基于SNPs全基因组测序技术对泰国辣椒地方品种遗传多样性分析和辣椒素含量关联分析

泰国的辣椒地方品种是非常重要的种质资源,由于其独特的香气和风味,被广泛应用于新鲜食用和食品行业。本研究收集了243份辣椒地方品种,对其遗传多样性和辣椒素含量进行鉴定。利用多样性微阵列基因分型技术或DArTseq技术从泰国辣椒地方品种中筛选到22000多个SNPs。经过滤得到9610个SNPs用于多样性鉴定和全基因组关联分析。聚类分析将辣椒地方品种分为两个不同的组,分别对应于辣椒品种中的一年生辣椒种(C.annuum)和野生灌木辣椒种(C.frutescens),相异指数为0.0092~0.8410。然而,经检测每个辣椒种的种间遗传背景非常狭窄。通过全基因组关联分析,鉴定出与辣椒素类物质含量显著相关的7个SNPs,其中5个位于辣椒素类物质生物合成途径相关基因的附近。