西安市与上海市百日咳鲍特菌对大环内酯类抗生素的耐药性、耐药相关分子特征及多位点抗原序列分型的比较研究

目的 比较西安市与上海市临床分离百日咳鲍特菌对大环内酯类抗生素的耐药性、耐药相关分子特征及多位点抗原序列分型(MAST)特征,为改进我国百日咳的防治和疫苗策略提供参考。方法 采用E-test法检测2018年至2019年西安市和上海市临床分离百日咳鲍特菌对红霉素、阿奇霉素、克拉霉素的耐药性;采用PCR法检测可水平转移的耐药基因与耐药相关突变位点;采用MAST方法对菌株进行分型,比较两市菌株耐药性的差异及抗原序列型别构成比的差异。结果 本研究共分离出百日咳菌株60株,其中西安市34株,上海市26株。西安市与上海市临床分离百日咳鲍特菌对大环内酯类抗生素的耐药性存在统计学差异(χ^(2)=13.650,P<0.001)。两市菌株MAST分型型别构成比也存在统计学差异(χ^(2)=18.642,P<0.001),西安市菌株以prn1/ptxP1/ptxA1/fim3-1/fim2-1型别为主,而上海市prn1/ptxP1/ptxA1/fim3-1/fim2-1与prn2/ptxP3/ptxA1/fim3-1/fim2-1型别几乎各占一半。两市所有耐药株均检出A2047G位点突变,所有敏感株均未检出该突变;耐药基因中,部分耐药株检出甲基化酶基因ermA和ermB,未检出其他耐药基因;所有敏感株均未发现耐药基因和位点突变。结论 西安市与上海市临床分离百日咳鲍特菌对大环内酯类抗生素的耐药性存在差异,两市菌株MAST型别分布亦存在差异,应进一步加强中国百日咳菌株耐药性和基因型演变的监测。

HLA-A、B血清学分型误定规律分析

目的:分析HLA-Ⅰ类血清学分型误定规律,研究HLA-A,B位点基因分型方法,提高移植配型的准确性。方法:应用聚合酶链反应—序列特异性引物(PCR-SSP)技术,检测180例骨髓资料库中已用血清学分型的自愿者HLA-A,B基因。结果:HLA-A特异性血清学分型错误率在纯合子与杂合子中分别占30.77%与17.19%,HLA-A特异性血清学分型总错误率19.48%;HLA-B特异性血清学分型错误率在纯合子与杂合子中分别占46.15%与30.14%,HLA-B特异性血清学分型总错误率32.09%;HLA-A,B血清学分型总错误率为27.50%。HLA-A特异性血清学分型假阴性8.75%,假阳性2.27%,错误指认特异性17.21%,HLA-B特异性则分别为9.00%、2.18%、29.91%。结论:HLA-A和HLA-B纯合子血清学分型错误率明显高于对应的杂合子分型(P值均小于0.005),HLA-B特异性血清学分型错误率显著高于HLA-A特异性;骨髓资料库中自愿者HLA-A,B位点须重新用基因分型方法分型。

一起皮肤炭疽疫情中炭疽杆菌分子特征分析

目的 :对引起2012年江苏省一起皮肤炭疽疫情的炭疽杆菌进行分子特征分析。方法 :采用聚合酶链式反应对患者焦痂标本和病牛组织标本进行炭疽杆菌多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)和保护性抗原(protective antigen,PA)基因扩增并测序分析。结果:4例患者焦痂标本和病牛组织标本中的炭疽杆菌具有相同的多位点序列和保护性抗原基因序列,分别为ST1型和PAⅠ型,并与国际参考株str.Ames Ancestor具有相同的基因型。结论:此次皮肤炭疽疫情中通过牛感染人的炭疽杆菌为ST1型和PA基因Ⅰ型菌株。

