多重套式RT-PCR检测患者凝血块中登革病毒RNA(英文)

目的建立简便、灵敏、适合于全部血清型登革病毒核酸检测的多重套式RT-PCR体系,检测临床样品中登革病毒RNA,作为实验室辅助诊断的依据。方法利用登革病毒标准株核酸,建立多重RT-PCR检测方法。提取患者凝血块总RNA,分别用一步法RT-PCR及多重套式RT-PCR检测。结果通过对检测体系进行优化,多重RT-PCR能够同时检测4种血清型登革病毒核酸。采用多重套式RT-PCR方法,从8例登革热患者凝血块中有4例检测到病毒RNA,而其它核酸检测方法仅检出1例阳性。结论多重套式RT-PCR的方法能够从临床凝血块样品中检测到登革病毒核酸,并同时进行血清学分型,简化了登革病毒核酸检测步骤,有利于对临床样品开展病毒核酸检测。

应用多重套式RT-PCR检测儿童急性淋巴细胞白血病的融合基因

目的 研究染色体结构易位所致的融合基因在儿童急性淋巴细胞白血病 (ALL)的表达。方法 采用多重套式RT PCR结合染色体R带或G带核型分析、流式细胞仪细胞免疫表型检测对 64例儿童ALL进行分析。结果 64例ALL患儿中 23例(36. 0% )具有 13种染色体畸变产生的融合基因,包括E2A/PBX1,E2A/HLF,TEL/AML1,TLS/ERG,MLL/AF4,MLL/AF9,MLL/AF10,MLL/AFX,MLL/AF6,MLL/ELL,dupMLL,TAL1D,HOX11。ALL患儿融合基因和染色体总畸变率为 67. 2%(43 /64)。结论 多重套式RT PCR结合染色体核型、免疫表型是儿童ALL临床诊断、治疗和预后判断的重要依据。

套式RT-PCR检测猪繁殖和呼吸综合征病毒的研究

参照ATCC VR-2332株及LV株保守区段设计了3条引物,以此建立了检测猪繁殖和呼吸综合征病毒的套式RT-PCR方法。利用其分别对ATCC VR-2332株、LV株及B13株进行套式RT-PCR,结果从3个不同地区分离的毒株中均能特异性的扩增出相应的片段,大小分别约为430bp(预期片段为430bp)、410bp(预期片段为413bp)及410bp(预期片段为413bP),而3个非PRRSV的病毒(猪瘟病毒、细小病毒及伪狂犬病毒)均未扩增出相应的片段。其敏感性可达到10^(-2)TCID_(50),比一步法RT-PCR方法敏感性提高了10000倍。本方法的建立使猪繁殖和呼吸综合征病毒的检测更为敏感、快捷及准确。

套式／多重PCR方法应用于疟疾诊断与监测的初步评价

目的与镜检法比较评价标签引物-套式/多重PCR(UT-PCR)在疟疾监测中的应用价值。方法在海南、云南省恶性疟和间日疟混合流行区和广西疟疾控制区的疟疾监测中,采集初诊为疟疾或疑似疟疾的发热患者的血片与滤纸血样400份,在双盲条件下比较镜检法与UT-PCR的初检结果,对结果不一致的血片再次镜检复查,同时对其滤纸血样重复PCR2～3次;评估UT-PCR与镜检法的敏感性和特异性。结果400例发热患者血样中,镜检法初检检出疟原虫阳性234例,其中恶性疟125例,间日疟109例;UT-PCR检出疟原虫阳性235例,其中恶性疟124例,间日疟109例;恶性疟和间日疟混合感染2例。两法初检结果一致的血样占92.5%(370/400),其中阴性154例,阳性216例(间日疟117例,恶性疟99例)。复查25份初检结果不一致的血样,包括镜检阴性PCR阳性11例,镜检阳性PCR阴性10例,镜检为恶性疟PCR为间日疟3例,镜检为间日疟而PCR为混合感染1例,其中15份与UT-PCR的初检结果一致,7份"假阳性"原因不明,仅3份为PCR的假阴性。根据复查结果评估PCR的敏感性为99.6%,特异性为98.8%。结论采用更敏感的UT-PCR疟疾诊断方法有助于解决疟疾诊断与鉴别诊断中的疑难问题,提高疟疾监测的质量和效率。

