一种拓扑与生物功能一致的多网络比对算法

生物网络比对是一种常用的研究生物分子间相互作用的方法,也是分析物种间功能差异的重要手段,有助于更好地理解生物进程及功能.本文提出的ConAlign是一种快速且有效的多对多的多网络全局比对算法.首先,利用网络节点间的拓扑相似性补充序列相似性.然后,结合网络整体的拓扑相似性和指定约束条件将蛋白质相互作用网络进行比对.本算法分别在合成网络和真实网络上进行了实验,并与IsoRankN、BEAMS、SMETANA算法对比.实验结果表明,ConAlign算法识别出了更多的直系同源物,在生物和拓扑方面也表现优异,此外,在保证簇的拓扑与生物功能一致性的前提下,比对的效率也得到了提升.