3个水域黄鳍鲷线粒体DNA D-loop基因序列多态性研究

利用PCR技术扩增海南海口市、福建厦门市和广东珠海市3个地理群体海捕黄鳍鲷线粒体D-loop基因片段,测定了该基因片段580bp序列。结果发现,3个地理群体内和群体间都存在丰富的DNA序列多态性,共检测到33个多态性核苷酸位点(5.7％),24个个体具有22种单倍型(haplotype)。UPGMA法构建的分子系统树中,海南群体内所有的单倍型聚成一支,福建与广东的单倍型混杂在一起,聚成一支。从序列差异的分析中得出,海南群体与福建和广东群体的亲缘关系较远;福建群体和广东群体亲缘关系较近。

尖锐湿疣病变的人乳头瘤病毒6型L1序列多态性分析

采用PCR方法从协和医院尖锐湿疣患者皮损中检测人乳头瘤病毒 (HPV) ,并通过限制性片断长度多态性分析分型发现 ,HPV6型为主要感染型别 ,其次是HPV11型。根据临床特征选择主要致病型HPV6 8个分离株 ,扩增L1晚期基因 ,构建重组测序质粒 ,双脱氧法测序并分析L1区的核苷酸和氨基酸序列变异状况。结果表明 ,HPV6L1基因序列发生碱基替换的区域主要有四个区 ,包括SR1(5 911～ 6 10 4 ) ,SR2 (6 2 17～ 6 2 73) ,SR3(6 5 4 0～6 6 6 1)和SR4 (70 6 2～ 72 5 0 )。少数的碱基替换导致错义突变 ,推导的蛋白质一级结构中有 0～ 3个氨基酸发生变异 。

FMR1基因CGG重复序列多态性与不明原因早期自然流产的相关性研究

目的探讨脆性X智力障碍基因1(FMR1)基因CGG重复序列与不明原因早期自然流产发病机制的相关性。方法收集2015年5月1日至2018年4月1日在北京妇产医院计划生育科就诊的难免流产或需行清宫操作的2 000例患者为自然流产组;同期在北京妇产医院产科就诊的1 480例顺利分娩女性为对照组。两组患者均于孕早期或孕中期抽取外周血,提取基因组DNA,应用FMR1基因Amplide X检测技术进行FMR1基因CGG重复序列数检测。比较两组CGG重复序列情况并加以分析。结果 (1)所有对象的FMR1基因检测未检出全突变病例;自然流产组中CGG重复最大频率等位基因n=30(32.95%),其后依次是29(31.15%)、36(15.60%)、31(5.85%);对照组CGG重复最大频率等位基因为n=30(33.24%),其后依次为29(25.47%)、36(14.73%)、31(8.38%)。自然流产组及对照组CGG重复位点均数比较无显著性差异[(29.33±5.19)vs.(28.73±6.37)](P>0.05)。(2)自然流产组FMR1基因中间型携带率为1∶222,对照组1∶247,组间比较无显著性差异(P>0.05)。自然流产组的脆性X综合征前突变携带频率(1∶400)显著高于对照组(1∶740)(P<0.05)。结论 FMR1基因CGG重复序列前突变与不明原因早期自然流产可能存在相关性。

小麦TaFT基因编码区序列多态性及其与开花期的关系

春化基因VRN-B3是小麦开花素基因TaFT,为探索该基因在品种间的保守性及其与小麦开花早晚的关系,根据TaFT基因序列(GenBank accession No.:DQ890162)设计特异PCR引物,扩增了13个品种中该基因的编码区。通过测序和序列比对,发现不同品种间该基因编码区的DNA序列存在多态性,序列翻译发现5个品种的表达产物FT蛋白发生变异。利用中国春的非整倍体材料将TaFT基因定位在7BS染色体上。参考品种的冬春性及开花时间,推测冬性品种正常的FT蛋白(同DQ890162翻译的氨基酸序列一致)可加速开花,FT蛋白变异则延迟开花;春性品种的FT蛋白变异与否对开花期影响不大,推测TaFT基因的效应可能被春性品种的显性春化基因所掩盖。

