青花菜多聚半乳糖醛酸酶基因BoPGX3的克隆及盐胁迫下的表达特征分析

多聚半乳糖醛酸酶(PG)可降解细胞壁,从而降低植物抵抗能力。为了解青花菜PG基因响应盐胁迫的分子机制,以青花菜自交系‘WN12-95B’为试验材料,提取青花菜的总RNA并合成cDNA,克隆PG基因,并检测其在盐胁迫下的表达特征。结果表明:青花菜BoPGX3基因序列全长1476 bp,推导编码491个氨基酸,相对分子量为53.44 kD,等电点为5.84。系统进化分析表明,青花菜BoPGX3与羽衣甘蓝、甘蓝、白菜、萝卜和花椰菜的PG基因亲缘关系较近。荧光定量PCR结果显示,BoPGX3基因受盐胁迫诱导表达,处理3 h后相对表达量达到初始表达量的2.9倍,处理12 h时相对表达量下降至初始表达量的1.4倍。综上,青花菜BoPGX3基因参与了盐胁迫的响应,并可能在此过程中发挥着重要的作用。

香蕉枯萎病菌1号和4号生理小种内切多聚半乳糖醛酸酶基因的比较

通过基因克隆和测序方法,对来自国内外尖孢镰刀菌古巴专化型Fusarium oxysporum f. sp.cubense(简称Foc) 1号和4号小种的6个菌株endo-PG基因同源性、与其他真菌的亲缘关系以及endo-PG基因和氨基酸序列进行分析,为香蕉枯萎病菌致病机制的研究奠定基础。结果表明,同小种的endo-PG序列同源性高,亲缘关系近,不同小种的同源性较低,亲缘关系较远;总体来说,4号小种比1号小种同源性更高,亲缘关系更近。在全基因序列分析中,没有发现明显的基因差异可以作为区分2个小种致病性差异的依据。根据预测的CDS序列翻译成氨基酸序列比对,发现6个菌株的endo-PG基因编码的氨基酸变异并没有引起相关保守结构域的变化,推测6个菌株的致病性可能与endo-PG基因的调控相关。

美国白蛾核型多角体病毒几丁质酶基因核苷酸序列研究

美国白蛾核型多角体病毒（ Ｈｃ Ｎ Ｐ Ｖ） 编码的几丁质酶 Ａ（ Ｃｈｉｔｉｎａｓｅ Ａ， Ｃｈｉ Ａ） 基因定位在 Ｈｉｎｄ Ⅲ－ ３５ｋｂ 片段上。 Ｄ Ｎ Ａ 测序表明，半胱氨酸蛋白酶（ Ｃ Ｐ） 基因的５＇上游反向存在 Ｃｈｉ Ａ基因， Ｃｈｉ Ａ 基因的 Ｏ Ｒ Ｆ 为１ ６６２ 个核苷酸，编码５５３ 个氨基酸，５＇、３＇非编码区分别具有 Ｔ Ａ Ａ Ｇ 基序和 Ａ Ａ Ｔ Ａ Ａ Ａｐｏｌｙ（ Ａ＋ ） 信号序列。同源性分析表明， Ｈｃ Ｎ Ｐ Ｖ 的 Ｃｈｉ Ａ 与苜蓿丫纹夜蛾核型多角体病毒、家蚕核型多角体病毒的 Ｃｈｉ Ａ ，在 Ｄ Ｎ Ａ 水平上的同源性分别为７５３ ％ 、７５７ ％ ，在氨基酸水平上的同源性分别为７５０ ％ 、７８７ ％ ，与来自灵菌的 Ｃｈｉ Ａ 比较，一致性氨基酸达５１ ％ ，推测杆状病毒几丁质酶基因与细菌几丁质酶基因可能具有共同的祖先。

甜瓜多聚半乳糖醛酸酶基因cDNA的克隆和序列分析

以甜瓜品种河套蜜瓜成熟果实mRNA为模板,经反转录合成和PCR扩增得到编码多聚半乳糖醛酸酶(Polygalacturonase,PG)基因全长cDNA,将其克隆于pUC19质粒中获得重组质粒pCMPG.此cDNA长1183bp,包括一个393个氨基酸残基组成的开放阅读框架.与已报道的甜瓜PG基因cDNA核苷酸序列比较同源性为99.3%,相应的氨基酸的同源性为98.5%.

