基于靶标结构的环肽分子计算设计

环肽在调控蛋白质-蛋白质相互作用方面具有独特的优势,在新药研发领域受到了越来越多的关注。蛋白质相互作用界面一般较大而平坦,相较于小分子化合物,环肽分子更容易获得与这些靶标位点结合的高亲和力和高特异性。相较于线性多肽或蛋白质,环肽结构一般具有更大的骨架刚性,更难被酶降解,从而在代谢上更稳定,而且环肽更易于通过修饰改造增加跨膜活性,从而结合细胞内的靶标蛋白。结构数据和结构建模方法是开发基于靶标结构计算设计环肽药物的基础。本文分析了蛋白质结构数据库中环肽与靶标蛋白结合情况,介绍了目前环肽构象生成或结构预测的四类主要算法;总结了基于靶标结构计算设计环肽分子的主要方法,包括基于分子对接的虚拟筛选方法、借助于动力学模拟的设计方法、从头生成的设计方法以及具有跨膜活性的环肽设计方法;并展望了数据驱动的机器学习方法在环肽设计领域中的可能应用以及未来环肽药物分子开发的可能方向。

PEDV S1蛋白多表位单克隆抗体制备及结果比对

猪流行性腹泻(Porcine epidemic diarrhea,PED)是由PED病毒(PEDV)引起猪的一种急性高度接触性传染病,其中S糖蛋白携带主要的B淋巴细胞抗原决定簇,能够诱导产生中和抗体和提供免疫保护作用的重要结构蛋白。主要针对PEDV S1蛋白选择九条不同的多肽片段,并利用BALB/C小鼠单克隆抗体制备技术得到识别相应多肽片段的单克隆抗体,针对九条不同多肽表位获得的单克隆抗体与重组原核表达的PEDV S1蛋白识别效果进行对比,最后证实在所选的九条多肽表位片段中,以序列90至102、621至637、718至731这三条多肽的抗原性最好。