基于转录组数据的大菱鲆(Scophthalmus maximus)SNP标记开发及多态性分析

大菱鲆(Scophthalmus maximus)是最具商业价值和养殖前途的海水鱼类之一,雌雄间生长有一定的差异。其高通量雌雄转录组测序的完成为大规模鉴定和开发SNP标记提供了参考序列。本研究基于大菱鲆雌雄转录组测序数据,选择其中45个SNP位点,设计引物63组,其中21个位点(46.7%)应用小片段高分辨率熔解曲线(HRM)技术分型成功。对其进行多态性检测,21个位点均具有二个单倍型。观测杂合度Ho的分布范围为0.256—1.000,期望杂合度He的范围为0.276—0.518,19个位点符合Hardy-Weinberg平衡。14个SNP位点位于基因编码区,其中3个属于非同义突变。含有这些SNP位点的基因大多与信号转导和转录翻译相关。本研究结果表明,高通量转录组测序和小片段HRM适合大规模SNP标记开发,为大菱鲆的分子遗传育种提供了候选标记资源。

松辽黑猪IGF-Ⅰ基因的单核苷酸多态性(SNP)及其与生长和胴体性状的关联性

采用PCR-SSCP技术分析了IGF-Ⅰ基因的5’UTR、外显子4在松辽黑猪群体中的遗传多态性。结果在所扩增的IGF-Ⅰ基因的5’UTR中的2个目的片段均未发现PCR-SSCP遗传多态;在第4外显子中发现PCR-SSCP多态,有2种等位基因A和B,有3种基因型AA型、AB型、BB型。对多态片段的测序分析表明:在IGF-Ⅰ基因第4外显子中存在有1碱基A→G突变。适合性卡方检验表明,该位点的不同基因型频率处于Hardy-Weinberg平衡。用最小二乘法分析IGF-Ⅰ基因第4外显子不同基因型与松辽黑猪生长和胴体性状的相关性,发现IGF-Ⅰ不同基因型对断奶后日增重有显著影响,AA型显著高于AB型和BB型(P<0.01)。AA型猪的瘦肉率显著低于AB型和BB型(P<0.01),而AA型猪的平均背膘厚显著高于AB型和BB型(P<0.01),对其他性状的影响差异不显著。结果表明,松辽黑猪IGF-Ⅰ基因应是影响生长和胴体性状的一个主效基因或与影响这些性状的主效基因紧密连锁。

16个高丛越橘品种VcCBF基因的单核苷酸多态性(SNP)分析

CBF是与植物抗寒、抗旱等抗逆性相关的一种转录因子,在植物抵抗逆境过程中发挥重要作用。以16个高丛越橘品种为试材,采用直接测序法克隆VcCBF基因,共克隆到94个非重复序列,对这些序列进行单核苷酸多态性分析,测序总长度63 732 bp,共发现103个SNP,单核苷酸多态性发生频率为1/619 bp,核苷酸多态性值(Pi)为0.01274。在103个SNP中,单态突变位点为52个,简约信息位点为51个,其中双突变为50个,三态突变为1个。通过碱基转换方式的分析发现,转换共83个,颠换19个,转换与颠换的发生比率为4.37 1。通过单倍型分析发现在16个越橘品种中VcCBF基因存在5种单倍型。

单核苷酸多态性(SNP)的研究进展

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)是广泛存在于生物基因组中的一种新型分子标记,主要是指在基因组水平上研究由单个核苷酸的变异而引起的DNA序列多态性变化的一种技术。该研究总结近年来广为科研人员所广泛应用的SNP技术及其原理,以期为更好地使用现有技术和开发新技术奠定理论基础。

日本沼虾EST-SNP的筛选及多态性检测

利用EST数据库开发SNP是筛选SNP标记的重要途径。本研究利用日本沼虾现有EST数据开发SNP标记—从NCBI获得8 458条EST序列;Seqclean软件去除序列中的载体、引物和接头等污染序列,得到8 453条EST序列;利用Quality SNP软件对预处理后序列中含有4条以上同源序列重叠群进行分析,在含有4条以上同源序列的1 055个重叠群中,筛选得到可靠SNP（Reliable SNPs）位点705个,较可信SNPs（High confidence SNPs）905个,潜在SNPs（Potential SNPs）1 144个。根据候选SNP位点设计28对引物,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳分析,基因分型验证44个太湖个体,13对引物具有二等位基因多态性,观测杂合度和期望杂合度范围分别为0.259~0.745和0.255~0.728。结果表明,EST数据库中存在大量SNP位点,筛选的SNP标记可用于日本沼虾遗传学分析。

