三叶青相关序列扩增多态性-聚合酶链式反应体系的建立与优化

目的建立浙江和江西产的三叶青(Tetrastigma hemsleyanum)SRAP-PCR的反应体系和扩增程序。方法应用L9(34)正交设计方法,以三叶青基因组DNA为模板,研究了Mg2+、dNTP、引物和模板DNA 4种PCR反应组分浓度变化对扩增结果的影响,根据梯度PCR仪引物的条带数量及清晰度选择退火温度。结果优化后的25μL反应体系包含:10×PCR buffer2.5μL,2.5mmol/L MgCl2,0.15mmol/Ld NTP,0.15μmol/L引物,1.0U Taq DNA聚合酶,50ng DNA模板。扩增程序的最佳退火温度为51℃。并筛选出8对扩增产物丰富,多态性好的引物。结论正交设计优化的三叶青SRAP反应体系,经过10份样品检验,证明该体系稳定可靠,多态性好,可用于三叶青遗传多样性分析。

多聚酶链式反应扩增日本血吸虫基因组DNA重复序列

目的 探索日本血吸虫基因组内是否存在DNA重复序列。方法 分别根据曼氏血吸虫基因组特异的DNA重复序列单位Sm1- 7和埃及血吸虫基因组特异的DNA重复序列单位TheDraIRepeat设计并合成了寡核苷酸引物 ,然后以日本血吸虫基因组DNA为模板 ,用自备的多达 12种的反应缓冲液进行多聚酶链式反应 (PCR)优化扩增。结果 分别成功地从日本血吸虫基因组中扩增出与曼氏血吸虫基因组“特异的”DNA重复序列单位Sm1- 7和埃及血吸虫基因组“特异的”DNA重复序列单位TheDraIRepeat同源的DNA重复序列。PCR反应提示该两种重复序列在日本血吸虫基因组内的拷贝数均较低。同时 ,日本血吸虫与曼氏血吸虫表现出较好的同源性。结论 日本血吸虫基因组内可能存在着长度为 12 1bp的DNA重复序列 。

正交设计优化半夏相关序列扩增多态性-聚合酶链式反应体系

目的采用正交设计优化半夏SRAP-PCR的反应体系。方法以半夏基因组DNA为模板,应用L_(16)(4~5)正交表,研究了Taq酶、Mg^(2+)、随机引物、dNTPs和模板DNA 5种SRAP反应组分浓度变化对扩增结果的影响。结果优化反应体系为:25μL反应体系中含有buffer2.5μL、Taq酶1.0U、Mg^(2+)2.5mmol/L、引物0.8μmol/L、dNTPs0.1 mmol/L、模板DNA 50 ng。结论正交设计能客观高效的优化半夏SRAP反应体系。

聚合酶链式反应-特异性序列引物基因定型在新生儿溶血病ABO血型定型中的应用

目的研究聚合酶链式反应-特异性序列引物(PCR-SSP)基因定型在新生儿溶血病(CHDN)ABO血型定型中的应用。方法收集20例来自广东省肇庆市第一人民医院新生儿溶血病(HDN)的样本,对这些样本进行ABO血型鉴定等一系列血型血清学方法进行检测,然后用PCR-SSP基因定型技术进行样本的基因分型。结果与其血型的血清学分型结果进行比较,新生儿溶血病ABO血型的定型是新生儿输血的必要保障,而PCR-SSP基因分型较血型血清学方法更快捷、准确。结论 PCR-SSP基因正型技术将不再局限于疑难血型的鉴定中,并会越来越多地应用于HDN的鉴定中。

肠道细菌基因间重复共有序列-聚合酶链式反应指纹图谱技术用于细菌分型的研究进展

肠道细菌基因间重复共有序列-聚合酶链式反应(enterobacterial repetitive intergenic consensus-polymerase chain reaction,ERIC-PCR)指纹图谱技术利用普遍存在于生物体内的ERIC进行引物设计,通过基因扩增,获得能够表征其基因组结构的产物,该方法简单易行、重复性好、用时短,被广泛应用于细菌基因分型及同源性判别。本文简述细菌分型的研究背景和ERIC-PCR指纹图谱技术的原理及特点,归纳该技术在细菌基因分型方面的优缺点及其在常见食源性致病菌基因分型中的应用现状,并对ERIC-PCR指纹图谱技术应用于乳品企业污染菌溯源的研究进行展望。