中国4个弓形虫虫株GRA6基因的比较分析

通过对国内来源于不同宿主的ZS人株、SH人株、CN猪株、QH绵羊株4个弓形虫虫株,以及国际标准强毒株RH株的致密颗粒抗原(GRA6)基因进行PCR-RFLP分析,首次对中国弓形虫虫株进行了基因分型研究,旨在了解中国弓形虫基因型的分布情况,从而为进一步的分子遗传学研究以及弓形虫病的防制提供资料。PCR-RFLP分析显示两种带型:RH、SH、CN3株弓形虫为一种带型,QH和ZS2株弓形虫为另一种电泳带型。GRA6序列分析结果显示:RH、SH、CN3株弓形虫的GRA6基因序列上的MseΙ酶切位点与国外报道的RH株一致,同属于基因型Ι,为强毒株;QH和ZS2株弓形虫的MseΙ酶切位点与国外报道的弱毒株BEVERLEY株和ME49株一致,同属于基因型Ⅱ,与PCR-RFLP分析结果一致。除MseΙ酶切位点外,中国的几个虫株GRA6序列与GenBankTM注册的RH株及BEVERLEY和ME49两个弱毒株有个别碱基的差异。结果证明中国人源弓形虫包含了Ι、Ⅱ两种基因型,而动物源性弓形虫则因宿主和来源地不同亦有Ι、Ⅱ两个基因型。

西安市与上海市婴儿感染百日咳鲍特菌基因型比较

目的:探讨西安市与上海市临床分离百日咳鲍特菌的基因型特征。方法:收集2018—2019年在西安市和上海市哨点监测医院和社区采集的1岁以下疑似百日咳患儿的鼻咽拭子,经分离培养所得百日咳鲍特菌采用多位点抗原序列分型(MAST)和多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)方法分析其基因型。结果:共采集到疑似百日咳患儿鼻咽拭子1200份,经分离培养得到百日咳鲍特菌60株,其中西安市34株,上海市26株。西安市百日咳鲍特菌的主要MAST型别为prn1/ptxP1/ptxA1/fim3-1/fim2-1(32/34,94.12%),而上海市百日咳鲍特菌的主要MAST型别为prn1/ptxP1/ptxA1/fim3-1/fim2-1(13/26,50.00%)和prn2/ptxP3/ptxA1/fim3-1/fim2-1(11/26,42.31%),两市百日咳鲍特菌MAST型别分布差异有统计学意义(χ2=18.642,P<0.01)。西安市百日咳鲍特菌以MT195(13/34,38.24%)、MT55(10/34,29.41%)、MT104(9/34,26.47%)型别居多,而上海市百日咳鲍特菌以MT27型为主(12/26,46.15%),两市百日咳鲍特菌MLVA型别分布差异有统计学意义(χ2=15.866,P<0.01)。结论:西安市与上海市临床分离婴儿感染百日咳鲍特菌基因型存在差异,应进一步加强中国百日咳鲍特菌基因型演变的监测。

2019-2020年河北省百日咳鲍特菌分离株基因多样性分析

目的分析河北省百日咳鲍特菌(Bordetella pertussis,Bp)分离株基因多样性。方法对2019-2020年河北省儿童医院分离的Bp流行株进行二代全基因组测序和组装拼接获得全基因组序列,进行多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)、多位点抗原序列分型(Multilocus antigen sequence typing,MAST)、多级基因组分型(Multilevel genome typing,MGT)、Bp疫苗抗原序列分型(Bordetella pertussis vaccine antigens sequence typing,BPagST)和23S rRNA基因突变分析。结果在62株Bp分离株中,MLST均为ST-2型,56株携带ptxP1基因的分离株与疫苗株相比发生23S rRNA A2047G突变(其中6株属于Prn基因缺陷型),6株携带ptxP3基因的Bp菌株未发生该突变;MAST包括6种型别,主要为prn1/ptxP1/ptxA1/fim3-1/fim2-1(47株);MGT在MGT1至MGT5水平上分别包括1种、2种、3种、14种和52种型别;BPagST包括BPagST-37型(56株)和BPagST-4型(6株)。结论本研究Bp分离株与疫苗株相比主要毒力蛋白基因和核心基因组发生明显变化,可能导致BP流行株发生疫苗免疫逃逸。需进一步加强Bp流行株基因组监测。

