利用重复序列引物PCR方法对棉蚜地理种群遗传差异的初步研究

用 3个重复序列作为引物进行PCR ,对棉蚜同一地区种群以及不同地区种群同时进行DNA多态性分析 ,结果表明同地区群体内的棉蚜DNA多态性明显小于不同地区间群体。这样 ,就验证了棉蚜种群分化的相关理论 ,以及重复序列引物PCR这种方法的可靠性 ,同时也为用重复序列引物PCR这种方法来对中国不同地域棉蚜种群遗传分化进行后续研究奠定了基础。

重复引物PCR技术在超大片段动态突变疾病基因检测中的应用

动态突变疾病是指基因编码区或非编码区发生核苷酸重复序列异常扩增所导致的一类遗传性疾病。发生于非翻译区的动态突变常常伴有超大片段重复序列,应用普通PCR法无法对该片段进行扩增,而传统的Southern blot等技术费时费力,无法应用于临床基因诊断。在此背景下,重复引物PCR技术应运而生,并随着应用范围的扩大而逐渐改进,适用于强直性肌营养不良症、Friedreich共济失调、脊髓小脑性共济失调10型及C9orf72基因突变引起的额颞叶痴呆或肌萎缩侧索硬化等遗传性动态突变疾病的临床基因检测。文章简要介绍了重复引物PCR技术的原理,着重阐述了重复引物PCR技术在相关超大片段动态突变疾病临床基因检测中的应用进展。

不同冬夏寄主棉蚜种群重复序列引物DNA多态性分析

应用重复序列引物PCR技术研究了中国不同冬夏寄主上棉蚜种群的DNA多态性 ,通过筛选出的 3种适用于棉蚜的重复序列引物 ,用它们的扩增结果进行相似性指数Is和Nei’s遗传距离D的计算 ,并根据遗传距离对所研究的棉蚜种群做聚类分析 ,结果表明 ,用遗传距离指标可以将冬夏寄主上的棉蚜分开 ,并且在不同的冬寄主之间 ,较适宜越冬的不同寄主上的棉蚜呈现出更大的相似性 .在实验数据的分析过程中 ,还发现遗传距离指标比相似性指数Is具有更大的客观性和严谨性 ,是一种十分理想的遗传差异分析指标 .图 4表 5参

应用红外荧光和加尾引物法进行向日葵SSR遗传分析中的多聚PCR和多聚凝胶电泳的优化(英文)

在向日葵(Helianthus annuus L.)自交系SSR遗传分析中,为了提高SSR荧光分析效率、简化分析程序羊u降低研究费用,我们进行了多聚PCR和多聚凝胶电泳两项技术的优化研究。结果表明,优化多聚PCR和多聚凝胶电泳的影响因子(如逐步降低的退火温度的循环数、各个多聚位点引物浓度的平衡、PCR缓冲液浓度以及Taq DNA多聚酶的浓度等)可以收到更好的实验效果。基于以上的优化研究,系统地提出了一套优化的加尾引物法的策略。同时,提出了在多聚PCR和多聚凝胶电泳中常常遇到的技术难题的有效防止和解决的方法。

口蹄疫病毒一步法TaqMan-MGB荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的建立一种能快速、高效、敏感、特异地检测口蹄疫病毒（FMDV）的一步法荧光定量RT—PCR检测方法。方法根据FMDV聚合酶3D基因序列比对结果，设计特异性引物和MGB探针；通过优化，得到最佳反应体系和反应条件；分别以质粒和病毒RNA为模板，构建标准曲线；并进行特异性、敏感性、重复性试验。

建立ERIC-PCR技术快速分析不同耐药性鲍曼不动杆菌的同源性

目的建立肠杆菌科基因间重复序列引物PCR技术(ERIC-PCR技术)用于分析亚胺培南耐药和亚胺培南敏感鲍曼不动杆菌同源性,为判断医院内感染发生提供一种简便的新方法。方法收集2018年3-6月江苏大学附属医院重症监护室患者痰液中分离的非重复鲍曼不动杆菌80株,其中包含50株亚胺培南耐药菌株,30株亚胺培南敏感菌株。使用细菌基因组DNA提取试剂盒提取细菌基因组DNA,PCR扩增菌株ERIC序列,Quantity One软件分析不同耐药性菌株电泳条带以判断菌株同源性。结果 50株亚胺培南耐药的鲍曼不动杆菌可分为6种基因型,其中最多的一种基因型有24株;30株亚胺培南敏感的鲍曼不动杆菌可分为20种基因型,其中最多的一种基因型仅有3株。结论该院ICU来源的亚胺培南耐药的鲍曼不动杆菌的基因型较少,提示该菌株可能发生了医院内感染。ERIC-PCR技术简单、方便,可以快速分析鲍曼不动杆菌同源性,适合于在各级医院中推广。

