CYP3A4基因位点多态性对托法替布治疗类风湿关节炎临床疗效及药品不良反应的影响

目的探讨CYP3A4*4,CYP3A4*18,CYP3A4*1G基因位点多态性对托法替布治疗类风湿关节炎(RA)临床疗效及药品不良反应(ADR)的影响。方法选取医院风湿免疫科2020年2月至2022年8月收治的RA患者309例作为RA组,予枸橼酸托法替布片,每日2次,每次5 mg,共治疗6个月;选取同期的健康人群165例作为对照组。采用荧光聚合酶链反应(PCR)法检测CYP3A4*4,CYP3A4*18,CYP3A4*1G基因位点多态性;根据美国风湿病学学会(ACR)制订的ACR20标准评价托法替布的临床疗效,以是否符合ACR20标准,将RA患者分为改善组(181例)和未改善组(128例);统计治疗期间RA患者与托法替布相关的ADR,采用Karch和Lasagna评定法判定因果关系,以因果关系是否判定为肯定、很可能和可能,将RA患者分为ADR组(58例)和无ADR组(251例)。结果RA组和对照组患者的CYP3A4*4,CYP3A4*18,CYP3A4*1G基因位点多态性均无显著差异(P>0.05)。改善组和未改善组患者的疾病活动度差异显著(P<0.05),CYP3A4*4,CYP3A4*18,CYP3A4*1G基因位点多态性均无显著差异(P>0.05)。ADR累及系统为实验室检验异常、皮肤系统、消化系统、呼吸系统、血液系统,分别发生27例、11例、7例、5例、3例;ADR严重程度为轻度51例,中度7例。ADR组和无ADR组患者的CYP3A4*1G基因位点多态性差异显著(P<0.05),CYP3A4*4和CYP3A4*18基因位点多态性均无显著差异(P>0.05)。结论CYP3A4*1G基因位点多态性与托法替布治疗RA的ADR有相关性。使用托法替布时,应监测患者的CYP3A4*1G基因位点多态性,必要时调整剂量,保证用药安全。

ADAMTS-7基因rs3825807及rs1994016位点多态性与KD发病及CAL的关联性分析

目的分析ADAMTS-7基因rs3825807、rs1994016位点多态性与川崎病(KD)发病及其冠状动脉损伤(CAL)是否存在关联性。方法选取KD患儿100例为KD组,健康体检儿童100例为健康组。提取两组外周血DNA进行基因测序,比较两组ADAMTS-7基因rs3825807位点及rs1994016位点的多态性差异。KD组根据是否存在冠状动脉损伤分为冠状动脉损伤组(KD-CAL组)和无冠状动脉损伤组(KD-NCAL组),比较两组ADAMTS-7基因rs3825807位点及rs1994016位点的多态性差异。结果KD组与健康组比较,KD-NCAL组与KD-CAL组比较,ADAMTS-7基因rs3825807位点A、G等位基因频率和AA、AG、GG基因型频率以及rs1994016位点C、T等位基因频率和CC、CT、TT基因型频率差异均无统计学意义(P>0.05)。结论ADAMTS-7基因rs3825807、rs1994016位点多态性与KD的发病及CAL不存在明显关联性。

MDM2基因SNP309多态性与白血病发病风险相关性的Meta分析

目的:探讨MDM2基因第309位单核苷酸多态性(SNP309)与白血病发病风险之间的相关性。方法:通过检索英文和中文数据库获取文献。根据纳入和排除标准筛选,提取数据,采用Stata 12.0软件进行Meta分析,使用优势比OR及其95%可信区间(CI)来评估五种遗传模型的关联;使用假阳性报告概率(FPRP)、贝叶斯错误发现概率(BFDP)和Venice标准来评估具有统计学意义关联的可信度。结果:本研究共纳入16项病例对照研究,其中病例组2 900人,对照组6 876人。Meta分析结果显示,MDM2 SNP309多态性增加了亚洲人群白血病的发病风险(GG vs TT:OR=2.57;GT vs TT:OR=1.57;GG+GT vs TT:OR=1.78;GG vs GT+TT:OR=1.98;G vs T:OR=1.59),亚组分析结果显示,成人组、儿童与成人混合组、健康对照、匹配研究、非匹配研究以及急性髓系白血病(AML)中观察到MDM2突变增加白血病发病风险。排除低质量和HWD研究后进行敏感性分析,发现MDM2多态性与白血病发病显著相关。但此次Meta分析显示为“低可信度”。结论:MDM2 SNP309多态性与白血病发病风险显著相关,但其可信度分析显示为低可信度,其多态性与白血病发病的关联可能是由于假阳性结果所致。