单管半套式RT-PCR法检测贝类中轮状病毒的研究

轮状病毒(Rotavirus)是一种以贝类为载体的重要食源性病毒,目前来说,RT_PCR是贝类中轮状病毒最有效的检测方法,但通常由于病毒含量较低以及贝类中存在大量的PCR抑制物,致使将其运用于实际样本的检测时灵敏度仍较低。在实验室模拟自然环境,以人工播毒的方式使贝类富集轮状病毒,运用单管半套式RT_PCR法进行检测,并将单管半套式RT_PCR与ELISA、RT_PCR的检测灵敏度做了比较,表明单管半套式RT_PCR比ELISA的灵敏度高10 0 0倍,是传统RT_PCR的10倍,有时甚至10 0倍。另外,单管半套式RT_PCR法降低了实验过程中的内源性和外源性污染,使检测所需时间从6h缩短至4 5h ,大大改进和完善了食源性病毒检测方法。并同时以整只贝和仅以贝的消化道为样检测表明,以消化道为样时的病毒检出率和检测灵敏度较高。

套式RT-PCR检测牛呼吸道合胞体病毒的研究

为了检测牛呼吸道合胞体病毒(BRSV),根据已发表的融合蛋白(F)基因序列,设计了套式RT-PCR引物,初步建立了BRSV的套式RT-PCR检测方法。对138份牛鼻腔棉拭子进行了检测,结果检测到了BRSV阳性样品54份,总的阳性检出率为39.1%。对大部分BRSV阳性样品的F基因扩增产物进行了序列测定与分析。用该套式RT-PCR对牛传染性鼻气管炎病毒、牛副流感病毒3型、牛病毒性腹泻病毒等进行了检测,结果无交叉反应,表明该检测方法具有良好的特异性。本研究首次用套式RT-PCR技术证实了我国部分省的牛群中存在BRSV感染。

应用套式RT-PCR快速检测鸭坦布苏病毒

鸭坦布苏病毒是新发现的一种可引起鸭产蛋下降、生长迟缓和死亡的黄病毒。目前尚无可靠的快速诊断方法用于该病毒的检测。本研究根据鸭坦布苏病毒E基因序列,设计了2对重叠引物P1、P2和P3、P4,建立了检测鸭坦布苏病毒的套式RT-PCR方法,该套式RT-PCR比一般PCR敏感性高10倍。采用该方法对安徽省、河北省、山东省、浙江省、上海市等地发病鸭场的63份样品进行了检测,阳性检出率为48/63(76.2%),而病毒分离率仅为13/63(20.6%)。由此表明,与其他方法相比较,本试验所建立的套式RT-PCR方法具有快速、敏感、特异优点,可用于鸭坦布苏病毒的流行病学调查及病毒的检测。

应用半套式RT-PCR技术诊断番鸭呼肠孤病毒病

参考GenBank中番鸭呼肠孤病毒(muscovy duck reovirus,MDRV)S1基因序列设计并合成3条引物C1、HP11和HP12,组成半套式RT-PCR,扩增片段为300 bp.应用该半套式RT-PCR对MDRV、禽呼肠孤病毒(ARV)、番鸭细小病毒(MPV)、鹅细小病毒(GPV)、鸡胚成纤维细胞(CEF)和番鸭胚成纤维细胞(MDEF)培养物进行扩增.结果仅能从MDRV中扩增出300 bp特异片段,而不能从ARV、MPV、GPV、CEF和MDEF细胞培养物中扩增出特异片段;该方法检测灵敏度为1 fg核酸,重复性好.对人工感染和临床疑似病例用病毒分离和半套式RT-PCR进行检测,2种方法符合率为100%.因此,该半套式RT-PCR可以用于番鸭呼肠孤病毒病的临床快速检测.

二温式多重RT-PCR同时检测两种主要兰花病毒的研究

根据建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,Cy MV)和齿兰环斑病毒(Odontoglossum ringspot virus,ORSV)两种主要兰花病毒的保守序列设计特异性引物,建立了二温式多重RT-PCR同时检测两种病毒的检测方法。用该方法对感染两种病毒的植株总RNA模板进行扩增,结果同时得到2条大小与实验设计相符的769bp(Cy MV)、1000bp(ORSV)的特异性扩增带。用该方法对随机抽取的39个蝴蝶兰样品进行检测,结果11个样品检测出Cy MV,阳性率28.2%;24个样品检测出ORSV,阳性率61.5%;6个样品同时检测出两种病毒。

用套式RT-PCR技术检测石蜡包埋组织中的猪瘟病毒RNA

利用套式反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)技术,对实验性感染猪瘟病毒猪的福尔马林固定石蜡包埋组织标本中的病毒RNA进行检测,将所扩增产物点样于尼龙膜上进行Dot-blotting鉴定,扩增结果与各器官的病理组织学变化进行了比较。从攻毒对照组猪的肝脏、脾脏、肾脏、淋巴结和扁桃体中检出了猪瘟病毒RNA,未从免疫攻毒猪只的脏器中检出猪瘟病毒RNA;所有扩增产物经Dot-blotting鉴定均得到了阳性信号;病毒基因的检出率与猪瘟病毒导致的病理组织学变化程度相一致。本试验成功建立了套式RT-PCR技术检测石蜡包埋组织中的猪瘟病毒RNA方法,为猪瘟病毒的诊断和回顾性分析提供了技术手段。