多聚酶链式反应在血液病诊断与监测中的应用

多聚酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)技术由美国Cetus公司Mullis等于1985年建立.它是一种在体外将特异性DNA序列进行高效扩增的方法.不仅被广泛用于遗传性疾病及其产前诊断、感染性疾病病原的检测,而且用于各种类型肿瘤基因的研究.PCR作为一个“无细胞基因扩增系统”,其基础理论及应用研究主要用于从基因组DNA中产生大量特异DNA片段用于序列分析或分子克隆.从已知两端序列的双链DNA中产生特异性片段作为分子探针.通过选择性扩增cDNA的特殊片段进行cDNA克隆。

迎红杜鹃ISSR-PCR反应体系建立

利用正交设计L16(45)方法对迎红杜鹃(Rhododendron mucronulatum Turcz.)ISSR-PCR(Inter-simple sequence repeat-Polymerase chain reaction products)反应体系的5因素(TaqDNA聚合酶、Mg2+、DNA模板、dNTP、引物)在4个水平上进行了优化试验。结果表明,ISSR-PCR反应体系各因素在设定的不同水平对PCR反应结果都有影响,其中引物浓度的影响最大;筛选出了各反应因素的最佳水平,建立的迎红杜鹃ISSR-PCR反应最佳体系(25μL)为2.0μL10×Buffer、0.3μL Taq DNA聚合酶(5U/μL)、2μLDNA模板(20ng/μL),2.5μL dNTPs(2.5mmol/L)、2μL引物(10μmol/L)。

沙田柚黄龙病病原β-操纵子DNA片段的克隆与序列分析

采集表现斑驳症状的沙田柚叶片,根据柑桔黄龙病特异保守区域β-操纵子序列设计引物,通过对其病叶脉总DNA进行PCR扩增、扩增产物纯化、与pMD18-T Vector连接、转化大肠杆菌(Escherichia coli)DH 5a菌株、筛选阳性克隆重组子、重组子测序,并将测序结果与柑桔黄龙病病原β-操纵子部分DNA相应序列进行比较.结果表明,引起沙田柚斑驳症状的病原与亚洲柑桔黄龙病原(Liberobacter asiaticum)相应序列的同源率为99%,而与非洲柑桔黄龙病病原的同源率仅为79.9%.因此,从分子水平上证明沙田柚斑驳症状是由黄龙病病原侵染所致,该病原属于亚洲种中的一个成员.

γ-谷氨酰半胱氨酸合成酶和多药耐药相关蛋白基因在膀胱癌中的表达及相关性分析

为探讨 γ-谷氨酰半胱氨酸合成酶 (γ- GCS)及多药耐药相关蛋白 (MRPs)与膀胱癌化疗耐药的关系 ,应用逆转录多聚酶链式反应 (Rt- PCR)技术检测了 32例膀胱癌及其癌周正常膀胱粘膜上 γ- GCS亚单位 γ- GCSh、γ- GCSl以及 MRPs家族成员 MRP1 和 MRP2 的 m RNA的表达 ,并以 β- actin m RNA为内对照半定量进行相关分析。结果显示 :γ-GCSh、γ- GCSl、MRP1 和 MRP2 m RNA在癌组织的平均相对表达水平均高于其在正常粘膜的表达 ;γ- GCSh和 MRP1 在化疗复发病例的癌组织的平均表达水平明显高于在未接受过任何化疗的初发病例 ,同时显示两者在癌组织的表达具有较强的相关性 (r=0 .786 ,P<0 .0 1)。提示 :正常细胞的恶性化可上调 γ- GCS和 MRPs的表达 ;膀胱癌临床化疗耐药的形成与 γ- GCSh和 MRP1 的过表达密切相关 。