VDR基因FOKI位点多态性与子痫前期关系的meta分析

目的:探讨维生素D受体(VDR)基因FOKI位点多态性与子痫前期(PE)遗传易感性的关系。方法:计算机检索中国知网(CNKI)、万方、维普、中国生物医学文献数据库、PubMed、Web of Science中关于VDR基因FOKI位点多态性与PE易感性的病例对照研究,检索时间为建库至2023年5月。在等位基因模型(f比F)、纯合比较模型(ff比FF)、杂合比较模型(Ff比FF)、显性比较模型(Ff+ff比FF)和隐性比较模型(ff比FF+Ff)5种遗传模型下,采用Stata11.0软件进行meta分析,并用OR值及95%可信区间(95%CI)评价VDR基因FOKI位点多态性与PE易感性之间的关联。结果:共纳入8篇文献,包括3446例研究对象。meta分析结果显示,在等位基因模型(f比F,OR=1.49,95%CI 1.08~2.05)、纯合比较模型(ff比FF,OR=1.80,95%CI 1.11~2.93)、隐性比较模型(ff比FF+Ff,OR=1.95,95%CI 1.39~2.73)下,VDR基因FOKI位点多态性与PE遗传易感性密切相关,而在杂合比较模型(Ff比FF)和显性比较模型(Ff+ff比FF)下,差异无统计学意义。结论:VDR基因FOKI位点可能与PE易感性有关,f等位基因和ff基因型可能是PE发生的危险因素。

母亲维生素D受体基因FokI位点多态性与先天性甲状腺功能减低症易感性的相关性参考

目的探讨母亲维生素D受体基因(VDR)FokI位点多态性与先天性甲状腺功能减低症(CH)易感性的相关性。方法选择2020年1月至2022年12月在邢台市妇幼保健院确诊的140例CH新生儿母亲(研究组),年龄22~37岁,平均年龄30.94岁;孕周35~41周,平均孕周39.02周;自然受孕126例;孕前体质量46.0~76.2 kg,平均体质量55.62 kg;产次1~3次,平均产次1.62次;顺产94例,剖宫产46例;居住在城市43例,农村97例;汉族138例,其他民族2例;受教育程度初中及以下38例,高中及中专34例,大专及以上68例;有不良妊娠史58例,无82例;有甲状腺疾病家族史11例,无129例;有孕期用药史16例,无124例;有孕期黄体酮使用史3例,无137例;孕期甲醛接触史8例,无132例;有孕期射线接触史9例,无131例。另选择140例健康新生儿母亲(对照组),年龄24~40岁,平均年龄28.95岁;孕周34~41周,平均孕周39.13周;自然受孕131例;孕前体质量45.5~77.0 kg,平均体质量56.12 kg;产次1~3次,平均产次1.68次;顺产113例,剖宫产27例;居住在城市63例,农村77例;汉族135例,其他民族5例;受教育程度初中及以下16例,高中及中专32例,大专及以上92例;有不良妊娠史79例,无61例;有甲状腺疾病家族史2例,无138例;有孕期用药史3例,无137例;有孕期黄体酮使用史15例,无125例;孕期甲醛接触史1例,无139例;有孕期射线接触史1例,无139例。收集新生儿母亲的相关因素并将其作为主要研究变量,采用酶联免疫吸附分析法检测新生儿脐静脉血25-羟维生素D[25(OH)D]水平,采用聚合酶链式反应-焦磷酸测序遗传分析计数(PCR-Pyrosequencing)法测定新生儿母亲血清VDR FokI位点多态性。应用单因素和多因素Logistic回归分析研究母亲VDR FokI位点多态性与CH易感性的相关性。结果对照组母亲VDR FokI位点基因型进行Hardy-Weinberg遗传平衡检验,以评价基因频率估计的可靠性,结果显示FokI位点基因型分布符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律(χ^(2)=1.472,P>0.05)。单因素分析和多因素Logistic回归分析显示新生儿出生体质量、胎龄、Apgar评分和母亲的年龄、受教育程度、居住地、分娩方式、甲状腺疾病家族史、不良妊娠史、孕期黄体酮使用史、孕期用药史和孕期甲醛、射线接触史与新生儿CH发生显著相关(P<0.05);单因素和多因素Logistic回归分析均显示,母亲VDR FokI位点多态性与新生儿CH易感性存在显著关联,其中携带基因型FF与新生儿CH患病风险升高有显著相关性(P<0.05)。两组新生儿血清25(OH)D水平在母亲VDR FokI位点不同基因型间差异有显著统计学意义(P<0.015),FT3、FT4和促甲状腺激素(TSH)水平差异也有统计学意义(P<0.05),其中母亲携带基因型FF的新生儿血清25(OH)D显著低于Ff和ff基因型,FT3、FT4也显著低于Ff基因型和ff基因型,TSH显著高于Ff基因型和ff基因型。结论母亲VDR FokI位点多态性与新生儿CH易感性可能相关联,携带FokI位点纯合FF基因型会增加新生儿CH易感性。

