SSR多态性信息含量(PIC)对大麦糖化力的选择效果

通过检测103份贵州地方栽培大麦(Hordeum vulgare L.)的糖化力和麦芽无水浸提率,并在此基础上选择22对麦芽品质紧密连锁的SSR引物进行遗传标记。不同糖化力群体的引物多态性信息含量(polymorphism information content,PIC)的分析结果表明,与低糖化力群体相比,高糖化力种群具有丰富的谱带信息和更高的PIC参数(包括平均等位位点数、PIC平均值、PIC值大于0.5的比例和PIC值大于0.5的平均等位位点数),表明大麦的高糖化力可能与数量性状的基因加性效应有关,也提示了麦芽品质紧密连锁的SSR位点可作为大麦糖化力分子辅助选择(marker assisted selection,MAS)的候选指标。

多态性信息含量法评价马铃薯品种(系)营养成分

对52个马铃薯新品种(系)进行了硫、铁、铜、锰、硒、蛋白质、Vc含量的测定,并用多态性信息含量法对测定结果进行了分析。结果表明,PIC值由大到小顺序为铁(0.786)>维生素C(0.707)>锰(0.679)>蛋白质(0.643)>铜(0.638)>硫(0.598),表明不同品种(系)马铃薯铁含量的多态性信息最丰富;变异系数由大到小顺序为维生素C(41.56%)>锰(25.92%)>铁(25.36%)>铜(22.28%)>硫(16.35%)>蛋白质(15.93%),表明通过杂交更容易选育出块茎Vc含量高的品种;紫云一号、S03-3349,S03-3417等3个品种(系)在多个指标上优于或接近合作88(CK1),为具有较高营养价值的马铃薯新品种(系)。

盐津乌骨鸡微卫星DNA多态性研究

筛选了33对微卫星引物对盐津乌骨鸡的53个个体进行了遗传多样性检测分析,共检测到136条DNA片段,每个座位观察等位基因数从2个到8个不等,群体等位基因数平均为4.12个,平均有效等位基因数为3.18,平均杂合度和平均多态信息含量分别为0.6232和0.5712。以上数据表明:盐津乌骨鸡群体遗传多态性较高。

西安荷斯坦奶牛群5个基因座位遗传多态性的PCR-RFLP分析

应用PCR RFLP方法对西安荷斯坦牛的κcn、βlg、βlg 5′侧翼区、CSN1S2、IGFBP 3 共5 个基因座位进行了多态性分析。结果表明,在西安荷斯坦牛群中,没有发现携带CSN1S2F 等位基因的个体,其多态信息含量为0。κcn基因座位呈现低度多态(PIC=0 236 6),βlg、βlg 5′侧翼区、IGFBP 3 基因座位的多态信息含量分别为0 316 8、0 368 9、0 443 9,均呈现中度多态。κcn、βlg、βlg 5′侧翼区、IGFBP 3、CSN1S2 基因座位的杂合度和DNA多态度分别为0 274 2、0 394 7、0 487 9、0 489 1、0和0 025 5、0 011 6、0 033 3、0 011 2、0。而且,在西安荷斯坦牛群中,κcn、βlg、βlg 5′侧翼区、IGFBP 3 共4 个基因座位均处于Hardy Weinberg平衡状态,CSN1S2 基因座位处于纯合状态。

猪Pit-1基因的多态性研究

选取7个中国地方猪种和3 个国外引入猪种共473 头,应用PCR SSCP技术在7 个中国地方猪种中检测到1个Pit 1基因第4外显子上的突变;应用PCR RFLP技术在3个国外引入猪种中,扩增长度为1 747 bp的片段中检测到1个RsaⅠ限制性内切酶的多态酶切位点。遗传多态性分析结果表明:外显子4上的突变,在7个中国地方猪种中是A型等位基因和AA基因型频率占优势。其中沂蒙黑猪和巴马小型猪处于Hardy Weinberg平衡;北京黑猪、沂蒙黑猪、巴马小型猪、滇南小耳猪和香猪处于中度多态。RsaⅠ酶切多态位点的突变在3个国外引入猪种中也是A型等位基因和AA基因型频率占优势。其中大白猪和杜洛克猪处于Hardy Weinberg平衡;3 个国外引入猪种的多态信息含量均为中度多态。

