SSR多态性信息含量(PIC)对大麦糖化力的选择效果

通过检测103份贵州地方栽培大麦(Hordeum vulgare L.)的糖化力和麦芽无水浸提率,并在此基础上选择22对麦芽品质紧密连锁的SSR引物进行遗传标记。不同糖化力群体的引物多态性信息含量(polymorphism information content,PIC)的分析结果表明,与低糖化力群体相比,高糖化力种群具有丰富的谱带信息和更高的PIC参数(包括平均等位位点数、PIC平均值、PIC值大于0.5的比例和PIC值大于0.5的平均等位位点数),表明大麦的高糖化力可能与数量性状的基因加性效应有关,也提示了麦芽品质紧密连锁的SSR位点可作为大麦糖化力分子辅助选择(marker assisted selection,MAS)的候选指标。

多态性信息含量法评价马铃薯品种(系)营养成分

对52个马铃薯新品种(系)进行了硫、铁、铜、锰、硒、蛋白质、Vc含量的测定,并用多态性信息含量法对测定结果进行了分析。结果表明,PIC值由大到小顺序为铁(0.786)>维生素C(0.707)>锰(0.679)>蛋白质(0.643)>铜(0.638)>硫(0.598),表明不同品种(系)马铃薯铁含量的多态性信息最丰富;变异系数由大到小顺序为维生素C(41.56%)>锰(25.92%)>铁(25.36%)>铜(22.28%)>硫(16.35%)>蛋白质(15.93%),表明通过杂交更容易选育出块茎Vc含量高的品种;紫云一号、S03-3349,S03-3417等3个品种(系)在多个指标上优于或接近合作88(CK1),为具有较高营养价值的马铃薯新品种(系)。

山东省地方绵羊品种微卫星遗传多态性

利用24个微卫星标记，分析了山东省内原有地方绵羊品种的遗传多样性．结果表明，在来自4个品种共71个种群的164只绵羊中，共检测到等位基因467个，有效等位基因占49．59％，不同微卫星基因座之间的等位基因数差异大于品种之间的差异；发现特有等位基因123个，优势等位基因43个．在所有微卫星基因座中，89％处于Hardy-Weinberg不平衡状态，有50％属于中性基因座．不同品种的微卫星基因座多态信息含量呈高度多态（PIC〉0．5），Shannon指数较高（I〉1．5），平均观察杂合度（范围0．454～0．560）明显低于期望杂合度（范围0．831～0．849），证明4个地方绵羊种群具有丰富的遗传多样性和广泛的遗传基础，但品种内存在着一定程度的近交．聚类分析表明，山东地方绵羊品种遗传进化关系明确，可划分为鲁西地区的小尾寒羊和大尾寒羊、鲁东地区的山地绵羊和洼地绵羊两大类群，其遗传距离与地理分布距离相一致．

西安荷斯坦奶牛群5个基因座位遗传多态性的PCR-RFLP分析

应用PCR RFLP方法对西安荷斯坦牛的κcn、βlg、βlg 5′侧翼区、CSN1S2、IGFBP 3 共5 个基因座位进行了多态性分析。结果表明,在西安荷斯坦牛群中,没有发现携带CSN1S2F 等位基因的个体,其多态信息含量为0。κcn基因座位呈现低度多态(PIC=0 236 6),βlg、βlg 5′侧翼区、IGFBP 3 基因座位的多态信息含量分别为0 316 8、0 368 9、0 443 9,均呈现中度多态。κcn、βlg、βlg 5′侧翼区、IGFBP 3、CSN1S2 基因座位的杂合度和DNA多态度分别为0 274 2、0 394 7、0 487 9、0 489 1、0和0 025 5、0 011 6、0 033 3、0 011 2、0。而且,在西安荷斯坦牛群中,κcn、βlg、βlg 5′侧翼区、IGFBP 3 共4 个基因座位均处于Hardy Weinberg平衡状态,CSN1S2 基因座位处于纯合状态。