FGF5基因在中卫山羊中的SNP多态性分析

为了检测中卫山羊核心育种群中成纤维细胞生长因子5(FGF5)基因的单核苷酸多态性(SNP),试验采用PCR-RFLP方法,对该基因外显子1上384 bp位置处的SNP位点多态性进行检测。结果表明:在测定的179只试验羊中仅出现2种基因型,即AA基因型、AB基因型,基因型频率分别为0.932,0.068。A、B的基因频率分别为0.966,0.034,A等位基因在中卫山羊群体中为优势等位基因。多态信息含量(PIC)为0.063 53,为低度多态位点。卡方检验结果表明,基因处于HardyWeinberg平衡状态。分析发现,此SNP为同义突变,利用在线软件预测,该突变位点不影响mRNA的二级结构,中卫山羊群体中FGF5基因外显子上存在一个低度多态SNP位点。

影响猪生长和肉质性状的显著SNP在大约克和长白群体内的多态性分析

通过文献搜索,收集整理了影响猪生长和肉质性状的显著单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,基于飞行时间质谱技术对大约克(n=400)和长白(n=399)样本进行SNP快速分型,并分析了这些位点在大约克和长白群体内的基因型、等位基因频率、哈代-温伯格平衡状态等遗传学特征。结果表明:利用飞行时间质谱技术可对17个影响猪肉质和生长性状的显著SNP位点进行同时快速基因分型,平均个体检出率为96.35%;17个被检SNP位点中9个为多态位点,其它8个为只有一种基因型的单态位点;多态SNP位点中有6个处于哈代-温伯格平衡状态,其它3个严重偏离哈代-温伯格平衡。本研究收集了对猪生长和肉质性状具有显著效应的SNP位点,探讨了利用飞行质谱技术进行多位点SNP快速分型的可行性,为今后建立猪生长和肉质性状标记辅助选择、加快猪的遗传研究进展奠定基础。

肾移植患者中整合素α2+807单核苷酸多态性(SNP)与环孢素A(CsA)所致药物性牙龈增生(GO)的相关性

目的研究中国汉族人群中整合素α2+807单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)与环孢素A(cyclosporin A,CsA)引起的药物性牙龈增生(gingival overgrowth,GO)的关系。方法 201例服用CsA的肾移植患者根据GO指数分为GO组(n=122)和非GO组(n=79),分别记录患者的性别、年龄、服药时间和剂量等临床资料以及牙周指数。收集患者的颊拭标本进行基因抽提,使用限制性酶切法检测整合素α2基因C807T多态性,比较两组患者间基因型和GO发生率之间的差异,使用logistic回归分析比较各项临床指标及α2+807基因型与GO之间的相关性。结果 GO患者中CC+CT基因型占79.5%,非GO患者中CC+CT基因型占77.2%,两组间差异无统计学意义(P>0.05)。等位基因C和T的比例在两组患者间的差异无统计学意义(P>0.05)。Logistic回归分析显示CC+CT基因型与GO的易感性无显著相关性。结论整合素α2+807的SNP与CsA所致的药物性GO无显著相关性。

柯乐猪KRT10基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

【目的】研究角蛋白10(keratin 10,KRT10)基因多态性对柯乐猪繁殖性状的影响,以提高柯乐猪的繁殖力。【方法】以255头柯乐猪为研究对象,采用PCR产物测序、DANMAN序列比对软件及人工校对相结合的方法鉴定KRT10基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点,利用SHEsis在线软件分析SNP位点的群体遗传特性,通过RNAfold在线工具对SNP位点进行生物信息学分析,使用SPSS 22.0软件中的一般线性模型分析KRT10基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状的关联性。【结果】在柯乐猪KRT10基因中共鉴定到3个SNPs位点:第4内含子的g.21643703 C>T和g.21643714 G>A;第5外显子的g.21643741 G>A。g.21643741 G>A突变导致密码子由AAG突变为AAA,编码氨基酸均为赖氨酸(K),为同义突变,引起编码的mRNA二级结构发生改变。3个SNPs位点均检测到3种基因型,g.21643703 C>T和g.21643741 G>A属于中度多态位点(0.25A)属于低度多态位点(PIC<0.25)。g.21643703 C>T和g.21643741 G>A位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),g.21643714 G>A位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05);3个SNPs位点间均不存在强连锁不平衡。KRT10基因3个SNPs位点共产生4种单倍型和10种双倍型。关联分析结果表明,g.21643703 C>T位点对柯乐猪初生窝重、断奶仔数和断奶窝重的影响均达到显著水平(P<0.05);g.21643714 G>A位点对柯乐猪总产仔数和断奶窝重的影响均达到显著水平(P<0.05);g.21643741 G>A位点对柯乐猪总产仔数、产活仔数、断奶仔数和断奶窝重的影响均达到显著水平(P<0.05)。双倍型H3H3对柯乐猪总产仔数、产活仔数、断奶仔数和断奶窝重的影响最明显。【结论】KRT10基因中存在的3个SNPs位点对柯乐猪繁殖性状有显著影响,其中H3H3为有利双倍型,可作为柯乐猪繁殖性状选择的遗传标记。