猪GHR基因两个SNPs位点多态性与生长性状的关联分析

【目的】探讨猪GHR基因两个SNPs位点多态性与其生长性状的相关性,为保护广西巴马小型猪的遗传资源及推进猪分子标记辅助育种技术的发展奠定基础。【方法】采用PCR-RFLP和错配PCR-RFLP(CRS-PCR-RFLP)检测巴马小型猪×长白猪杂交F2代(简称巴×长F2代)资源家系中猪GHR基因G1248A和A1801G两个SNPs位点的多态性,并对其相关生长性状进行关联分析。【结果】猪GHR基因G1248A和A1801G两个SNPs位点在巴×长F2代资源家系中均表现出AA、AG和GG 3种基因型。G1248A位点对巴×长F2代生长性状的影响表现为:除2月龄GG基因型个体的胸围尺寸显著大于AA、AG基因型个体(P<0.05,下同),4月龄GG基因型个体的体重显著高于AA、AG基因型个体外,其他月龄的相关生长性状在不同基因型个体间差异均不显著(P>0.05,下同)。A1801G位点对巴×长F2代生长性状的影响表现为:除1和6月龄GG基因型个体的体高显著低于AA、AG基因型个体,3和6月龄GG基因型个体的胸围尺寸显著大于AA、AG基因型个体外,其他月龄的相关生长性状在不同基因型个体间差异也不显著。【结论】猪GHR基因G1248A位点的G等位基因对个体体重、胸围有正选择作用,而A1801G位点的G等位基因对个体体高有负选择作用,对个体胸围有正选择作用,均可作为猪分子标记辅助育种的遗传选择标记。

基于Super-GBS简化基因组测序技术的柞蚕SNP位点挖掘

基于Super-GBS基因分型(super-genotyping-by-sequencing)技术开展柞蚕单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphism,SNP)位点挖掘研究,旨在开发性状关联SNP分子标记,为柞蚕种质资源评价鉴定、遗传图谱构建、QTL定位提供数据支撑。以白体色小白蚕为母本、黄体色H04为父本,获得BC1M群体(110个)、F_(1)(3个)、P_(1)(1个)、P_(2)(1个)总计115个柞蚕材料,利用PstⅠ-HF/MspⅠ双酶切基因组构建Super-GBS文库并测序,使用BWA软件将过滤后的序列数据比对到柞蚕参考基因组,采用GATK软件开发SNP标记,使用SnpEff软件注释SNP位点及R语言分析遗传结构。测序共产生序列数据量为106.39 Gb,过滤后的平均读长为0.89 Gb,Q30测序质量值平均为90.11%,比对率平均为98.48%。共得到有效SNP位点141100个,主要位于基因间隔区、内含子区、基因下游、上游,其中C/T、A/G变异类型最多,转换与颠换的比例为1.296187∶1。SNP位点变异主要为同义突变和错义突变,产生修饰(MODIFIER)影响。主成分与聚类分析将115个样品分为4组(P_(1)、P_(2)、F_(1)、BC_(1)M),反映了样品的遗传背景及亲缘关系,群体遗传分化指数F_(ST)在0.0003777~0.8272间,群体遗传距离DR分布在0.0004~1.7556,F_(ST)与DR均表现出明显的遗传背景上的聚类。结果表明,Super-GBS技术能够获得大量柞蚕SNP位点信息,可用于SNP标记开发,且开发的SNP标记能够对115个样品的亲缘关系、体色演变进行解释,为今后柞蚕种质资源评价与鉴定、分子标记辅助育种工作奠定基础。

