利用生物信息学方法进行基于表达序列标签的玉米单核苷酸多态性标记的开发

针对简单重复序列(SSR)标记密度不足、单核苷酸多态性(SNP)标记开发一般只基于2种基因型的序列差异,用以检测其他基因型的材料时多态性不高,不能满足玉米基因精细定位需要的现状,本研究从公共数据库下载来自不同遗传背景的玉米表达序列标签(EST),结合运用各种生物信息学软件,开发基于EST序列的高多态性SNP标记。通过对2018530条EST序列的比对分析,拼接发掘出遍布全基因组的80363个SNP位点。在SNP位点两侧保守序列上设计PCR引物,开发出12388个SNP标记(www.sicau.edu.cn/web/yms/snp/snp.html),包含34721个SNP位点。其中,6008个标记只含单一SNP位点,12762个位点的多态性信息含量(PIC)大于0.4,具有高度多态性。

DNA分子多态性标记技术及应用

DNA分子多态性标记技术是DNA分子水平上的多态性检测技术,在生物多样性、遗传多样性、濒危物种的鉴定和保护等研究中得到广泛的应用。本文介绍了几种常用的DNA分子多态性标记技术,这些技术准确、可靠,但各有其优缺点,建议在进行DNA分子多态性标记的研究中,应该至少使用两种以上的方法进行比较研究,综合数据,得出结论。

馒头质构性状与单核苷酸多态性标记关联分析

质构是影响馒头品质的一个重要因素,研究馒头质构相关性状的基因位点对改良其品质具有指导意义。以205份小麦品种为实验材料,利用分布于小麦21条染色体的24 355个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记对其制成的馒头质构性状进行全基因组关联分析。共检测到与馒头质构性状显著关联的位点313个。其中,31个极显著(p<0.000 1)关联位点,11个位点至少在两个环境中表达,46个高遗传贡献率位点(R^2>10%),分布在小麦21条染色体中的15条。同时,还得到5个主效关联位点,如控制黏着性的极显著位点Kukri_c13329_800,在两个环境中表达且遗传贡献率>10%。得到的控制馒头质构相关性状的位点为在分子水平上研究馒头品质相关性状提供了一定参考。

羊草叶绿体非编码区多态性标记筛选及群体遗传多样性

为筛选多态性丰富的羊草叶绿体非编码区片段,本研究以9个不同地理位置的羊草居群为材料,通过对12个叶绿体非编码区DNA片段测序及其序列间变异分析试图从中找出有遗传差异的叶绿体DNA(cpDNA)片段,并利用有多态性的cpDNA片段进行遗传多样性分析。结果表明,序列ndhF-rpl32、trnL-trnF、trnC-ycf6、aptI-aptH具有比较丰富的变异,可作为下一步研究野生羊草群体遗传学和谱系地理学较为理想的分子标记。在37个羊草个体4条非编码区片段的合并序列中,共检测到15种单倍型,单倍型多态性(Hd)为0.928,核苷酸多态性(Pi)为0.00101;遗传分化指数(Fst)为0.58884,基因流(Nm)为0.17,基因流较小;中性检验Tajima’s D(-1.08542)和Fu’s Fs(-5.301)均为负值,且差异不显著(P>0.10),推测羊草遵循中性进化理论,可能经历过种群扩张;AMOVA结果显示,65%的分子变异出现在居群间,35%出现在居群内;Mantel检验得到,遗传距离与地理距离具有显著相关性(r=0.449,P<0.05);居群分化值Nst 0.386(0.1865)大于Gst 0.234(0.1506),差异显著(P<0.05),表明羊草居群存在分子谱系地理结构。通过系统发育树分析得到,羊草15个单倍型分为两大分支,H2和H10聚为一支,它们与别的居群个体亲缘关系较远,其余单倍型聚为另一支;单倍型网络图显示,H2和H12、H10和H12亲缘关系较远,与系统发育树分析结果基本一致。本研究为羊草的种质资源保护、谱系地理学研究等工作奠定了基础。

人类 Y 染色体多态性标记及其应用

随着人类基因组计划的迅猛发展,已有越来越多的 Y 染色体多态性遗传标记被发现,它们在探索人类起源、进化和迁移规律等方面,提供了非常有价值的遗传标记,同样在法医学中也有着广阔的应用前景．对 Y-DNA 的多态性及其相关应用的研究进展进行了综述．

单核苷酸多态性(SNP)分子标记在小麦遗传育种中的研究进展

为了了解单核苷酸多态性(SNP)标记在小麦遗传育种中的研究进展并为下一步在面粉制品中的应用奠定基础,本研究归纳了SNP分子标记所具有的特点以及应用比较普遍的检测方法,包括DNA构象法、高分辨溶解曲线法及直接测序法等检测方法;总结了近几年SNP标记在小麦遗传图谱的构建、作物育种、全基因组关联分析、遗传多样性和物种进化等方面的研究进展;最后提出可开发不同作物的高通量SNP芯片使SNP的研究向高通量化、全基因组发展,以及培育具有良好面制品感官特性的小麦新品种。