我国地方鸡品种保种群微卫星多态性分析与分子标记档案的建立

利用 2 0个微卫星标记对国家家禽品种资源基因库中保存的 11个地方鸡品种保种群进行了遗传检测 ,计算各群体的等位基因频率、平均基因杂合度、平均多态信息含量及各群体间的遗传距离 ,并用类平均法进行聚类分析。研究结果表明 :2 0个微卫星标记在 11个地方鸡品种保种群共检测到 176个等位基因 ,平均为 8 8个 ,基因频率分布在 0 0 13～ 0 838之间。检测到等位基因中 ,有 4 5个等位基因为 11个地方鸡品种所共有 ;11个地方鸡品种平均杂合度在 0 6 80 0～ 0 74 32之间。其中藏鸡最高 ,为 0 74 32 ;狼山鸡最低 ,为 0 6 80 0 ;平均多态信息含量在0 6 32 9～ 0 70 2 3之间 ,均大于 0 5 ,表现为高度多态性 ;11个鸡品种聚为 4类。丝羽乌骨鸡、茶花鸡、仙居鸡、藏鸡、萧山鸡聚为一类 ,鹿苑鸡、狼山鸡聚为一类 ,固始鸡、北京油鸡、大骨鸡聚为一类 ,河南斗鸡单独聚为一类 ;通过利用2 0个微卫星基因座检测不同世代群体中等位基因及其频率、群体基因平均杂合度和多态信息含量 ,建立地方鸡品种保种群微卫星标记档案 ,并分析世代间的差异 。

盐津乌骨鸡微卫星DNA多态性研究

筛选了33对微卫星引物对盐津乌骨鸡的53个个体进行了遗传多样性检测分析,共检测到136条DNA片段,每个座位观察等位基因数从2个到8个不等,群体等位基因数平均为4.12个,平均有效等位基因数为3.18,平均杂合度和平均多态信息含量分别为0.6232和0.5712。以上数据表明:盐津乌骨鸡群体遗传多态性较高。

草鱼Ⅰ型微卫星标记的发掘及其多态性检测

表达序列标签(EST)是发掘Ⅰ型微卫星标记的重要资源。研究运用生物信息学方法,从草鱼头肾组织3027条EST序列中搜索到322个微卫星位点,占整个EST数据库的10.6%。其中,二核苷酸重复位点151个(46.9%),三核苷酸重复位点137个(42.5%),四、五、六核苷酸重复位点较少;在二核苷酸重复位点中,AC/GT重复位点最为丰富,占二核苷酸重复位点总数的50.3%,AG/CT重复次之,占二核苷酸重复位点总数的40.4%,AT和GC重复较少。10个微卫星位点的多态性检测结果显示,4个位点在草鱼测试群体中呈多态性,多态性位点的平均多态信息含量(PIC)和平均遗传杂合度(H)分别为0.5236和0.5441,其中,2个多态性位点的PIC值大于0.5,呈现高度多态性特征。Ⅰ型微卫星标记将为草鱼遗传连锁图谱构建和QTL分析提供有效的基因分子标记。

7个绵羊微卫星DNA标记在绵(山)羊群体中的多态性检测

选择分别位于绵羊2,4,6,9,17和19号染色体上的7个微卫星标记OarFCB11,OarFCB128,MAF70,OarAE101,MAF33,OarFCB48和OarFCB304,对湖羊、同羊及长江三角洲白山羊的典型群随机样本相应位点进行了PCR检测。结果表明,每个微卫星座位发现7个以上等位基因,且均存在多态;湖羊、同羊、长江三角洲白山羊群体杂合度(H)分别为0.9092,0.9177和0.8867,相应的群体基因平均多态信息含量(PIC)分别为0.9024,0.9116和0.8774,有效等位基因数(Ne)分别为11.7723,12.4538和11.6104,均以同羊为最高;以产生有效条带为标志,随机样本的PCR扩增效率存在明显的群体间和座位间差异,以长江三角洲白山羊和OarFCB128座位为最高;以7个座位微卫星等位基因频率推算群体间标准遗传距离,山羊与绵羊群体间遗传距离远大于绵羊群体之间,湖羊、同羊间亲缘距离系数R为0.1998。研究结果提示:选择的7个微卫星DNA座位均为多态座位;以7个微卫星标记为测度,湖羊、同羊及长江三角洲白山羊具有丰富的遗传多态性;7个微卫星标记可进一步用于绵山羊近缘种间遗传分析研究。

文山山地乌骨鸡微卫星DNA多态性分析

利用位于家鸡24条染色体上的33个微卫星标记对云南文山山地乌骨鸡50个个体进行了遗传多样性检测。共检测到118个等位基因，每个座位等位基因数目从2到9个不等，平均等位基因数为3．5758±1．5619，有效等位基因数在1．4274—6．1250之间，平均为2．9750±1．1389；群体平均表观杂合度、期望杂合度及平均多态信息含量分别为0．8927±0．2172，0．6214±0．1259和0．5447±0．1528。研究结果表明：文山山地乌骨鸡群体内存在丰富的遗传多样性。

