱类型、27种AFLP类型。16S-IGS RFLP结果表明,没有未知菌与Bradyrhizobium的参比菌株聚在一起。在71.4%的相似水平上,31个未知菌按属的水平分成3个分支:S、M和R,分别分布在Sinorhizobium属(28株)、Mesorhizobium属(2株)和Rhizobium属(1株)。S分支的28个菌在84%的相似水平上,16S-IGS RFLP聚类图中构成3个群:群S1、群S2、群S3;在AFLP聚类图中构成9个AFLP群:S1–S9。多位点基因序列表明,代表菌株SCAU215、SCAU231分别与M.Plurifarium、R.huautlense亲缘关系最近。而分布于Sinorhizobium属SCAU222和SCAU228、SCAU213、SCAU216可能代表Sinorhizobium的3个新类群。【结论】攀枝花市银合欢根瘤菌遗传多样性丰富,分布于Sinorhizobium、Mesorhizobium和Rhizobium三个属,且优势类群为Sinorhizobium。