假单胞菌ND6菌株水杨酸羟化酶基因(nahG)的核苷酸序列分析和酶鉴定

水杨酸羟化酶是细菌萘降解途径中的关键酶,它能催化水杨酸脱羟和羟化,生成儿茶酚.假单胞菌(Pseudomonas)DN6菌株的萘降解基因位于102kb的质粒pND6-1上,以pUC18质粒为载体,制备了含有1～3kbpND6-1DNA随机片段的基因文库,通过DNA测序和DNA序列同源性分析,从基因文库中筛选出含有水杨酸羟化酶基因nahG的克隆.nahG基因的大小为1305bp,编码的水杨酸羟化酶(NahG)由434个氨基酸组成,与PseudomonasputidaNCIB9816-4菌株的水杨酸羟化酶基因相比,核苷酸序列的同源性为100%,与其它10种细菌的水杨酸羟化酶基因相比,核苷酸序列的同源性为32%～99%.酶学实验表明,ND6菌株的水杨酸羟化酶具有广泛的底物特异性,它不仅能代谢水杨酸,还能代谢多种水杨酸的衍生物,如乙酰水杨酸、黄基水杨酸、3-甲基水杨酸、5-甲基水杨酸和5-氯水杨酸等.

碱性果胶裂解酶基因的克隆及核苷酸序列分析

以 p Bluescript KS(M13- )质粒作为载体构建嗜碱芽孢杆菌 NTT33的基因组文库 .在 YC平板上筛选到一株含果胶裂解酶 (pectate lyase,pel)基因的大肠杆菌阳性克隆子 .酶切后 ,电泳鉴定 ,插入的外源片段约 6 .5kb.通过引物步行法测定了含有该基因的约 3kb左右的外源 DNA片段的核苷酸序列 .经 PCgene软件分析发现第 15 0～ 116 0 bp编码一个由 337个氨基酸组成的蛋白质分子 .根据果胶裂解酶的等电点分类方法推断 ,其属于Pel A.将其与 Genebank中现有的基因编码的氨基酸序列进行同源比较 ,发现它与 Bacillus sp.Ksm SM- P15的Pel E和 Azospirillum irakense的 Pel A的同源性分别为 38%和 32 % .这 3种酶与其它果胶裂解酶的基因同源性很低 。

棉花多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白基因克隆、序列及表达谱分析

植物的多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白(PGIPs)在植物的抵抗疾病机制中起着重要作用,能够高效、专一的结合病原体侵染时分泌的多聚半乳糖醛酸酶,抑制其活性。克隆了棉花(苏棉9号)的一段长993bpPGIP基因,命名为GhPGIP1,它能够编码一段长330个氨基酸残基,分子量与等电点分别为37.0kDa与8.30的蛋白质。核酸和蛋白质序列与其他9个物种的同源性分别为65.6%～70.3%和63.4%～68.6%。蛋白GhPGIP1有10个N端、C端半胱氨酸残基,6个可能的N糖基化位点和5个保守的亮氨酸重复结构域(LRR)。在所有的保守LRR域中,L是高度保守的。半定量RT-PCR试验结果显示,GhPGIP1在棉花的根、茎、叶中均表达,其中以叶中表达量最多。

假单胞菌sp.130 GL-7-ACA酰化酶的核苷酸和蛋白质序列分析

对来源于假单胞菌sp .130的戊二酰 7 氨基头孢烷酸 (GL 7 ACA)酰化酶结构基因的全序列及所编码蛋白质的α,β亚基的N末端和C末端的氨基酸序列进行了测定。将蛋白质序列与其他同类的GL 7 ACA酰化酶进行了同源性比较 ,结果显示该酶与来源于假单孢菌GK16和C42 7的酰化酶的序列有较高同源性 ,而与其它同类酰化酶的同源性较低。这些酶的α亚基N 末端差别较大 ,但是 β 亚基的N

毛果杨多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白家族PtPGIP的生物信息学分析

植物多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白(Polygalacturonase-inhibiting protein,PGIP)可特异性识别病原菌分泌的多聚半乳糖醛酸酶,从而抑制病原菌对植物细胞壁重要成分——果胶的降解,以增强植物病原菌抗性。为探明模式树种杨树PGIP抗病机制,对毛果杨PGIP(PtPGIP)家族成员进行鉴定,以及对蛋白质理化性质和结构、系统进化、基因表达模式进行分析。结果表明,毛果杨基因组中鉴定到4个PtPGIP基因,其中,PtPGIP1和PtPGI2位于6号染色体串联重复,PtPGIP3和PtPGIP4位于16号染色体串联重复;PtPGIP1是假基因,PtPGIP2、PtPGIP3、PtPGIP4具有完整的PGIP蛋白结构域。PtPGIP均为疏水蛋白,具有良好的脂溶性,且具有3~7个N-糖基化位点。亚细胞定位预测表明,其可能定位于细胞外。除PtPGIP1以外,PtPGIP2、PtPGIP3、PtPGIP4蛋白均包含10个LRR片段,LRR中的保守序列xxLxLxx及蛋白质分子对接均表现出差异性。PtPGIP基因的表达具有组织特异性,PtPGIP1基因在各个组织部位的表达水平均较低,PtPGIP2和PtPGIP4基因在根、幼苗、花序中的表达量高于叶片,尤其是PtPGIP2基因在花序中的表达量最高,说明毛果杨PGIP基因家族发生了功能分化,使其在应对多种逆境胁迫中发挥重要作用。