豚鼠基因组26个多态性微卫星标记的筛选

目的筛选豚鼠基因组的多态性微卫星标记,为豚鼠遗传质量控制及基因定位等工作奠定基础。方法采用磁珠富集法和豚鼠基因组数据库筛选法获取微卫星位点序列,通过分析和初步筛选,挑选部分候选位点,根据其序列设计引物,对5种不同来源的豚鼠基因组DNA标本进行PCR扩增,以期获得多态性分子标记。结果本实验采用磁珠富集法共获得微卫星序列304个,设计引物125对,最终获得多态性位点1个,暂未发现多态性的特异性位点17个;用数据库筛选法共获得微卫星序列292个,设计并合成相应引物178对,最终发现多态性位点25个,暂未发现多态性的特异性位点28个。结论本实验获得26个多态性微卫星标记,45个潜在的候选标记,为微卫星标记在豚鼠遗传质量监测及突变基因定位等工作的应用奠定了基础。

用扩增片段的长度多态性分子标记探讨盾叶薯蓣的遗传多样性

用扩增片段的长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)标记分析研究了中国5个盾叶薯蓣居群30个个体的遗传多样性。筛选出9对AFLP引物,从中检测到14698条清晰可见的条带,其中多态性带12628条,多态性比率85.92%。Shannon信息指数(I)为0.3656±0.1721,物种水平的Nei基因多样性(H)为0.2322±0.2200。遗传变异分析表明,物种水平的遗传分化系数Gst为0.4827,说明其群体间存在一定的遗传分化,居群间的基因流Nm为0.5358,居群间遗传交换较小。聚类分析结果显示5个居群盾叶薯蓣有较为丰富的遗传变异,且与地理分布有相关性。

微卫星DNA多态性标记在生长激素缺乏症家系中的定位研究

【引言】生长激素缺乏症（GHD）是临床常见的矮小症，是由于各种原因导致的垂体前叶分泌的生长激素不足所致儿童生长发育障碍，患儿表现为生长迟缓、身材矮小。生长激素缺乏症大部分呈散发发病，有5％～30％呈家族聚集发病，由遗传因素引起，称家族性生长激素缺乏症。

AFLP分子标记在香菇F_1代群体中的多态性及分离方式

利用8对引物组合对AFLP标记在两个香菇菌株间(IB01×IB15)杂交F1代的多态性及分离方式进行研究,结果显示,AFLP标记在该F1代群体中的多态性较高,分离位点出现的平均频率是32.55%,分离方式有孟德尔分离、偏孟德尔分离及异常分离3种方式,3种分离位点出现的数量与平均频率分别为602、28.86%,271、12.99%,49、2.35%,其中孟德尔分离位点占分离位点总数的53.99%。15.34%的AFLP标记表现了偏分离,偏离的方向趋于亲本。

36个水稻骨干系的分子聚类及其遗传育种学意义 Ⅰ分子标记多态性与杂交亲和性关系的研究

对３６个水稻骨干系进行了ＲＦＬＰ（限制性内切酶长度多态性）分析，并对这些水稻材料的１６２个杂交组合育性进行了分组分类研究。杂种育性的遗传基础研究表明，亚种内杂交组合育性显著高于亚种间杂交组合育性。亚种间杂交不育性是由籼粳两个亚种间深刻的遗传分化引起的。广亲和性品种为亲本之一的杂交组合多数（７１．７％）具有正常的育性，ＲＦＬＰ分析表明，这些杂交组合的遗传基础特殊，其遗传距离大于典型的亚种内组合距离，而小于典型的亚种间遗传距离。广亲和性水稻种质的创建、改造和利用潜力是大的，广亲和基因作用及其与杂种优势表现有关的若干遗传育种学问题要协同一并去解决。

多态性微卫星标记技术与重复序列PCR在近平滑念珠菌基因分型中的比较

目的比较多态性微卫星标记（PMM）技术与重复序列聚合酶链反应（PCR）在近平滑念珠菌基因分型中的应用。方法收集2012年3月至2013年11月间上海5家医院临床分离的近平滑念珠菌55株,经内转录间隔区序列分析（ITS）进一步鉴定菌种,共有狭义近平滑念珠菌43株,之后采用重复序列PCR和PMM技术进行基因分型,比较2种分型方法的结果和效率。结果 43株狭义近平滑念珠菌经重复序列PCR分型只有1种基因型;经PMM技术分型有22种基因型,以Ⅰ型（10株）、Ⅱ型（6株）为主,Ⅲ~Ⅶ型见于2或3株菌,其余15种基因型均只有1株菌。结论 PMM技术用于狭义近平滑念珠菌的基因分型,分辨率高、重复性好,适用于狭义近平滑念珠菌基因组微进化的监测,而重复序列PCR不适用于狭义近平滑念珠菌的基因分型。