PGC-1α基因及其单核苷酸多态性与糖尿病肾病的相关性

目的:探讨糖尿病肾病(DKD)易感性与过氧化物酶体增殖物激活受体γ辅助激活因子(PGC)-1α基因SNP位点rs8192678的相关性。方法:招募200例糖尿病(DM)患者,无肾脏病损伤,200例DKD患者。利用DNA提取试剂盒提取患者外周血DNA,应用TaqMan-MGB探针法对SNP rs8192678进行基因分型,分析PGC-1α基因rs8192678(G>A)等位基因分布,并评估其与DKD易感性的相关性。利用实时定量PCR检测DM患者和DKD患者血液PGC-1αmRNA表达与rs8192678基因多态性之间的关系。观察不同中医证型DKD患者rs8192678等位基因及基因型频率分布。结果:PGC-1α基因rs8192678基因型GG在DM中比例较DKD更少见(47.5%比72.5%,P<0.001)。在三个遗传模型(加性、显性和隐性)中,在年龄和性别校正后,GG基因型与较高的DKD风险相关(P=0.000)。在DM组和DKD组全血中,AA基因型患者PGC-1αmRNA水平显著高于GG基因型(P<0.01)。PGC1-α基因rs8192678位点的等位基因中,G等位基因频率在所有DKD证型中均较A等位基因频率高。DKD患者中医证候由阴虚燥热证逐渐转向阴阳两虚证过程中,患者GG表达占比逐渐增多。结论:rs8192678的风险相关G等位基因与DKD相关,G等位基因增加了DKD风险,且DKD患者中医证候分型与PGC1-α基因rs8192678多态性位点有内在关系。

单核苷酸多态性（SNP）在近交系小鼠遗传检测中的应用

目的 利用单核苷酸多态性（SNP）位点构建多重聚合酶链反应和链接酶反应（PCR-LDR）方案,为近交系小鼠的遗传检测提供一种快速、简便的方法.方法 在SNP公共数据库中挑选51个SNP位点,该51个位点分布于每条常染色体和性染色体,共分为5组,进行多重PCR-LDR方案构建,并将该方案作为遗传质量检测方法对采集的7个近交系样本进行检测.结果 在送检的7个近交系小鼠样本中,纯合度都为100％,相同来源相同品系小鼠的遗传背景一致,但在不同单位的近交系小鼠中,某些SNP位点有差异,CBA/Ca/BK1和CBA/JSlac在a9、a10、b5、b9、c1、c12、e1、e2位点的遗传检测结果不同,C57BL/6/BK1和C57BL/6JS1ac在c7、c10位点的遗传检测结果不同.另外,两家公司各有5个位点在所有品系中基因型相同,因此有效位点数各为46个.结论 构建的多重PCR-LDR方案能有效对两家动物生产单位的近交系小鼠进行检测,可用于常见近交系小鼠快速、高通量的基因分型,有利于大规模遗传质量检测和品系鉴定.

