多重荧光定量聚合酶链反应法检测肉制品中的3种食源性致病菌

目的建立多重荧光定量聚合酶链反应法(quantitative polymerase chain reaction,qPCR)快速检测肉制品中沙门氏菌、单增李斯特菌、大肠杆菌O157:H73种食源性致病菌的方法。方法根据沙门氏菌的invA基因、单增李斯特菌的hemolysin基因、大肠杆菌O157:H7的rfbE基因序列分别设计特异性引物及探针,通过优化反应体系,测定其灵敏度、特异性和重复性,建立了可同时检测上述3种食源性致病菌多重qPCR方法。结果该方法只扩增3种靶细菌,对其他供试菌不扩增;沙门氏菌、单增李斯特菌、大肠杆菌O157:H7的检出限分别为10^(1)、10^(2)、10^(2)拷贝数/μL,并且拥有良好的重复性和特异性。人工污染的猪肉样品经SLE培养基富集8 h后,分别可以检测到初始菌液浓度为1.56×10^(2)CFU/25 g的沙门氏菌,2.13×10^(2)CFU/25 g的单增李斯特菌,2.32×10^(2)CFU/25 g的大肠杆菌O157:H7。结论所建立的多重qPCR灵敏度高、特异性强、重复性好,可同时检测肉制品中沙门氏菌、单增李斯特菌和大肠杆菌O157:H73种食源性致病菌,在提高食品安全和保护人类健康方面有重要意义。

H5和H7亚型禽流感病毒多重反转录聚合酶链反应快速检测及鉴别方法的建立

参考禽流感病毒(AIV)M基因和HA基因序列设计了3对引物,其中1对为针对不同HA亚型AIV的通用引物,另外2对为分别针对AIVH5和H7亚型的特异性引物。这些引物所扩增的cDNA片段大小分别为244、860和634bp。利用这3对引物,通过对多重RTPCR扩增条件的优化,成功建立了快速检测鉴别AIVH5、H7亚型的多重RTPCR技术。特异性和敏感性试验结果表明,该技术对AIVH5亚型同时扩增出2条大小分别为244bp和860bp的cDNA片段;对AIVH7亚型同时扩增出2条大小分别为244bp和634bp的cDNA片段;对AIVH5和H7亚型混合样品能同时扩增出3条大小分别为244、860和634bp的cDNA片段;对其他AIVHA亚型只扩增出1条244bp的cDNA片段;对其他常见禽病病原扩增均为阴性;该多重RTPCR对AIVRNA、AIVH5和AIVH7亚型RNA的最低检出量分别为10、100和100pg。

多重反转录聚合酶链反应快速检测鉴别H9亚型禽流感病毒方法的建立

目的参考AIV M基因和HA基因序列,设计了两对引物。其中XZ145-2和XZ146为通用引物,可以检测所有亚型AIV,跨幅244 bp;XZ H9-1和XZ H9-2为H9亚型特异性引物,跨幅488 bp。方法利用这两对引物,通过对多重RT-PCR扩增条件的优化,成功建立了快速检测鉴别H9亚型AIV的多重RT-PCR技术。结果与结论特异性和敏感性试验结果表明,该技术对H9亚型AIV同时扩增出两条大小分别为244 bp和488 bp的cDNA片段,对其他亚型AIV只扩增出244bp的cDNA片段,对其他常见禽病病原无特异性扩增,结果为阴性;该多重RT-PCR的通用引物对AIV RNA的最低检出量为1pg,对H9亚型RNA的最低检出量为10 pg。

多重逆转录聚合酶链反应检测主要上呼吸道病毒

目的 建立用多重逆转录聚合酶链反应 (mRT -PCR)检测甲 1型、甲 3型、乙型流感病毒以及呼吸道合胞病毒 (RSV)A型、B型等主要上呼吸道病毒的方法 ,以快速检测上呼吸道感染主要病毒及对甲型、甲亚型、乙型流感病毒在上海地区人群感染、流行情况调查。方法 采用经MDCK细胞接种培养的甲 3型、乙型流感病毒和Hep - 2细胞接种培养的RSVA型、B型标准毒株病毒液 ,以及甲 1型、甲 3型、乙型流感病毒和RSVA型、B型混合毒株病毒液 ,使用 5组引物 ,分别为HA1- 5a1和HAl- 3a1(甲 1型流感病毒 )、HA3 - 5a1和HA3 - 3a1(甲 3型流感病毒 )、NP- 5b1和NP - 3b1(乙型流感病毒 )、RSVAF和RSVAR(RSVA型 )、RSVBF和RSVBR(RSVB型 ) ,经mRT -PCR ,琼脂糖凝胶电泳 ,于紫外灯下观察上述病毒特异核苷酸条带。结果 甲 1型、甲 3型、乙型流感病毒 ,RSVA型、B型分别在 43 1,2 10 ,3 90 ,3 3 4,183bp处出现清晰的 5条DNA条带。 结论 应用 5组引物 ,mRT -PCR可用于快速检测临床上呼吸道感染标本中的流感病毒和RSV ,并可对其进行分型 。