伏牛白山羊mtDNAD-loop序列多态性和系统进化分析

为研究河南省伏牛白山羊的遗传多样性和系统进化,试验测定了该品种8个个体的线粒体控制区全序列,结果表明,山羊控制区线粒体控制全序列长度为1212bp或1213bp,A+T含量占60.1%,其中40个核苷酸位点存在变异(约占3.30%),核苷酸多样度为1.562%,这些差异共定义了7种单倍型,单倍型多样性为0.964,表明中国山羊品种遗传多样性丰富。根据伏牛白山羊序列和GENBANK两条野山羊序列构建了NJ分子系统树,聚类表明,伏牛白山羊和角骨羊单独聚在一枝上,二者亲缘关系较近,伏牛白山羊可能起源于角骨羊。

利用简单序列长度多态性(SSLP)定位水稻核育性恢复基因

利用397条SSR引物对D62A和红米水稻红宝石B的杂交F2代不育可育分离群体及双亲的12条染色体进行筛选,定位细胞质雄性不育恢复基因,发现在第7染色体上找到与主效恢复基因紧密连锁的分子标记RM182,遗传距离是7 4cM。

桑花叶萎缩类病毒的检测与序列多态性分析

为调查桑花叶萎缩类病毒的多态性,通过RT-PCR技术分离了安康地区桑花叶型萎缩类病毒,并对其基因组进行了克隆测序和序列分析。结果获得4个MMDVd变体,核苷酸长度为356 nt或357 nt,GC含量均约51%,Mfold网站预测二级结构两端为分枝状结构,其中约有58%的碱基配对。

中国撒拉族线粒体DNA序列遗传多态性研究

目的 以无关个体为对象 ,研究撒拉族人群线粒体DNA(mtDNA)序列遗传多态性。方法 应用PCR扩增产物直接测序法 ,对 10 0名撒拉族无关个体线粒体DNAD 环区高变区Ⅰ (HVSⅠ )进行测序分析。结果 在mtDNAHVSⅠ 16 0 91～ 16 4 18之间与Anderson相应序列比较共发现有 83处突变 ,构成 75种单倍型。点突变的主要形式为碱基替代 ,其中转换 83.5 4 % ,颠换 12 .6 6 % ,碱基插入 1.9% ,缺失 1.7%。撒拉族线粒体DNAHVSⅠ基因差异度为 0 .9912 ,偶合概率为 0 .0 189。结论 撒拉族与其他群体比较有其独特的线粒体DNA序列遗传特点 ,与亚洲其他人种及高加索人有明显差异。线粒体DNA序列多态性在群体遗传学调查及法医学个体识别方面有广泛的应用前景。

西藏藏族mtDNA D-loop区HVR-Ⅱ序列多态性

目的:通过对西藏藏族mtDNA D-环区HVR-Ⅱ序列碱基序列的测定,了解其序列遗传多态性。方法:应用PCR扩增后产物直接测序法对61(拉萨30、那曲31)名藏族无亲缘关系健康个体HVR-Ⅱ区进行序列检测。结果:HVR-Ⅱ中420个碱基序列与Anderson序列进行比较,拉萨和那曲分别有41、42处突变,构成26、25种单倍型,基因差异度分别为0.9862和0.9806,偶合概率分别为0.0467和0.0510。结论:mtDNA D-loop区HVR-Ⅱ具有较高的核苷酸多态性,在人类学、法医学领域中具有较高的应用价值。

新疆塔吉克族人群线粒体DNA序列多态性研究

目的:研究中国新疆塔吉克族人群线粒体DNA D环区序列遗传多态性,并结合文史资料,对塔吉克族的起源及迁移进行了初步探讨。方法:应用PCR扩增产物直接测序法,对34名塔吉克族无关个体线粒体DNA D一环区高变区Ⅰ进行测序分析。结果:34个个体核苷酸序列与Anderson相应序列比较共发现有47处突变位点,构成22种单倍型塔吉克族线粒体DNA D环高变一区基因差异度为0.9822,偶合概率为0.0466。结论:研究表明新疆塔吉克族与高加索人种遗传关系较近。