β-烟酰胺单核苷酸及其在维持基因组稳态中的研究进展

β-烟酰胺单核苷酸(NMN)是辅酶Ⅰ烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD^(+))的前体,其主要通过NAD^(+)在细胞生命过程中发挥关键作用,包括DNA损伤修复信号通路、氧化还原反应和代谢反应等。补充NMN提高细胞内NAD^(+)水平以增强DNA损伤修复,已成为国内外研究的焦点。该文综述了NMN在延缓衰老、治疗疾病、维持基因组稳定性及细胞稳态方面的最新研究进展,分析了其提升宿主DNA损伤修复能力的作用机制,并对补充NMN的潜在风险进行探讨,为后续的NMN相关科学研究提供参考。

基于“分段”-“完整”转化的G-四链体脱氧核糖核酸酶传感器用于多聚核苷酸激酶的检测

采用"分段"转化为"完整"G-四链体脱氧核糖核酸酶的策略,构建了检测多聚核苷激酶(T4 PNK)的传感器。将形成G-四链体的富G序列PS5.M序列拆分成5'和3'端均为羟基的两条链:链S_1OH和链S_2OH即分别具有12个碱基的"分段"的PS5.M。在ATP存在下,T4 PNK酶可以将链S_2OH的5'端的羟基磷酸化,转化为S_2P;在S_1OH、S_2P以及Helper链S-H存在下,T4 DNA连接酶(T4 DNA Ligase)将链S_1OH和链S_2P连接成"完整"的PS5.M序列。在体系中再加入核酸外切酶Ⅲ(ExoⅢ),从S-H的3'端剪切S-H,释放出PS5.M。在K^+存在下,PS5.M与氯化血红素(Henfin)作用,形成具有类过氧化物酶活性的复合物,催化H_2O_2氧化2 2'-联氮-二(3-乙基-苯并噻唑-6-磺酸)二铵盐(ABTS)的反应,通过检测氧化产物在418 nm处的吸收值变化,实现对T4 PNK活性的定量检测。线性检测范围为0.02~3.0 U/mL舱出限为0.014 U/mL(S/N=3)。对Hela细胞和HEK293细胞实际样本的T4 PNK活性进行了检测,平均回收率为95.6%~105.7%。

小麦内切多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白N端序列测定及分析

单子叶植物小麦内切多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白 (PGIP)经分离纯化和电印迹后 ,进行了N端序列的测定 ,结果为 :Lys Pro Leu Leu Thr Lys Ⅰle Thr Lys Gly Ala Ala Ser Thr。已知的PGIP均属于双子叶植物 ,这些双子叶植物PGIPN端氨基酸序列同源性为 36% ,包括小麦PGIP的所有单、双子叶植物PGIPN端氨基酸序列同源性降低到 9%。

RNA多聚核酶能够组装合成含95个核苷酸长链的RNAs

“RNA世界”假说认为：在生命进化的早期，没有蛋白质（酶）的存在，某些RNA可以催化RNA的复制——也就是说RNA是决定生命的首个遗传分子。在基于DNA的生命出现之前，RNA可能在生物学过程中扮演过主要的遗传和催化作用的角色。一种本身为RNA多聚酶的核酶（可以复制并转录原始的RNA基因组）是这一假说的关键。

节杆菌变种RC100中胺甲萘水解酶基因（cahA）的克隆及核苷酸序列

克隆并测序了节杆菌变种RC100的质粒pRC1上编码的胺甲萘水解酶基因（cahA），发现推测的氨基酸序列整体区域与一个酰胺酶家族同源。在RC100的胺甲萘水解酶CahA中也发现了酰胺酶基因家族的部分同源序列。在大肠杆菌JM109中过量表达CahA，经硫酸鱼精蛋白处理、硫酸铵沉淀、疏水及阴离子交换色谱纯化得到单一条带。纯化酶对1-萘乙酰胺及异丁酰胺有水解酶活性，但对1-萘乙酸甲酯没有活性。