秦川牛和中国荷斯坦奶牛FSHβ基因SSCP多态性分析

利用SSCP分子标记对秦川牛和中国荷斯坦奶牛的FSHβ基因5’侧翼区进行了多态性分析。结果表明:在秦川牛中检测的FSHβ基因5’侧翼区有AA型、BB型和AB型三种基因型,在中国荷斯坦奶牛中只有AA型。秦川牛中AA基因型的频率为0.395,BB基因型的频率为0.026,AB基因型的频率为0.579,中国荷斯坦奶牛的AA型的频率为1。秦川牛中A的基因频率为0.6842,B的基因频率为0.3158,中国荷斯坦奶牛A的基因频率为1.0。秦川牛群体中多态信息含量为0.3389,多态性高,遗传变异大。

微卫星标记OarAE101和MCM38在三个山羊品种中的遗传多态性研究

本文利用两个微卫星标记OarAE10 1和MCM 38对波尔山羊、太行山羊和河北奶山羊的等位基因频率、群体多态信息含量、有效等位基因数和杂合度进行了遗传检测 ,结果表明 :微卫星位点OarAE10 1和MCM38在三个山羊品种中存在多态性 ,可以用于山羊遗传多样性的评估 ;位点OarAE10 1比位点MCM 38变异较大 ,从不同品种来看 ,波尔山羊的遗传变异程度最大 ,而河北奶山羊的遗传变异程度相对较小。

丝羽乌骨鸡微卫星多态性及其与产蛋性能的关系

选用12个微卫星标记,通过对丝羽乌骨鸡多态性扩增,计算出这些微卫星标记座位的等位基因频率、多态信息含量、群体杂合度.通过标记多态性与产蛋性状的最小二乘分析和多重比较,进行了分子标记与产蛋性状的相关分析.结果表明,12个微卫星标记中,9个表现出丰富的多态性.微卫星标记座位平均检测到4.5556个等位基因(3～7个).9个微卫星标记平均多态信息含量为0.6072.标记平均杂合度为0.7423.通过最小二乘分析,检测到4个标记G31913、X82867、Z95315、G01672与3种性能指标(4个月连产蛋量、开产蛋重、500天产蛋量)存在显著相关.标记G31913中基因型AB的开产体重最小二乘均值最高,Z95315的基因型CC的开产蛋重、开产体重最小二乘均值最高,标记G31913的基因型AB和标记Z95315的基因型CC有望作为开产蛋重、开产体重早期选择辅助标记,标记X82867基因型为CD的产蛋量较低,而基因型为AB的产蛋量相应较高.

广西环江苗族人群染色体16p13.3多囊肾相关基因的遗传多态性分析

目的探索与常染色体显性遗传多囊肾病基因PKD，连锁的微卫星KG8、SM6、CW4、CW2四个DNA位点在广西环江县苗族人群中的遗传多态性分布规律，为家系连锁分析和临床基因诊断提供有用的遗传标记。方法采用PCR体外扩增KG8、SM6、CW4、CW2四个位点的DNA片段，然后用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离等位基因，以标准DNA片段为标识进行比较，作直线回归计算等住基因片段的大小。结果在KG8位点，被检的58例广西环江苗族人正常个体中共检出16种等位基因，片段长度在96-136bp，其多态信息含量（PIC）为0．907；在SM6位点，被检的57例正常个体中共检出29种等位基因，片段长度分布在74-160bp，PIC为0．945；在CW4位点，被检的61例正常个体中检出25种等位基因，片段长度在122～214bp，PIC为0．911；在CW2位点，被检的60例正常个体中共检出17种等位基因，长度在115～153bp，PIC为0．890。结论广西环江苗族人群与PKD，连锁相关的微卫星KG8、SM6、CW4和CW2四个基因位点属于高杂合度和高多态信息含量的基因座，是理想的遗传标记，在连锁分析和群体遗传学中具有较重要的价值，可用于ADPKD的基因诊断。

辽宁汉族人群6个短串联重复序列基因座的遗传多态性

利用多重PCR和4色荧光(5-FAM,JOE,NED和ROX)自动化检测技术调查辽宁地区汉族人群CSF1PO,THO1,D16S539,2S1338,D19S433和TPOX等6个STR基因座多态性分布并计算该6个基因座的基因频率(Pi)、个体识别率(DP)、无偏倚期望杂合度(H)、多态性信息含量(PIC)和非父排除率(PE).结果显示,6个STR基因座的基因型分布符合HardyWeinberg定律.6个STR基因座累积个体识别率(CDP)为0.99999948,累积非父排除率(CPE)为0.98927.6个STR基因座适合作为中国人群的遗传标记,用于人类学、遗传疾病基因连锁分析、法医学亲子鉴定和个体识别等研究领域.

