甘蔗多样性微阵列技术(DArT)标记体系的建立

[目的]建立成熟、稳定的甘蔗多样性微阵列技术（Diversity array technology,DArT）标记体系,为甘蔗的遗传多样性分析、遗传图谱构建及标记辅助育种等提供新的分子标记方法.[方法]以7份不同种属的甘蔗材料为样本,优化基因组复杂性降低方法并建立甘蔗DArT标记体系,同时应用该体系分析7份材料的遗传多样性.[结果]获得了基于PstⅠ/TaqⅠ酶切组合的最优基因组复杂性降低方法,利用该方法建立了DArT体系.利用DArT体系分析了7份材料之间遗传进化关系,发现供试7份材料的遗传相似系数为0.497～0.811,平均值为0.569.以遗传相似系数0.546为阀值,可以将供试材料分为三大类,其中第一类的GT29号、拔地拉和割手密GXS85-30均为甘蔗属材料,与预期相一致;第二类为河八王2号和滇蔗茅2号,第三类为芒84-8和斑茅GXA87-36.[结论]建立的甘蔗DArT标记体系具有有效性,其遗传相似性分析结果与材料预期的亲缘关系密切程度相一致.

基于SNPs全基因组测序技术对泰国辣椒地方品种遗传多样性分析和辣椒素含量关联分析

泰国的辣椒地方品种是非常重要的种质资源,由于其独特的香气和风味,被广泛应用于新鲜食用和食品行业。本研究收集了243份辣椒地方品种,对其遗传多样性和辣椒素含量进行鉴定。利用多样性微阵列基因分型技术或DArTseq技术从泰国辣椒地方品种中筛选到22000多个SNPs。经过滤得到9610个SNPs用于多样性鉴定和全基因组关联分析。聚类分析将辣椒地方品种分为两个不同的组,分别对应于辣椒品种中的一年生辣椒种(C.annuum)和野生灌木辣椒种(C.frutescens),相异指数为0.0092~0.8410。然而,经检测每个辣椒种的种间遗传背景非常狭窄。通过全基因组关联分析,鉴定出与辣椒素类物质含量显著相关的7个SNPs,其中5个位于辣椒素类物质生物合成途径相关基因的附近。