套式/多重PCR诊断疟疾的敏感性、特异性和稳定性初探

目的提高标签引物-套式/多重PCR诊断疟疾的敏感性、特异性与稳定性。方法用滤纸法采集非疟疾发热病人血样30份及其他传染病(感冒,流感,伤寒,肝炎等)患者血样20份;抽取恶性疟和间日疟各1例患者血4m1,进行系列稀释制备不同疟原虫含量的感染血样;健康者血样作对照。用热裂解法制备DNA模板,用线粒体细胞色素氧化酶基因作为靶基因,应用相关软件和网络资源(PrimerPremier5.0,PUBMED,NCBI-BLAST和Mfold服务器)设计和优化标签引物-套式/多重PCR,并用于检测所采集制备的各种血样。结果间日疟与恶性疟患者血系列稀释为含1000、100、10和1个虫/μl后经标签引物-套式/多重PCR检测,恶性疟和间日疟患者各稀释含虫血样分别在611bp和255bp出现1条带,能检测到原虫密度均为1个虫/μl血;非疟疾发热病人血样30份及其他传染病患者血样均为阴性;健康者血样未出现扩增条带,每种血样反复测试3次以上均获得同样结果。结论经优化的标签引物-套式/多重PCR在疟疾诊断中具有较高的敏感性、特异性和稳定性。

日本脑炎病毒套式RT-PCR方法的建立与初步应用

根据GenBank上登录的日本脑炎病毒(JEV)E基因序列,设计内外2对引物。以JEV疫苗株为模板,建立了检测猪JEV的套式RT-PCR方法。应用该方法对JEV疫苗株RNA进行扩增,获得与预期大小相符,长度为228bp的目的片段;检出JEV-RNA的灵敏度约为0.3pg。表明所建立的套式RT-PCR方法对JEV的检测敏感性高、特异性强。

套式/多重PCR检测疟疾感染的应用研究

目的了解标签引物-套式/多重PCR技术在检测疟疾感染中的现场应用价值。方法随机采取我省疟疾流行区有发热症状的居民及家庭成员的耳垂血79份,同时制作厚血片和滤纸血样本各1份,用标签引物-套式/多重PCR检测所采集滤纸血样本中的疟原虫,并与镜检法进行比较。结果79份样本中,用标签引物-套式/多重PCR技术检出间日疟原虫阳性6例,镜检初检出10例间日疟原虫阳性,经复查血片后有4例排除了疟疾感染。镜检复核阳性的6例样本PCR均为阳性。以镜检复核为标准,两法阳性和阴性符合率为100%。结论标签引物-套式/多重PCR检测疟疾感染具高度敏感性和特异性,对疟疾鉴别诊断和明确诊断具有重要价值。

生物制品中牛病毒性腹泻病毒RT-PCR及套式RT-PCR检测方法的建立及应用

为建立生物制品中牛病毒性腹泻病毒(BVDV)污染的检测方法,根据Gen Bank公布的BVDV序列,分别设计了普通PCR和套式PCR的特异性引物,建立了检测BVDV的普通PCR和套式PCR检测方法。结果表明,该方法可以快速检测出生物制品中的BVDV污染,为生物制品中BVDV的快速、低含量检测提供了简单快速的检测方法。

禽呼肠病毒套式RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank中登录的禽呼肠病毒(ARV)基因组序列,设计合成了2对引物,外部引物的扩增片段大小为478 bp,内部引物的扩增片段大小为247 bp,建立了适合ARV快速检测的套式RT-PCR方法(RT-nested-PCR)。采用该方法对REV毒株进行了检测,均能扩增到247 bp的条带,而禽流感病毒(H9亚型)、新城疫病毒、传染性腔上囊病病毒、减蛋综合征病毒、禽白血病病毒、禽网状内皮组织增生病病毒、马立克病病毒和鸭瘟病毒的扩增结果均为阴性。该方法第1次扩增的敏感性是100 pg,第2次扩增的敏感性是1 fg,第2次比第1次扩增的敏感性高105倍。该检测方法表明,所建立的逆转录套式RT-PCR方法比普通RT-PCR方法敏感性高,具有重复性好、特异性强、敏感性高等优点,可用于禽呼肠病毒的临床诊断、病料检测和分子流行病学调查等。