应用完整外显子2/3序列解决HLA-DRB1座位基因分型的歧义结果

背景:人类白细胞抗原基因测序分型中,当等位基因的差异碱基位于测序范围之外或不同等位基因对的杂合序列相同时,无法得到清晰的结果。目的:通过完整外显子2/3序列的测定,解决常规HLA-DRB1基因分型中的高比例歧义结果。方法:初次分型采用常规的测序方法检测320份样本的HLA-DRB1外显子2第一高变区以外的序列,测序反应设置codon86。后期采用一次性扩增外显子2/3,测序反应针对外显子2设置组特异性引物:DRB1*04/07/09为一组,其它基因家族为一组,设置conden86,对初次分型后为歧义结果的样本重新分型。结果与结论:初次分型有180份样本为歧义结果,占总样本数的56.25%。其中A类为差异碱基位于测序范围之外,共114例;B类为等位基因对的杂合序列相同,共17例;C类为两种情况同时存在,有49例。3种类别的歧义等位基因数分别为119个、34个、98个,占等位基因总数的33.06%、9.44%、27.22%。完整外显子2/3序列的测定使歧义结果比例从56.25%下降到14.37%,其中A类103例、B类8例、C类23例样本的等位基因得到确认。此次研究中发现了一个新等位基因,与跟它最相近的等位基因DRB1*110101相比,其外显子3的第381位碱基G>T,导致第98位氨基酸AAG(赖氨酸Lys)>AAT(天冬酰氨Asn)。序列已提交Genbank,编号HM807583,2010-08被世界卫生组织HLA因子命名委员会命名为HLA-DRB1*1197(编号HWS10010999)。提示,完整外显子2/3序列的测定能大幅降低歧义分型结果的比例。

喉癌组织中环氧化酶-2（COX-2）基因表达的实时定量PCR研究

测定环氧化酶-2（COX-2）mRNA在喉鳞癌组织中的含量，并分析COX-2 mRNA与喉鳞癌临床分期及组织分化程度的关系。用序列特异性引物和荧光染料SYBR greenⅠ聚合酶链式反应（PCR）方法，检测30例原发性喉鳞癌和癌旁组织中COX-2mRNA表达，采用GAPDH作对照。结果，30份标本的扩增产物经熔解曲线分析及DNA琼脂糖凝胶电泳，证实均为COX-2。COX-2mRNA在喉鳞癌中的阳性率是100％，而在癌旁组织阳性率为40％（12／30例），NCOX分别为（16．54±13．27）、（9．24±6．91），两者之间差异有显著性意义（P〈0．05），且喉癌组织中的COX-2mRNA表达水平与喉癌组织分化程度及临床分期密切相关。结果表明，应用荧光染料SYBR greenⅠ的实时定量PCR技术能够对COX-2基因表达水平进行定量分析，COX-2基因表达的上调与喉癌的发生有关，且可以作为一种有效的喉癌分子标志。

长短日照下绍鸭性成熟时间,下丘脑GnRH-I、POMC和NPY mRNA表达的差异

利用长日照和短日照环境调控绍鸭的性成熟时间,并采用反转录多聚酶链式反应(RT-PCR)方法, 检测两种日照组(n=6)鸭性成熟过程中下丘脑促性腺激素释放激素-Ⅰ(GnRH-Ⅰ)、阿片促黑激素皮质素 原(POMC)和神经肽Y(NPY)mRNA表达的发育性变化及日龄间差异。结果表明,长日照组性成熟时间较短 日照组提前30d。RT-PCR结果显示,两组鸭下丘脑GnRH-Ⅰ mRNA的发育性表达模式相似,从出雏至性成熟 过程中,其表达水平呈逐渐增加趋势;长日照组下丘脑GnRH-Ⅰ mRNA表达丰度均高于同日龄短日照组,并于 120日龄时其差异达显著水平。两组POMC mRNA的表达丰度呈现先增加后降低趋势,于性成熟前后显著下降; 日照长度对其基因表达具有显著影响。两组NPY mRNA表达水平分别于60和90日龄时显著升高,于性成熟时 显著下降,但光照对其基因表达无显著影响。下丘脑GnRH-Ⅰ基因表达的显著上调可能是禽类性成熟启动的关 键因素,也是长日照条件下绍鸭性早熟的主要原因;GnRH-Ⅰ表达的上调与下丘脑POMC和NPY mRNA表达变 化有关。

棉铃虫细胞色素P450 cDNA片段的克隆与序列分析

以 5龄实验室敏感品系棉铃虫Helicoverpaarmigera的总RNA为模板 ,采用简并性引物 ,利用反转录 -多聚酶链式反应 (RT PCR)扩增出了 2个新的长度分别为 2 3 7bp和 2 40bp的cDNA片段。序列分析表明 ,2 3 7bp的cDNA片段与棉铃虫P45 0CYP4家族有较高的相似性 ,最高达 73 %;而 2 40bp的cDNA片段与CYP6家族有较高的相似性 ,最高达 49%。