芝麻EST-SSR标记的开发和初步研究

为加速分子标记在芝麻研究中的应用,利用网上现有的芝麻EST(expressed sequencetags)数据信息,开展了芝麻EST-SSR功能性标记的开发和利用研究。在所有的3328条芝麻EST序列中共确认得到1785条非冗余EST序列。其中,在含有微卫星重复的148条序列中共检测有155个EST-SSR。非冗余EST序列总长为774.27kb,平均每4.99kb含有一个EST-SSR。EST-SSR的分布频率和特征分析表明,以AG/TC为重复基元(motif)的SSR出现最多,占总SSR的37.42%。利用这些序列,设计开发了50对EST-SSR引物,并分别选用36个芝麻、2个棉花、2个大豆和2个油葵进行多态性和通用性研究。其中44对引物在供试芝麻材料中扩增出条带,共产生108个位点,平均每对引物产生2.45个位点,多态信息含量(polymorphism information content,PIC)平均值为0.390。根据遗传相似性系数进行聚类,有26个芝麻材料聚类在两个大的亚类(III和IV)中,聚类结果表明芝麻的基因型与地理来源之间没有必然的联系。此外,分别有2对、3对和4对引物可以在棉花、大豆和油葵中进行通用性扩增。本研究证实这种全新开发的芝麻EST-SSR标记在芝麻遗传多样性分析、遗传图谱构建以及比较基因组等研究方面有广阔的利用前景。

中国大豆主产区不同年代大面积种植品种的遗传多样性分析

利用与大豆产量、品质、抗逆性、适应性等重要性状相关的125对SSR标记对中国大豆主产区东北和黄淮海地区自20世纪40年代以来大面积种植的89个大豆品种进行遗传多样性分析。结果表明,自北向南大面积种植品种SSR标记的多态性呈逐渐升高的趋势,黑龙江北部、黑龙江中南部、吉林辽宁地区和黄淮海地区大面积种植品种标记的多态性信息含量(PIC)依次为0.414、0.469、0.522和0.562。除黑龙江北部以外,其余3个地区20世纪80年代以来大面积种植品种的多态性信息含量均比80年代以前种植的品种高。根据Nei和Li提出的遗传相似系数对供试品种进行聚类分析,发现除黄淮海北部地区的冀豆12外,东北和黄淮海地区大面积种植品种各自聚成一类,而在东北地区品种中,吉林辽宁地区和黑龙江地区的品种归属不同亚类,表明同一区域内大面积种植品种的同质化现象相当明显。

草棉EST-SSRs的遗传评价

根据GenBank中公布的247条草棉EST序列,搜索SSR并进行引物设计。其中的25条序列含有27个SSR,1～6碱基重复类型都存在,二碱基和三碱基重复的频率较高。为了明确在A、D和AD基因组中的可转移性,依据25条序列共设计25对EST-SSR引物,其中22对引物扩增出清晰可辨的DNA条带,产生92个多态性片段,平均每对引物产生3.64个多态性片段。引物的多态性信息含量(PIC)在0.49～0.91之间,平均为0.81。6对引物在BC1种间作图群体[(鄂棉22×Pima3-79)×鄂棉22]中表现多态性,产生7个多态性位点,其中5个为共显性,2个为显性。除HAU230b标记在BC1分离群体中不符合孟德尔式分离比例,其余引物表现正常分离。6个位点被整合到陆地棉和海岛棉种间BC1遗传连锁图谱上的6条染色体:有4个位于A亚基因组的4条染色体上(Chr.6、10、11和12),2个位于D亚基因组的2条染色体(Chr.19和20)。

新疆7个绵羊品种MHC区段微卫星遗传多样性的分析

为分析新疆北疆地区主要绵羊品种的遗传多样性和系统发生关系,利用SSR Hunter软件寻找5个微卫星标记,采用PCR扩增,1%琼脂糖凝胶电泳,对新疆7个品种绵羊群体遗传多样性进行了检测分析,统计了各群体的等位基因组成、平均有效等位基因数和平均基因纯合率,利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度、多态信息含量和群体间的遗传距离。结果显示新疆7个绵羊群体共发现28个等位基因,实验证明在5个微卫星位点的平均多态信息含量为0.5569~0.7335,平均杂合度为0.6208~0.7437,有效等位基因数为2.7118~4.4203,均属于高度多态性位点。聚类分析和主成分分析结果与其起源、育成历史及地理分布基本一致。这5个位点作为与生产性能相关的遗传标记较为理想。