中国皮划艇、举重运动员线粒体高变区Ⅱ同质序列多态性分析

目的:通过对线粒体基因(mtDNA)高变区Ⅱ(HVR-Ⅱ)作序列多态性分析,探讨与人类运动能力相关的基因标记及其分子机制。方法:受试者均为中国汉人,其中皮划艇运动员123人,举重运动员70人,对照组132人。通过特异性扩增mtDNAHVR-Ⅱ片段并测序,分析其序列多态性变化。结果与结论:中国皮划艇、举重运动员和普通汉人对照的mtDNAHVR-Ⅱ具有很高序列多样性,遗传变异性大,遗传多样性丰富。3组人群mtDNAHVR-Ⅱ同质性序列多态性无显著性差异,并具有共同特征:(1)碱基替换频率高于重排频率,碱基替换以转换为主,碱基转换中以嘌呤转换为主,嘌呤转换中以A-G频率最高;(2)重排以碱基插入为主,其中插入C频率最高,其次为CC;(3)3组人群mtDNAHVR-Ⅱ与HVR-Ⅰ具有相似的碱基替换频率。在HVR-Ⅱ中,np73位点的A-G多态性频率具有明显的种族和地域差异。

上海地区汉族优秀游泳运动员mtDNA高变区I序列多态性分析

目的:探讨上海地区汉族不同水平优秀游泳运动员mtDNA高变区I序列多态性分布特点。方法:分别以89名上海籍汉族优秀游泳运动员和71名上海籍普通人为研究对象,采用PCR产物纯化后直接测序的方法,应用DNASTAR 6.10版序列分析软件对不同人群的序列多态性进行分析,并与剑桥序列进行比对,确定多态位点、类型及频率。结果:(1)普通人mtDNA高变区I多态位点、碱基变异数及变异率高于运动员,但无明显差异(P>0.05);(2)普通人和不同等级运动员的多态位点和碱基变异数及变异率存在明显差异(P<0.05),变化趋势为普通人>总体运动员>一级>健将;运动员和普通人独有位点在本群体中的频率分布都很低(低于5%);(3)游泳运动员和普通人mtDNA高变区I序列多态性主要表现为碱基转换、颠换、插入和缺失4种类型;(4)普通人碱基转换发生频率显著高于健将和一级运动员(P<0.05),颠换发生频率明显低于运动员(P<0.05)。结论:上海地区汉族优秀游泳运动员mtDNA高变区I序列的突变率明显低于上海汉族普通人,表现出较为明显的人群特征;游泳运动员独有的多态位点数高于普通人,但在本群体中的频率分布均低于总体多态的5%;游泳运动员和普通人在碱基替换、插入和缺失类型与频率方面存在一定差异,同时与我国其它耐力性项目的优秀运动员也存在一定差异。

IS100周围序列多态性分析技术的建立及其在鼠疫耶尔森氏菌分型中的应用

建立鼠疫耶尔森氏菌IS100周围序列多态性(ISCP)分析技术,并探讨其在鼠疫耶尔森氏菌分型中的应用。根据鼠疫杆菌CO92株IS100的基因序列在其两端设计两条向外延伸的引物进行PCR扩增、电泳、获得的指纹图用RAPD、PHYLIP和Treeview软件分析。建立的ISCP分析技术稳定、可靠,利用该技术分析了17个生态型的271株鼠疫耶尔森氏菌,扩增结果表明,指纹图有一定的差异,经RAPD、PHYLIP和Treeview分析可分为3个类型。IS100在鼠疫耶尔森氏菌染色体中虽然分布较广,但其周围序列变异较小,在遗传上较稳定,可作为鼠疫耶尔森氏菌的基因标志,研究该菌的分型与进化。