茶树CHS基因结构及编码区单核苷酸多态性分析

【目的】通过试验获得茶树CHS基因(CsCHS)gDNA序列,以进一步确定CsCHS基因结构;研究CsCHS编码区单核苷酸多态性,并结合茶树多酚含量进行关联分析,寻找基因中可能存在的与茶多酚含量存在显著或极显著相关关系的SNP位点。【方法】根据NCBI数据库中已有CsCHS序列设计特异性引物,再分别以基因组DNA和cDNA为模板进行PCR扩增,经克隆、测序获得CsCHS1、CsCHS2、CsCHS3三个基因的gDNA和cDNA全长序列,通过序列比对方法确定CsCHS结构。利用Compute pI/Mw、SOPMA等软件对所得序列进行生物信息学分析,预测和比较CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3三者蛋白质结构。以茶多酚含量差异较大的57份茶树品种为材料,分别以57份材料的cDNA为模板,用特异性引物进行PCR扩增,然后利用PCR产物直接测序法筛查CsCHS编码区序列的单核苷酸多态性。结合CsCHS编码区序列单核苷酸多态性和57份材料多酚含量,利用软件TASSEL进行关联分析,筛选基因中可能与茶多酚含量存在显著或极显著相关关系的SNP位点。【结果】试验获得CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3的cDNA序列长度分别为1 277、1 320和1 242 bp,各自均包含一个长度为1 170 bp的开放阅读框;CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3的gDNA序列长度分别为1 600、1 330和1 607 bp。通过gDNA序列和cDAN序列比对,结合真核生物内含子GT-AG法则,确定CsCHS1、CsCHS3分别包含2个外显子和1个内含子,内含子大小分别为323和356 bp,CsCHS2可能没有内含子。根据CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3 cDNA序列推导三者对应氨基酸序列,比较三条氨基酸序列发现三者氨基酸同源性较高,达到92.6%—95.4%,CHS蛋白亚家族中的特征性保守位点在这三条序列中都能找到,生物信息学分析结果显示CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3三者蛋白质结构高度相似。CsCHS1编码区序列中共发现71个SNP位点,SNP出现频率为1SNP/16.48 bp,无Indel,基因核苷酸多样性(π)值为0.01088;CsCHS2编码区序列中共发现55个SNP位点,SNP出现频率分别为1SNP/21.27 bp,CsCHS2核苷酸多样性(π)值(0.00530)明显低于CsCHS1;因扩增CsCHS3 cDNA序列的PCR反应成功率低,未对该基因遗传多样性进行分析。通过关联分析分别从CsCHS1和CsCHS2中找到2个和4个与茶叶多酚含量相关的SNP位点。【结论】CsCHS1和CsCHS3属于保守型CHS基因,且CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3蛋白质结构高度相似,推测三者可能在茶树的不同部位或不同生长阶段发挥类似作用;CsCHS1和CsCHS2活跃,二者编码区内可能存在突变热点区。

不同性别类型黄瓜ACC合酶基因的单核苷酸多态性标记和酶切扩增长度多态性标记

黄瓜的性别分化与乙烯密切相关,1-氨基环丙烷-1-羧酸(ACC)合酶是乙烯生物合成过程中的关键酶.根据ACC合酶基因家族的保守序列设计PCR引物,从8个不同性别类型(雌雄同株、强雌性和全雌性)黄瓜品种中克隆了长度为1188bp的ACC合酶基因(CS-ACS2)片段(GenBank登记号为:DQ115884～DQ115886和DQ115875～DQ115879).经测序分析,3个雌雄同株性别类型品种的序列完全相同.与之相比,5个强雌性和全雌性品种中存在8个单核苷酸多态性(SNPs)标记,SNPs标记为4个A←→G和4个T←→C之间的转换.在8个SNPs中,有1个SNP位于内含子区域,其余7个SNPs都位于外显子区域.在7个位于外显子区域的SNPs中,有3个为非编码区的SNPs,4个为cSNPs.而在4个cSNPs中,有3个导致了编码的氨基酸序列改变.研究结果表明,与雌雄同株性别类型相比,雌性系中均存在单核苷酸的变异,这提示ACC合酶基因CS-ACS2的单核苷酸变异可能与黄瓜雌性系的发生形成有关.另一方面,根据SNP多态性还发展了一个酶切扩增长度多态性(CAPS)标记C-MT700.利用CAPS标记C-MT700能将强雌性优良品种MT-705与其他黄瓜品种相区别,该标记在黄瓜育种生产上具有一定的应用价值.此外,研究获得的SNPs标记和CAPS标记丰富了黄瓜的分子标记种类.