淋病奈瑟球菌国家参考品菌株的分子生物学特征分析

目的对中国医学细菌保藏管理中心收集保藏的淋病奈瑟球菌(NG)国家参考品菌株进行分子生物学特征分析。方法对13株NG国家参考品菌株进行16S rRNA和隐蔽性质粒cppB基因扩增和分析,并采用多位点序列分型(MLST)、NG多抗原序列分型(NG-MAST)技术对菌株进行分子分型。结果 13株菌种均扩增出预期大小的16S rRNA基因片段,与NG模式菌株参考序列(X07714.1)的相似性均>99%;13株菌种均扩增出预期大小的cppB基因;MLST结果显示,13株菌种共分为10个ST型,其中含7个新的ST型;NG-MAST结果显示,13株菌种含9个por等位基因和9个tbpB等位基因,配对后是10个不同的ST型,其中含6个新的ST型。结论该研究完善了NG国家参考品菌株的分子生物学方面的质控指标,为今后NG参考品候选菌株的选择提供了新的技术手段。

百日咳鲍特菌的基因多样性及分子流行病学分析

目的探讨百日咳鲍特菌临床流行株的基因多样性分子流行病学特征,并分析该地区百日咳复现的可能原因。方法采用多位点抗原序列分型(MAST)和多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)对2012—2017年的临床分离株进行基因多样性和分子流行病学特征分析,并与疫苗株进行比较。结果流行株与疫苗株的分子型别特征不同。95%的流行株抗原基因型为prn1/ptxP1/ptxA1/fim3-1/fim2-1;8种MLVA型别中MT195(34%)、MT55(30%)和MT104(26%)占主导地位,其中MT195分离率连年增长。结论陕西省当前流行百日咳菌株基因特征与疫苗株不同,流行株通过基因变异发生进化可能是近年来该地区百日咳复现的原因之一。

54株猪源肠外致病性大肠杆菌血清型、系统进化群和基因型

摘 要:[背景]近年来,我国规模猪场着重加强了对猪繁殖与呼吸综合征、猪圆环病毒病、猪瘟、猪伪狂犬病、猪链球菌病、副猪嗜血杆菌病等疫病的防控,却忽视了由肠外致病性大肠杆菌(Extraintestinal Pathogenic Escherichia coli,ExPEC)对猪群健康产生的潜在危害性,了解和掌握猪源ExPEC流行特征意义显著。[目的]探究临床分离的54株猪源ExPEC血清型、系统进化群和基因型的分布及流行特征。[方法]应用玻板凝集试验和试管凝集试验鉴定O抗原血清型,采用PCR技术检测系统进化群鉴定相关基因、28个ExPEC相关毒力基因以及多位点序列分型相关基因。[结果]受试菌中有52株确定了O抗原血清型,其中40株为O38 (74.1%),为优势血清型;8株为O127 (14.8%),O93和O11均2株(各占3.7%)。受试菌中44株为B2群(81.5%),是主要系统进化群,D群和B1群均5 株(各占 9.3%);28 个 ExPEC 相关毒力基因中ompA、ibeA、fimH、traT、focD、papA、iroN、iutA、iucD、cvaC、tsh、kpsMT Ⅱ、iss和ompT出现的频率超过50%,其中ompA和ibeA检出率分别达100%和96.3%,为高度流行的毒力基因,未检到cnf1,而bmaE、malX和iha更倾向分布于D群菌株中。受试菌共呈现31种ST型,其中ST10和ST648均5株(各占9.3%),ST410和ST101均4株(各占7.4%)。[结论]猪源ExPEC优势血清型及系统进化群在不同地区、不同时段上的流行分布均存在一定差异,呈现动态过程,O38作为优势血清型目前尚未见报道,具有高致病性的B2群和D群菌株有逐渐增多的趋势。ST型复杂多样,呈现遗传多样性,在一定程度上与人源和禽源ExPEC具有相同的遗传背景。