鼠疫耶尔森氏菌荧光标记扩增片段长度多态性分型方法

目的建立荧光标记扩增片段长度多态性(FAFLP)技术平台,探讨鼠疫菌基因分型。方法用5种核酸限制性内切酶消化鼠疫菌基因组DNA,选择最佳内切酶组合,酶切片段经接头连接后,用荧光素标记的5条EcoRⅠ引物和9条MseⅠ引物组成的引物配对扩增,选择最佳引物组合,进行系列PCR条件的优化。扩增产物经ABI PRISM 3100 Genetic Analyzer(遗传分析仪)检测,GeneScan等软件进行分析。结果成功建立FAFLP技术平台。结论FAFLP具有快速、简便、廉价、分辨率高、重复性好和污染少的优点,可用于鼠疫菌的基因分型分析。

凉山半细毛羊微卫星标记多态性的研究

利用微卫星技术对凉山半细毛羊核心育种群206个个体第1、2、3、9号染色体上的18个微卫星位点进行研究,检测微卫星在凉山半细毛羊中的等位基因数,计算等位基因频率(Pi)、遗传杂合度(H)和多态信息含量(PIC),分析了凉山半细毛羊微卫星DNA的多态性。实验采用的18个微卫星标记位点在凉山半细毛羊群体中,平均等位基因数为8.2778个(3～19个),平均多态信息含量为0.591(0.253～0.833),遗传杂合度均值为0.500(0.026～0.888)。表明该品种绵羊遗传多态性丰富,群体遗传变异较大,并且所选18个微卫星基因座适用于绵羊的遗传连锁分析研究。

遗传标记多态性的意义及常用评定指标

１遗传标记多态性的概念上期介绍了遗传标记的基本概念，利用遗传标记可构建畜禽基因图谱、进行质量性状和数量性状基因位点的定位、亲属关系鉴定、群体结构的遗传分析和标记辅助选择等。要进行这方面的分析，遗传标记除了必须符合孟德尔遗传规律由亲代传给子代外，还必须...

应用末端标记限制性片段长度多态性技术分析胆固醇结石内的菌群构成

末端标记限制性片段长度多态性是一种新兴的微生物生态学技术,以胆囊内的微生物群落16S rDNA为目标,利用此技术对胆囊结石患者体内结石和胆汁的微生物群落结构进行定性和定量分析,根据分析结果与正常人体内的胆汁进行比较,从而阐明胆结石患者与正常人体胆囊内微生物群落结构的差异性,为进一步预防和控制胆囊结石的发生提供有用的依据。

‘永泰’杨梅亲本鉴定及其单核苷酸多态性遗传变异分析

采用基因组重测序和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)系统进化树构建等方法,研究‘永泰’和9个相关品种的亲缘关系,并开发了4025个SNP核心标记用于遗传和育种研究。根据SNP位点的变异性计算遗传相似系数(genetic similarity,GS),得出‘永泰’与亲本‘硬丝’的GS为0.99783。系统进化树构建结果表明,10个品种分为2组,其中:‘黑晶’‘东岙早梅’‘乌紫’‘荸荠’‘木叶’5个品种聚为一组;‘早大梅’‘早佳’‘软丝’‘永泰’‘硬丝’5个品种聚为一组,且‘硬丝’与变异品种‘永泰’聚为一小支。同时,‘永泰’在叶片大小、叶缘、叶脉等形态学性状和果实口感上与亲本存在显著差异。通过‘永泰’与参考基因组对比注释,共得到4660个单核苷酸变异位点。根据研究结果推断,‘永泰’叶片和果实产生显著形态变异的原因可能是SNP位点产生了转换和颠换以及核苷酸序列发生了突变。由此可见,‘永泰’既有亲本‘硬丝’的基本特征,也有与其形态学和果实口感上存在的典型差异。

水稻全基因组测序揭示的粳稻与籼稻亚种内品种间多态性研究

为了评价亚种内杂交进行基因图位克隆的亚种内分子标记多态性水平,从水稻3K测序数据中选取了16份籼稻和16份粳稻种质资源,在全基因组水平对亚种内和亚种间的多态性进行了比较。结果表明,全基因组水平的亚种内多态性只有亚种间多态性的1/2~1/3,但是,由于整个基因组上多态性标记数量极大,亚种内的多态性标记仍较为丰富。在所选取的种质资源中,籼稻亚种内不同的种质资源间平均含有108850个InDels和650797个SNP,每Mb区间内SNP/InDel的密度达到280~2614个。粳稻亚种内不同种质资源间平均含有57384个InDels和639927个SNP,每Mb区间内SNP/InDel的密度达到520~3201个。这样的标记密度对于基因克隆来说足够丰富,增加了亚种内杂交构建分离群体克隆基因的可能性。

山羊MSTN基因Cac8I酶切多态性分析

采用限制性内切核酸酶Cac8I对山羊MSTN基因的676bp扩增产物进行了PCR-RFLP多态性分析,检测到三种基因型,其酶切位点分别由两种共显性基因控制;对该片段的纯合型(AA、BB)分别测序发现,BB型在3726碱基处发生了C→A的突变。上述结果为首次试验证实山羊MSTN内含子二(676bp)区域存在多态性。