猪甲状腺激素应答Spot14基因编码区多态性与猪产脂能力的关联性

甲状腺激素应答Spot14(THRSP)是甲状腺激素诱导的核内蛋白质,对动物脂肪生成具有重要的调控作用.为了探明中国地方猪品种(脂肪型)和引入品种(瘦肉型)胴体脂肪沉积之差异的遗传机理,提取脂肪型猪(皖南花猪、绩溪黑猪、定远猪,n=228)和瘦肉型猪(长白猪、大白猪、杜洛克及其杂种猪,n=92)的耳组织DNA,检测THRSP基因编码区的单核苷酸多态性(SNP),分析其变异对mRNA折叠和蛋白质二级结构的影响以及在群体中的分布规律,研究其变异与猪产脂能力之间的关联性.结果发现,猪THRSP基因编码区的核苷酸序列与人和牛的同源性分别为86%和88%,存在2个SNPs位点(G123A和A308G)分别位于距CDS起点的123 bp和308 bp处,其中G123A为同义突变,而A308G导致THRSP蛋白质103位的赖氨酸变为精氨酸,引起了酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点由TKEE转变为TREE,并产生了2种类型的mRNA折叠和蛋白质二级结构,脂肪型猪群中123G和308A的频率分别为0.975 9和0.589 9,瘦肉型猪群的123G和308A频率分别为0.657 7和0.815 2,脂肪型猪123G308A和123G308G配子的总频率达到0.975 9,而瘦肉型猪的123A308A和123G308A配子的总频率为0.815 3.实验提示,THRSP基因编码区的G123A和A308G位点多态性与猪脂肪生成能力密切关联,对脂肪生成相关基因表达具有重要的调节作用.

Ⅱ型糖尿病患者APOA5-1131T/C基因多态性与血脂代谢和胰岛素抵抗的关系研究

为了探讨载脂蛋白A5基因（APOA5）-1131T/C多态性在中国镇江地区的频率分布及其与血浆脂质代谢和Ⅱ型糖尿病患者胰岛素抵抗的关系,采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析（PCR-RFLP）结合琼脂糖凝胶电泳技术检测152例健康人及71例Ⅱ型糖尿病患者APOA5-1131T/C基因型及等位基因频率分布,同时采用生化方法测定所有研究对象的血脂、血糖和胰岛素水平。结果显示：糖尿病组APOA5-1131C等位基因频率显著高于对照组（0.430vs0.296,P=0.006）。CC纯合子患糖尿病的风险是TT纯合子的3.75倍（OR=3.75,95%CI：1.57-8.92）,且经Logistic回归分析,校正年龄、BMI和血浆HDL-c、LDL-c及ApoB水平等其他混杂因素影响后,这种差异仍具有显著性意义（OR=2.70,95%CI：1.24-5.86）。糖尿病组C等位基因携带者TG水平显著高于非C等位基因携带者（P〈0.01）,TC水平和LDL-c水平亦明显升高（P〈0.05）。但是在两组中,不同基因型患者胰岛素抵抗相关指标均无显示差异。提示APOA5-1131T/C单核苷酸多态性对人群血浆TG水平有影响,-1131C等位基因与血浆TG、TC和LDL-c水平增高有关,但是与糖尿病患者胰岛素相关指标无关;APOA5-1131C等位基因可能与人群糖尿病的发生相关联。

ALM-ASA法鉴别人参和西洋参ITS及5．8s基因上单核苷酸多态性位点

目的:查找并发现参类药材的单核苷酸多态性(SNP)位点,利用SNP的准确测定来鉴别人参和西洋参。方法:根据ITS及5.8s基因上人参和西洋参的SNP位点设计特异性引物,利用适配器连接介导的等位基因特异性扩增法(ALM-ASA)进行检测。结果:PCR反应体系优化后,能在同一反应中同时鉴别人参、西洋参。根据凝胶电泳中扩增片段的大小判断SNP的类型,出现294bp条带的为人参,111bp条带的为西洋参。结论:ALM-ASA法极大提高了PCR反应的特异性,结果准确,可同时测定多个SNP位点。采用该方法测定ITS及5.8s基因上的SNP位点能有效地对参类品种进行鉴别和质量控制。