杂交黑猪MASTR、H-FABP基因多态性与肉质性状的关联性分析

为探究杂交黑猪MASTR、H-FABP基因的多态性与肉质性状的关联性,本试验以松辽黑猪×北京黑猪杂交后代黑猪为研究对象,提取其背部最长肌基因组DNA,PCR-RFLP分析MASTR、H-FABP基因单核苷酸SNP位点,对其不同基因型进行测序分析,并与肉质性状相关的滴水损失、失水率、肌内脂肪、熟肉率、肉色评分及大理石纹评分等进行关联分析。结果表明,杂交黑猪MASTR基因片段经Bsma I酶切,产生HH纯合型、hh纯合型、Hh杂合型3种基因型;H-FABP基因片段经Hinf I酶切,产生AA纯合型、A-A-纯合型、AA-杂合型3种基因型。经测序分析,杂交黑猪MASTR基因hh基因型第147位点碱基T突变为C,导致Bsma I酶切位点丢失;H-FABP基因存在1个SNP位点,A-A-纯合型序列第507位点A碱基缺失,导致HinfI酶切位点丢失。对肉质性状数据分析发现,MASTR基因多态性失水率HH与hh差异显著;肌内脂肪HH与Hh、hh差异显著,Hh与hh差异极显著;肉色评分HH与Hh差异显著,HH与hh差异极显著。H-FABP基因多态性失水率AA纯合型与AA-杂合型、A-A-纯合型相比差异显著;滴水损失AA纯合型与AA-杂合型、A-A-纯合型相比差异显著;肌内脂肪AA纯合型与A-A-纯合型相比差异显著;熟肉率AA纯合型与A-A-纯合型相比差异显著。说明MASTR和H-FABP基因单核苷酸多态性均与肉质性状存在一定的相关性。本试验为优质黑猪基因水平上的杂交育种提供了科学参考。

线粒体解偶联蛋白2基因多态性及启动子区域基因型与糖尿病肾病发病的关系

目的观察线粒体解偶联蛋白2(UCP2)基因多态性,分析UCP2基因启动子区域基因型与糖尿病肾病(DKD)发病的关系。方法2型糖尿病(T2DM)患者180例,根据尿白蛋白/肌酐比值(ACR)和预估肾小球滤过率(eGFR)分为DKD患者92例[糖尿病肾病组,ACR≥30 mg/g、eGFR<60 mL/(min·1.73 m^(2))]和单纯糖尿病患者88例[单纯组,ACR<30 mg/g、eGFR≥60 mL/(min·1.73 m^(2))],采用多重聚合酶链反应进行UCP2基因测序,另利用二元Logistic回归分析UCP2基因启动子区域位点-866G/A三种基因型(A/A、G/A、G/G)与DKD的关系。结果糖尿病肾病组-866G/A位点G/G基因型频率为33.0%、G/A基因型频率为40.9%、A/A基因型频率为26.1%,单纯糖尿病组分别为30.4%、56.5%、13.0%,两组A/A基因型频率比较,P均<0.05;糖尿病肾病组Ala55Val位点C/C基因型频率为31.8%、C/T基因型频率为42.0%、T/T基因型频率为26.1%,单纯糖尿病组分别为28.3%、57.6%、14.1%,两组比较,P均>0.05;糖尿病肾病组45bp INS/DEL位点DEL/DEL基因型频率为73.9%、DEL/INS基因型频率为23.9%、INS/INS基因型频率为2.3%,单纯糖尿病组分别为84.8%、13.0%、2.2%,两组比较,P均>0.05。在-866G/A隐性模型中,A/A基因型是DKD发生的风险因素,相比于G/A和G/G,A/A基因型发生DKD的风险增高2.359倍[2.359(1.091~5.099),P=0.029];当矫正性别、年龄后,A/A基因型发生DKD的风险增高2.491倍[2.491(1.142~5.437),P=0.022];当进一步矫正性别、年龄、糖尿病病程、糖化血红蛋白、尿酸、总胆固醇后,A/A基因型发生DKD的风险增高2.491倍[2.489(1.004~6.172),P=0.049]。在-866G/A显性模型中,相比于G/G基因型,G/A和A/A基因型发生DKD的风险无统计学差异。结论UCP2基因启动子区域存在3个位点的基因多态性,包括-866G/A、Ala55Val以及45bp插入缺失突变,其中-866G/A与DKD的发生密切相关,A/A基因型患者发生DKD的风险高于G/A、G/G基因型。