多重聚合酶链反应-毛细管电泳-激光诱导荧光法检测三种食源性致病菌

建立了食品中常见致病菌大肠杆菌O157：H7的uidA基因、沙门菌的invA基因和志贺菌的ipaH基因的多重聚合酶链反应（PCR）产物的毛细管电泳快速检测方法。根据这3种致病菌的特异性基因序列设计多重PCR引物,优化PCR扩增反应体系,采用7.0g/L甲基纤维素为筛分介质,毛细管电泳-激光诱导荧光检测法同时检测了3种常见致病菌的PCR扩增产物。在优化的多重PCR反应和毛细管筛分电泳条件下,该方法可以同时检测沙门菌、志贺菌和大肠杆菌O157：H7基因的多重PCR扩增产物,22min内即可完成3种常见致病菌的毛细管电泳检测。迁移时间的相对标准偏差为1.47%-2.07%。与凝胶电泳法比较,该法简便快速,灵敏度高,可用于多种致病菌脱氧核糖核酸的检测,为食品安全提供了一种可靠的快速检测方法。

犬瘟热病毒反转录—聚合酶链反应检测方法的建立及初步应用

根据 Gen Bank中 Barrett报道的犬瘟热病毒弱毒株 Onderstepoort的血凝蛋白基因序列 ,设计合成了一对能扩增 76 0 bp基因片段的引物。用异硫氰酸胍 -酚 -仿一步抽提法提取细胞总 RNA进行反转录 ,再以此产物为模板进行 PCR扩增 ,筛选出最佳扩增条件。结果以此对引物进行 PCR扩增能得到与设计片段大小相同的产物 ,并且不扩增犬细小病毒、犬 I型腺病毒、犬冠状病毒、狂犬病病毒的核酸。敏感性试验证实 ,此法能扩增出稀释 1 0 0 0倍的 CDV强毒细胞培养物 ( 1 0 5 .1 TCID5 0 /0 .1 ml)的反转录产物 ,其敏感性远高于电镜负染和荧光抗体染色法。经初步应用表明 ,此法可用于犬瘟热的临床诊断和实验研究。

逆转录聚合酶链反应与常规法检测蚊体内黄病毒的比较研究

目的：检测比较蚊体内的黄病毒。方法：采用RT－PCR技术及常规的C6／36细胞培养结合免疫荧光法。结果：无论实验感染的登革热病毒蚊虫标本，还是从野外捕捉的标本，均表明RT－PCR检出黄病毒的阳性率比常规法高，且快速、敏捷，操作简便；常规法检出周期长（2～3周），操作复杂、繁琐和反复多次，检出率低。但常规法能通过细胞病变，观察病毒的毒力，这是RT－PCR所不及的。结论：以RT－PCR结合常规法进行虫媒病毒的研究，将更有利于探索蚊虫与虫媒病毒的关系和内在规律。

多重逆转录聚合酶链反应和半巢式多重聚合酶链反应快速检出含漱液中的乙型流感病毒

目的建立特异敏感的快速检测含漱液中的流感病毒的分子生物学方法。方法用多重逆转录聚合酶链反应和半巢式多重聚合酶链反应扩增甲１、甲３和乙型流感病毒ＨＡ基因的ＨＡ１片段，得到各病毒与特异性大小的扩增产物的对应关系。用同样的方法扩增含漱液中流感病毒的ＨＡ基因的ＨＡ１片段。根据这对应关系检测含漱液中的流感病毒。结果以流感病毒的ＨＡ基因为模板设计的三对引物，用多重逆转录聚合酶链反应能特异性地扩增出９４２ｂｐ、１１１７ｂｐ和 ７５１ｂｐ的核酸片段，它们分别和甲１、甲３和乙型流感病毒有稳定对应关系。用多重逆转录聚合酶链反应和半巢式多重聚合酶链反应扩增含漱液中流感病毒ＨＡ基因的ＨＡ１片段，根据扩增产物的大小检出含漱液中的乙型流感病毒。结论 多重逆转录聚合酶链反应和半巢式多重聚合酶链反应能特异敏感地检出含漱液中的乙型流感病毒。

肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型多重反转录-聚合酶链反应的建立及初步应用

本文旨在建立一种快速、高效的检测肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16型(CA16)的方法,用于儿童手足口病的病原学监测。通过设计肠道病毒通用引物和CA16、EV71的型特异性引物,建立以不同引物浓度配比及两阶段退火温度提高检测敏感度和特异度的多重反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法,并对首都儿科研究所附属儿童医院2010年3～10月收集的371例手足口病患儿381份临床标本同时进行病毒分离和核酸检测。结果显示,本研究建立的多重RT-PCR方法对CA16和EV71的最低模板检测浓度分别为5.32pg/ml和0.64pg/ml,反应特异度为100%。应用该方法检测381份手足口病临床标本的总阳性率为77.4%,其中CA16与EV71的检测阳性率分别为31.8%和35.4%,两者检测阳性比为1∶1.1。以病毒分离为标准,多重RT-PCR对CA16及EV71检测的准确率分别为95.2%和98.6%。因此,本研究新建立的多重RT-PCR方法准确、简便,适用于较大量样本的手足口病病原学监测。2010年引起北京地区儿童手足口病的主要病原为CA16和EV71。

逆转录多重套式聚合酶链反应在儿童病毒性脑炎病原学研究中的应用

目的探讨早期同步检测病毒性脑炎(VE)主要病原新方法.方法应用逆转录多重套式聚合酶链反应(RT-M-nPCR)对100例VE患儿及73例对照组脑脊液(CSF)标本进行单纯疱疹病毒(HSV)DNA与肠道病毒(EV)RNA同步检测.结果整个过程约需5 h.该法与ELISA及经典nPCR方法比较,符合率分别为96%及100%.100例VE患儿CSF标本中,HSV阳性18例,EV阳性17例,在100例VE中,有26例重症,其中HSV感染14例(53.85%),EV感染7例(26.92%),不明病原5例(19.23%).不同病原检出率与年龄的关系:年龄～3岁、～7岁、～14岁HSV分别检出7.4%、11.9%、35.5%,EV分别检出25.9%、19.05%、6.5%.结论RT-M-nPCR是一种能在早期同步检测HSV及EV的具有巨大潜在应用价值的病原检测技术;在VE重症中HSV感染最常见;HSV感染在年长儿发病率高,而EV感染在学龄前及婴幼儿中多见.

反转录酶在微小RNA实时荧光定量聚合酶链反应中的作用

目的以微小RNA(miRNA)作为检测样本,考察影响实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测结果的关键点,并筛选出最优的检测方法。方法采用3种miRNA提取方法(分别使用EasyPure^(■)miRNA提取试剂盒、miRNA提取试剂盒、TransZol Up Plus RNA提取试剂盒)和3种反转录方法(分别使用TransScript^(■)第一链cDNA反转录试剂盒、Evo M-MLV反转录试剂盒、miRNA第一链cDNA合成试剂盒)处理大鼠纹状体脑区,检测miRNA与c DNA的质量和效率,并使用常规RT-qPCR检测miRNA水平,比较不同方法所得结果。结果3种RNA提取方法得到的miRNA质量和效率比较差异均有统计学意义,其中方法2的效果较好,但方法1、2、3的RT-qPCR结果比较差异无统计学意义(miR-132:25.91±9.79、25.26±10.25、27.28±7.39,miR-U6:27.98±11.25、25.98±9.78、29.62±9.65,均P>0.05);3种反转录方法所得实验结果比较差异有统计学意义,方法3所得结果明显低于方法1、方法2(miR-132:16.53±3.17比35.20±1.06、31.42±2.95,miR-U6:16.63±1.73比36.06±2.57、35.59±1.54,均P<0.05),主要影响RT-qPCR的扩增效率和扩增特异性。结论使用能高效富集约18 nt大小RNA的提取方法和在miRNA的3’末端加多聚A尾(Poly A)的反转录酶,可以得到更可靠的RT-qPCR结果。

逆转录-多重巢式聚合酶链反应技术在骨髓增殖性疾病PDGFRB基因重排检测中的应用

本研究旨在探讨逆转录-多重巢式PCR技术在骨髓增殖性疾病(MPD)PDGFRB基因重排检测中的应用价值。利用逆转录-多重巢式PCR技术对146例MPD患者骨髓或外周血标本进行与PDGFRB基因重排相关的融合基因定性检测。结果显示,146例MPD患者骨髓或外周血标本中有8例出现PDGFRB基因重排,阳性率为5.5%。其中3例为TEL-PDGFRB融合基因,2例为HIP1-PDGFRB融合基因,1例为GIT2-PDGFRB融合基因,1例为TP53BP1-PDGFRB融合基因,1例为WDR48-PDGFRB融合基因。结论:运用逆转录-多重巢式PCR方法进行MPD患者PDGFRB基因重排检测,对于疾病诊断有一定指导意义,且可以为药物靶向治疗提供理论依据。