HIF-1α和HIF-2α在肾透明细胞癌中的表达及意义

背景与目的:低氧诱导因子是广泛存在于多种细胞的转录因子,在低氧时肿瘤细胞相关基因的表达发挥着重要的调控作用。本研究探讨了低氧诱导因子HIF-1α mRNA和HIF-2α mRNA在肾透明细胞癌中的转录及其临床意义。方法:采用逆转录多聚酶链式反应(RT-PCR)方法检测56例肾透明细胞癌组织、对照组43例远离肿瘤的癌周肾脏组织及9例良性疾病肾脏组织中HIF-1α mRNA和HIF-2α mRNA的阳性率。结果:HIF-1α mRNA在肾透明细胞癌组织中的阳性率为87.5%,较对照组织13.5%高,差异具有显著性(P<0.001);HIF-2α mRNA在肾透明细胞癌标本组织中的表达率为94.6%,较对照组织7.7%高,差异有显著性(P<0.001)。结论:HIF-1α mRNA和HIF-2α mRNA的转录可能对肾透明细胞癌的发生和发展有重要作用。

河北省马铃薯Y病毒株系分子鉴定及其RT-PCR检测

根据马铃薯Y病毒(PotatovirusY,PVY)的外壳蛋白基因序列,设计合成了一对寡核苷酸引物,从感染PVY的马铃薯田间病叶组织中提取出病毒的RNA,进行cDNA合成及PCR扩增,得到一条长度约800bp的特异PCR扩增产物,与理论设计的基因片段大小一致,本试验建立了快速、灵敏、简便的PVY检测的方法。将RT-PCR扩增产物克隆到质粒pGEM-T上,并进行了序列分析。结果表明,克隆的cDNA片段由801个核苷酸组成,编码267个氨基酸组成的理论分子量为29kD蛋白,与PVY外壳蛋白的大小一致,与基因库登记的代表性株系相比,它们之间的核苷酸序列同源性为89 6%～98 8%,氨基酸序列的同源性为93 3%～98 5%,说明PVYCP基因具有高度的保守性(记为PVY-HBEI),与国内报道的PVY-CHU、PVY-ZHJ和PVY-ZHOU株系的氨基酸序列同源性分别为96 6%、98 5%和97 8%,与PVYN和PVYO株系的氨基酸序列同源性分别为93 6%和97 8%,从分子水平上确定PVY-HBEI归属于普通株系(PVYO株系)。

深圳汉族人群HLA-Cw,-DQB1基因座等位基因的多态性

背景:HLA复合体是极其复杂的遗传系统,对其多态性的研究在法医学个体识别和亲权鉴定、群体遗传学、移植免疫、疾病相关等医学领域有重要的应用价值。目的:了解HLA-Cw,-DQB1基因座的等位基因在深圳汉族人群中的分布规律。设计、时间及地点:样本基因型的统计学分析,于2007-01/2008-06深圳市血液中心免疫遗传研究室完成。材料:样本来自中国造血干细胞捐献者资料库深圳地区志愿捐献者,使用EDTA-K2抗凝管采集外周血。方法:采用聚合酶链式反应-序列测定方法对深圳地区226名无关供者HLA-Cw,-DQB1基因座的2,3外显子进行序列测定与分析。等位基因频率采用直接计数法计算,Hardy-Weinberg平衡检验采用x2检验。主要观察指标:样本HLA-Cw,-DQB1基因座的基因型。结果:226个样本中共检测到25个Cw等位基因。其中Cw*0102,Cw*0702的频率最高(0.1881),其他频率较高的等位基因依次为Cw*0304,Cw*0302,Cw*0401及Cw*0801,Cw*0303,Cw*0602。该位点基因型观察值与期望值经χ2检验符合Hardy-Weinberg平衡定律(x2=116.00,u=1.78,ν=91,P>0.05)。226个样本中共检测到17个DQB1等位基因。其中DQB1*0301占绝对优势,其基因频率为0.2124。其他频率较高的等位基因依次为DQB1*0303,DQB1*0601,DQB1*0502,DQB1*0602,DQB1*0302,DQB1*0401。该位点基因型观察值与期望值经χ2检验符合Hardy-Weinberg平衡定律(x2=101.34,u=0.78,ν=91,P>0.05)。经计算HLA-Cw位点的杂合度为0.8878,个体识别力为0.9769,非父排除率为0.7731,多态性信息含量为0.8757;HLA-DQB1位点的杂合度为0.8894,个体识别力为0.9762,非父排除率为0.7533,多态性信息含量为0.9659。结论:深圳汉族人群HLA-Cw及DQB1基因座是高度杂合、具有较高鉴别力和丰富信息含量的遗传标记,能较好地反映群体遗传特征。