XRCC1基因Arg399Gln多态性与乳腺癌易感性研究

目的:探讨X线修复交错互补基因1(XRCC1)基因多态性与汉族女性人群中乳腺癌易感性的关系。方法:以甘肃省居住的汉族散发性乳腺癌510例和正常对照1090例作为研究对象,通过在线预测与文献回顾,筛选出XRCC1基因Arg399Gln(C>T)位点,使用TaqMan分型技术,提取基因组DNA进行Arg399Gln位点分型检测。结果:XRCC1基因Arg399Gln多态性与甘肃地区女性乳腺癌易感性无相关性,并且与乳腺癌患者术后病理组织中ER、PR、Her-2、P53、Ki67等蛋白的表达水平也无相关性。结论:XRCC1基因Arg399Gln多态性与甘肃地区女性散发性乳腺癌易感性无相关性。

脂联素基因多态性与直肠腺瘤切除预后相关性分析

目的:探讨脂联素(APN)基因多态性与直肠腺瘤(RA)切除预后的相关性。方法:选取接受切除手术治疗的RA病人97例,根据预后情况,将复发RA病人52例作为观察组,无复发病人45例作为对照组。通过聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RELP)法检测受试者血清中APN基因rs2241766位点多态性基因分布频率,并分析APN单核苷酸多态性各基因型与RA切除预后的相关性。结果:APN基因rs2241766位点基因型有TT野生型、TG杂合子型、GG纯合子型,对照组与观察组APN基因rs2241766位点基因型符合Hardy-Weinberg平衡定律,2组APN基因rs2241766位点基因型及等位基因频率差异均有统计学意义(P<0.01)。突变杂合子TG型、突变纯合子GG型病人的腺瘤数、腺瘤最大径及平均直径均大于野生TT型(P<0.05),纯合子GG型病人腺瘤数、腺瘤最大径及平均直径均大于杂合子TG型(P<0.05)。二元logistic回归分析显示,APN基因rs2241766位点TG型、GG型突变均为RA切除后复发的危险因素(P<0.01)。结论:APN基因rs2241766位点多态性与RA切除预后具有相关性。

ADAM33基因T2位点多态性与支气管哮喘易感性的关联研究

目的研究解整合素-金属蛋白酶33(ADAM33)基因T2位点多态性与支气管哮喘易感性的关联性。方法选取2019年12月至2020年12月在该院就诊并接受治疗的支气管哮喘患者120例作为研究组,选择同期在该院体检的健康者120例作为对照组,采用等位基因特异性聚合酶链反应技术及DNA测序方法检测两组ADAM33基因T2位点多态性。结果研究组和对照组ADAM33基因T2位点3种基因型均符合Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05)。研究组与对照组ADAM33基因T2位点基因型(AA、AG、GG)频率比较,差异均有统计学意义(χ^(2)=7.001,P<0.05)。ADAM33基因T2位点等位基因中,研究组A等位基因频率(15.42%)低于对照组(23.75%),差异有统计学意义(P<0.05)。ADAM33基因T2位点A等位基因频率增加可降低支气管哮喘患病风险(OR=0.875,P<0.05)。与中度支气管哮喘患者相比,危重、重度支气管哮喘患者ADAM33基因T2位点AG基因型频率差异无统计学意义(P>0.05),中度、重度、危重支气管哮喘患者ADAM33基因T2位点AG基因型频率高于轻度支气管哮喘患者,差异均有统计学意义(P<0.05)。ADAM33基因T2位点AG基因型频率增加是影响支气管哮喘严重程度的高危因素(P<0.05)。结论支气管哮喘与ADAM33基因位点多态性存在关联:ADAM33基因T2位点与支气管哮喘易感性有关,ADAM33基因T2位点A等位基因频率增加可降低支气管哮喘的患病风险,ADAM33基因T2位点AG基因型频率增加是影响支气管哮喘严重程度的高危因素。