花椰菜自交不亲和性的分子标记研究

运用随机扩增多态性DNA(RAPD)和inter简单重复序列(ISSR)等分子标记技术,分别对5组花椰菜自交不亲和系和对应的自交亲和系的基因组进行指纹差异分析.采用10个10mer随机引物和5个ISSR引物进行PCR扩增,结果表明,扩增片段分子量在0.3～5kb之间,指纹图谱的稳定性和重复性较好.经过3次以上重复发现,ISSR4引物扩增图谱中,自交亲和系比不亲和系多扩增出3800bp片段;ISSR6引物扩增图谱中,除第3组外,不亲和系比亲和系多扩增出1100bp片段.结果表明,花椰菜自交不亲和系与自交系基因组DNA之间存在差异,扩增出的差异片段与花椰菜自交不亲和性相关,并可作为自交不亲和系和自交亲和系育种筛选的分子标记.初步探讨了花椰菜自交不亲和性的遗传机制及RAPD和ISSR技术在自交不亲和系选育过程中的应用前景.

mRNA差异显示技术的研究进展

针对mRNA差异显示技术中的假阳性高和放射性污染等缺陷,文章从改进引物设计、应用非放射性标记、优化PCR参数、假阳性鉴定等方面进行了综述。1采用4种兼并或单碱基引物作锚定引物;用特异和长序列(≥20bp)专一性引物作为随机引物,可增加特异性;在锚定引物之前加上了一段T7启动子序列,在随机引物前加上一段M13重复序列,可使DDRT—PCR的体系的扩增特异性更一致。2针对放射性同位素检测法的缺点,文章提出并比较了几种常用的非放射性同位素标记方法。3保证起始(模板)mRNA质量和浓度,降低dNTP浓度,选择最适的反转录和PCR退火温度,可优化PCR参数。4用两种不同的反转录酶进行反转录平行实验,很容易区分出RNA制备过程中造成的假阳性,目前假阳性鉴定大多还是以Northern印迹为基础,再作些适当的改进。

强直性肌营养不良1型三核苷酸重复序列的检测

目的探索适合临床应用的检测强直性肌营养不良1型（myotonic dystrophy type1，DM1）三核苷酸重复序列的有效方法。方法联合应用三引物PCR（tri-primer polymerase chain reaction，TP-PCR）和毛细管电泳法检测DMl患者的DMPK基因非翻译区内的三核苷酸CTG重复序列。共检测20例来自19个家系临床病理诊断为DM的患者和24名健康对照。结果20例患者的DMPK基因3’端的CTG重复拷贝数大于100，24名正常对照的拷贝数均介于5-37之间。结论TP-PCR和毛细管电泳法联合检测DMPK基因三核苷酸重复具有准确、快速、特异性高的优点，适合在临床推广。

TP-M13自动荧光检测法在高粱SSR基因型鉴定中的应用

研究利用TP-M13自动荧光检测法对48份高粱材料进行了简单序列重复(SSR)标记的基因型鉴定。在这个方法中,需要合成一个普适性的用荧光(如FAM)标记的M13引物,并把M13的正向引物和一个SSR反向引物相连(称为TP-M13引物),利用3条引物序列进行PCR扩增,其PCR产物在DNA测序仪(如ABI3700仪)上进行自动荧光检测。结果表明,这种方法和其他的传统方法相比,具有经济、灵敏、高效的优点。建议在利用数量很多的SSR标记对数量有限的基因组较小的材料进行基因型鉴定时,使用TP-M13自动荧光检测系统。

短串联重复序列基因座嵌合引物复合扩增

目的 探索一种新的短串联重复序列 (short tandem repeats,STR)基因座复合扩增方法即嵌合引物 STR复合扩增法。方法 采用公共引物和基因座特异性嵌合引物的复合扩增技术 ,扩增 4个STR基因座 ,用聚丙烯酰胺电泳对 PCR产物分离 ,银染。结果 建立了法医 STR基因座嵌合引物复合扩增方法 ,可正确分型。结论 这种方法扩增条件易于优化 ,不同基因座扩增条件的齐同性要求不高 ,对引物二聚体有一定程度的包容性 ,是一种成本低、效率高的法医

端粒酶活性检测方法研究进展

端粒是真核细胞染色体的线性DNA分子末端,有着重要的生物学功能,对维持染色体稳定、防止染色体末端融合和保证DNA完整复制起着重要作用。端粒酶(telom-erase)是使端粒延伸的反转录DNA合成酶,是一种核糖核酸蛋白复合体。端粒酶以其RNA组份为模板,以端粒3′末端为引物,在其具有逆转录酶活性的蛋白组份的催化下合成端粒重复序列。近年来大量研究表明,端粒酶广泛表达于各类恶性肿瘤细胞,但人正常细胞一般阴性,是目前应用最广、最特异的肿瘤标志物。有文献报道。