三年桐EST-SSR标记的开发与种质遗传多样性分析

以三年桐品种对年桐发育中的种子为材料,构建c DNA文库,获得3202个原始EST序列,经过去除冗余和低质量序列后,获得1047条非冗余单一序列,利用MISA软件从其中的173个非冗余EST序列中搜索得到212个SSR位点。其中,二核苷酸重复类型为主导（68.39%）,其次是三核苷酸重复类型（25.94%）,其优势基元为AG/CT（43.87%）、AT/AT（19.34%）和AGC/GCT（5.66%）。针对可设计引物的68个序列进行EST-SSR引物设计,结合PCR扩增和数据分析,鉴定出14对多态性标记,用该14对引物对169份三年桐种质资源进行遗传多样性检测,共得到41个等位基因（Na）,平均每对引物扩增出2.93个等位基因,期望杂合度（He）变幅为0.08~0.63,平均值为0.33,多态性信息含量（PIC）变幅为0.08~0.56,平均值为0.3,表明14对EST-SSR标记多态性较高,能较好地反映三年桐种质的遗传多样性。三年桐种质资源按群体进行非加权配对算术平均法（UPGMA）聚类分析,群体间的相似度变幅为0.9604~0.9986,遗传距离变幅为0.0022~0.0404,表明三年桐群体间的遗传多样性相对较低,亲缘关系较近。对169份三年桐种质资源个体进行聚类分析,结果显示不同地理种源的遗传关系缺乏明显的地理结构。

QF-PCR技术在快速产前诊断常见非整倍体染色体异常中的应用

目的:利用定量荧光PCR(QF-PCR)产前诊断常见非整倍体染色体异常。方法:对95例羊水样本采用QF-PCR技术检测短串联重复序列(STR)的多态性信息含量(PIC),并将所得实验结果与染色体核型分析结果进行比较。结果:QF-PCR检测发现95例羊水标本中正常63例,21三体14例(1例嵌合型,1例易位型),18三体4例,(45,X)3例,(47,XXX)8例;检测结果与染色体核型分析结果一致。QF-PCR检测结果的符合率为96.8%。结论:QF-PCR可快速检测非整倍体染色体异常,并且结果可靠。

广西巴马小型猪近交群体的遗传结构分析

本研究以33头广西巴马小型猪为研究对象，利用19个微卫星标记，通过估算其等位基因数（N）、多态信息含量（PIC）和近交系数（F）等参数，对广西巴马小型猪近交群F10～F15世代进行了遗传学检测。试验结果显示，19个微卫星座位上共检测到31个等位基因，其中F10F15分别具有27、29、28、27、26和25个等位基因，平均每个位点分别仅有1．42、1．53、1．47、1．42、1．37和1．32个等位基因；6个世代群体平均多态信息含量为0．1044。广西巴马小型猪F10～F15世代的平均近交系数分别为0．8070、0．8263、0．8491、0．8710、0．8904、0．9118。结果表明，广西巴马小型猪近交群体的基因多态性低、近交程度高，是一个遗传性稳定的群体。

利用微卫星标记分析溧阳鸡的群体遗传变异

选用30对微卫星引物分析了溧阳鸡的等位基因组成,计算了各座位的基因杂合度和多态性信息含量。结果30个微卫星座位共检出156个等位基因,基因频率分布在0.0088-0.5之间,平均每对引物可检测5.2个等位基因,30个微卫星座位的平均杂合度为0.681,平均多态性含量为0.623,表明溧阳鸡群体遗传变异大,遗传多样性丰富。

微卫星标记对高原小型蕨麻猪遗传变异的研究

用9个微卫星DNA标记对蕨麻猪的等位基因变异、多态信息含量(PIC)、群体杂合度(H)进行了分析.在5个群体中共检测出148个等位基因,蕨麻猪的等位基因数最少,为55个,平均观察杂合度(Ho)为0.836 6,平均期望杂合度(HE)为0.861 5,PIC平均值为0.824 8.结果显示:蕨麻猪群体的杂合度和多态信息含量与兰州、临洮、青海和武威4种猪相比低,但Ho>0.7,HE>0.8,PIC>0.7,仍然比较高,受野猪血缘影响的可能性很大.表明蕨麻猪的杂合程度比较高,遗传变异大,遗传多态性丰富,适应高寒恶劣环境的能力较强,比其它地方猪品种具有更丰富的基因资源.

贵州白香猪选育群体遗传结构变化分析

为了开发贵州白香猪的利用价值,试验采用微卫星标记对白香猪选育群体和原始种群的遗传变异进行了检测。结果表明:2个种群的平均等位基因差距较大,平均杂合度、PIC和平均近交系数均有明显变化,说明贵州白香猪选育群体已成为一个稳定的遗传群体,符合封闭群动物的遗传特征。