桑树多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白基因MaPGIP1的克隆及功能分析

多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白（PGIP）是一种特异性结合和抑制真菌内切多聚半乳糖醛酸酶（endo-PG）活性的细胞壁结合蛋白。采用RT-PCR从嘉陵40（Morus atropurpurea Roxb.）果实中扩增PGIP基因c DNA,利用生物信息学的方法分析其编码蛋白的结构和功能。结果表明,嘉陵40PGIP开放阅读框全长1017 bp,编码338个氨基酸残基,被命名为MaPGIP1。MaPGIP1蛋白分子量37.9 k D,等电点为为6.65,信号肽为N端26个氨基酸残基,具有4个潜在的N-糖基化位点。MaPGIP1蛋白的核心区域由9个串联的LRRs基序组成。原核表达产物经SDS-PAGE分析,MaPGIP1蛋白以包涵体形式出现,Western blot证实了重组蛋白的特异性,经过Ni-NTA柱纯化和分步透析复性后获得可溶性蛋白,该蛋白能部分抑制果桑肥大性菌核病菌（Ciboria shiraiana）PG（Cs PG）活性,其最适pH值为4.5~5.0,最适温度30℃。抑菌试验结果表明,MaPGIP1蛋白在果桑肥大性菌核病菌菌丝侵染油菜叶片过程中具有一定的抑制效果。

大肠杆菌菌毛抗原K_(99)基因的亚克隆及核苷酸序列测定

利用PCR技术 ,从含有大肠杆菌菌毛抗原K99基因的质粒pX5K中扩增出 0 .4kb的K99菌毛抗原基因 ,然后将其亚克隆到pGEM T easy载体上 ,并转化至受体菌JM10 9中 ,采用碱性裂解法提取质粒DNA后 ,经NcoI和EcoRⅠ双酶切分析和核苷酸序列分析 。

福建广东8株HTLV-Ⅰ前病毒长末端重复序列核苷酸序列测定及亚型分析

目的 了解福建、广东地区人群中HTLV Ⅰ的感染起源和亚型。方法 对在莆田、厦门及汕头发现的 8株HTLV Ⅰ前病毒长末端重复核苷酸序列用PCR法扩增 ,再用自动测序仪进行核苷酸序列测定 ,并对这 8株HTLV Ⅰ亚型的基因序列同源性作了分析。结果 获得了这 8株HTLV Ⅰ的核苷酸序列。结论 所发现的这 8株HTLV Ⅰ在其基因序列上很类似台湾株PZ96 0 4和CD96 2 2 ,可划归于世界群的亚型a(Aa型 )

真菌多聚半乳糖醛酸酶研究进展

真菌多聚半乳糖醛酸酶是降解植物细胞壁果胶的主要降解酶之一,是植物病原真菌的致病因子之一。文中对真菌多聚半乳糖醛酸酶及其序列特征、多聚半乳糖醛酸酶的基因及其序列特征、多聚半乳糖醛酸酶的表达调控以及与病原真菌致病力之间的关系等方面进行了综述。

载脂蛋白B基因四核苷酸串联重复序列(TTTA)n遗传多态性研究

采用聚合酶链反应—变性凝胶高压电泳结合银染技术及基因序列方法 ,确认载脂蛋白B基因四核苷酸串联重复 (TTTA)n基因型 ,研究中国汉族人载脂蛋白B基因四核苷酸串联重复序列 (TTTA)n遗传多态性特征。结果 :汉族人群中 ,共检出载脂蛋白B四核苷酸串联重复序列 (TTTA)n有 3种等位基因和 6种基因型。基因型为 12 8/12 8,12 8/13 8,12 8/14 8,13 8/13 8,13 8/14 8,14 8/14 8,其频率分别为 0 0 0 5 ,0 0 89,0 0 10 ,0 816 ,0 0 75 ,0 0 0 5 ;等位基因为 12 8,13 8和 14 8,其频率分别是 0 0 5 5 ,0 898和 0 0 47,与美国高加索人相应的频率比较 ,两者的差异具有显著性 (P <0 0 1) ;结果说明 :载脂蛋白B基因四核苷酸串联重复 (TTTA)

一株新型散发型戊型肝炎病毒部分核苷酸序列测定与分析

目的 :了解长春地区戊型肝炎病毒 ( HEV)株的变异程度。方法 :用逆转录 -套式 -聚合酶链反应方法从患者血清中获取病毒 ,用双脱氧终止法进行核苷酸序列分析。结果 :China Changchun-2 2 0 MC与日本株、猪的 HEV分离株 ( AF0 82 843)、美国株 - 1 ( AF0 60 669)、墨西哥株 ( M745 0 6)、第四基因型 ( AJ2 72 1 0 8)、缅甸株 ( M732 1 8)、中国株 ( M941 77、D1 1 0 93、D1 1 0 92 )、尼泊尔株 ( AF0 5 1 830 )、巴基斯坦株 ( M80 5 81、AF1 85 82 2 )核苷酸同源性为 72 %～ 88% ,氨基酸同源性为 93%～ 97%。结论 :China Changchun- 2 2 0 MC株与其它 HEV株相比有较高的基因异质性 ,可能是一新型的