猕猴逆转录病毒多重套式PCR检测方法的建立

分别针对编码STLV-1和SRV/D-1两种逆转录病毒膜蛋白的env基因进行引物设计,通过优化、调整PCR条件,建立一种能同时检测猕猴STLV-1和SRV/D-1两种逆转录病毒的多重PCR方法,用于猕猴种群逆转录病毒的常规监测。结果显示多重套式PCR产物片段大小与预期结果一致,进一步测序证实为目的产物,说明建立的多重套式PCR方法能同时检测出猕猴体内可能存在的STLV-1和SRV/D-1两种逆转录病毒。这种方法具有灵敏度高、特异性强、省时、试剂用量少和检测费用低等优点,因此可以作为一种新方法用于猕猴种群逆转录病毒的定性监测。

H6亚型禽流感病毒套式 RT-PCR 检测方法的建立

为建立一种H6亚型禽流感病毒(AIV)的套式RT-PCR检测方法,根据GenBank中H6亚型AIV HA基因序列,设计了4条特异性引物,优化反应条件,并对所建立的方法进行特异性和敏感性的检验,用该法对154份活禽市场样品进行检测。结果表明,所建立的套式RT-PCR方法对其他常见禽病病原体无扩增;对H6亚型AIV的最小检测限为1×102拷贝/μL,灵敏度比常规RT-PCR方法高100倍;154份样品的检测结果与病毒分离一致。所建立的H6亚型AIV套式RT-PCR检测方法具有特异性强和灵敏度高的特点。

西尼罗病毒套式RT-PCR检测方法的建立

从GenBank上调取西尼罗病毒的基因序列,经过分析,设计并合成2套套式RT-PCR引物,分别对西尼罗病毒灭活苗进行扩增,结果扩增出与目的片段大小一致的条带,将其克隆入pMD18-T-Vector中,进行序列测定,证实为WNV的基因。建立了套式RT-PCR检测方法,经各反应条件的优化后,发现2套nest-PCR引物能分别扩增出85个拷贝和62个拷贝的双链DNA,对乙型脑炎病毒、黄热病毒等11种病毒核酸进行扩增,发现具有良好的特异性,显示建立套式RT-PCR具有高效、快速、特异、灵敏的特点,可用于口岸WNV的检测和监测。

用多重及套式PCR同时检测血清中的HBV和HCV方法的建立

首次应用多重及套式ＰＣＲ技术同时检测人血清中的ＨＢＶ和ＨＣＶ。将抽提的ＨＢＶＤＮＡ和（或）ＨＣＶＲＮＡ在含ＡＭＶ逆转录酶、ＴａｑＤＮＡ多聚酶以及ＨＢＶ和ＨＣＶ外套引物的ＰＣＲ缓冲液中进行逆转录后连续进行ＰＣＲ扩增，以第一轮扩增产物为模板，在含ＨＢＶ和ＨＣＶ内套引物的ＰＣＲ反应体系中进行第二轮扩增，产物经电泳后，以ＤＮＡ分子量标志物或巳知片段做参考，出现５２３ｂｐ和（或）２６０ｂｐ产物条带分别为ＨＢＶ和（或）ＨＣＶ单项或重叠感染。因选择高度保守的ＨＢＶ和ＨＣＶ引物，并进行了包括将逆转录与第一轮ＰＣＲ结合进行等多项改进，故本方法具有特异、敏感、通用、简便、快速和经济等优点，减少了交叉污染的机会，有很高的临床实用价值，亦为献血员筛选提供一种可靠的方法。

逆转录多重套式聚合酶链反应在儿童病毒性脑炎病原学研究中的应用

目的探讨早期同步检测病毒性脑炎(VE)主要病原新方法.方法应用逆转录多重套式聚合酶链反应(RT-M-nPCR)对100例VE患儿及73例对照组脑脊液(CSF)标本进行单纯疱疹病毒(HSV)DNA与肠道病毒(EV)RNA同步检测.结果整个过程约需5 h.该法与ELISA及经典nPCR方法比较,符合率分别为96%及100%.100例VE患儿CSF标本中,HSV阳性18例,EV阳性17例,在100例VE中,有26例重症,其中HSV感染14例(53.85%),EV感染7例(26.92%),不明病原5例(19.23%).不同病原检出率与年龄的关系:年龄～3岁、～7岁、～14岁HSV分别检出7.4%、11.9%、35.5%,EV分别检出25.9%、19.05%、6.5%.结论RT-M-nPCR是一种能在早期同步检测HSV及EV的具有巨大潜在应用价值的病原检测技术;在VE重症中HSV感染最常见;HSV感染在年长儿发病率高,而EV感染在学龄前及婴幼儿中多见.