基于基因组特异性SSR序列的实蝇PCR鉴定方法

【目的】实蝇科昆虫是全球范围内重要的检疫性害虫,其幼虫取食寄主果实,引起果实腐烂、变质,造成巨大经济损失。由于口岸截获多为实蝇卵、幼虫、蛹等非成虫虫态,需饲养至成虫才能根据形态准确鉴定,因此快速可靠的分子鉴定技术体系亟需完善。【方法】利用公开发表的实蝇基因组序列,通过生物信息学方法从4种检疫性实蝇即地中海实蝇Ceratitis capitata、瓜实蝇Bactrocera cucurbitae、橘小实蝇Bactrocera dorsalis、昆士兰实蝇Bactrocera tryoni中挖掘物种特异性的简单重复序列(Simple sequence repeats,SSR),针对各物种设计含有其特异性简单重复序列的引物,提取实蝇样品基因组DNA,采用常规PCR方法优化并筛选各物种特异性引物。【结果】在4种实蝇基因组中共发现20条物种特异性的SSR,基于这些序列设计的3对特异性引物能有效区分地中海实蝇、瓜实蝇和橘小实蝇,扩增片段大小分别为1 251、1 307、823 bp,而在其他物种中检测不到条带。【结论】基因组水平的序列分析发现了物种特异性的SSR,通过筛选获得物种特异性的PCR引物,可应用于3种实蝇的分子鉴定,为口岸检疫人员快速鉴定区分非成虫状态的实蝇提供了实用性技术。

套式PCR检测马巴贝斯虫

根据GenBank中马巴贝斯虫(Babesia equi)ema-1基因序列,设计合成内外2对引物,其中外引物扩增ema-1基因60～627nt间567 bp片段,内引物扩增ema-1基因259～488nt间229bp片段。从实验室感染马巴贝斯虫阳性马匹全血样本中提取DNA,采取2次扩增的方法,扩增到229bp特异性条带,建立了适合马巴贝斯虫快速检测的套式PCR方法。经重复性试验和特异性试验,结果显示,马巴贝斯虫阳性样本在229bp均出现条带,而驽巴贝斯虫、牛巴贝斯虫扩增结果为阴性。采用该方法对已知阴、阳性的16份马匹全血样品进行检测,有8份为阳性,与实际结果的符合率为100%。表明,所建立的方法具有较高的重复性和特异性,可用于马巴贝斯虫病的临床诊断、病料检测和分子流行病学调查。

中国大陆SCA31亚型基因突变分析

目的分析中国大陆脊髓小脑性共济失调31型（spinocerebellar ataxia type31，SCA31）的基因突变频率。方法应用多核苷酸重复引物PCR和毛细管凝胶电泳方法对295例基因诊断未明的SCA（98例常染色体显性遗传家系先证者，197例散发患者）和81例基因诊断未明的遗传性痉挛性截瘫（hereditary spastic paraplegia，HSP）（23例常染色体显性遗传家系先证者，58例散发患者）样本进行BEAN／TK2基因“TGGAA”五核苷酸重复的突变检测。结果所有样本均未检测到“TGGAA”五核苷酸重复插入序列。结论SCA31亚型在中国大陆十分罕见，因此不建议将其作为常规SCA亚型进行筛查。

参照链介导的构象分析策略在HLA-B位点分型中的临床应用研究

目的建立并稳定HLAB位点的参照链介导的构象分析(RSCA)系统,并鉴定RSCA分型策略的优势。方法提取27例造血干细胞移植患者及63名供者的外周血DNA,采用RSCA进行HLAB位点分型,并与序列特异性引物聚合酶链反应技术(PCRSSP)分型结果进行比较,对于疑难标本采用测序鉴定。结果在90份标本中,87份(96.7%)可明确判定结果,其中有1份标本与PCRSSP结果不一致,经测序鉴定RSCA结果正确;67份(74.4%)可直接指定等位基因型别。此外,1份标本(1.1%)因PCR扩增结果太弱而未能获得RSCA分型结果,2份标本只能确定1条等位基因,经测序发现另1条等位基因为已知等位基因,但RSCA数据库中没有其数据。随机选择20份标本进行RSCA重复性实验,重复率为100%。在PCRSSP方法分型中,约有10%的标本需要重复1～3次方能判定结果。结论RSCA具有灵敏、特异、分辨率高、重复性好、可发现变异基因及新的等位基因、大规模和低成本等优点,适用于大规模的无关移植供、受者的选择。