猪Pit-1基因的多态性研究

选取7个中国地方猪种和3 个国外引入猪种共473 头,应用PCR SSCP技术在7 个中国地方猪种中检测到1个Pit 1基因第4外显子上的突变;应用PCR RFLP技术在3个国外引入猪种中,扩增长度为1 747 bp的片段中检测到1个RsaⅠ限制性内切酶的多态酶切位点。遗传多态性分析结果表明:外显子4上的突变,在7个中国地方猪种中是A型等位基因和AA基因型频率占优势。其中沂蒙黑猪和巴马小型猪处于Hardy Weinberg平衡;北京黑猪、沂蒙黑猪、巴马小型猪、滇南小耳猪和香猪处于中度多态。RsaⅠ酶切多态位点的突变在3个国外引入猪种中也是A型等位基因和AA基因型频率占优势。其中大白猪和杜洛克猪处于Hardy Weinberg平衡;3 个国外引入猪种的多态信息含量均为中度多态。

上海市汉族人群与PKD1基因紧密连锁的微卫星DNA的多态性分析

目的 :研究与多囊肾病 PK D1基因紧密连锁的 4个微卫星 DNA的多态性 ,为家系连锁分析和临床分子诊断提供有用的遗传标记。方法 :抽提上海市 80名汉族无关个体 (均为健康志愿者 )的 DNA,对其进行 4个微卫星位点 (KG8、SM6、CW2和 SM7)的 PCR扩增 ,采用毛细管电泳法分离 PCR扩增产物 ,用 Gene Scan TM、Genotyper TM软件对其进行基因分型。结果 :在上海市汉族人群中 ,发现 KG8、SM6、CW2、SM7分别有 4、10、11和 9个等位基因片段 ,其杂合度和多态信息含量分别为 0 .2 9和 0 .2 74、0 .82 5和 0 .819、0 .786和 0 .779、0 .85和 0 .82 7,群体分布符合 Hardy- Weinberg平衡。结论 :微卫星位点 SM6、CW2、SM7具有较高的杂合度和多态信息含量 。

大河猪76个STR基因座的遗传多态性

大河猪是中国西南中海拔地区代表性猪种之一,长期以来在当地养猪生产中发挥了重要作用。为了阐明其群体遗传变异情况,为进一步有效保护和合理利用提供科学依据,采用分布在家猪19对染色体上的76个微卫星标记对该猪种60个随机抽样个体进行了微卫星PCR–聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。共检测到347个等位基因,所有座位都呈现出多态性,每个座位的等位基因数在3—10个之间,平均每个座位等位基因数4.57个,有效等位基因数3.50个,群体平均杂合度及平均多态信息含量分别为0.6962±0.0716和0.6441±0.0914。结果表明,大河猪群体遗传多样性较丰富,选择潜力较大。

秦川牛和中国荷斯坦奶牛FSHβ基因SSCP多态性分析

利用SSCP分子标记对秦川牛和中国荷斯坦奶牛的FSHβ基因5’侧翼区进行了多态性分析。结果表明:在秦川牛中检测的FSHβ基因5’侧翼区有AA型、BB型和AB型三种基因型,在中国荷斯坦奶牛中只有AA型。秦川牛中AA基因型的频率为0.395,BB基因型的频率为0.026,AB基因型的频率为0.579,中国荷斯坦奶牛的AA型的频率为1。秦川牛中A的基因频率为0.6842,B的基因频率为0.3158,中国荷斯坦奶牛A的基因频率为1.0。秦川牛群体中多态信息含量为0.3389,多态性高,遗传变异大。

三疣梭子蟹Ⅰ型微卫星标记的发掘及多态性分析

为发掘三疣梭子蟹Ⅰ型微卫星标记,实验运用生物信息学方法,从NCBI数据库已公开的13 985条三疣梭子蟹EST序列中搜索微卫星位点。结果显示,共搜索到287个微卫星位点,其中主要为二核苷酸重复序列(173个),占总数的60.3%;其次为三核苷酸重复序列(79个),占总数的27.5%;四、五、六核苷酸重复位点较少;在二核苷酸重复位点中,AC/GT重复位点最为丰富,占二核苷酸重复位点总数的53.8%,AG/CT重复次之,占二核苷酸重复位点总数的37.0%,AT和GC重复较少。挑选14个Ⅰ型微卫星标记在野生三疣梭子蟹群体中进行多态性检测,发现8个位点呈多态性,平均多态信息含量(PIC)和平均遗传杂合度(H)分别为0.57和0.63。其中6个多态性位点的PIC值大于0.5,呈现较高多态性特征。研究表明,基于三疣梭子蟹EST数据发掘Ⅰ型微卫星标记的方法切实可行。本研究发掘的Ⅰ型微卫星标记将为三疣梭子蟹遗传多样性评估、遗传连锁图谱构建和QTL分析提供有效的分子标记。