云上黑山羊28号染色体上3个SNPs位点多态性与产羔数性状的关联分析

为验证和挖掘山羊产羔性状的分子标记和主效基因,选取前期研究获得的位于云上黑山羊28号染色体上3个与产羔数性状存在潜在关联的SNPs位点(rs268286450、rs268286391和rs268244272),采用MassARRAY飞行质谱列阵技术对541个云上黑山羊DNA样本进行SNP分型,并结合其产羔数进行关联分析。结果显示,3个SNPs位点均存在多态性,rs268286450位点在28号染色体第28498787 bp处发生C→T碱基突变,rs268286391位点在28号染色体第30971277 bp处发生A→C碱基突变,rs268244272位点在28号染色体第2707491 bp处发生T→C碱基突变,3个位点多态信息含量(PIC)分别为0.36、0.32和0.21;rs268286450和rs268286391位点处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.01),而rs268244272位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);rs268244272位点存在3种基因型CC、TT和TC,TT基因型频率为0.75,为野生基因型,TC基因型频率为0.22,为突变基因型,3种基因型最小二乘均值比较显示,TC基因型产羔数最小二乘均值与TT基因型差异极显著(P<0.01),与CC基因型差异不显著(P>0.05),TT与CC基因型产羔数最小二乘均值差异也不显著(P>0.05),TC基因型云上黑山羊产羔数上调。关联分析结果显示,rs268286450和rs268286391位点多态性与云上黑山羊产羔数关联不显著(P>0.05),rs268244272位点多态性与产羔数性状存在显著相关(P<0.05)。综上,云上黑山羊28号染色体上rs268244272位点多态性与产羔数性状显著相关,可作为云上黑山羊产羔数性状的分子标记在其高繁品系选育中加以应用。

青海高原型牦牛GHR基因多态性与生长发育的关联性

【目的】探索青海高原型牦牛(Bos grunniens)生长激素受体(growth hormone receptor)基因GHR多态性及其与生长性状的关联性。【方法】以440头同等放牧条件下的30~36月龄健康牦牛为试验群体,PCR扩增其GHR基因,测序后用DNASTAR 7.1软件分析单核苷酸多态性(SNP)位点,研究不同基因型及其合并基因型与生长发育指标(体质量、体高、体斜长、胸围和管围)的关联性。【结果】青海高原型牦牛GHR基因上存在g.732091C>G、g.732195A>G和g.732373G>A 3个SNP位点,其中g.732195A>G上存在2种基因型(AA,AG),g.732091C>G和g.732373G>A上各存在3种基因型(分别为CC、CG、GG和GA、AA、GG);卡方检验表明,g.732091C>G、g.732195A>G和g.732373G>A均处于Hardy-Weinberg极度不平衡状态,且g.732195A>G为低度多态(PIC<0.25),g.732091C>G和g.732373G>A为中度多态(0.25<PIC<0.50)。与生长性状的关联性分析发现,g.732091C>G、g.732195A>G和g.732373G>A能够显著或极显著影响高原型牦牛的体质量和胸围,优势基因型分别为g.732091C>G和g.732373G>A的GG以及g.732195A>G的AA。对合并基因型分析发现,合并基因型GG-AA-GG个体的生长发育尤其是体斜长表现最佳。【结论】青海高原型牦牛GHR基因有3个SNP位点,因其与青海高原型牦牛的部分生长性状相关,可作为牦牛分子标记辅助选择的候选基因。