我国栽培番茄部分品种LescPtoF基因序列多态性的初步研究

根据已报道的番茄抗细菌性斑点病基因Pto家族成员之一LescPtoF的序列特征设计一对引物,通过PCR扩增,从我国10个抗病栽培番茄品种和3个感病品种获得13个同源序列。Blast结果表明,2个来自抗病品种和2个来自感病品种的核苷酸序列均和报道的LescPtoF完全一致。其余9个核苷酸序列和LescPtoF序列相似性最低为91%,它们之间相似性最低为87%。具有完整读码框的11个核苷酸序列所编码氨基酸与LescPtoF蛋白相似性最低为84%,11个氨基酸序列之间相似性最低也为84%。研究结果表明我国栽培番茄品种LescPtoF基因同源序列的分布具有多态性。

线粒体高变区多聚C-stretch序列长度多态性

目的研究线粒体高变区多聚C-stretch序列长度多态性,并探讨其在法医学个体识别中的价值。方法针对线粒体高变区nt16180及nt310两个位点采用文献报道引物,应用直接测序技术研究其等位基因分布及频率。结果两对引物扩增长度分别为807bp和962bp,nt16180位点检测到7种基因型,其中AAAACCCCCTCCCC基因型占87.72%,AAAACCCCCCCCCCCCC基因型在汉族人群中首次报道;nt310检测到7种基因型,其中CCCCCCCCTCCCCCC基因型占60.53%;联合两个位点共检测出15种单倍型,GD值为0.6309,其中AAAACCCCCTCCCC-CCCCCCCCTCCCCCC检测出66条,达到57.89%。结论为线粒体控制区DNA在法医学领域中的应用提供基础数据,证实了线粒体nt16180位点和nt310位点单倍型在线粒体DNA鉴定中有较好的应用价值。

毛细管电泳-短小串联重复序列多态性方法及对人凝血因子BSTR位点的检测

为开展高效毛细管电泳技术对STR位点的检测 ,通过建立毛细管电泳 短小串联重复序列 (STRs)多态性的检测方法 ,实现了利用毛细管电泳快速检测人凝血因子B (F13B)STR位点PCR产物的长度多态性 ,结果F13B STR基因型分型正确 ,图谱清晰 .方法的建立可简化常规多态性检测 ,实现快速。

新疆哈萨克族血管紧张素原基因GT重复序列多态性研究

目的:探讨研究血管紧张素原(AGT)基因3'端GT重复序列多态性在不同种族群体中的分布特点. 方法:应用PCR扩增、毛细管电泳和Genetic Profiler 自动分析软件进行微卫星基因组扫描分析技术,检测170名新疆哈萨克民族AGT基因的3'端GT重复序列多态性. 结果:新疆哈萨克民族AGT基因3'端GT重复序列存在13种等位基因,按片段由小至大分别命名为A1～A13(GT的重复次数依次为13～25), 扩增长度为160～184 bp, 其频率为0.003～0.197.以扩增片段长度为170 bp的A6等位基因最为常见,其次为A3和A4,分布符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律.该位点杂合度为0.862,多态信息量为0.847.结论:新疆哈萨克族人AGT基因3'端GT重复序列等位基因型与其他人种、民族人群不同.

限制性内切酶SmaⅠ和HincⅡ存在切割序列多态性

ＰＣＲ扩增产物基因组Ｇ—ＣＳＦ基因被克隆至ｐＵＣ１９，在对其进行序列分析时发现，Ｓｍａ Ⅰ和ＨｉｎｃⅡ共同使用对回收片段进行亚克隆时，有一段序列缺失，序列分析表明这可能是由于Ｓｍａ Ⅰ和Ｈｉｎｃ Ⅱ同时使用造成的。Ｓｍａ Ⅰ和Ｈｉｎｃ Ⅱ可能存在切割序列多态性。