反转录巢式多重聚合酶链式反应体系检测单细胞中时钟基因表达

目的建立一种高度灵敏的能够在单细胞水平检测时钟基因表达的反转录巢式多重聚合酶链式反应(multiplex nestedreverse transcription-polymerase chain reaction,multiplex nested RT-PCR)体系。方法选取核心时钟基因bmal1,clock,per1,per2,cry1和cry2,以及看家基因β-actin,分别设计和优化巢式引物对。以基因质粒为模板,检测巢式多重PCR体系的灵敏度。体外转录得到各个基因的RNA模板,并检测反转录巢式多重PCR体系的灵敏度。使用手动微操作器,显微镜下负压获取悬浮单个NIH/3T3细胞,使用反转录巢式多重PCR体系检测其中目的时钟基因。应用实时定量PCR检测整体水平时钟基因表达情况,与单细胞水平进行比较。结果巢式多重PCR检测体系可以检测出单拷贝质粒DNA。反转录巢式多重PCR能够检测出4拷贝RNA模板。利用上述体系发现,NIH/3T3单细胞中时钟基因环路表达存在很大差异,同时发现群体水平per1和per2表达的高峰和低谷间差异有统计学意义,而单细胞水平per1表达则差异无统计学意义。结论建立了高度灵敏的用于检测时钟基因表达的反转录巢式多重PCR体系,揭示了单细胞水平时钟基因表达的异质性,也验证了整体水平与单细胞水平时钟基因表达的差异。

微流芯片检测流感病毒多重逆转录聚合酶链反应产物的实验研究

[目的 ] 建立应用微流芯片检测甲 1型、甲 3型、乙型流感病毒多重逆转录聚合酶链反应 (mRT -PCR)产物的方法 ,在mRT -PCR扩增核酸的基础上自动化灵敏的定量检测扩增产物 ,快速检测甲亚型、乙型流感病毒 ,帮助临床快速诊断和鉴别诊断其他呼吸道病毒感染 ,以及明确流感病毒在人群中感染、流行情况。 [方法 ] 采用经MDCK细胞分离培养的甲 1型、甲 3型、乙型流感病毒毒株病毒液 ,使用 3组特异引物经mRT -PCR扩增核酸 ,扩增产物分别采用毛细管电泳技术经Caliper10 0 0微流芯片分析仪自动化检测和经 2 %琼脂糖凝胶电泳法检测。 [结果 ] 设计三组引物对相应甲 1型、甲 3型、乙型流感病毒靶基因的mRT -PCR扩增产物片段分别为 43 0bp、2 10bp、3 91bp ,本实验mRT -PCR扩增产物经 2 %琼脂糖凝胶电泳 ,与Marker比照 ,DNA条带基本在此位点附近 ;产物采用毛细管电泳法经Caliper10 0 0微流芯片分析仪后 ,分别于 413bp、2 0 3bp、3 79bp处出现陡峭的峰 ,如图所示。 [结论 ] 应用微流芯片采用毛细管电泳法可对流感病毒mRT -PCR产物进行定位及相对定量 ,有助于快速诊断流感病毒感染 ,有助于对流感的监测。

反转录聚合酶链反应方法诊断肠道小RNA病毒性脑膜炎

目的评估RT-PCR方法诊断肠道小RNA病毒性脑膜炎的应用价值。方法对象包括脑膜炎组104例和对照组39例,检测脑脊液中肠道小RNA病毒应用RT-PCR方法。结果脑膜炎组的肠道小RNA病毒阳性率为41.3%(43/104),对照组未测出肠道小RNA病毒阳性结果。结论肠道小RNA病毒是导致脑膜炎的重要病原体,RT-PCR方法诊断肠道小RNA病毒性脑膜炎具有较高的应用价值。

多重反转录聚合酶链式反应检测H5、H7和H9亚型禽流感病毒的研究

利用多重反转录聚合酶链式反应同时检测H5、H7和H9亚型禽流感病毒.在GenBank中搜索H5、H7和H9亚型禽流感病毒(AIV)的血凝素基因序列,并利用DNAStar软件分析其相似性,利用Primer Premier 5.0软件设计3对分别针对AIV H5、H7和H9亚型的特异性引物.这3对引物所扩增的cDNA片段大小分别为427、228和830 bp.结果表明,通过对多重RT-PCR扩增条件的优化,建立了同时检测H5、H7和H9亚型AIV的多重RT-PCR技术.该多重RT-PCR对H5、H7和H9亚型AIV能同时扩增出3条大小分别为427、228和830 bp的cDNA片段,与其他常见禽病病原的核酸不存在交叉反应.该多重RT-PCR对H5、H7和H9亚型AIV cDNA的最低检出量分别为10 pg、1 ng和10 pg.