促黄体生成素受体基因rs4539842、rs2293275位点多态性与卵巢反应性及妊娠结局的关系

目的:探讨辅助生殖技术(ART)患者促黄体生成素受体(LHR)基因rs4539842、rs2293275位点多态性与卵巢反应性及妊娠结局的关系。方法:纳入于本院接受新鲜周期体外受精/卵胞浆内单精子注射-胚胎移植(IVF/ICSI-ET)的不孕患者236例,提取外周血白细胞的基因组DNA,按LHR基因中不同多态性位点(rs4539842和rs2293275)的基因型分组,比较卵巢反应性与妊娠继续结局。结果:236例女性无一例发生rs4539842位点的突变。rs2293275位点突变GA+AA型患者与GG型患者相比,抗苗勒管激素(AMH)、窦卵泡数(AFC)、基础卵泡刺激素(BFSH)均无统计学差异(P>0.05),人绒毛膜促性腺激素(hCG)日直径≥14mm的卵泡数较少(8.05比10.04,P=0.069),促性腺激素(Gn)的使用剂量、取卵数、成熟卵子数、可利用胚胎数、慢反应和低反应发生率均无统计学差异(P>0.05),临床妊娠率明显增高(83.33%比57.95%,P=0.035)。结论:rs4539842位点突变较罕见;rs2293275位点的基因型与卵巢反应性无关,与临床妊娠率有关。

用于玉米品种真实性鉴定的最优核心SNP位点集的研发

品种真实性是种子质量监测的一个重要指标。为建立准确可靠、快速简便、高通量、低成本的玉米品种真实性鉴定技术,本文利用200个核心SNP位点构建的5816个玉米杂交品种,3274个自交系的指纹数据,基于遗传算法、品种识别率评估确定了一套高鉴别力的核心SNP位点集,包含96个SNP位点。这96个SNPs全部位于基因内区域,相对均匀分布在10对染色体上。采用上述杂交品种和自交系的指纹数据评估显示这96个位点具有较高多态性和品种区分能力,PIC、MAF、DP平均值分别为0.36、0.40、0.60和0.36、0.39、0.48,对杂交品种、自交系的品种识别率达到99.14%和99.24%。两两样品成对比较结果显示,99.99%的品种间差异位点数目≥3个,杂交品种和自交系中96.74%和95.67%的成对比较差异位点数目集中在30~65个和30~60个。基于221个主推杂交品种的40个SSR位点、96个SNP位点的基因型数据分析结果显示,这2组标记集的鉴定结果具有较高的一致性。综上所述,本研究报道了一套具有位点数量最少、区分能力最强,兼容多平台、适于自动化分型等优点的最优核心SNP集。期望位点集将在玉米品种真实性监测、种子质量控制中得到广泛应用,进而维护玉米种子市场秩序、保障育种者权利以及保护农民利益。

中华绒螯蟹MIH基因SNP位点筛选及其与生长性状的关联分析

为明确蜕皮抑制激素基因(MIH)对中华绒螯蟹的生长调控机制,本研究选取100只中华绒螯蟹幼蟹个体,分析幼蟹MIH基因的单核苷酸多态性(SNP)位点及基因型,并对与生长指标相关的多态性位点进行连锁不平衡和单倍型分析,进一步明确多态性位点单倍型与生长性状之间的相关性。结果显示,在中华绒螯蟹幼蟹MIH基因中共筛选鉴定出5个SNP位点,其中3个位点(C640G、C2529T和G2595T)与中华绒螯蟹生长性状具有相关性;3个相关位点中共检测到5种单倍型,其中H1单倍型(GCG)的占比最高(68.8%),为优势单倍型;H3单倍型(GTT)个体的生长性状指标最高,显著高于H2单倍型(CCG)。本研究得到的中华绒螯蟹MIH基因上3个与生长性状相关的SNP位点,可作为候选分子标记用于中华绒螯蟹优质品种选育。