PPARγ基因多态性与动脉粥样硬化性脑梗死的相关性研究

目的探讨PPARγ基因多态性与动脉粥样硬化性脑梗死的关系。方法本研究共纳入227例动脉粥样硬化性脑梗死患者和404例健康对照人群。以rs1875796为遗传标记,应用多聚酶链-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）技术检测PPARγ基因rs1875796的个体基因型。结果女性动脉粥样硬化性脑梗死组rs1875796的C等位基因频率较对照组明显增高（χ2=9.113,P=0.003,OR=2.211,95%CI1.321～3.700）,女性动脉粥样硬化性脑梗死rs1875796位点的CC＋CT基因型频率较对照组明显增高（χ=8.032,P=0.005,OR=2.404,95%CI1.310～4.411）,经过多因素回归分析调整了传统危险因素的影响,两组间仍有显著性差异（P=0.006）。而男性动脉粥样硬化性脑梗死组与对照组rs1875796的等位基因、基因型频率差异无显著意义。结论PPARγ基因可能与女性动脉粥样硬化性脑梗死相关。

胃癌铂类化疗预后与XRCC1多态性关系

目的探讨外周血X线交错互补修复基因1(XRCC1)单核苷酸多态性与接受铂类药物化疗胃癌患者生存时间关系。方法经病理确诊胃癌患者62例,治疗前提取其外周血DNA,采用TaqMan探针Real-time PCR方法对XRCC1第399位密码子进行多态性分析,并比较其基因型与接受铂类化疗患者生存时间关系。结果62例胃癌患者平均总生存时间为461 d,携带XRCC1 Arg/Arg或Arg/Gln基因型胃癌患者的平均总生存时间为490 d,而携带Gln/Gln基因型患者的平均总生存时间仅为295 d,差异有统计学意义(P=0.022)。结论XRCC1基因多态性与接受铂类化疗的胃癌患者的总生存时间明显相关。

STAT4基因rs7574865位点多态性与武陵山地区类风湿性关节炎具有相关性

目的探讨信号转导子与转录激活子4(STAT4) rs7574865和miRNA146a rs2910164基因单核苷酸多态性(SNP)与武陵山地区类风湿性关节炎(RA)的相关性。方法选择287例RA患者和同期305例体检的健康人群为对照组,采用多重PCR结合高通量测序技术(Hi-SNP)测定RA患者和同期对照人群rs7574865和rs2910164位点基因型,用χ2检验比较分析两组人群中基因型和等位基因型频率分布,并分析这两个位点多态性与RA发病风险的相关性以及与患者类风湿因子(RF)和抗环瓜氨酸肽(ACCP)抗体水平的相关性。结果 rs7574865位点的基因型频率在两组间存在统计学差异,TT基因型和T等位基因均是RA的易感因素(OR=2. 42,95%CI:1. 37～4. 28; OR=1. 43,95%CI:1. 12～1. 82),同时显性模型和隐性模型也显示与RA的发病易感相关。rs2910164位点单核苷酸多态性与RA易感性无关,并且rs7574865和rs2910164位点多态性与RF和ACCP抗体水平均无显著相关性。结论 STAT4 rs7574865位点单核苷酸多态与武陵山地区RA的发病相关,与患者RF和ACCP抗体水平无关;而miRNA146a rs2910164多态性与RA无显著相关性。

EGLN1基因两个位点多态性与藏族人群高原低氧适应的关系

目的探讨西藏藏族人群EGLN1基因2个SNP(单核苷酸多态性)位点rs479200(C/T)、rs480902(T/C)多态性与高原低氧适应的相关性。方法选取世居西藏拉萨藏族150人及辽宁汉族150人的血样,提取白细胞基因组DNA,应用限制性片段长度多态性-聚合酶链反应(PCR-RFLP)技术检测EGLN1基因2个SNP位点,分析其多态性特征。结果 rs479200位点等位基因C等位基因频率在藏族人和汉族人分别为71.33%和38.17%,rs480902位点等位基因T等位基因频率在藏族人和汉族人分别为66.67%和36.67%,两组比较差异显著(P<0.01);rs479200位点TT、TC和CC基因型频率在藏族人和汉族人分别为6.67%和56.67%、29.33%和33.33%、64%和10%,rs480902位点TT、TC和CC基因型频率在藏族人和汉族人分别为60.67%和9.33%、30.66%和28.67%、8.67%和62%。两位点TC基因型两组比较差异无统计学意义;TT和CC基因型两组比较差异均显著(P<0.01)。结论 EGLN1基因rs479200(C/T)和rs480902(T/C)SNP位点多态性与西藏藏族适应高原低氧环境存在相关性。rs479200位点的CC基因型和rs480902位点的TT基因型可能更有利于适应低氧环境。