多重逆转录聚合酶链反应检测流感病毒

目的 :建立特异敏感的快速检测流感病毒的分子生物学方法。方法 :用多重逆转录聚合酶链反应连接多重聚合酶链反应扩增甲 1 、甲 3和乙型流感病毒的 HA基因的 HA1 片段。根据扩增产物的大小检测流感病毒。结果 :以流感病毒的HA基因为模板设计的三对引物能特异性地扩增出 94 2 bp、 1117bp和 75 1bp的核酸片段 ,它们分别和甲 1 、甲 3和乙型流感病毒有稳定对应关系。根据扩增产物的大小可以检测流感病毒。用这个方法能检测病毒浓度为 0 .1TCID5 0的样品。还可直接从疑似流感病人的含漱液中检测到乙型流感病毒。结论 :多重逆转录聚合酶链反应连接多重聚合酶链反应是检测流感病毒的特异敏感的方法 。

逆转录—聚合酶链反应—酶联夹心杂交法定量检测人IL-6mRNA

目的:建立一种高灵敏度、高特异性、精确、简便的逆转录—聚合酶链反应—微孔板酶联夹心杂交技术定量检测人IL-6mRNA的方法。方法:从人外周静脉血单个核细胞提取总RNA,进行RT-PCR扩增,PCR产物经热变性后与检测探针一起加入已包被捕获探针的微孔板内进行夹心杂交,用链亲和素—辣根过氧化物酶(SAV—HRP)及底物系统检测杂交信号。结果:该方法检测IL-6mRNA的灵敏度明显高于逆转录—聚合酶链反应—琼脂糖凝胶电泳;特异性高,RT-PCR和酶联夹心杂交均无非特异阳性信号出现;重复性良好。结论:本方法操作简单、灵敏度高、特异性强、结果数据化,适合于细胞因子mRNA的定量检测。

荧光聚合酶链反应–毛细管电泳法与Sanger测序法检测胶质瘤中端粒酶反转录酶基因启动子突变状态对比分析

目的对比分析荧光聚合酶链反应-毛细管电泳(polymerase chain reaction-capillary electrophoresis,PCR-CE)法及Sanger测序法检测胶质瘤中端粒酶反转录酶(telomerase reverse transcriptase,TERT)基因启动子突变的敏感度、特异度及一致性,为临床检测提供方法学依据。方法收集2017年11月至2019年11月首都医科大学宣武医院265例胶质瘤标本及临床病理资料,分别采用Sanger测序法与荧光PCR-CE法检测TERT基因启动子突变。结果TERT基因启动子突变与年龄、组织学分型和WHO分级均显著相关(P<0.05)。Sanger测序法与荧光PCR-CE法的TERT基因启动子突变检出率分别为52.8%(140/265)及51.3%(136/265),敏感度和特异度分别为96.4%和99.2%,符合率为97.7%,具有较好一致性(Kappa=0.955)。Sanger测序法检出TERT C228T突变103例(38.9%),荧光PCR-CE法检出99例(37.4%),敏感度和特异度分别为95.2%和99.4%,符合率为97.7%,具有较好一致性(Kappa=0.952)。Sanger测序法和荧光PCR-CE法均检测出TERT C250T突变37例(14.0%),符合率为100.0%,具有较高一致性(Kappa=1.000)。结论荧光PCR-CE法检测TERT基因启动子突变率与Sanger测序法相当,敏感度、特异度及一致性均较高,且操作相对简便快速。

实时荧光定量逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)法与细胞培养法检测流行性感冒病毒的比较

目的比较实时荧光定量逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)法与细胞培养法检测流行性感冒病毒的差异。方法采用实时荧光定量RT-PCR及经典的狗肾传代细胞病毒分离2种方法 ,同时对流感监测点送检的80份疑似流感标本检测流感病毒。结果细胞培养病毒分离的阳性数为26份,实时荧光定量RT-PCR的阳性数为36份,好=8.1,P<0.005。结论 通过该实验,验证了实时荧光定量RT-PCR的确快速敏感,适用于实验室快速诊断。