4个微卫星标记对3个绵羊品种肉用性状多态性的研究

选用无角陶赛特、萨福克与中国美利奴肉用绵羊161只,经耳组织提取其基因组DNA,并通过4对微卫星引物对其进行PCR扩增,然后通过电泳分型、凝胶成像系统分析各位点等位基因及全部个体的标记基因型,计算基因频率、多态信息含量(PIC)和杂合度等遗传多态性指标.结果表明,BM3413,BP33,MCM38,MCMA26位点的等位基因数分别为12、15、13、13,多态信息含量丰富,杂合度高,均属于高度多态性位点,用于绵羊肉用形状较理想的遗传标记.

4对微卫星DNA标记在3个绵羊品种中多态性的研究

选用无角道塞特、萨福克与中国美利奴肉羊品种群体,耳组织提取基因组DNA,用4对微卫星引物进行PCR扩增,通过电泳分型、凝胶成像系统分析各位点等位基因及全部个体的标记基因型,计算基因频率、多态信息含量(PIC)和杂合度等,从分子水平上分析4个位点的遗传多态性。结果表明,CSSM18,OB2,MCM38,MCMA26这4个位点的等位基因数分别为14、151、3、13,多态信息含量(PIC)丰富,杂合度高,均属于高度多态性位点,用于作为与生产性能相关的遗传标记是较理想的。

惠阳胡须鸡微卫星多态性研究

为进一步保护和利用惠阳胡须鸡遗传资源,监测保种场保种效果,随机采集96只惠阳胡须公鸡血样,提取总DNA,选用18对微卫星标记进行PCR扩增,并对其基因片段进行扫描,利用Pop Gen 32软件分析扫描结果,结果表明,18个微卫星标记在惠阳胡须鸡群中均表现出较高的多态性,平均等位基因数为10.61个,平均杂合度H为0.5963,平均多态信息含量PIC为0.74。说明惠阳胡须鸡保种群体具有丰富的遗传多样性,具有较大的选育潜力。

微卫星标记OarAE101和MCM38在三个山羊品种中的遗传多态性研究

本文利用两个微卫星标记OarAE10 1和MCM 38对波尔山羊、太行山羊和河北奶山羊的等位基因频率、群体多态信息含量、有效等位基因数和杂合度进行了遗传检测 ,结果表明 :微卫星位点OarAE10 1和MCM38在三个山羊品种中存在多态性 ,可以用于山羊遗传多样性的评估 ;位点OarAE10 1比位点MCM 38变异较大 ,从不同品种来看 ,波尔山羊的遗传变异程度最大 ,而河北奶山羊的遗传变异程度相对较小。

微卫星标记CSSM18和OB2在5个绵羊群体中多态性研究

选用无角道塞特、萨福克、湖羊、Texel羊与中国美利奴肉用品系组成的试验绵羊群体共计224只,经过耳组织提取基因组DNA,用2对微卫星引物进行PCR扩增,通过电泳分型、凝胶成像系统分析各位点等位基因及全部个体的标记基因型,计算基因频率、多态信息含量（PIC）和杂合度等,从分子水平上分析4个位点的遗传多态性。结果表明,CSSM18和OB2这2个位点的等位基因数分别为18和17,多态信息含量（PIC）为0.722 0-0.862 3,杂合度为0.789 5-0.886 7,均属于高度多态性位点,用于作为与生产性能相关的遗传标记是较理想的。

丝羽乌骨鸡微卫星多态性及其与产蛋性能的关系

选用12个微卫星标记,通过对丝羽乌骨鸡多态性扩增,计算出这些微卫星标记座位的等位基因频率、多态信息含量、群体杂合度.通过标记多态性与产蛋性状的最小二乘分析和多重比较,进行了分子标记与产蛋性状的相关分析.结果表明,12个微卫星标记中,9个表现出丰富的多态性.微卫星标记座位平均检测到4.5556个等位基因(3～7个).9个微卫星标记平均多态信息含量为0.6072.标记平均杂合度为0.7423.通过最小二乘分析,检测到4个标记G31913、X82867、Z95315、G01672与3种性能指标(4个月连产蛋量、开产蛋重、500天产蛋量)存在显著相关.标记G31913中基因型AB的开产体重最小二乘均值最高,Z95315的基因型CC的开产蛋重、开产体重最小二乘均值最高,标记G31913的基因型AB和标记Z95315的基因型CC有望作为开产蛋重、开产体重早期选择辅助标记,标记X82867基因型为CD的产蛋量较低,而基因型为AB的产蛋量相应较高.