新生隐球菌格鲁比变种国内菌株的多位点微卫星灶分型

目的应用多位点微卫星灶分型(MLMT)对国内6个城市分离出的新生隐球菌格鲁比变种(Cryptococcus neo-formans var.grubii)进行基因分型,了解该变种的国内基因型分布特征。方法提取已鉴定的43株新生隐球菌格鲁比变种DNA,用PCR对3个微卫星位点(CNG1,CNG2,CNG3)的基因片段进行扩增后测序。再计算每一菌株位点基序重复数(CNG1对应TA重复,CNG2对应GA重复,CNG3对应CAT重复);据基序重复数判定各菌株的基因型。结果所有43株菌中,MLMT-17型占83.72%,该型在临床和环境的菌株中分别占86.67%和70%。MLMT-39、-40是新发现的基因型。结论在我国,MLMT-17是最常见的新生隐球菌格鲁比变种基因型,普遍存在于临床和环境菌株中,表明国内临床新生隐球菌病的感染菌株主要源于本土环境菌株。

MLMT与MLST在新生隐球菌基因分型中的应用研究

目的 探讨多位点微卫星灶分型(MLMT)和多位点序列分型(MLST)在新生隐球菌(C.neoformans)基因分型中的应用。方法 提取22株来源于国内及日本已明确为新生隐球菌的菌株DNA,经MLMT及MLST相应位点的引物进行扩增、测序;计算各微卫星灶(CNG1、CNG2及CNG3)序列中简单重复序列的重复数,确定菌株MLMT的基因型;将本研究菌株的MLST中各位点序列和网上数据库相应序列进行对比,获取该菌株的MLST基因型;比较两种方法在分型中分辨能力。结果 在22株菌中,有16株的基因型为MLMT17/MLST5(16/22,72.73%),MLMT将所有菌株分为7型,而MLST分为4型;根据MLST分型,MLMT17、16、34及39的菌株为MLST5;MLMT2、14、29相对应MLST66、32及31;两种方法的分型分辨能力比较,差异无统计学意义(P=0.488)。结论 MLMT-17/MLST 5是我国和日本的新生隐球菌常见基因型,包含CNG1、CNG2及CNG3位点的MLMT可作为MLST的替代或补充。

云南省部分地区鸽粪中新型隐球菌格鲁比变种微卫星分型分析

目的对云南部分地区鸽粪分离株新型隐球菌进行多位点微卫星位点(multilocus microsatellite typing,MLMT)分型,了解其种群分布特征。方法对分离自云南省部分地区鸽粪中的152株新型隐球菌提取DNA,分别以CNG1、CNG2、CNG3为引物进行PCR扩增并测序,计算每一菌株CNG1中TA、CNG2中GA以及CNG3中CAT的重复数,结合不同基序重复数进行MLMT分型。结果采用MLMT法将大理、昭通、曲靖和临沧地区鸽粪分离株新型隐球菌格鲁比变种分为6个基因型,其中MLMT-17型占91.45%,为主要基因型;MLMT-26、29、34、39、40型分别占0.66%、1.97%、0.66%、0.66%和4.60%。结论 MLMT-17是云南省部分地区鸽粪新型隐球菌格鲁比变种中最常见的基因型。

中国和巴西临床新生隐球菌格鲁比变种菌株的种群和基因型比较分析

目的了解新生隐球菌格鲁比变种(Cryptococcus neoformans var.grubii)临床菌株在国内和巴西多位点微卫星位点定型(multilocus microsatellite typing MLMT)的种群分布特征,探讨并分析两国新生隐球菌格鲁比变种MLMT基因型差异。方法对已鉴定的69株新生隐球菌格鲁比变种进行DNA提取,采用3个微卫星位点(CNG1、CNG2、CNG3)的正反序列引物对相应的微卫星位点基因片段进行扩增后测序;测序后计算出每一菌株位点基序重复数(CNG1对应TA重复,CNG2对应GA重复,CNG3对应CAT重复);结合不同基序重复数判定各菌株的基因型。应用SPSS 11.5统计软件进行统计学分析。结果在33株被MLMT基因分型的国内新生隐球菌grubii变种菌株中有5种基因型被鉴定,其中29株为MLMT-17,占87.88%;而在36株巴西临床菌株中有10种基因型被鉴定,其中19株为MLMT-13,占52.78%。结论两国间新生隐球菌格鲁比变种临床菌株的主要基因型分布存在显著差异。巴西临床菌株的基因型分布表现为多样性。