MTHFR C677T基因位点多态性、血清Hcy与ASO患者术后支架内再狭窄的关系

目的探究5,10-亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)C677T基因位点多态性、血清同型半胱氨酸(Hcy)水平和下肢动脉硬化闭塞症(ASO)患者术后支架内再狭窄的相关性。方法回顾性分析2020年1月~2020年6月我院40例ASO行腔内治疗并植入血管支架患者的临床资料,依据术后2年内支架内有无再狭窄病变分成再狭窄组(n=12)、无狭窄组(n=28),测定两组的血清Hcy水平以及MTHFR C677T基因位点多态性,比较两组MTHFR C677T基因位点分型检出率、血清Hcy水平。同时比较再狭窄组中MTHFR C677T基因位点不同基因型血清Hcy水平差异,应用Spearman相关系数分析MTHFR C677T基因位点基因分型与血Hcy水平的相关性;应用二元Logistic回归分析血清Hcy、MTHFR C677T基因位点多态性与支架内再狭窄的关系。结果再狭窄组MTHFR C677T基因位点CT、TT基因型检出率明显高于无狭窄组,CC基因型检出率低于无狭窄组(P<0.05)。再狭窄组T等位基因检出率明显高于无狭窄组,C等位基因检出率明显低于无狭窄组(P<0.05)。再狭窄组血清Hcy值显著高于无狭窄组(P<0.05),而且再狭窄组中MTHFR C677T基因位点TT基因型血清Hcy值较CT基因型、CC基因型显著升高(P<0.05)。经Spearman相关系数分析显示,再狭窄组的MTHFR C677T基因位点的基因分型与血Hcy水平有明显相关性(P<0.05)。二元Logistic回归分析显示,MTHFR C677T基因位点TT、CT基因型、血清Hcy≥15μmol/L是ASO术后支架内再狭窄的主要危险因素。结论MTHFR C677T基因位点多态性与ASO治疗后支架内再狭窄有关,其中TT、CT基因突变为易感因素,其机制可能是通过高Hcy血症途径作用的。

抑郁症患者单核苷酸多态性(SNPs)分布特征的潜在类别分析

目的介绍潜在类别模型的原理及技术,应用此技术分析抑郁性疾病的单核苷酸多态性位点SNPs的潜在分布,探讨潜在类别间的差异与含义。方法采用Mplus软件,对抑郁患者单核苷酸多态性7个SNPs检测数据进行潜在类别分析。结果通过潜在类别分析把7个SNPs检测数据分为两个类别,类别1以杂合子为主,类别2以纯合子为主,结合个体特质应对特征发现,类别1具有消极应对高倾向性,而类别2具有消极应对低倾向性。结论潜在类别模型综合了结构方程模型与对数线性模型的思想,形成了自身的优势,其目的在于以最少的潜在类别数目来解释显变量之间的关联,由此提示我们潜在类别模型可以推广应用于基因组学与基因治疗等新兴领域。

尼罗罗非鱼ghrelin基因的多态性及其与生长性状相关SNP位点的筛选

为了研究尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)生长激素促分泌素基因(ghrelin)的多态性及其与生长的相关性,研究以两个尼罗罗非鱼群体(快长群体和基础群体)的DNA样本各40份为模板,通过PCR扩增和测序获得ghrelin基因序列。通过Dnasp v5和MEGA 5.0分析序列多态性、筛选有效SNP位点;采用Snapshot法对两个群体子代ghrelin基因中SNP位点进行基因分型,然后分析SNP位点基因型与生长性状的相关性。结果表明,快长群体ghrelin基因中的单核苷酸变异位点数(S)比基础群体要少,而核苷酸多态性(Pi)和平均核苷酸差异数(K)要略高于基础群体。共筛得3个有效SNP位点(S1、S2和S3),均分布于第1个内含子中。遗传结构分析表明,3个SNP位点在两个群体的子代中均为低度多态性位点(PIC<0.25),但处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05);快长群体子代中3个SNP位点的观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量等遗传多样性参数均小于基础群体子代的相应值,3个SNP位点的遗传多样性参数、基因型和基因频率在同一群体中高度一致,SNP位点之间完全连锁。两个群体子代中3个SNP位点处的优势基因型相同,但快长群体子代中优势基因型频率要明显大于基础群体子代中相应基因型频率。对两个群体子代的生长性状与SNP基因型进行关联性分析的结果表明,尼罗罗非鱼个体的多项生长指标(体重、体长、体高、头长和尾柄高等)在不同基因型中存在显著差异(S1:GG>AG,S2:TT>AT,S3:AA>AT)(P<0.05)。D1双倍型(S1:GG,S2:TT,S3:AA)所对应的尼罗罗非鱼个体的多项生长指标(体重、体长、体高、头长和尾柄高等)显著高于D2双倍型(S1:AG,S2:AT,S3:AT)。以上结果表明,尼罗罗非鱼ghrelin基因3个SNP位点完全连锁,D1双倍型与快长性状密切相关,可作为尼罗罗非鱼分子标记辅助育种的候选标记。