肉鸡生产链中肠炎沙门氏菌耐药性分析及ERIC-PCR分型

目的：了解肉鸡生产链中肠炎沙门氏菌耐药性情况以及各生产环节菌株间亲缘关系,为临床用药及菌株追踪溯源提供依据。方法：采用微量肉汤稀释法对171株肠炎沙门氏菌进行13种抗菌药物药敏实验;采用肠杆菌基因间重复共有序列-聚合酶链式反应（enterobacterial repetitive intergenic consensus-polymerase chain reaction,ERIC-PCR）法对33株不同生产环节耐药菌株进行分子分型;采用SPSS 20.0软件、Gel-Pro Analyer 4.0和NTSYS pc 2.1软件进行分析。结果：171株肠炎沙门氏菌对13种药物耐药情况不同,其中对氨苄西林耐药情况最严重,耐药率高达90.06%,对恩诺沙星、氧氟沙星最为敏感,耐药率均仅为5.26%;不同环节间耐药性差异极显著（P〈0.01）;多重耐药率高达95.32%,共有26种耐药谱型。不同环节的33株肠炎沙门氏菌分为4种（Ⅰ~Ⅳ）基因型,遗传相似性在66%~100%,Ⅰ型为优势基因型;基因型相同的菌株耐药谱不一定相同,反之,耐药谱相同的菌株基因型不一定相同。结论：肉鸡生产链条中沙门氏菌对多种抗菌药物产生耐药性,且耐药谱种类繁多;沙门氏菌能够沿着生产链进行水平传播,肉鸡场环节菌株基因型相对复杂,菌株基因型与耐药表型之间无明显相关性。

2个甜菜夜蛾信息素结合蛋白cDNA片段的克隆和序列分析

通过比较几种已发表夜蛾科昆虫的信息素结合蛋白(PBP)氨基酸序列,设计合成一对简并性引物,利用反转录多聚酶链式反应(RT-PCR)技术从甜菜夜蛾(SpodopteraexiguaHübner)雄虫触角扩增得到2个分别为275bp和281bp的cDNA片段SexigPBP1和SexigPBP2,其分别由92个氨基酸残基和94个氨基酸残基组成。通过在GenBank中进行序列的同源性比较,表明这2个序列与已知几种昆虫的PBP氨基酸序列具较高同源性。

小菜蛾GluCl受体α亚基cDNA基因克隆和序列分析

利用RT-PCR和RACE技术对小菜蛾[Plutella xylostella(L.)]4龄幼虫谷氨酸门控的氯离子通道(GluCl)受体cDNA全长进行了克隆和序列分析。通过设计简并性上、下游引物扩增出小菜蛾GluCl受体α亚基基因192bp的cDNA片段,根据得到的片段序列设计3′和5′特异性引物采用RACE技术进行3′和5′末端的克隆,获得了小菜蛾GluCl受体的cDNA的完整序列,GenBank登录号为GQ221939。该基因全长2144bp,其开放阅读框(ORF)1344bp,编码447个氨基酸。相似性分析表明:它与果蝇和赤拟谷盗的相似性均为73%,与埃及伊蚊的相似性为75%,与东亚飞蝗的相似性为79%;氨基酸分析后显示它具有GluClα亚基的典型特征,表明克隆的cDNA序列是小菜蛾GluClα亚基基因的序列。

马铃薯Y病毒河北分离物外壳蛋白基因序列分析和株系鉴定

对河北张家口感病马铃薯的一个马铃薯Y病毒分离物(PXYHBEI)的外壳蛋白基因进行了克隆和序列分析。以提取的RNA为模板,应用RTPCR扩增目的基因,扩增产物克隆到质粒pGEMT,上并序列分析。结果表明,克隆cDNA片段由801个核苷酸组成,编码267个氨基酸。与基因库中PVY代表株系相比,它们的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89.6%～98.8%和93.3%～98.5%,与PVYN和PVYO株系的氨基酸序列同源性分别为93.6%和97.8%,确定PVYHBEI归属于普通株系(PVYO株系),同时建立了快速、灵敏、简便的PVYRTPCR检测方法。